ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55460

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.002, 0.027, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.017, 0.052, 0.087, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.052 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.027, 0.070, 0.113, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.070 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.035, 0.088, 0.141, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.088 std_dev=0.053
C2 B 0, 0.165, 0.393, 0.622, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.393 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.169, 0.404, 0.639, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.404 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.196, 0.470, 0.745, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.470 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.164, 0.461, 0.757, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.461 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.222, 0.529, 0.835, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.529 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.194, 0.516, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.516 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.228, 0.557, 0.887, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.557 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.191, 0.630, 1.070, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.630 std_dev=0.439
O4 B 0, 0.325, 0.801, 1.277, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.801 std_dev=0.476
O4' A 0, 0.140, 0.848, 1.556, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.848 std_dev=0.708
C2' A 0, 0.190, 0.926, 1.663, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.926 std_dev=0.737
O2' B 0, 0.593, 1.469, 2.345, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.469 std_dev=0.876
C2' B 0, 0.494, 1.381, 2.269, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.381 std_dev=0.887
O2' A 0, 0.414, 1.391, 2.367, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.391 std_dev=0.977
C4' A 0, 0.305, 1.289, 2.272, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.289 std_dev=0.984
C3' A 0, 0.208, 1.201, 2.195, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.201 std_dev=0.993
O4' B 0, 0.478, 1.500, 2.522, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.500 std_dev=1.022
O3' A 0, 0.371, 1.438, 2.506, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.438 std_dev=1.068
C3' B 0, 0.698, 2.036, 3.375, 3.403 max_d=3.403 avg_d=2.036 std_dev=1.339
O5' B 0, 0.570, 1.924, 3.278, 3.370 max_d=3.370 avg_d=1.924 std_dev=1.354
OP2 A 0, 0.687, 2.104, 3.522, 3.611 max_d=3.611 avg_d=2.104 std_dev=1.418
O3' B 0, 0.918, 2.348, 3.778, 3.707 max_d=3.707 avg_d=2.348 std_dev=1.430
O5' A 0, 0.549, 2.005, 3.461, 3.420 max_d=3.420 avg_d=2.005 std_dev=1.456
C4' B 0, 0.816, 2.320, 3.825, 3.838 max_d=3.838 avg_d=2.320 std_dev=1.505
C5' A 0, 0.506, 2.051, 3.595, 3.582 max_d=3.582 avg_d=2.051 std_dev=1.544
P B 0, 0.962, 2.599, 4.237, 4.235 max_d=4.235 avg_d=2.599 std_dev=1.637
P A 0, 0.738, 2.428, 4.119, 4.133 max_d=4.133 avg_d=2.428 std_dev=1.690
OP2 B 0, 1.255, 3.209, 5.162, 5.269 max_d=5.269 avg_d=3.209 std_dev=1.953
C5' B 0, 1.146, 3.177, 5.209, 5.125 max_d=5.125 avg_d=3.177 std_dev=2.032
OP1 A 0, 0.872, 3.156, 5.439, 5.441 max_d=5.441 avg_d=3.156 std_dev=2.284
OP1 B 0, 0.494, 3.232, 5.971, 6.317 max_d=6.317 avg_d=3.232 std_dev=2.738

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.30 0.00 0.10 0.02 0.22 0.14 0.07
C2 0.04 0.00 0.48 0.31 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.12 0.32 0.10 0.01 0.11 0.20 0.11
C2' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.24 0.01 0.11 0.16 0.21 0.24 0.37 0.58 0.47 0.12 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.15 0.64 0.67 0.52
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.28 0.00 0.35 0.01 0.38 0.26 0.36 0.29 0.25 0.34 0.21 0.01 0.00 0.02 0.05 0.41 0.39 0.24 0.19
C4 0.02 0.01 0.24 0.28 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.11 0.00 0.10 0.23 0.19
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.07 0.32 0.04 0.23 0.15 0.28 0.11 0.27 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.11 0.35 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.09 0.03 0.27 0.00 0.30 0.47 0.39
C5' 0.05 0.21 0.16 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.11 0.41 0.10 0.33 0.21 0.38 0.13 0.10 0.19 0.01 0.01 0.18 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.21 0.38 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.10 0.24 0.00 0.31 0.52 0.39
C8 0.00 0.01 0.24 0.26 0.00 0.32 0.00 0.41 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.63 0.05 0.28 0.46 0.00 0.39 0.45 0.51
N1 0.03 0.00 0.37 0.36 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.11 0.23 0.11 0.01 0.15 0.37 0.23
N2 0.05 0.01 0.58 0.29 0.02 0.23 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.58 0.15 0.40 0.17 0.00 0.21 0.13 0.11
N3 0.04 0.00 0.47 0.25 0.00 0.15 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.15 0.32 0.12 0.01 0.16 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.28 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.57 0.10 0.18 0.47 0.01 0.50 0.63 0.60
N9 0.01 0.02 0.01 0.21 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.12 0.04 0.16 0.00 0.09 0.16 0.20
O2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.27 0.26 0.10 0.15 0.63 0.13 0.58 0.38 0.57 0.24 0.00 0.04 0.17 0.23 0.26 0.57 0.76 0.46
O3' 0.30 0.12 0.03 0.00 0.11 0.01 0.09 0.19 0.11 0.05 0.11 0.15 0.15 0.10 0.12 0.04 0.00 0.17 0.21 0.15 0.15 0.12 0.11
O4' 0.00 0.32 0.02 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.10 0.28 0.23 0.40 0.32 0.18 0.04 0.17 0.17 0.00 0.02 0.05 0.03 0.09 0.11
O5' 0.10 0.10 0.35 0.05 0.11 0.01 0.27 0.01 0.24 0.46 0.11 0.17 0.12 0.47 0.16 0.23 0.21 0.02 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.15 0.41 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.15 0.05 0.32 0.00 0.45 0.65 0.50
OP1 0.22 0.11 0.64 0.39 0.10 0.17 0.30 0.07 0.31 0.39 0.15 0.21 0.16 0.50 0.09 0.57 0.15 0.03 0.01 0.45 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.20 0.67 0.24 0.23 0.06 0.47 0.01 0.52 0.45 0.37 0.13 0.11 0.63 0.16 0.76 0.12 0.09 0.01 0.65 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.52 0.19 0.19 0.02 0.39 0.01 0.39 0.51 0.23 0.11 0.09 0.60 0.20 0.46 0.11 0.11 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.32 0.34 0.54 0.34 0.64 0.33 0.86 0.33 0.32 0.33 0.31 0.32 0.45 0.37 0.50 0.59 1.50 1.05 0.69
C2 0.26 0.20 0.46 0.53 0.07 0.42 0.08 0.57 0.14 0.20 0.13 0.26 0.50 0.39 0.20 0.24 0.27 0.92 0.91 0.37
C2' 0.22 0.08 0.31 0.54 0.20 0.62 0.06 0.86 0.15 0.12 0.17 0.09 0.31 0.47 0.36 0.42 0.63 1.61 1.05 0.79
C3' 0.40 0.39 0.42 0.34 0.43 0.40 0.45 0.52 0.43 0.41 0.41 0.38 0.58 0.41 0.46 0.33 0.41 0.76 1.48 0.59
C4 0.33 0.28 0.44 0.59 0.21 0.59 0.18 0.78 0.25 0.29 0.25 0.29 0.41 0.46 0.23 0.42 0.48 1.27 0.91 0.54
C4' 0.25 0.16 0.29 0.34 0.23 0.41 0.25 0.59 0.28 0.22 0.20 0.14 0.46 0.40 0.33 0.26 0.39 0.77 1.53 0.58
C5 0.33 0.22 0.48 0.64 0.14 0.63 0.10 0.81 0.21 0.26 0.17 0.23 0.44 0.48 0.19 0.43 0.53 1.29 0.76 0.56
C5' 0.54 0.32 0.59 0.62 0.31 0.66 0.46 0.78 0.55 0.47 0.26 0.28 0.68 0.68 0.31 0.54 0.65 0.54 1.80 0.81
C6 0.28 0.12 0.52 0.61 0.15 0.51 0.07 0.66 0.11 0.17 0.10 0.17 0.53 0.44 0.25 0.31 0.38 1.05 0.67 0.41
C8 0.36 0.28 0.40 0.63 0.28 0.75 0.31 1.01 0.34 0.33 0.27 0.26 0.34 0.52 0.29 0.58 0.76 1.70 0.84 0.83
N1 0.24 0.12 0.49 0.55 0.16 0.42 0.11 0.55 0.11 0.15 0.06 0.19 0.54 0.40 0.29 0.22 0.27 0.90 0.77 0.33
N2 0.22 0.17 0.44 0.48 0.10 0.34 0.12 0.48 0.13 0.17 0.10 0.24 0.51 0.35 0.23 0.16 0.21 0.78 0.96 0.35
N3 0.30 0.27 0.44 0.55 0.17 0.50 0.13 0.66 0.21 0.26 0.25 0.31 0.45 0.42 0.20 0.33 0.37 1.09 0.98 0.45
N7 0.36 0.23 0.46 0.68 0.20 0.75 0.21 0.99 0.28 0.29 0.20 0.22 0.38 0.54 0.21 0.55 0.73 1.57 0.70 0.76
N9 0.34 0.29 0.38 0.58 0.29 0.66 0.28 0.88 0.31 0.31 0.29 0.29 0.35 0.47 0.31 0.50 0.60 1.49 0.96 0.68
O2' 1.01 0.70 1.05 1.26 0.55 1.36 0.84 1.56 0.98 0.90 0.54 0.66 0.88 1.14 0.32 1.22 1.38 2.27 1.13 1.44
O3' 0.20 0.23 0.32 0.22 0.32 0.24 0.25 0.39 0.22 0.20 0.30 0.23 0.49 0.24 0.43 0.13 0.40 0.50 1.57 0.64
O4' 0.12 0.23 0.06 0.32 0.30 0.43 0.17 0.65 0.11 0.14 0.31 0.25 0.29 0.32 0.42 0.27 0.31 1.11 1.25 0.48
O5' 0.77 0.56 0.81 0.80 0.48 0.83 0.66 0.91 0.77 0.70 0.46 0.52 0.89 0.87 0.39 0.75 0.76 0.55 1.81 0.84
O6 0.24 0.08 0.56 0.62 0.24 0.49 0.16 0.61 0.09 0.11 0.20 0.09 0.58 0.44 0.30 0.27 0.36 0.97 0.52 0.38
OP1 1.00 0.68 1.15 1.15 0.48 1.07 0.66 1.07 0.85 0.85 0.51 0.68 1.26 1.22 0.37 0.93 0.97 0.31 1.98 0.99
OP2 1.12 0.89 1.23 1.15 0.67 1.07 0.78 1.01 0.97 1.01 0.74 0.92 1.41 1.27 0.52 1.00 0.78 0.66 1.52 0.65
P 0.97 0.71 1.05 1.03 0.54 0.99 0.70 1.00 0.86 0.85 0.57 0.71 1.18 1.13 0.42 0.89 0.82 0.52 1.74 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.02 0.00 0.13 0.12 0.30 0.12
C2 0.01 0.00 0.11 0.05 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.16 0.01 0.13 0.22 0.16 0.62 0.26
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.02 0.08 0.05 0.11 0.02 0.09 0.18 0.00 0.06 0.05 0.01 0.31 0.38 0.35 0.29
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.22 0.16 0.23 0.22
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 0.24 0.30 0.93 0.35
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.05 0.08 0.12 0.03 0.02 0.09 0.00 0.02 0.21 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.06 0.00 0.06 0.20 0.37 0.95 0.32
C5' 0.03 0.13 0.05 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.19 0.11 0.15 0.14 0.02 0.08 0.19 0.01 0.01 0.38 0.32 0.04
C6 0.00 0.00 0.11 0.04 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01 0.10 0.16 0.32 0.78 0.24
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.02 0.18 0.19 0.58 0.21
N3 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.13 0.01 0.11 0.24 0.21 0.79 0.32
O2 0.02 0.00 0.18 0.05 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.20 0.01 0.20 0.22 0.12 0.50 0.24
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.13 0.03 0.18 0.02 0.19 0.07 0.15 0.28 0.00 0.11 0.15 0.05 0.28 0.48 0.43 0.31
O3' 0.17 0.16 0.06 0.01 0.09 0.02 0.06 0.08 0.07 0.13 0.13 0.20 0.11 0.00 0.09 0.10 0.16 0.08 0.33 0.19
O4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.00 0.07 0.26 0.31 1.02 0.39
O4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.20 0.05 0.10 0.07 0.00 0.10 0.13 0.17 0.09
O5' 0.13 0.22 0.31 0.22 0.24 0.02 0.20 0.01 0.16 0.18 0.24 0.22 0.28 0.16 0.26 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.16 0.38 0.16 0.30 0.21 0.37 0.38 0.32 0.19 0.21 0.12 0.48 0.08 0.31 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.62 0.35 0.23 0.93 0.23 0.95 0.32 0.78 0.58 0.79 0.50 0.43 0.33 1.02 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.26 0.29 0.22 0.35 0.04 0.32 0.04 0.24 0.21 0.32 0.24 0.31 0.19 0.39 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00