ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55459

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.006, 0.029, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.014, 0.045, 0.076, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.045 std_dev=0.031
C2 A 0, -0.001, 0.031, 0.064, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.005, 0.038, 0.072, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.038 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.004, 0.038, 0.073, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.038 std_dev=0.035
O6 A 0, 0.005, 0.044, 0.083, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.044 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.014, 0.058, 0.102, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.058 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.149, 0.374, 0.600, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.374 std_dev=0.226
C2' A 0, 0.177, 0.431, 0.685, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.431 std_dev=0.254
O2 B 0, 0.176, 0.470, 0.765, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.470 std_dev=0.294
O2' A 0, 0.140, 0.446, 0.752, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.446 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.223, 0.544, 0.865, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.544 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.231, 0.568, 0.905, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.568 std_dev=0.337
C4' A 0, 0.269, 0.651, 1.033, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.651 std_dev=0.382
C4 B 0, 0.272, 0.668, 1.065, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.668 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.223, 0.633, 1.042, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.633 std_dev=0.410
O4 B 0, 0.269, 0.691, 1.113, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.691 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.303, 0.730, 1.156, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.730 std_dev=0.426
OP1 A 0, 0.280, 0.724, 1.168, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.724 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.311, 0.759, 1.206, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.759 std_dev=0.448
C3' B 0, 0.321, 0.770, 1.220, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.770 std_dev=0.449
O2' B 0, 0.318, 0.777, 1.236, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.777 std_dev=0.459
C2' B 0, 0.329, 0.787, 1.246, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.787 std_dev=0.459
C1' B 0, 0.330, 0.791, 1.251, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.791 std_dev=0.461
P A 0, 0.338, 0.805, 1.271, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.805 std_dev=0.467
C5 B 0, 0.330, 0.809, 1.289, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.809 std_dev=0.480
C6 B 0, 0.353, 0.847, 1.342, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.847 std_dev=0.495
O4' B 0, 0.352, 0.846, 1.341, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.846 std_dev=0.495
O3' A 0, 0.261, 0.777, 1.293, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.777 std_dev=0.516
C4' B 0, 0.375, 0.897, 1.418, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.897 std_dev=0.521
C5' B 0, 0.430, 1.039, 1.648, 1.542 max_d=1.542 avg_d=1.039 std_dev=0.609
O5' A 0, 0.369, 0.990, 1.610, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.990 std_dev=0.620
O5' B 0, 0.441, 1.068, 1.694, 1.562 max_d=1.562 avg_d=1.068 std_dev=0.627
OP2 A 0, 0.414, 1.102, 1.791, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.102 std_dev=0.688
C5' A 0, 0.508, 1.244, 1.981, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.244 std_dev=0.737
P B 0, 0.573, 1.437, 2.301, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.437 std_dev=0.864
OP2 B 0, 0.603, 1.555, 2.506, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.555 std_dev=0.952
OP1 B 0, 0.654, 1.670, 2.686, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.670 std_dev=1.016

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.38 0.12
C2 0.05 0.00 0.10 0.09 0.01 0.26 0.00 0.62 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.12 0.36 0.01 0.11 0.10 0.10
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.12 0.09 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.04 0.11 0.42 0.15
C3' 0.06 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04 0.07 0.11 0.06 0.13 0.10 0.10 0.05 0.09 0.01 0.10 0.15 0.10 0.21 0.49 0.27
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.20 0.01 0.47 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.09 0.25 0.02 0.09 0.26 0.08
C4' 0.00 0.26 0.02 0.00 0.20 0.00 0.21 0.01 0.25 0.11 0.27 0.29 0.23 0.16 0.12 0.10 0.04 0.00 0.09 0.26 0.12 0.21 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.21 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.28 0.02 0.09 0.21 0.08
C5' 0.09 0.62 0.04 0.04 0.47 0.01 0.50 0.00 0.59 0.31 0.63 0.65 0.54 0.41 0.31 0.11 0.08 0.06 0.02 0.60 0.12 0.24 0.10
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.25 0.01 0.59 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.09 0.10 0.33 0.01 0.10 0.12 0.09
C8 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.06 0.17 0.04 0.08 0.30 0.08
N1 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.27 0.01 0.63 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.11 0.36 0.01 0.11 0.08 0.11
N2 0.06 0.01 0.12 0.13 0.02 0.29 0.02 0.65 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.24 0.13 0.40 0.04 0.12 0.08 0.14
N3 0.05 0.00 0.09 0.10 0.01 0.23 0.02 0.54 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.19 0.12 0.30 0.03 0.10 0.25 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.16 0.01 0.41 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.07 0.07 0.22 0.05 0.08 0.25 0.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.31 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.06 0.17 0.03 0.08 0.32 0.09
O2' 0.07 0.07 0.01 0.09 0.06 0.10 0.07 0.11 0.06 0.12 0.06 0.08 0.06 0.11 0.09 0.00 0.28 0.07 0.08 0.05 0.15 0.34 0.07
O3' 0.01 0.20 0.06 0.01 0.10 0.04 0.07 0.08 0.09 0.08 0.15 0.24 0.19 0.07 0.05 0.28 0.00 0.06 0.12 0.07 0.25 0.62 0.33
O4' 0.02 0.12 0.02 0.10 0.09 0.00 0.09 0.06 0.10 0.06 0.11 0.13 0.12 0.07 0.06 0.07 0.06 0.00 0.02 0.10 0.02 0.35 0.12
O5' 0.06 0.36 0.09 0.15 0.25 0.09 0.28 0.02 0.33 0.17 0.36 0.40 0.30 0.22 0.17 0.08 0.12 0.02 0.00 0.33 0.05 0.03 0.02
O6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.26 0.02 0.60 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.10 0.33 0.00 0.10 0.11 0.10
OP1 0.05 0.11 0.11 0.21 0.09 0.12 0.09 0.12 0.10 0.08 0.11 0.12 0.10 0.08 0.08 0.15 0.25 0.02 0.05 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.10 0.42 0.49 0.26 0.21 0.21 0.24 0.12 0.30 0.08 0.08 0.25 0.25 0.32 0.34 0.62 0.35 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.15 0.27 0.08 0.02 0.08 0.10 0.09 0.08 0.11 0.14 0.08 0.08 0.09 0.07 0.33 0.12 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.08 0.05 0.13 0.08 0.13 0.08 0.13 0.13 0.14 0.14 0.18 0.02 0.14 0.11 0.08 0.17 0.13 0.09
C2 0.08 0.09 0.15 0.10 0.14 0.13 0.16 0.19 0.14 0.11 0.12 0.07 0.21 0.07 0.15 0.12 0.19 0.16 0.12 0.12
C2' 0.09 0.10 0.05 0.04 0.10 0.04 0.08 0.05 0.08 0.09 0.11 0.12 0.16 0.06 0.12 0.07 0.05 0.14 0.10 0.04
C3' 0.12 0.06 0.12 0.15 0.06 0.15 0.07 0.15 0.10 0.09 0.06 0.05 0.06 0.20 0.09 0.11 0.13 0.07 0.14 0.08
C4 0.09 0.10 0.11 0.08 0.14 0.10 0.14 0.14 0.12 0.10 0.13 0.09 0.21 0.07 0.15 0.10 0.15 0.13 0.11 0.09
C4' 0.05 0.14 0.03 0.06 0.21 0.02 0.19 0.06 0.14 0.11 0.19 0.11 0.09 0.09 0.24 0.04 0.11 0.29 0.18 0.18
C5 0.07 0.05 0.13 0.09 0.12 0.11 0.13 0.16 0.10 0.07 0.09 0.03 0.21 0.09 0.16 0.09 0.17 0.12 0.12 0.11
C5' 0.11 0.31 0.09 0.16 0.45 0.11 0.41 0.13 0.32 0.26 0.41 0.25 0.17 0.16 0.50 0.11 0.22 0.39 0.40 0.33
C6 0.08 0.03 0.15 0.11 0.10 0.14 0.13 0.20 0.11 0.07 0.05 0.03 0.21 0.09 0.13 0.11 0.21 0.14 0.13 0.13
C8 0.06 0.08 0.08 0.07 0.14 0.08 0.13 0.12 0.09 0.07 0.12 0.06 0.18 0.08 0.18 0.07 0.13 0.11 0.12 0.09
N1 0.07 0.04 0.16 0.11 0.10 0.14 0.13 0.21 0.11 0.06 0.08 0.04 0.21 0.09 0.12 0.11 0.21 0.14 0.11 0.12
N2 0.10 0.10 0.17 0.13 0.17 0.17 0.18 0.23 0.16 0.11 0.14 0.07 0.21 0.06 0.19 0.14 0.22 0.20 0.16 0.16
N3 0.11 0.13 0.13 0.07 0.15 0.10 0.16 0.15 0.15 0.13 0.15 0.11 0.21 0.06 0.15 0.11 0.15 0.16 0.13 0.11
N7 0.06 0.05 0.10 0.08 0.14 0.09 0.13 0.14 0.10 0.06 0.10 0.03 0.19 0.08 0.19 0.07 0.16 0.10 0.13 0.10
N9 0.09 0.11 0.09 0.07 0.14 0.08 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.19 0.07 0.16 0.09 0.13 0.14 0.11 0.09
O2' 0.16 0.14 0.12 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.14 0.11 0.15 0.18 0.09 0.10 0.14 0.10 0.23 0.13 0.12
O3' 0.13 0.08 0.12 0.17 0.11 0.16 0.15 0.18 0.17 0.13 0.08 0.06 0.09 0.22 0.10 0.13 0.19 0.11 0.24 0.16
O4' 0.09 0.12 0.06 0.05 0.14 0.05 0.14 0.06 0.13 0.11 0.14 0.10 0.14 0.01 0.14 0.08 0.07 0.21 0.14 0.11
O5' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.15 0.11 0.10 0.11 0.06 0.05 0.15 0.10 0.10 0.06 0.17 0.07 0.07 0.23 0.12 0.12
O6 0.08 0.04 0.15 0.11 0.09 0.13 0.12 0.20 0.10 0.07 0.04 0.05 0.21 0.10 0.12 0.11 0.21 0.14 0.17 0.14
OP1 0.08 0.06 0.04 0.04 0.13 0.05 0.17 0.10 0.15 0.10 0.08 0.03 0.03 0.08 0.14 0.06 0.14 0.29 0.24 0.18
OP2 0.03 0.09 0.05 0.14 0.07 0.20 0.06 0.33 0.06 0.04 0.10 0.12 0.07 0.03 0.07 0.13 0.34 0.53 0.36 0.41
P 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.10 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.32 0.17 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.16 0.08
C2 0.04 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.24 0.12
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.00 0.03 0.09 0.01 0.05 0.13 0.03 0.05
C3' 0.06 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.16 0.07 0.06
C4 0.03 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.10 0.00 0.03 0.05 0.15 0.32 0.19
C4' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05
C5 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.14 0.01 0.02 0.03 0.17 0.34 0.20
C5' 0.03 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.09 0.09 0.10 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.10
C6 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.12 0.01 0.02 0.05 0.12 0.28 0.17
N1 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.23 0.13
N3 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.03 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.14 0.05 0.03 0.04 0.07 0.08 0.27 0.14
O2 0.06 0.01 0.09 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.06 0.05 0.05 0.08 0.02 0.20 0.10
O2' 0.03 0.13 0.00 0.01 0.10 0.10 0.05 0.10 0.03 0.07 0.14 0.17 0.00 0.10 0.11 0.06 0.07 0.13 0.08 0.04
O3' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.10 0.03 0.14 0.04 0.12 0.05 0.05 0.06 0.10 0.00 0.11 0.01 0.11 0.24 0.19 0.13
O4 0.03 0.03 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.11 0.11 0.00 0.03 0.03 0.19 0.36 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.14 0.09
O5' 0.03 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07 0.11 0.03 0.03 0.00 0.07 0.04 0.02
OP1 0.03 0.04 0.13 0.16 0.15 0.09 0.17 0.05 0.12 0.06 0.08 0.02 0.13 0.24 0.19 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01
OP2 0.16 0.24 0.03 0.07 0.32 0.01 0.34 0.08 0.28 0.23 0.27 0.20 0.08 0.19 0.36 0.14 0.04 0.06 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.05 0.06 0.19 0.05 0.20 0.10 0.17 0.13 0.14 0.10 0.04 0.13 0.22 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00