ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55463

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C5' B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C2' A 0, 0.000, 0.233, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.233 std_dev=0.233
O2' A 0, 0.000, 0.248, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.248 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4' B 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C4' A 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C3' A 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C6 B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
N3 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O4 B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
O5' B 0, 0.000, 0.434, 0.869, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.434 std_dev=0.434
C3' B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
O2 B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
P A 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
OP2 A 0, 0.000, 0.509, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.509 std_dev=0.509
O3' A 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O3' B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
C2' B 0, 0.000, 0.573, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.573 std_dev=0.573
C5' A 0, 0.000, 0.592, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.592 std_dev=0.592
O5' A 0, 0.000, 0.595, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.595 std_dev=0.595
P B 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
OP1 A 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O2' B 0, 0.000, 0.727, 1.454, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.727 std_dev=0.727
OP2 B 0, 0.000, 0.733, 1.467, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.733 std_dev=0.733
OP1 B 0, 0.000, 0.807, 1.614, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.807 std_dev=0.807

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.18 0.02 0.11 0.00 0.07 0.22 0.17
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.05 0.11 0.15 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.06 0.06
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.06 0.13 0.16 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.24 0.13 0.12
C4 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.04 0.19 0.15
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.24 0.18
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.10 0.00 0.14 0.27 0.20
C8 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.13
N1 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.16 0.02 0.12 0.00 0.11 0.26 0.19
N2 0.01 0.00 0.15 0.16 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.22 0.03 0.12 0.00 0.05 0.21 0.16
N3 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.16 0.02 0.10 0.01 0.03 0.19 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.23 0.17
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.14 0.11
O2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.10 0.15 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.25 0.09 0.08
O3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.07 0.16 0.22 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.38 0.25 0.22
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.08
O5' 0.03 0.11 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.12 0.12 0.10 0.04 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.00 0.18 0.31 0.22
OP1 0.08 0.07 0.20 0.24 0.04 0.14 0.10 0.05 0.14 0.04 0.11 0.05 0.03 0.10 0.00 0.25 0.38 0.03 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.22 0.06 0.13 0.19 0.03 0.24 0.00 0.27 0.16 0.26 0.21 0.19 0.23 0.14 0.09 0.25 0.10 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.17 0.06 0.12 0.15 0.03 0.18 0.00 0.20 0.13 0.19 0.16 0.14 0.17 0.11 0.08 0.22 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.21 0.09 0.12 0.07 0.05 0.02 0.09 0.18 0.22 0.30 0.29 0.11 0.07 0.10 0.14 0.36 0.33 0.28
C2 0.12 0.19 0.07 0.05 0.05 0.01 0.15 0.07 0.07 0.08 0.14 0.29 0.17 0.04 0.12 0.06 0.21 0.37 0.43 0.32
C2' 0.27 0.34 0.27 0.16 0.24 0.13 0.14 0.05 0.17 0.26 0.34 0.40 0.34 0.17 0.21 0.17 0.07 0.30 0.26 0.21
C3' 0.34 0.43 0.35 0.24 0.39 0.22 0.29 0.14 0.29 0.36 0.45 0.47 0.40 0.24 0.38 0.26 0.03 0.21 0.13 0.11
C4 0.19 0.25 0.20 0.06 0.08 0.05 0.01 0.05 0.05 0.17 0.21 0.31 0.29 0.07 0.01 0.10 0.18 0.40 0.41 0.33
C4' 0.29 0.35 0.30 0.20 0.30 0.18 0.24 0.11 0.24 0.30 0.36 0.39 0.36 0.21 0.29 0.21 0.00 0.23 0.14 0.13
C5 0.23 0.28 0.25 0.09 0.11 0.06 0.03 0.05 0.09 0.21 0.24 0.33 0.35 0.11 0.04 0.12 0.19 0.43 0.44 0.35
C5' 0.35 0.41 0.36 0.28 0.39 0.25 0.34 0.19 0.33 0.37 0.42 0.43 0.42 0.28 0.38 0.28 0.08 0.15 0.03 0.04
C6 0.24 0.28 0.24 0.05 0.08 0.05 0.02 0.07 0.06 0.21 0.22 0.34 0.34 0.06 0.01 0.12 0.22 0.43 0.47 0.37
C8 0.24 0.28 0.29 0.14 0.16 0.09 0.09 0.03 0.14 0.22 0.25 0.32 0.38 0.17 0.10 0.12 0.15 0.42 0.37 0.32
N1 0.17 0.24 0.12 0.03 0.01 0.01 0.13 0.08 0.05 0.13 0.17 0.33 0.23 0.03 0.07 0.09 0.22 0.39 0.45 0.34
N2 0.04 0.10 0.03 0.11 0.15 0.05 0.22 0.09 0.15 0.01 0.03 0.23 0.07 0.11 0.21 0.02 0.21 0.35 0.42 0.31
N3 0.14 0.20 0.12 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.11 0.17 0.28 0.21 0.01 0.07 0.07 0.19 0.37 0.40 0.31
N7 0.26 0.29 0.31 0.15 0.15 0.09 0.09 0.04 0.14 0.24 0.25 0.33 0.40 0.18 0.09 0.13 0.17 0.44 0.41 0.35
N9 0.21 0.25 0.23 0.10 0.12 0.07 0.05 0.03 0.09 0.19 0.23 0.31 0.32 0.12 0.06 0.11 0.16 0.39 0.37 0.31
O2' 0.21 0.28 0.22 0.11 0.15 0.09 0.06 0.02 0.10 0.20 0.27 0.35 0.29 0.13 0.11 0.13 0.09 0.30 0.28 0.23
O3' 0.38 0.48 0.38 0.28 0.44 0.26 0.34 0.19 0.33 0.40 0.50 0.51 0.42 0.27 0.46 0.30 0.08 0.15 0.07 0.05
O4' 0.21 0.26 0.23 0.13 0.18 0.10 0.12 0.02 0.15 0.21 0.25 0.30 0.31 0.14 0.15 0.13 0.09 0.32 0.25 0.22
O5' 0.44 0.49 0.45 0.36 0.48 0.33 0.43 0.25 0.42 0.45 0.50 0.51 0.50 0.37 0.46 0.35 0.15 0.10 0.04 0.02
O6 0.28 0.29 0.31 0.09 0.10 0.07 0.02 0.07 0.10 0.24 0.22 0.34 0.40 0.08 0.04 0.15 0.23 0.45 0.49 0.39
OP1 0.47 0.46 0.54 0.49 0.42 0.43 0.43 0.36 0.45 0.46 0.44 0.47 0.59 0.54 0.38 0.40 0.32 0.14 0.28 0.22
OP2 0.59 0.59 0.68 0.60 0.52 0.50 0.53 0.39 0.56 0.58 0.56 0.60 0.73 0.64 0.47 0.49 0.33 0.06 0.26 0.18
P 0.52 0.54 0.58 0.50 0.49 0.43 0.48 0.34 0.50 0.52 0.52 0.55 0.64 0.53 0.45 0.43 0.27 0.02 0.19 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.10 0.06
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.06
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.09 0.05
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.10 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.10 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02
O2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.09 0.02
O2' 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.07
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.04 0.05
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.05
O5' 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.09 0.03 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.04 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.05 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00