ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.022, 0.106, 0.189, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.106 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.025, 0.126, 0.228, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.126 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.031, 0.135, 0.239, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.135 std_dev=0.104
C4 B 0, 0.075, 0.227, 0.379, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.227 std_dev=0.152
O4 B 0, 0.078, 0.231, 0.384, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.231 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.075, 0.236, 0.397, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.236 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.055, 0.230, 0.405, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.230 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.045, 0.221, 0.398, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.221 std_dev=0.177
O2' B 0, 0.029, 0.210, 0.390, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.210 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.067, 0.250, 0.433, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.250 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.055, 0.255, 0.454, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.255 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.031, 0.234, 0.436, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.234 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.034, 0.238, 0.442, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.238 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.088, 0.300, 0.513, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.300 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.097, 0.311, 0.525, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.311 std_dev=0.214
O4' B 0, 0.091, 0.329, 0.567, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.329 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.063, 0.301, 0.540, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.301 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.054, 0.294, 0.535, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.294 std_dev=0.240
O5' A 0, 0.095, 0.344, 0.593, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.344 std_dev=0.249
C4' B 0, 0.102, 0.357, 0.612, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.357 std_dev=0.255
O3' B 0, -0.014, 0.244, 0.503, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.244 std_dev=0.259
O2 B 0, 0.089, 0.350, 0.610, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.350 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.138, 0.400, 0.663, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.400 std_dev=0.263
P A 0, 0.103, 0.373, 0.643, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.373 std_dev=0.270
O5' B 0, 0.129, 0.403, 0.677, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.403 std_dev=0.274
P B 0, 0.150, 0.439, 0.729, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.439 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.146, 0.440, 0.734, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.440 std_dev=0.294
OP2 A 0, 0.117, 0.424, 0.730, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.424 std_dev=0.306
C5' A 0, 0.072, 0.410, 0.747, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.410 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.177, 0.533, 0.889, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.533 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.138, 0.504, 0.870, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.504 std_dev=0.366

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.16 0.20 0.12
C2 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.03 0.01 0.27 0.14 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.12 0.16 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.05 0.02 0.01 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.08 0.13 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.25 0.16 0.15
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.11 0.07 0.15 0.10 0.09 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.13 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.14 0.01 0.28 0.16 0.18
C5' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.18 0.05 0.16 0.09 0.16 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.12 0.00 0.29 0.12 0.17
C8 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.22 0.01 0.23 0.23 0.22
N1 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.07 0.00 0.29 0.12 0.14
N2 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.15 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.14 0.05 0.01 0.27 0.16 0.13
N3 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.03 0.01 0.25 0.15 0.13
N7 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.02 0.22 0.01 0.28 0.20 0.23
N9 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.11 0.01 0.21 0.20 0.16
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.12 0.22 0.10
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.07 0.12 0.03 0.06 0.03 0.13 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.06 0.12 0.04
O4' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.09 0.14 0.11 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.13 0.19 0.10
O5' 0.04 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.14 0.00 0.12 0.22 0.07 0.05 0.03 0.22 0.11 0.02 0.06 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.05 0.15 0.00 0.31 0.12 0.18
OP1 0.16 0.27 0.12 0.08 0.25 0.05 0.28 0.02 0.29 0.23 0.29 0.27 0.25 0.28 0.21 0.12 0.06 0.13 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.14 0.16 0.13 0.16 0.13 0.16 0.09 0.12 0.23 0.12 0.16 0.15 0.20 0.20 0.22 0.12 0.19 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.13 0.07 0.05 0.15 0.05 0.18 0.00 0.17 0.22 0.14 0.13 0.13 0.23 0.16 0.10 0.04 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.09 0.05 0.05 0.05 0.04 0.13 0.05 0.09 0.02 0.08 0.16 0.05 0.04 0.06 0.03 0.10 0.14 0.15 0.13
C2 0.13 0.12 0.09 0.09 0.15 0.12 0.21 0.12 0.20 0.14 0.12 0.17 0.07 0.10 0.14 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12
C2' 0.02 0.07 0.04 0.04 0.03 0.03 0.10 0.04 0.06 0.01 0.06 0.11 0.05 0.03 0.05 0.02 0.10 0.17 0.18 0.14
C3' 0.12 0.12 0.10 0.09 0.13 0.11 0.19 0.11 0.17 0.13 0.12 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.10
C4 0.03 0.08 0.03 0.03 0.09 0.03 0.19 0.05 0.16 0.05 0.06 0.17 0.03 0.01 0.09 0.04 0.09 0.11 0.13 0.11
C4' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.17 0.08 0.14 0.09 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08
C5 0.04 0.08 0.05 0.03 0.09 0.04 0.20 0.06 0.19 0.06 0.05 0.19 0.04 0.02 0.08 0.04 0.10 0.11 0.13 0.11
C5' 0.17 0.16 0.16 0.16 0.13 0.16 0.21 0.17 0.21 0.17 0.13 0.18 0.17 0.16 0.11 0.17 0.16 0.14 0.18 0.17
C6 0.12 0.08 0.10 0.10 0.12 0.11 0.22 0.12 0.22 0.13 0.07 0.18 0.09 0.09 0.11 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13
C8 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09 0.09 0.17 0.09 0.13 0.07 0.12 0.20 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.14 0.15 0.14
N1 0.15 0.12 0.12 0.12 0.15 0.14 0.22 0.14 0.22 0.16 0.11 0.18 0.10 0.12 0.14 0.16 0.14 0.15 0.13 0.14
N2 0.15 0.15 0.10 0.11 0.16 0.15 0.21 0.15 0.21 0.16 0.15 0.18 0.08 0.12 0.16 0.17 0.13 0.13 0.12 0.12
N3 0.08 0.09 0.05 0.05 0.12 0.07 0.19 0.08 0.17 0.09 0.08 0.15 0.04 0.05 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10
N7 0.05 0.12 0.06 0.06 0.08 0.06 0.18 0.07 0.16 0.05 0.09 0.21 0.05 0.05 0.08 0.05 0.10 0.11 0.13 0.11
N9 0.03 0.10 0.05 0.05 0.06 0.04 0.16 0.06 0.12 0.02 0.09 0.18 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.13 0.15 0.12
O2' 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.14 0.17 0.11 0.10 0.12 0.11 0.17 0.23 0.25 0.22
O3' 0.16 0.14 0.14 0.14 0.16 0.16 0.22 0.18 0.21 0.16 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.17 0.17 0.15 0.17 0.17
O4' 0.03 0.10 0.05 0.05 0.04 0.04 0.13 0.03 0.09 0.02 0.08 0.17 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.10 0.10 0.08
O5' 0.19 0.18 0.18 0.17 0.13 0.16 0.20 0.14 0.20 0.18 0.15 0.22 0.20 0.19 0.09 0.17 0.13 0.11 0.15 0.13
O6 0.14 0.07 0.14 0.13 0.12 0.13 0.21 0.14 0.23 0.14 0.06 0.16 0.14 0.12 0.10 0.14 0.16 0.18 0.16 0.16
OP1 0.15 0.10 0.12 0.10 0.15 0.10 0.22 0.07 0.21 0.15 0.10 0.08 0.16 0.13 0.14 0.12 0.06 0.03 0.06 0.05
OP2 0.13 0.12 0.10 0.10 0.18 0.09 0.25 0.07 0.21 0.15 0.12 0.15 0.12 0.12 0.20 0.12 0.06 0.04 0.09 0.07
P 0.14 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.21 0.09 0.20 0.15 0.10 0.14 0.15 0.13 0.12 0.13 0.09 0.06 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.06 0.08 0.11 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.17 0.12
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.08 0.13 0.17 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.07 0.10 0.13 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.09 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.07 0.10 0.15 0.11
O2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.01 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.19 0.14
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.07 0.06
O5' 0.02 0.06 0.03 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.07 0.07 0.03 0.03 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.08 0.04 0.06 0.12 0.02 0.13 0.01 0.10 0.06 0.10 0.08 0.06 0.07 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.03 0.04 0.17 0.01 0.17 0.01 0.13 0.09 0.15 0.10 0.05 0.04 0.19 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.03 0.04 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.09 0.04 0.04 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00