ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N3 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O6 A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N2 A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C6 B 0, 0.000, 0.191, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C2' A 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O5' B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O4' A 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
O2 B 0, 0.000, 0.345, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
N3 B 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C5' B 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.000, 0.494, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.494 std_dev=0.494
C5' A 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
O4 B 0, 0.000, 0.517, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C4' A 0, 0.000, 0.535, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C2' B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
P B 0, 0.000, 0.652, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.652
O5' A 0, 0.000, 0.660, 1.320, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.660 std_dev=0.660
C3' A 0, 0.000, 0.673, 1.345, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.673 std_dev=0.673
O2' A 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
C3' B 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
OP1 B 0, 0.000, 0.793, 1.586, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.793 std_dev=0.793
O2' B 0, 0.000, 0.871, 1.742, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.871 std_dev=0.871
OP2 B 0, 0.000, 0.926, 1.851, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.926 std_dev=0.926
OP2 A 0, 0.000, 1.003, 2.006, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.003 std_dev=1.003
O3' B 0, 0.000, 1.211, 2.422, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.211 std_dev=1.211
O3' A 0, 0.000, 1.225, 2.451, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.225 std_dev=1.225
P A 0, 0.000, 1.260, 2.519, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.260 std_dev=1.260
OP1 A 0, 0.000, 2.415, 4.830, 4.830 max_d=4.830 avg_d=2.415 std_dev=2.415

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.25 0.00 0.05 0.01 0.25 0.21 0.14
C2 0.04 0.00 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.47 0.19 0.22 0.01 0.89 0.01 0.48
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.16 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.32 0.07 0.35 0.60 0.32
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.09 0.25 0.01 0.20 0.12 0.23 0.09 0.02 0.01 0.02 0.33 0.15 0.42 0.32 0.27
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.27 0.08 0.17 0.00 0.63 0.13 0.36
C4' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.12 0.27 0.18 0.11 0.03 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.05
C5 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.02 0.19 0.01 0.63 0.15 0.38
C5' 0.05 0.21 0.16 0.01 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.05 0.15 0.28 0.20 0.03 0.05 0.03 0.18 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.20 0.06 0.23 0.00 0.78 0.08 0.46
C8 0.03 0.01 0.03 0.25 0.00 0.14 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.07 0.10 0.09 0.02 0.29 0.29 0.19
N1 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.35 0.13 0.24 0.01 0.90 0.02 0.50
N2 0.07 0.00 0.01 0.20 0.01 0.27 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.60 0.25 0.22 0.00 0.98 0.04 0.50
N3 0.04 0.00 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.46 0.19 0.19 0.01 0.77 0.06 0.41
N7 0.02 0.00 0.05 0.23 0.00 0.11 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.04 0.06 0.14 0.03 0.43 0.24 0.28
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.10 0.02 0.39 0.22 0.23
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.19 0.13 0.03 0.10 0.27 0.02 0.09 0.06 0.25 0.12 0.00 0.04 0.10 0.15 0.14 0.27 0.53 0.22
O3' 0.25 0.47 0.01 0.01 0.27 0.00 0.14 0.18 0.20 0.07 0.35 0.60 0.46 0.04 0.15 0.04 0.00 0.15 0.17 0.13 0.35 0.03 0.13
O4' 0.00 0.19 0.02 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.10 0.13 0.25 0.19 0.06 0.00 0.10 0.15 0.00 0.24 0.03 0.49 0.03 0.34
O5' 0.05 0.22 0.32 0.33 0.17 0.00 0.19 0.00 0.23 0.09 0.24 0.22 0.19 0.14 0.10 0.15 0.17 0.24 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.14 0.13 0.03 0.24 0.00 0.79 0.08 0.48
OP1 0.25 0.89 0.35 0.42 0.63 0.06 0.63 0.02 0.78 0.29 0.90 0.98 0.77 0.43 0.39 0.27 0.35 0.49 0.00 0.79 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.01 0.60 0.32 0.13 0.06 0.15 0.01 0.08 0.29 0.02 0.04 0.06 0.24 0.22 0.53 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.48 0.32 0.27 0.36 0.05 0.38 0.02 0.46 0.19 0.50 0.50 0.41 0.28 0.23 0.22 0.13 0.34 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.10 0.13 0.44 0.18 0.27 0.13 0.26 0.06 0.04 0.15 0.09 0.54 0.58 0.23 0.09 0.21 0.14 0.04 0.09
C2 0.11 0.23 0.16 0.50 0.29 0.33 0.20 0.30 0.14 0.15 0.31 0.21 0.44 0.46 0.33 0.17 0.22 0.01 0.13 0.02
C2' 0.19 0.13 0.30 0.31 0.10 0.12 0.14 0.15 0.17 0.16 0.11 0.12 0.59 0.49 0.07 0.08 0.13 0.25 0.21 0.14
C3' 0.31 0.08 0.50 0.04 0.09 0.14 0.04 0.17 0.19 0.19 0.04 0.09 0.79 0.26 0.22 0.25 0.20 0.18 0.19 0.27
C4 0.06 0.17 0.03 0.52 0.23 0.34 0.17 0.31 0.11 0.10 0.22 0.15 0.52 0.57 0.25 0.16 0.23 0.02 0.15 0.02
C4' 0.16 0.06 0.31 0.24 0.18 0.05 0.04 0.00 0.08 0.06 0.16 0.06 0.67 0.49 0.30 0.10 0.06 0.13 0.20 0.21
C5 0.05 0.16 0.06 0.52 0.18 0.35 0.14 0.30 0.10 0.09 0.19 0.14 0.54 0.56 0.19 0.16 0.19 0.08 0.28 0.07
C5' 0.12 0.11 0.27 0.29 0.22 0.12 0.09 0.07 0.02 0.01 0.20 0.11 0.64 0.62 0.32 0.03 0.01 0.11 0.22 0.20
C6 0.08 0.19 0.18 0.47 0.20 0.33 0.14 0.27 0.10 0.11 0.23 0.19 0.47 0.45 0.21 0.16 0.16 0.15 0.32 0.11
C8 0.04 0.06 0.16 0.48 0.11 0.33 0.09 0.32 0.04 0.02 0.10 0.06 0.55 0.65 0.13 0.12 0.21 0.01 0.26 0.04
N1 0.11 0.22 0.20 0.47 0.25 0.32 0.17 0.28 0.13 0.14 0.28 0.22 0.42 0.41 0.27 0.17 0.18 0.10 0.24 0.05
N2 0.13 0.23 0.18 0.49 0.30 0.33 0.21 0.29 0.16 0.16 0.32 0.22 0.41 0.42 0.37 0.17 0.23 0.01 0.09 0.05
N3 0.09 0.20 0.09 0.52 0.29 0.34 0.20 0.31 0.14 0.13 0.28 0.18 0.48 0.53 0.33 0.17 0.25 0.05 0.07 0.06
N7 0.02 0.08 0.08 0.52 0.11 0.35 0.09 0.31 0.05 0.03 0.11 0.07 0.58 0.65 0.12 0.14 0.17 0.11 0.36 0.12
N9 0.00 0.10 0.09 0.49 0.18 0.32 0.14 0.30 0.07 0.05 0.15 0.09 0.55 0.60 0.20 0.13 0.23 0.07 0.11 0.04
O2' 0.22 0.11 0.12 0.72 0.03 0.58 0.09 0.64 0.21 0.19 0.01 0.12 0.15 0.82 0.15 0.37 0.67 0.82 0.87 0.76
O3' 0.10 0.23 0.31 0.13 0.43 0.08 0.23 0.20 0.04 0.06 0.38 0.22 0.55 0.30 0.61 0.12 0.21 0.27 0.16 0.31
O4' 0.05 0.15 0.18 0.37 0.26 0.19 0.14 0.14 0.03 0.04 0.24 0.15 0.61 0.58 0.36 0.03 0.07 0.07 0.19 0.12
O5' 0.07 0.03 0.27 0.37 0.15 0.29 0.13 0.33 0.06 0.00 0.09 0.00 0.69 0.67 0.21 0.11 0.28 0.31 0.19 0.20
O6 0.07 0.16 0.22 0.38 0.15 0.29 0.10 0.23 0.07 0.09 0.18 0.17 0.41 0.35 0.17 0.14 0.10 0.25 0.40 0.18
OP1 0.22 0.24 0.47 0.24 0.08 0.30 0.03 0.48 0.02 0.17 0.21 0.33 0.98 0.55 0.06 0.09 0.43 0.62 0.41 0.46
OP2 0.29 0.35 0.09 0.74 0.42 0.70 0.43 0.76 0.39 0.34 0.38 0.33 0.30 1.15 0.43 0.50 0.65 0.67 0.44 0.51
P 0.18 0.10 0.40 0.27 0.04 0.25 0.06 0.35 0.01 0.10 0.04 0.16 0.85 0.61 0.09 0.06 0.28 0.35 0.16 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.25 0.01 0.00 0.11 0.26 0.32 0.19
C2 0.02 0.00 0.16 0.22 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.04 0.04 0.08 0.11 0.02
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.15 0.08 0.02 0.13 0.26 0.00 0.02 0.06 0.01 0.31 0.60 0.69 0.53
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.33 0.01 0.32 0.00 0.27 0.20 0.29 0.16 0.02 0.01 0.35 0.02 0.02 0.30 0.19 0.16
C4 0.00 0.01 0.05 0.33 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.15 0.00 0.03 0.12 0.10 0.11 0.13
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.08 0.08 0.05 0.25 0.01 0.12 0.00 0.01 0.13 0.11 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.32 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.20 0.00 0.00 0.14 0.13 0.14 0.15
C5' 0.05 0.04 0.15 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.04 0.06 0.03 0.08 0.17 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.27 0.01 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.13 0.00 0.02 0.09 0.04 0.00 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.20 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.04 0.00 0.00 0.02 0.09 0.14 0.04
N3 0.01 0.00 0.13 0.29 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.05
O2 0.05 0.00 0.26 0.16 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.03 0.02 0.14 0.17 0.06
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.26 0.25 0.28 0.08 0.24 0.16 0.19 0.01 0.00 0.02 0.27 0.18 0.20 0.53 0.79 0.48
O3' 0.25 0.08 0.02 0.01 0.15 0.01 0.20 0.17 0.13 0.04 0.03 0.21 0.02 0.00 0.19 0.17 0.19 0.03 0.05 0.09
O4 0.01 0.01 0.06 0.35 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.19 0.00 0.03 0.14 0.15 0.19 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.18 0.17 0.03 0.00 0.02 0.07 0.11 0.03
O5' 0.11 0.04 0.31 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.09 0.02 0.08 0.02 0.20 0.19 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.08 0.60 0.30 0.10 0.13 0.13 0.02 0.04 0.09 0.00 0.14 0.53 0.03 0.15 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.11 0.69 0.19 0.11 0.11 0.14 0.02 0.00 0.14 0.01 0.17 0.79 0.05 0.19 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.02 0.53 0.16 0.13 0.06 0.15 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.48 0.09 0.17 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00