ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55462

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O4' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O2 B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
N3 B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O5' A 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C6 B 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O3' A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O4' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C5' A 0, 0.000, 0.341, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O4 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
P A 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
O3' B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP1 A 0, 0.000, 0.500, 1.001, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O5' B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
C5' B 0, 0.000, 0.544, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.544 std_dev=0.544
OP2 A 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
P B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
OP1 B 0, 0.000, 0.671, 1.342, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.671 std_dev=0.671
OP2 B 0, 0.000, 0.689, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.689 std_dev=0.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.24 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.25 0.34 0.24
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.09 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.11 0.02
C4 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.19 0.33 0.19
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.08 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.21 0.34 0.20
C5' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.10 0.15 0.11 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.07 0.10 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.24 0.35 0.23
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.02 0.15 0.31 0.16
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.25 0.34 0.24
N2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.28 0.32 0.25
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.21 0.32 0.21
N7 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.02 0.18 0.33 0.18
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.15 0.30 0.16
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.14 0.00
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.01 0.11 0.02 0.11
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.00 0.13 0.24 0.14
O5' 0.10 0.10 0.01 0.08 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.01 0.16 0.15 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.25 0.35 0.23
OP1 0.10 0.25 0.01 0.01 0.19 0.03 0.21 0.10 0.24 0.15 0.25 0.28 0.21 0.18 0.15 0.03 0.11 0.13 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.34 0.17 0.11 0.33 0.10 0.34 0.05 0.35 0.31 0.34 0.32 0.32 0.33 0.30 0.14 0.02 0.24 0.02 0.35 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.24 0.02 0.02 0.19 0.00 0.20 0.01 0.23 0.16 0.24 0.25 0.21 0.18 0.16 0.00 0.11 0.14 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02 0.12 0.07 0.06
C2 0.10 0.00 0.13 0.19 0.04 0.19 0.04 0.22 0.08 0.06 0.05 0.01 0.13 0.21 0.09 0.14 0.22 0.29 0.25 0.26
C2' 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.10 0.11 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00
C3' 0.12 0.06 0.13 0.14 0.03 0.14 0.07 0.14 0.10 0.10 0.02 0.05 0.09 0.14 0.00 0.13 0.13 0.02 0.05 0.07
C4 0.05 0.01 0.06 0.11 0.07 0.10 0.10 0.13 0.09 0.05 0.02 0.03 0.06 0.11 0.06 0.08 0.15 0.23 0.19 0.19
C4' 0.15 0.09 0.15 0.16 0.09 0.16 0.13 0.17 0.16 0.14 0.07 0.07 0.08 0.13 0.06 0.17 0.17 0.04 0.11 0.11
C5 0.05 0.00 0.07 0.12 0.09 0.12 0.14 0.16 0.12 0.06 0.01 0.06 0.05 0.13 0.09 0.09 0.19 0.26 0.25 0.24
C5' 0.21 0.17 0.17 0.21 0.21 0.21 0.26 0.24 0.27 0.23 0.17 0.11 0.07 0.13 0.19 0.23 0.27 0.12 0.20 0.20
C6 0.07 0.01 0.09 0.16 0.05 0.16 0.13 0.21 0.13 0.07 0.03 0.05 0.08 0.17 0.01 0.12 0.24 0.31 0.30 0.29
C8 0.01 0.02 0.01 0.06 0.14 0.05 0.14 0.09 0.09 0.04 0.07 0.06 0.01 0.05 0.18 0.03 0.12 0.20 0.18 0.17
N1 0.09 0.01 0.12 0.19 0.02 0.19 0.09 0.24 0.11 0.07 0.06 0.04 0.11 0.20 0.09 0.14 0.26 0.32 0.31 0.31
N2 0.12 0.00 0.16 0.23 0.10 0.23 0.03 0.26 0.05 0.06 0.07 0.01 0.16 0.26 0.16 0.17 0.26 0.32 0.26 0.29
N3 0.07 0.01 0.10 0.14 0.00 0.13 0.04 0.15 0.06 0.05 0.02 0.01 0.10 0.15 0.03 0.10 0.15 0.22 0.17 0.19
N7 0.03 0.01 0.04 0.09 0.14 0.09 0.16 0.13 0.12 0.05 0.05 0.07 0.01 0.09 0.17 0.07 0.17 0.25 0.23 0.22
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.05 0.10 0.07 0.07 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.12 0.03 0.10 0.18 0.15 0.14
O2' 0.05 0.05 0.08 0.09 0.12 0.09 0.06 0.08 0.01 0.00 0.12 0.04 0.08 0.12 0.16 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01
O3' 0.15 0.06 0.16 0.20 0.03 0.20 0.09 0.21 0.13 0.11 0.01 0.04 0.13 0.21 0.01 0.17 0.19 0.08 0.10 0.13
O4' 0.09 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.08 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.08 0.00 0.01
O5' 0.09 0.12 0.11 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.11 0.17 0.18 0.01 0.06 0.05 0.06 0.01 0.02 0.03
O6 0.08 0.01 0.10 0.17 0.05 0.17 0.15 0.23 0.14 0.07 0.03 0.06 0.08 0.18 0.02 0.13 0.26 0.33 0.34 0.32
OP1 0.02 0.07 0.03 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.08 0.10 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01
OP2 0.01 0.11 0.06 0.02 0.08 0.09 0.02 0.16 0.00 0.04 0.12 0.14 0.07 0.01 0.10 0.06 0.15 0.08 0.03 0.10
P 0.03 0.09 0.05 0.00 0.06 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.09 0.11 0.08 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.05
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.13 0.05 0.06
O4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.07 0.09 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.07 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.01 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.07 0.05 0.02 0.05 0.09 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00