ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55458

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.005, 0.033, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.019, 0.047, 0.076, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.047 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.003, 0.035, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.003, 0.037, 0.070, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.016, 0.058, 0.099, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.058 std_dev=0.041
N2 A 0, 0.003, 0.071, 0.139, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.071 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.077, 0.190, 0.303, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.190 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.098, 0.240, 0.382, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.240 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.122, 0.299, 0.475, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.299 std_dev=0.177
C4' A 0, 0.131, 0.326, 0.521, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.326 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.143, 0.348, 0.553, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.348 std_dev=0.205
C3' A 0, 0.152, 0.368, 0.584, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.368 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.105, 0.333, 0.561, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.333 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.161, 0.402, 0.643, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.402 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.106, 0.352, 0.597, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.352 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.115, 0.386, 0.656, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.386 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.147, 0.425, 0.704, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.425 std_dev=0.278
O4 B 0, 0.154, 0.444, 0.735, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.444 std_dev=0.290
O5' A 0, 0.190, 0.483, 0.776, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.483 std_dev=0.293
C5' A 0, 0.198, 0.498, 0.798, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.498 std_dev=0.300
P A 0, 0.216, 0.523, 0.831, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.523 std_dev=0.307
O3' A 0, 0.241, 0.579, 0.918, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.579 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.233, 0.578, 0.924, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.578 std_dev=0.346
O2 B 0, 0.205, 0.557, 0.909, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.557 std_dev=0.352
OP1 A 0, 0.095, 0.450, 0.806, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.450 std_dev=0.356
OP2 A 0, 0.219, 0.586, 0.953, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.586 std_dev=0.367
C2' B 0, 0.248, 0.630, 1.012, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.630 std_dev=0.382
O4' B 0, 0.269, 0.656, 1.042, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.656 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.235, 0.648, 1.060, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.648 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.325, 0.790, 1.255, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.790 std_dev=0.465
O3' B 0, 0.292, 0.776, 1.259, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.776 std_dev=0.483
C4' B 0, 0.289, 0.782, 1.275, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.782 std_dev=0.493
O5' B 0, 0.279, 0.858, 1.437, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.858 std_dev=0.579
C5' B 0, 0.294, 0.880, 1.466, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.880 std_dev=0.586
P B 0, 0.520, 1.386, 2.253, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.386 std_dev=0.867
OP2 B 0, 0.587, 1.531, 2.476, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.531 std_dev=0.945
OP1 B 0, 0.675, 1.786, 2.898, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.786 std_dev=1.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.22 0.14
C2 0.06 0.00 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.12 0.09 0.17 0.01 0.09 0.11 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.13 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.13 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03
C4 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.01 0.10 0.20 0.11
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.15 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.10 0.01 0.10 0.18 0.09
C5' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.11 0.03 0.13 0.19 0.11 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.13 0.00 0.09 0.13 0.08
C8 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.10 0.22 0.14
N1 0.04 0.00 0.05 0.08 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.07 0.16 0.01 0.09 0.10 0.10
N2 0.09 0.00 0.10 0.13 0.02 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.16 0.12 0.23 0.01 0.10 0.09 0.17
N3 0.06 0.01 0.07 0.09 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.08 0.13 0.01 0.09 0.19 0.08
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.10 0.19 0.11
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.23 0.14
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.16 0.13
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.10 0.16 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.17 0.06 0.05
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.12 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.05 0.09 0.22 0.15
O5' 0.06 0.17 0.01 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.13 0.07 0.16 0.23 0.13 0.09 0.07 0.04 0.07 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.14 0.00 0.09 0.11 0.09
OP1 0.08 0.09 0.04 0.08 0.10 0.04 0.10 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.01 0.17 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.11 0.13 0.07 0.20 0.10 0.18 0.02 0.13 0.22 0.10 0.09 0.19 0.19 0.23 0.16 0.06 0.22 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.09 0.08 0.03 0.11 0.07 0.09 0.02 0.08 0.14 0.10 0.17 0.08 0.11 0.14 0.13 0.05 0.15 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.17 0.22 0.08 0.19 0.17 0.17 0.17 0.10 0.06 0.21 0.12 0.28 0.07 0.14 0.13 0.12 0.06 0.08
C2 0.18 0.23 0.23 0.17 0.12 0.14 0.05 0.13 0.02 0.14 0.21 0.28 0.27 0.14 0.11 0.09 0.12 0.19 0.18 0.15
C2' 0.09 0.10 0.13 0.18 0.11 0.15 0.18 0.15 0.16 0.09 0.07 0.21 0.11 0.25 0.12 0.11 0.12 0.10 0.05 0.06
C3' 0.05 0.10 0.03 0.11 0.06 0.08 0.16 0.12 0.13 0.03 0.06 0.23 0.13 0.18 0.08 0.04 0.13 0.09 0.05 0.08
C4 0.07 0.14 0.08 0.11 0.06 0.10 0.18 0.10 0.16 0.07 0.12 0.22 0.11 0.14 0.06 0.10 0.10 0.12 0.16 0.10
C4' 0.09 0.15 0.06 0.13 0.07 0.09 0.13 0.14 0.12 0.08 0.11 0.26 0.17 0.21 0.06 0.05 0.16 0.16 0.09 0.13
C5 0.09 0.11 0.09 0.11 0.13 0.11 0.24 0.12 0.19 0.10 0.11 0.16 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.20 0.26 0.19
C5' 0.16 0.19 0.17 0.09 0.12 0.08 0.17 0.13 0.16 0.14 0.15 0.27 0.27 0.10 0.12 0.10 0.19 0.16 0.16 0.17
C6 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.17 0.15 0.13 0.07 0.11 0.16 0.13 0.09 0.09 0.10 0.20 0.30 0.35 0.28
C8 0.17 0.15 0.19 0.21 0.22 0.19 0.29 0.16 0.26 0.19 0.15 0.16 0.15 0.24 0.21 0.19 0.12 0.12 0.19 0.12
N1 0.14 0.17 0.19 0.17 0.09 0.15 0.05 0.18 0.04 0.10 0.17 0.22 0.22 0.15 0.10 0.09 0.21 0.31 0.32 0.27
N2 0.28 0.28 0.36 0.32 0.17 0.25 0.10 0.21 0.12 0.23 0.25 0.33 0.39 0.30 0.15 0.18 0.15 0.22 0.17 0.16
N3 0.13 0.22 0.16 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.11 0.19 0.29 0.22 0.07 0.08 0.05 0.07 0.11 0.10 0.07
N7 0.15 0.14 0.14 0.16 0.24 0.16 0.30 0.14 0.26 0.18 0.16 0.15 0.12 0.17 0.24 0.17 0.13 0.18 0.26 0.18
N9 0.12 0.11 0.14 0.19 0.11 0.17 0.22 0.15 0.21 0.12 0.08 0.19 0.11 0.23 0.10 0.15 0.11 0.10 0.12 0.08
O2' 0.13 0.11 0.20 0.25 0.11 0.22 0.18 0.21 0.17 0.12 0.08 0.20 0.16 0.33 0.11 0.15 0.17 0.17 0.02 0.12
O3' 0.08 0.12 0.06 0.09 0.07 0.06 0.15 0.11 0.12 0.04 0.06 0.24 0.18 0.15 0.10 0.04 0.14 0.11 0.07 0.10
O4' 0.06 0.14 0.08 0.19 0.07 0.14 0.12 0.16 0.12 0.06 0.12 0.25 0.10 0.27 0.07 0.08 0.14 0.14 0.04 0.10
O5' 0.29 0.31 0.31 0.12 0.20 0.12 0.14 0.00 0.16 0.25 0.27 0.39 0.43 0.01 0.18 0.19 0.09 0.20 0.16 0.14
O6 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.18 0.19 0.14 0.08 0.10 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.25 0.39 0.45 0.36
OP1 0.06 0.10 0.12 0.04 0.04 0.11 0.07 0.29 0.06 0.03 0.09 0.16 0.24 0.01 0.05 0.07 0.42 0.53 0.44 0.48
OP2 0.10 0.12 0.05 0.09 0.15 0.16 0.19 0.25 0.20 0.15 0.13 0.12 0.10 0.01 0.15 0.19 0.37 0.26 0.33 0.33
P 0.07 0.09 0.12 0.01 0.05 0.05 0.04 0.16 0.04 0.04 0.08 0.14 0.20 0.00 0.05 0.03 0.26 0.28 0.25 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.12 0.14 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.16 0.19 0.27 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.15 0.15 0.09
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.16 0.13 0.08
C4 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.28 0.33 0.41 0.34
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.29 0.33 0.39 0.35
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.15 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01
C6 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.24 0.26 0.29 0.26
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.18 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.22 0.26 0.35 0.27
O2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.11 0.14 0.23 0.14
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.11 0.04
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.20 0.16 0.12
O4 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.31 0.37 0.47 0.39
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
O5' 0.08 0.16 0.05 0.03 0.28 0.01 0.29 0.01 0.24 0.16 0.22 0.11 0.01 0.07 0.31 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.19 0.15 0.16 0.33 0.09 0.33 0.06 0.26 0.18 0.26 0.14 0.12 0.20 0.37 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.27 0.15 0.13 0.41 0.04 0.39 0.00 0.29 0.22 0.35 0.23 0.11 0.16 0.47 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.09 0.08 0.34 0.02 0.35 0.01 0.26 0.17 0.27 0.14 0.04 0.12 0.39 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00