ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55473

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C4' A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.016, 0.058, 0.101, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.058 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.029, 0.079, 0.130, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.079 std_dev=0.051
C5' A 0, 0.039, 0.094, 0.149, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.094 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.041, 0.109, 0.176, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.109 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.028, 0.115, 0.202, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.115 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.045, 0.142, 0.240, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.142 std_dev=0.098
P A 0, 0.032, 0.194, 0.356, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.194 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.053, 0.220, 0.386, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.220 std_dev=0.167
N4 B 0, 0.095, 0.285, 0.474, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.285 std_dev=0.190
OP1 A 0, 0.037, 0.241, 0.444, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.241 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.108, 0.328, 0.549, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.328 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.089, 0.312, 0.535, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.312 std_dev=0.223
OP2 B 0, 0.155, 0.379, 0.604, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.379 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.102, 0.335, 0.568, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.335 std_dev=0.233
P B 0, 0.112, 0.353, 0.594, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.353 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.117, 0.371, 0.625, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.371 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.119, 0.387, 0.654, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.387 std_dev=0.267
C2 B 0, 0.136, 0.421, 0.705, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.421 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.143, 0.433, 0.723, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.433 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.184, 0.485, 0.786, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.485 std_dev=0.301
C5' B 0, 0.184, 0.490, 0.795, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.490 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.143, 0.457, 0.771, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.457 std_dev=0.314
O4' B 0, 0.152, 0.482, 0.812, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.482 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.157, 0.501, 0.845, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.501 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.175, 0.525, 0.875, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.525 std_dev=0.350
C2' B 0, 0.192, 0.553, 0.914, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.553 std_dev=0.361
C3' B 0, 0.191, 0.581, 0.970, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.581 std_dev=0.390
O2' B 0, 0.212, 0.639, 1.065, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.639 std_dev=0.427
O3' B 0, 0.178, 0.642, 1.106, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.642 std_dev=0.464

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03
OP1 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.06 0.03 0.05 0.08 0.03 0.04 0.03
C2 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.11 0.11 0.09 0.06 0.10 0.11 0.07 0.09 0.05 0.05 0.09 0.05
C2' 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.04 0.03
C3' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.09 0.02 0.03 0.03
C4 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.04 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03
C4' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.09 0.02 0.02 0.03
C5 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02
C5' 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.01 0.02
C6 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.03 0.09 0.02 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.10 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02
C8 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.02
N1 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.09 0.07 0.10 0.11 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04
N2 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.07 0.11 0.12 0.09 0.11 0.06 0.06 0.12 0.07
N3 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.06 0.09 0.09 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.05
N7 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03
N9 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.03 0.05 0.08 0.02 0.04 0.03
O2' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.09 0.03 0.04 0.03
O3' 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.10 0.02 0.03 0.03
O4' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.09 0.03 0.03 0.03
O5' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02
O6 0.07 0.09 0.08 0.05 0.09 0.01 0.08 0.02 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.11 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02
OP1 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.04 0.13 0.02 0.05 0.06
OP2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.13 0.04 0.07 0.07
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.12 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.11 0.02 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.07 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.10 0.07 0.02 0.02
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.10 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.12 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.09 0.02 0.03
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.05 0.03 0.03
O2 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02 0.12 0.02 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.07
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.03 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.10 0.04 0.02
O5' 0.01 0.04 0.03 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.11 0.13 0.11 0.07 0.08 0.07 0.05 0.10 0.12 0.09 0.05 0.12 0.14 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00