ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55471

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 4, 8, 5, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.018, 0.042, 0.066, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.042 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.004, 0.032, 0.061, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C2 A 0, -0.002, 0.027, 0.055, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.035 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.006, 0.045, 0.084, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.045 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.004, 0.049, 0.095, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.049 std_dev=0.046
C4 B 0, 0.471, 0.734, 0.997, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.734 std_dev=0.263
N4 B 0, 0.561, 0.838, 1.115, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.838 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.403, 0.684, 0.965, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.684 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.463, 0.752, 1.041, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.752 std_dev=0.289
N1 B 0, 0.360, 0.651, 0.942, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.651 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.378, 0.670, 0.961, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.670 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.382, 0.688, 0.994, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.688 std_dev=0.306
O2 B 0, 0.380, 0.737, 1.093, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.737 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.304, 0.674, 1.044, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.674 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.224, 0.634, 1.044, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.634 std_dev=0.410
O4' A 0, -0.141, 0.331, 0.803, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.331 std_dev=0.472
C2' A 0, -0.148, 0.380, 0.908, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.380 std_dev=0.528
C4' B 0, 0.174, 0.730, 1.286, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.730 std_dev=0.556
C2' B 0, 0.178, 0.770, 1.361, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.770 std_dev=0.591
C3' A 0, -0.128, 0.525, 1.179, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.525 std_dev=0.654
O5' B 0, 0.390, 1.046, 1.703, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.046 std_dev=0.656
C5' B 0, 0.093, 0.754, 1.416, 3.479 max_d=3.479 avg_d=0.754 std_dev=0.662
C4' A 0, -0.170, 0.500, 1.171, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.500 std_dev=0.670
C3' B 0, 0.299, 0.977, 1.656, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.977 std_dev=0.678
O3' A 0, -0.039, 0.650, 1.339, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.650 std_dev=0.689
O2' A 0, -0.293, 0.495, 1.284, 3.164 max_d=3.164 avg_d=0.495 std_dev=0.788
O2' B 0, 0.376, 1.227, 2.078, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.227 std_dev=0.851
C5' A 0, -0.257, 0.826, 1.908, 4.266 max_d=4.266 avg_d=0.826 std_dev=1.083
P B 0, 0.405, 1.491, 2.577, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.491 std_dev=1.086
O5' A 0, -0.236, 0.899, 2.034, 4.442 max_d=4.442 avg_d=0.899 std_dev=1.135
OP2 A 0, -0.093, 1.152, 2.397, 4.913 max_d=4.913 avg_d=1.152 std_dev=1.245
P A 0, -0.216, 1.059, 2.333, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.059 std_dev=1.274
O3' B 0, 0.140, 1.424, 2.708, 3.816 max_d=3.816 avg_d=1.424 std_dev=1.284
OP2 B 0, 0.555, 1.901, 3.246, 4.966 max_d=4.966 avg_d=1.901 std_dev=1.345
OP1 A 0, -0.206, 1.173, 2.553, 5.454 max_d=5.454 avg_d=1.173 std_dev=1.379
OP1 B 0, 0.285, 1.761, 3.237, 5.240 max_d=5.240 avg_d=1.761 std_dev=1.476

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.16 0.01 0.13 0.04 0.29 0.30 0.18
C2 0.08 0.00 0.34 0.24 0.02 0.20 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.37 0.24 0.30 0.35 0.02 0.35 0.36 0.33
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.17 0.01 0.09 0.12 0.15 0.19 0.27 0.42 0.34 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.11 0.55 0.46 0.40
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.18 0.01 0.18 0.03 0.21 0.15 0.24 0.27 0.22 0.17 0.12 0.03 0.01 0.02 0.13 0.20 0.37 0.23 0.16
C4 0.04 0.02 0.17 0.18 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.16 0.24 0.02 0.27 0.31 0.22
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.16 0.14 0.25 0.19 0.12 0.04 0.18 0.03 0.01 0.02 0.05 0.18 0.21 0.07
C5 0.03 0.01 0.09 0.18 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.12 0.08 0.22 0.02 0.22 0.27 0.18
C5' 0.06 0.33 0.12 0.03 0.18 0.01 0.13 0.00 0.18 0.16 0.28 0.40 0.30 0.12 0.06 0.08 0.13 0.02 0.01 0.16 0.08 0.15 0.02
C6 0.04 0.01 0.15 0.21 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.16 0.14 0.27 0.01 0.25 0.28 0.22
C8 0.03 0.02 0.19 0.15 0.01 0.16 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.38 0.10 0.17 0.19 0.04 0.14 0.26 0.15
N1 0.07 0.01 0.27 0.24 0.03 0.14 0.02 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.24 0.22 0.23 0.32 0.02 0.30 0.33 0.29
N2 0.09 0.01 0.42 0.27 0.02 0.25 0.02 0.40 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.52 0.30 0.35 0.39 0.03 0.39 0.39 0.38
N3 0.08 0.01 0.34 0.22 0.01 0.19 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.36 0.22 0.30 0.32 0.02 0.34 0.36 0.31
N7 0.03 0.02 0.12 0.17 0.01 0.12 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.33 0.10 0.09 0.21 0.04 0.17 0.25 0.17
N9 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.12 0.07 0.01 0.14 0.03 0.22 0.29 0.16
O2' 0.02 0.37 0.01 0.03 0.11 0.18 0.14 0.08 0.13 0.38 0.24 0.52 0.36 0.33 0.12 0.00 0.05 0.12 0.18 0.16 0.53 0.51 0.37
O3' 0.16 0.24 0.02 0.01 0.13 0.03 0.12 0.13 0.16 0.10 0.22 0.30 0.22 0.10 0.07 0.05 0.00 0.12 0.19 0.16 0.25 0.27 0.13
O4' 0.01 0.30 0.01 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.17 0.23 0.35 0.30 0.09 0.01 0.12 0.12 0.00 0.10 0.11 0.14 0.29 0.15
O5' 0.13 0.35 0.27 0.13 0.24 0.02 0.22 0.01 0.27 0.19 0.32 0.39 0.32 0.21 0.14 0.18 0.19 0.10 0.00 0.27 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.20 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.16 0.16 0.11 0.27 0.00 0.23 0.26 0.21
OP1 0.29 0.35 0.55 0.37 0.27 0.18 0.22 0.08 0.25 0.14 0.30 0.39 0.34 0.17 0.22 0.53 0.25 0.14 0.02 0.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.36 0.46 0.23 0.31 0.21 0.27 0.15 0.28 0.26 0.33 0.39 0.36 0.25 0.29 0.51 0.27 0.29 0.02 0.26 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.40 0.16 0.22 0.07 0.18 0.02 0.22 0.15 0.29 0.38 0.31 0.17 0.16 0.37 0.13 0.15 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.27 0.50 0.19 0.17 0.22 0.19 0.18 0.15 0.15 0.23 0.18 0.39 0.39 0.16 0.58 1.06 1.20 0.86
C2 0.12 0.14 0.39 0.41 0.24 0.15 0.23 0.13 0.19 0.14 0.18 0.31 0.14 0.42 0.24 0.14 0.44 0.78 0.90 0.60
C2' 0.19 0.20 0.32 0.56 0.20 0.25 0.23 0.31 0.21 0.19 0.19 0.24 0.26 0.32 0.40 0.20 0.72 1.19 1.36 1.00
C3' 0.27 0.28 0.27 0.48 0.26 0.21 0.29 0.22 0.28 0.26 0.26 0.28 0.33 0.41 0.35 0.30 0.53 1.07 1.13 0.81
C4 0.12 0.13 0.30 0.46 0.21 0.15 0.22 0.16 0.18 0.13 0.14 0.28 0.16 0.37 0.30 0.15 0.52 0.93 1.06 0.74
C4' 0.17 0.17 0.23 0.50 0.26 0.15 0.32 0.21 0.27 0.19 0.18 0.32 0.20 0.40 0.45 0.22 0.53 1.05 1.10 0.80
C5 0.12 0.13 0.29 0.45 0.22 0.15 0.23 0.16 0.18 0.13 0.14 0.31 0.16 0.36 0.29 0.14 0.51 0.91 1.03 0.72
C5' 0.15 0.14 0.26 0.55 0.28 0.16 0.37 0.25 0.30 0.18 0.16 0.35 0.18 0.42 0.57 0.23 0.56 1.06 1.10 0.81
C6 0.12 0.13 0.36 0.42 0.25 0.15 0.24 0.13 0.19 0.14 0.18 0.33 0.14 0.39 0.24 0.14 0.45 0.79 0.90 0.62
C8 0.15 0.17 0.24 0.50 0.18 0.18 0.22 0.21 0.18 0.15 0.16 0.23 0.20 0.40 0.40 0.17 0.59 1.08 1.20 0.88
N1 0.13 0.15 0.41 0.40 0.26 0.15 0.24 0.13 0.19 0.15 0.20 0.33 0.14 0.44 0.24 0.14 0.42 0.74 0.85 0.57
N2 0.14 0.15 0.43 0.40 0.24 0.16 0.23 0.12 0.19 0.15 0.19 0.31 0.15 0.46 0.25 0.15 0.40 0.71 0.85 0.55
N3 0.12 0.13 0.34 0.43 0.22 0.15 0.23 0.14 0.18 0.13 0.15 0.29 0.15 0.39 0.27 0.14 0.48 0.87 1.00 0.69
N7 0.14 0.16 0.25 0.48 0.19 0.17 0.22 0.19 0.18 0.15 0.15 0.27 0.20 0.38 0.36 0.16 0.56 1.02 1.13 0.82
N9 0.14 0.14 0.27 0.49 0.19 0.17 0.22 0.18 0.18 0.14 0.14 0.25 0.18 0.38 0.37 0.15 0.57 1.03 1.15 0.83
O2' 0.39 0.37 0.47 0.71 0.46 0.49 0.51 0.57 0.47 0.41 0.39 0.51 0.34 0.34 0.53 0.42 0.97 1.39 1.64 1.27
O3' 0.28 0.29 0.30 0.50 0.23 0.25 0.26 0.26 0.26 0.26 0.25 0.24 0.36 0.37 0.35 0.31 0.55 1.11 1.13 0.84
O4' 0.17 0.16 0.26 0.51 0.27 0.17 0.33 0.21 0.27 0.19 0.18 0.34 0.19 0.44 0.47 0.20 0.53 1.04 1.11 0.80
O5' 0.28 0.25 0.37 0.59 0.36 0.28 0.45 0.34 0.39 0.29 0.26 0.42 0.24 0.53 0.63 0.33 0.59 0.99 1.11 0.79
O6 0.13 0.14 0.38 0.41 0.27 0.15 0.25 0.13 0.20 0.15 0.22 0.32 0.15 0.41 0.22 0.12 0.42 0.74 0.82 0.56
OP1 0.18 0.13 0.21 0.56 0.22 0.23 0.34 0.35 0.31 0.19 0.13 0.25 0.16 0.39 0.61 0.32 0.65 1.20 1.08 0.88
OP2 0.23 0.16 0.22 0.57 0.29 0.26 0.43 0.37 0.37 0.24 0.17 0.34 0.17 0.36 0.63 0.36 0.62 1.08 1.05 0.81
P 0.21 0.15 0.24 0.55 0.30 0.21 0.42 0.33 0.37 0.23 0.17 0.36 0.14 0.44 0.62 0.33 0.60 1.10 1.07 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.31 0.01 0.23 0.39 0.38 0.23
C2 0.03 0.00 0.17 0.26 0.02 0.08 0.03 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.15 0.07 0.40 0.59 0.76 0.48
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.03 0.14 0.21 0.16 0.04 0.15 0.10 0.28 0.01 0.05 0.02 0.53 0.54 0.73 0.52
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.43 0.00 0.45 0.02 0.38 0.25 0.36 0.47 0.18 0.02 0.01 0.02 0.41 0.48 0.41 0.29
C4 0.02 0.02 0.08 0.43 0.00 0.16 0.01 0.25 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.29 0.05 0.60 1.00 1.13 0.84
C4' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.09 0.11 0.18 0.08 0.32 0.02 0.01 0.03 0.49 0.19 0.27
C5 0.02 0.03 0.14 0.45 0.01 0.20 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.33 0.35 0.08 0.64 1.07 1.15 0.90
C5' 0.09 0.13 0.21 0.02 0.25 0.01 0.29 0.00 0.25 0.15 0.18 0.27 0.11 0.14 0.21 0.01 0.01 0.25 0.33 0.02
C6 0.02 0.02 0.16 0.38 0.02 0.18 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.28 0.26 0.09 0.55 0.83 0.91 0.71
N1 0.01 0.01 0.04 0.25 0.02 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.19 0.13 0.02 0.40 0.57 0.69 0.46
N3 0.03 0.01 0.15 0.36 0.01 0.11 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.32 0.17 0.06 0.50 0.79 0.95 0.66
N4 0.02 0.02 0.10 0.47 0.01 0.18 0.02 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.35 0.35 0.06 0.65 1.14 1.26 0.95
O2 0.06 0.01 0.28 0.18 0.02 0.08 0.03 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.39 0.30 0.13 0.32 0.46 0.62 0.34
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.33 0.32 0.33 0.14 0.28 0.19 0.32 0.35 0.39 0.00 0.08 0.21 0.52 0.34 0.81 0.43
O3' 0.31 0.15 0.05 0.01 0.29 0.02 0.35 0.21 0.26 0.13 0.17 0.35 0.30 0.08 0.00 0.22 0.34 0.47 0.36 0.23
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06 0.13 0.21 0.22 0.00 0.12 0.41 0.17 0.25
O5' 0.23 0.40 0.53 0.41 0.60 0.03 0.64 0.01 0.55 0.40 0.50 0.65 0.32 0.52 0.34 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.39 0.59 0.54 0.48 1.00 0.49 1.07 0.25 0.83 0.57 0.79 1.14 0.46 0.34 0.47 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.76 0.73 0.41 1.13 0.19 1.15 0.33 0.91 0.69 0.95 1.26 0.62 0.81 0.36 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.48 0.52 0.29 0.84 0.27 0.90 0.02 0.71 0.46 0.66 0.95 0.34 0.43 0.23 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00