ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55465

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N3 A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O6 A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N2 A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C5' A 0, 0.000, 0.271, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C4' A 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C6 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O4 B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C4 B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
C4' B 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
O3' B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O5' A 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N1 B 0, 0.000, 0.419, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C3' A 0, 0.000, 0.491, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.491 std_dev=0.491
O2' A 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
O2' B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
P A 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
N3 B 0, 0.000, 0.634, 1.267, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.634 std_dev=0.634
OP2 A 0, 0.000, 0.635, 1.269, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.635 std_dev=0.635
O5' B 0, 0.000, 0.658, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.658 std_dev=0.658
C2 B 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C5' B 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666
OP1 A 0, 0.000, 0.724, 1.448, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.724 std_dev=0.724
O2 B 0, 0.000, 0.904, 1.808, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.904 std_dev=0.904
P B 0, 0.000, 0.939, 1.878, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.939 std_dev=0.939
OP1 B 0, 0.000, 0.975, 1.951, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.975 std_dev=0.975
O3' A 0, 0.000, 0.997, 1.994, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.997 std_dev=0.997
OP2 B 0, 0.000, 1.081, 2.163, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.081 std_dev=1.081

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.08 0.01 0.04 0.09 0.09
C2 0.05 0.00 0.12 0.15 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.09 0.02 0.07 0.08 0.15 0.13 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.05 0.11 0.11
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.19 0.20 0.18 0.13 0.13 0.22 0.15 0.00 0.00 0.01 0.16 0.19 0.20 0.26 0.19
C4 0.02 0.00 0.05 0.16 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.17 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.20 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04
C5' 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.15 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05
C8 0.02 0.00 0.07 0.20 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01 0.00 0.04 0.03 0.08 0.05
N1 0.03 0.00 0.08 0.18 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04
N2 0.06 0.01 0.15 0.13 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03
N3 0.05 0.00 0.13 0.13 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
N7 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.14 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05
O2' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.17 0.17 0.23 0.07 0.23 0.19 0.19 0.08 0.11 0.23 0.15 0.00 0.05 0.10 0.03 0.27 0.07 0.10 0.03
O3' 0.17 0.09 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.15 0.04 0.12 0.02 0.14 0.12 0.14 0.01 0.05 0.00 0.11 0.32 0.07 0.55 0.50 0.43
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.11 0.04 0.07 0.12 0.12
O5' 0.08 0.00 0.11 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.19 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.27 0.07 0.04 0.03 0.00 0.06 0.09 0.08
OP1 0.04 0.02 0.05 0.20 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.55 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.02 0.11 0.26 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.07 0.05 0.10 0.50 0.12 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.03 0.11 0.19 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.43 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.18 0.11 0.21 0.10 0.16 0.07 0.23 0.07 0.03 0.24 0.26 0.08 0.23 0.11 0.04 0.30 0.36 0.41 0.35
C2 0.13 0.40 0.06 0.14 0.25 0.11 0.06 0.22 0.04 0.19 0.42 0.49 0.10 0.17 0.24 0.02 0.25 0.33 0.36 0.30
C2' 0.11 0.01 0.24 0.28 0.03 0.20 0.07 0.23 0.11 0.08 0.09 0.04 0.24 0.32 0.09 0.10 0.29 0.31 0.31 0.29
C3' 0.26 0.18 0.33 0.40 0.31 0.36 0.38 0.43 0.36 0.27 0.19 0.09 0.29 0.40 0.34 0.28 0.53 0.57 0.62 0.58
C4 0.03 0.27 0.03 0.17 0.18 0.16 0.04 0.27 0.06 0.08 0.35 0.36 0.01 0.17 0.20 0.05 0.33 0.40 0.46 0.39
C4' 0.14 0.04 0.20 0.28 0.16 0.26 0.25 0.33 0.23 0.14 0.03 0.05 0.17 0.28 0.18 0.17 0.42 0.47 0.54 0.48
C5 0.01 0.22 0.02 0.16 0.16 0.20 0.07 0.33 0.10 0.04 0.29 0.29 0.01 0.12 0.20 0.11 0.38 0.45 0.54 0.46
C5' 0.15 0.05 0.19 0.26 0.17 0.26 0.25 0.34 0.23 0.15 0.05 0.02 0.16 0.25 0.19 0.18 0.42 0.49 0.56 0.50
C6 0.00 0.25 0.02 0.15 0.20 0.22 0.02 0.37 0.07 0.07 0.31 0.31 0.04 0.10 0.23 0.13 0.40 0.48 0.55 0.48
C8 0.04 0.13 0.07 0.17 0.06 0.19 0.12 0.30 0.13 0.02 0.19 0.20 0.04 0.13 0.10 0.12 0.36 0.43 0.52 0.45
N1 0.08 0.33 0.07 0.14 0.24 0.17 0.05 0.30 0.01 0.15 0.37 0.40 0.09 0.12 0.24 0.05 0.32 0.40 0.43 0.38
N2 0.21 0.44 0.13 0.11 0.26 0.05 0.10 0.16 0.09 0.25 0.42 0.56 0.17 0.19 0.24 0.09 0.18 0.26 0.27 0.22
N3 0.10 0.37 0.01 0.16 0.22 0.11 0.02 0.21 0.00 0.15 0.41 0.47 0.05 0.19 0.21 0.01 0.27 0.33 0.38 0.32
N7 0.05 0.14 0.04 0.15 0.08 0.21 0.12 0.34 0.14 0.02 0.20 0.20 0.02 0.10 0.13 0.15 0.40 0.47 0.57 0.49
N9 0.00 0.20 0.07 0.18 0.11 0.17 0.08 0.27 0.09 0.03 0.26 0.28 0.03 0.17 0.13 0.07 0.33 0.40 0.47 0.40
O2' 0.31 0.45 0.11 0.08 0.45 0.21 0.36 0.20 0.33 0.36 0.53 0.44 0.08 0.01 0.44 0.35 0.14 0.11 0.11 0.14
O3' 0.15 0.14 0.19 0.26 0.35 0.24 0.38 0.32 0.31 0.20 0.21 0.02 0.13 0.24 0.44 0.19 0.45 0.50 0.59 0.53
O4' 0.02 0.13 0.09 0.19 0.02 0.16 0.12 0.25 0.11 0.00 0.16 0.22 0.06 0.19 0.02 0.07 0.33 0.40 0.47 0.40
O5' 0.19 0.11 0.20 0.25 0.22 0.29 0.30 0.37 0.28 0.20 0.11 0.04 0.17 0.21 0.24 0.24 0.45 0.50 0.58 0.53
O6 0.03 0.20 0.02 0.13 0.18 0.26 0.02 0.43 0.09 0.03 0.26 0.25 0.03 0.06 0.22 0.18 0.45 0.56 0.63 0.56
OP1 0.32 0.29 0.29 0.31 0.35 0.36 0.37 0.42 0.36 0.32 0.29 0.25 0.29 0.24 0.37 0.35 0.48 0.50 0.56 0.55
OP2 0.31 0.25 0.24 0.26 0.33 0.36 0.38 0.44 0.36 0.31 0.25 0.21 0.23 0.17 0.34 0.37 0.49 0.52 0.61 0.58
P 0.25 0.18 0.21 0.25 0.28 0.32 0.34 0.40 0.32 0.25 0.19 0.13 0.19 0.18 0.30 0.30 0.47 0.51 0.60 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.03 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.08 0.08 0.08 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.11 0.12 0.13
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.11 0.12 0.13
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.10 0.08 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.09 0.07 0.09
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.10 0.11 0.12
O2 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.07 0.06 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.12 0.13 0.10 0.13
O4 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.09 0.10 0.13 0.13
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.05
O5' 0.05 0.08 0.00 0.05 0.10 0.00 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.06 0.03 0.12 0.09 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.08 0.00 0.03 0.11 0.05 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.03 0.13 0.10 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.08 0.01 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.08 0.07 0.11 0.06 0.02 0.10 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.00 0.05 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.08 0.04 0.13 0.13 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00