ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55470

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 17, 7, 10, 5, 3, 3, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.041, 0.088, 0.135, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.088 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.062, 0.111, 0.160, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.111 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.071, 0.153, 0.234, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.153 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.075, 0.171, 0.266, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.171 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.109, 0.205, 0.301, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.205 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.129, 0.266, 0.404, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.266 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.119, 0.276, 0.433, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.276 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.149, 0.318, 0.488, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.318 std_dev=0.170
O5' A 0, 0.165, 0.338, 0.511, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.338 std_dev=0.173
N4 B 0, 0.150, 0.323, 0.497, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.323 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.161, 0.358, 0.554, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.358 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.150, 0.362, 0.573, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.362 std_dev=0.212
O2 B 0, 0.151, 0.367, 0.584, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.367 std_dev=0.217
P A 0, 0.146, 0.403, 0.660, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.403 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.208, 0.480, 0.751, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.480 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.160, 0.439, 0.719, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.439 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.202, 0.513, 0.824, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.513 std_dev=0.311
O4' B 0, 0.158, 0.489, 0.820, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.489 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.148, 0.481, 0.813, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.481 std_dev=0.333
OP2 A 0, 0.111, 0.446, 0.781, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.446 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.304, 0.732, 1.160, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.732 std_dev=0.428
P B 0, 0.258, 0.691, 1.123, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.691 std_dev=0.433
OP2 B 0, 0.311, 0.748, 1.186, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.748 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.131, 0.574, 1.017, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.574 std_dev=0.443
O5' B 0, 0.190, 0.634, 1.079, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.634 std_dev=0.445
O3' B 0, 0.150, 0.617, 1.084, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.617 std_dev=0.467
C3' B 0, 0.110, 0.627, 1.143, 2.331 max_d=2.331 avg_d=0.627 std_dev=0.517
C2' B 0, 0.067, 0.598, 1.129, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.598 std_dev=0.531
C5' B 0, 0.049, 0.663, 1.276, 3.077 max_d=3.077 avg_d=0.663 std_dev=0.614
OP1 A 0, -0.084, 0.542, 1.169, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.542 std_dev=0.627
O2' B 0, -0.004, 0.643, 1.289, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.643 std_dev=0.646

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.21 0.21 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.12 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.11 0.11 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.22 0.16 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.08 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.01 0.30 0.17 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.32 0.21 0.15
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.29 0.09 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.27 0.22 0.13
N2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.08 0.01 0.18 0.22 0.10
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.17 0.18 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.36 0.13 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.19 0.11 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.10 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.22 0.13 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.04
O5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.12 0.00 0.37 0.21 0.17
OP1 0.08 0.21 0.04 0.11 0.22 0.09 0.30 0.13 0.32 0.29 0.27 0.18 0.17 0.36 0.19 0.07 0.22 0.06 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.21 0.12 0.11 0.16 0.08 0.17 0.14 0.21 0.09 0.22 0.22 0.18 0.13 0.11 0.10 0.13 0.05 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.03 0.05 0.10 0.01 0.13 0.01 0.15 0.13 0.13 0.10 0.09 0.16 0.08 0.04 0.08 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.14 0.12 0.13 0.16 0.19 0.17 0.23 0.17 0.15 0.14 0.16 0.15 0.12 0.15 0.20 0.18 0.16 0.17 0.13
C2 0.12 0.12 0.15 0.12 0.12 0.16 0.12 0.20 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.23 0.12 0.17 0.14 0.16 0.19 0.13
C2' 0.13 0.14 0.12 0.14 0.14 0.21 0.16 0.26 0.16 0.14 0.13 0.14 0.15 0.12 0.15 0.21 0.18 0.15 0.16 0.12
C3' 0.13 0.13 0.12 0.14 0.12 0.20 0.14 0.26 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.10 0.15 0.20 0.17 0.13 0.16 0.10
C4 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.17 0.14 0.20 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.18 0.15 0.15 0.18 0.12
C4' 0.13 0.13 0.11 0.13 0.13 0.18 0.15 0.23 0.15 0.13 0.12 0.13 0.14 0.10 0.15 0.18 0.17 0.13 0.17 0.11
C5 0.13 0.14 0.12 0.12 0.14 0.17 0.14 0.20 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.18 0.15 0.15 0.18 0.12
C5' 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.16 0.12 0.21 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.16 0.16 0.11 0.18 0.11
C6 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.16 0.12 0.18 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.17 0.13 0.17 0.14 0.15 0.19 0.13
C8 0.16 0.16 0.14 0.15 0.17 0.19 0.18 0.22 0.18 0.16 0.16 0.17 0.16 0.12 0.17 0.20 0.18 0.16 0.19 0.14
N1 0.12 0.12 0.15 0.12 0.12 0.16 0.12 0.19 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.23 0.12 0.17 0.14 0.16 0.19 0.13
N2 0.13 0.12 0.17 0.13 0.12 0.16 0.12 0.21 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.28 0.13 0.18 0.15 0.17 0.19 0.14
N3 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12 0.16 0.13 0.21 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.19 0.12 0.18 0.15 0.15 0.18 0.12
N7 0.15 0.16 0.13 0.15 0.16 0.18 0.17 0.21 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.12 0.17 0.19 0.17 0.16 0.19 0.13
N9 0.14 0.14 0.12 0.13 0.15 0.18 0.16 0.22 0.16 0.14 0.14 0.15 0.15 0.12 0.15 0.19 0.17 0.16 0.18 0.13
O2' 0.14 0.15 0.12 0.15 0.15 0.22 0.16 0.27 0.16 0.15 0.14 0.15 0.16 0.12 0.16 0.22 0.19 0.16 0.16 0.12
O3' 0.12 0.13 0.12 0.15 0.11 0.20 0.13 0.27 0.13 0.12 0.12 0.11 0.14 0.10 0.15 0.19 0.17 0.12 0.15 0.09
O4' 0.15 0.15 0.13 0.14 0.16 0.19 0.18 0.24 0.18 0.16 0.15 0.16 0.15 0.12 0.16 0.20 0.19 0.17 0.18 0.14
O5' 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.16 0.11 0.21 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.15 0.16 0.12 0.18 0.11
O6 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.16 0.12 0.17 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.16 0.13 0.17 0.14 0.15 0.21 0.14
OP1 0.25 0.28 0.26 0.26 0.30 0.22 0.27 0.23 0.25 0.26 0.30 0.33 0.28 0.28 0.23 0.21 0.20 0.29 0.39 0.28
OP2 0.40 0.36 0.43 0.44 0.31 0.48 0.34 0.53 0.38 0.38 0.33 0.25 0.38 0.40 0.46 0.47 0.48 0.36 0.27 0.36
P 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.15 0.08 0.21 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.14 0.17 0.12 0.19 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.15 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.06 0.07 0.09 0.11 0.16 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.23 0.32 0.25 0.26
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.18 0.31 0.20 0.23
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.11 0.13 0.26 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.06 0.13 0.16 0.28 0.20
C5' 0.03 0.06 0.04 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.07 0.06 0.10 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.08 0.12 0.14 0.23 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.11 0.16 0.10
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.05 0.09 0.10 0.21 0.12
N4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.12 0.14 0.29 0.19
O2 0.04 0.00 0.13 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.05 0.12 0.09 0.14 0.12 0.09
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.03 0.14 0.03 0.10 0.05 0.24 0.00 0.03 0.01 0.24 0.40 0.34 0.32
O3' 0.06 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.00 0.05 0.10 0.30 0.18 0.19
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.05 0.00 0.09 0.05 0.16 0.09
O5' 0.07 0.09 0.23 0.18 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.24 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.11 0.32 0.31 0.13 0.11 0.16 0.04 0.14 0.11 0.10 0.14 0.14 0.40 0.30 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.16 0.25 0.20 0.26 0.05 0.28 0.10 0.23 0.16 0.21 0.29 0.12 0.34 0.18 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.26 0.23 0.17 0.04 0.20 0.01 0.17 0.10 0.12 0.19 0.09 0.32 0.19 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00