ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55461

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 B 0, 0.041, 0.140, 0.239, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.140 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.041, 0.141, 0.241, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.141 std_dev=0.100
C2' A 0, -0.017, 0.091, 0.198, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.091 std_dev=0.108
C4 B 0, 0.029, 0.150, 0.271, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.150 std_dev=0.121
O4' A 0, -0.014, 0.111, 0.236, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.111 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.021, 0.149, 0.277, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.149 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.053, 0.196, 0.339, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.196 std_dev=0.143
O4 B 0, 0.031, 0.177, 0.324, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.177 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.038, 0.191, 0.344, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.191 std_dev=0.153
O2' A 0, -0.020, 0.139, 0.298, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.139 std_dev=0.159
C2 B 0, 0.050, 0.240, 0.429, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.240 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.051, 0.248, 0.444, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.248 std_dev=0.196
C4' A 0, -0.006, 0.210, 0.426, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.210 std_dev=0.216
O2 B 0, 0.069, 0.303, 0.536, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.303 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.063, 0.344, 0.625, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.281
OP2 B 0, 0.107, 0.396, 0.685, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.396 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.105, 0.401, 0.697, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.401 std_dev=0.296
P B 0, 0.049, 0.348, 0.647, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.348 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.077, 0.381, 0.685, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.381 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.093, 0.417, 0.742, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.417 std_dev=0.324
O2' B 0, 0.130, 0.459, 0.788, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.459 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.019, 0.363, 0.707, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.363 std_dev=0.344
C5' A 0, -0.025, 0.319, 0.664, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.319 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.060, 0.417, 0.774, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.417 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.032, 0.405, 0.778, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.405 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.108, 0.486, 0.863, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.486 std_dev=0.377
P A 0, 0.054, 0.437, 0.821, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.437 std_dev=0.383
O5' B 0, 0.056, 0.450, 0.844, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.450 std_dev=0.394
O5' A 0, -0.005, 0.400, 0.805, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.400 std_dev=0.405
O3' B 0, -0.031, 0.396, 0.822, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.396 std_dev=0.426
OP1 A 0, 0.070, 0.523, 0.976, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.523 std_dev=0.453

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.08
C2 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.14 0.05 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.09 0.15
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.24 0.07 0.14
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.11 0.05 0.04
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.09 0.04 0.11 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.05 0.10 0.04
C5' 0.03 0.09 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.17 0.04 0.14 0.08 0.16 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.10 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.14 0.00 0.03 0.10 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.09 0.08 0.05
N2 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.13 0.00 0.16 0.06 0.11
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.16 0.04 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.14 0.00 0.04 0.13 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.05 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.12 0.17
O3' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.25 0.05 0.14
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.14 0.05 0.04
O5' 0.00 0.08 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.14 0.04 0.13 0.08 0.14 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.06 0.13 0.08
OP1 0.19 0.14 0.26 0.24 0.11 0.12 0.05 0.01 0.05 0.03 0.09 0.16 0.16 0.04 0.12 0.30 0.25 0.14 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.05 0.09 0.07 0.05 0.03 0.10 0.04 0.10 0.10 0.08 0.06 0.04 0.13 0.05 0.12 0.05 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.15 0.14 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.11 0.09 0.09 0.02 0.17 0.14 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.09 0.12 0.10 0.10 0.08 0.16 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.13 0.03 0.11 0.08 0.10 0.08
C2 0.08 0.05 0.17 0.18 0.04 0.14 0.03 0.18 0.01 0.05 0.01 0.09 0.17 0.14 0.06 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10
C2' 0.04 0.08 0.02 0.07 0.19 0.07 0.19 0.14 0.13 0.08 0.13 0.06 0.04 0.03 0.21 0.03 0.10 0.03 0.04 0.04
C3' 0.04 0.07 0.01 0.06 0.17 0.07 0.18 0.14 0.13 0.08 0.11 0.04 0.04 0.03 0.19 0.04 0.11 0.02 0.02 0.03
C4 0.08 0.05 0.16 0.17 0.04 0.15 0.04 0.19 0.01 0.04 0.00 0.08 0.14 0.13 0.07 0.08 0.14 0.10 0.13 0.11
C4' 0.02 0.03 0.04 0.08 0.13 0.08 0.15 0.14 0.11 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.14 0.03 0.11 0.01 0.02 0.03
C5 0.11 0.08 0.18 0.19 0.03 0.17 0.02 0.20 0.03 0.07 0.04 0.12 0.16 0.16 0.05 0.12 0.16 0.12 0.15 0.14
C5' 0.10 0.10 0.07 0.08 0.19 0.11 0.24 0.16 0.20 0.13 0.12 0.06 0.06 0.05 0.19 0.10 0.15 0.09 0.07 0.09
C6 0.12 0.09 0.20 0.20 0.03 0.17 0.02 0.20 0.03 0.08 0.04 0.14 0.20 0.18 0.04 0.12 0.15 0.11 0.15 0.13
C8 0.10 0.06 0.13 0.16 0.04 0.17 0.04 0.21 0.03 0.07 0.03 0.08 0.09 0.13 0.05 0.12 0.17 0.12 0.17 0.15
N1 0.10 0.07 0.19 0.19 0.02 0.15 0.01 0.19 0.02 0.06 0.02 0.11 0.19 0.16 0.05 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11
N2 0.08 0.05 0.17 0.18 0.04 0.13 0.03 0.17 0.01 0.04 0.02 0.09 0.18 0.14 0.06 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08
N3 0.07 0.04 0.15 0.17 0.05 0.13 0.04 0.18 0.01 0.03 0.02 0.08 0.15 0.13 0.08 0.06 0.12 0.08 0.11 0.09
N7 0.13 0.10 0.19 0.20 0.03 0.20 0.03 0.22 0.05 0.10 0.06 0.12 0.13 0.16 0.04 0.15 0.18 0.14 0.18 0.17
N9 0.06 0.03 0.12 0.15 0.06 0.14 0.05 0.19 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.11 0.08 0.07 0.14 0.10 0.13 0.12
O2' 0.05 0.10 0.03 0.05 0.21 0.04 0.18 0.12 0.11 0.09 0.15 0.09 0.06 0.03 0.25 0.04 0.08 0.08 0.06 0.05
O3' 0.04 0.07 0.01 0.06 0.15 0.06 0.14 0.13 0.10 0.07 0.10 0.05 0.04 0.02 0.18 0.04 0.09 0.04 0.02 0.02
O4' 0.04 0.03 0.10 0.12 0.07 0.11 0.09 0.16 0.04 0.01 0.02 0.07 0.08 0.10 0.10 0.04 0.11 0.05 0.07 0.06
O5' 0.09 0.08 0.07 0.09 0.17 0.11 0.22 0.17 0.19 0.12 0.11 0.05 0.06 0.06 0.17 0.09 0.15 0.08 0.08 0.09
O6 0.14 0.10 0.21 0.21 0.04 0.19 0.02 0.20 0.05 0.09 0.06 0.16 0.22 0.20 0.05 0.15 0.16 0.12 0.16 0.14
OP1 0.03 0.06 0.03 0.09 0.06 0.12 0.08 0.17 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06 0.15 0.11 0.17 0.15
OP2 0.01 0.04 0.04 0.12 0.13 0.12 0.15 0.17 0.11 0.05 0.07 0.03 0.04 0.10 0.14 0.04 0.14 0.13 0.14 0.14
P 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.11 0.12 0.16 0.09 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.12 0.08 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.15 0.07
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.14 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.14 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.10 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.09 0.02
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.12 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.14 0.06
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06 0.12 0.05
O2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.15 0.08
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.14 0.07
O3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.08 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.07
O5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.14 0.14 0.08 0.10 0.07 0.09 0.03 0.12 0.14 0.12 0.15 0.14 0.08 0.08 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00