ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55474

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O6 A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O2 B 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O5' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O4' A 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C2' A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C4' A 0, 0.000, 0.265, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C2 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2' A 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.000, 0.330, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.330 std_dev=0.330
N3 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
O3' A 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417
P A 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C2' B 0, 0.000, 0.491, 0.983, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.491 std_dev=0.491
OP2 A 0, 0.000, 0.517, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.517 std_dev=0.517
N1 B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C1' B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
OP1 A 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C5' A 0, 0.000, 0.553, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C4 B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
N4 B 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
O3' B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C3' B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
O4' B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
OP1 B 0, 0.000, 0.739, 1.477, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C4' B 0, 0.000, 0.743, 1.485, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.743 std_dev=0.743
C6 B 0, 0.000, 0.791, 1.581, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.791 std_dev=0.791
C5 B 0, 0.000, 0.806, 1.611, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.806 std_dev=0.806
C5' B 0, 0.000, 0.977, 1.955, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.977 std_dev=0.977
O5' B 0, 0.000, 1.082, 2.163, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.082 std_dev=1.082
P B 0, 0.000, 1.327, 2.655, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.327 std_dev=1.327
OP2 B 0, 0.000, 2.707, 5.414, 5.414 max_d=5.414 avg_d=2.707 std_dev=2.707

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.15 0.06
C2 0.04 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.02 0.01 0.05 0.15 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.08 0.02 0.06
C4 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.14 0.03
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.13 0.03
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.03 0.10 0.09 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.13 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.15 0.05
C8 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.00 0.10 0.01
N1 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.15 0.05
N2 0.03 0.00 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.06 0.16 0.05
N3 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.04 0.14 0.03
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.06 0.05 0.02 0.10 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.13 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.11 0.05
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.13 0.08 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.02 0.10 0.00 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.07 0.19 0.10
O5' 0.04 0.02 0.05 0.13 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.13 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02
O6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.13 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.11 0.18 0.09
OP1 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.07 0.00 0.11 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.15 0.07 0.02 0.14 0.12 0.13 0.13 0.15 0.10 0.15 0.16 0.14 0.10 0.13 0.11 0.00 0.19 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.07 0.05 0.05 0.18 0.12 0.26 0.16 0.22 0.14 0.07 0.22 0.01 0.04 0.01 0.16 0.18 0.46 0.08 0.16
C2 0.07 0.07 0.05 0.06 0.18 0.07 0.19 0.09 0.15 0.10 0.11 0.26 0.03 0.04 0.04 0.08 0.08 0.44 0.12 0.04
C2' 0.20 0.14 0.12 0.12 0.23 0.20 0.31 0.23 0.28 0.21 0.13 0.27 0.08 0.11 0.06 0.24 0.27 0.33 0.09 0.25
C3' 0.24 0.16 0.16 0.16 0.22 0.25 0.32 0.28 0.31 0.23 0.13 0.22 0.11 0.16 0.11 0.28 0.32 0.27 0.11 0.30
C4 0.12 0.09 0.07 0.07 0.20 0.11 0.24 0.14 0.20 0.13 0.11 0.28 0.03 0.05 0.03 0.14 0.14 0.43 0.03 0.10
C4' 0.16 0.07 0.08 0.09 0.14 0.17 0.25 0.21 0.24 0.16 0.05 0.13 0.02 0.08 0.03 0.20 0.24 0.41 0.13 0.23
C5 0.10 0.08 0.06 0.05 0.20 0.09 0.21 0.11 0.17 0.12 0.11 0.28 0.03 0.05 0.02 0.12 0.11 0.43 0.08 0.07
C5' 0.14 0.03 0.08 0.09 0.07 0.17 0.20 0.21 0.21 0.13 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.19 0.25 0.41 0.13 0.24
C6 0.05 0.06 0.03 0.02 0.15 0.04 0.15 0.05 0.11 0.07 0.10 0.23 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.44 0.17 0.00
C8 0.14 0.08 0.06 0.06 0.21 0.13 0.28 0.16 0.23 0.15 0.09 0.28 0.02 0.05 0.00 0.17 0.18 0.42 0.05 0.16
N1 0.05 0.06 0.04 0.04 0.16 0.04 0.15 0.06 0.11 0.07 0.10 0.24 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.44 0.18 0.00
N2 0.07 0.08 0.06 0.07 0.18 0.07 0.19 0.09 0.15 0.10 0.11 0.25 0.03 0.04 0.05 0.08 0.07 0.44 0.13 0.03
N3 0.10 0.08 0.07 0.07 0.19 0.10 0.23 0.13 0.18 0.12 0.11 0.27 0.03 0.05 0.04 0.12 0.12 0.44 0.05 0.09
N7 0.12 0.08 0.05 0.04 0.21 0.10 0.24 0.12 0.20 0.13 0.10 0.30 0.03 0.05 0.00 0.14 0.14 0.42 0.03 0.10
N9 0.13 0.09 0.07 0.07 0.20 0.13 0.27 0.16 0.23 0.15 0.09 0.26 0.03 0.06 0.02 0.16 0.18 0.43 0.04 0.15
O2' 0.16 0.10 0.07 0.06 0.20 0.15 0.28 0.19 0.25 0.17 0.10 0.23 0.04 0.06 0.01 0.20 0.23 0.39 0.09 0.22
O3' 0.25 0.16 0.17 0.17 0.22 0.26 0.31 0.30 0.31 0.24 0.14 0.20 0.12 0.18 0.12 0.30 0.34 0.22 0.09 0.32
O4' 0.11 0.04 0.04 0.04 0.13 0.11 0.23 0.15 0.20 0.12 0.02 0.14 0.02 0.03 0.02 0.15 0.18 0.50 0.12 0.16
O5' 0.24 0.14 0.13 0.12 0.19 0.23 0.33 0.26 0.32 0.23 0.10 0.15 0.09 0.14 0.05 0.29 0.32 0.36 0.22 0.30
O6 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.16 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.47 0.27 0.08
OP1 0.16 0.03 0.08 0.08 0.01 0.19 0.16 0.23 0.20 0.13 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.23 0.29 0.37 0.18 0.29
OP2 0.23 0.07 0.15 0.16 0.04 0.27 0.25 0.31 0.29 0.20 0.02 0.14 0.04 0.16 0.10 0.30 0.36 0.28 0.21 0.34
P 0.21 0.07 0.12 0.12 0.08 0.22 0.25 0.26 0.27 0.18 0.01 0.03 0.04 0.13 0.05 0.27 0.32 0.38 0.24 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.29 0.08 0.06
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.45 0.17 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.35 0.14 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.31 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.09 0.63 0.27 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.16 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.09 0.65 0.27 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.36 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.55 0.20 0.12
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.43 0.14 0.08
N3 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.54 0.22 0.12
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.03 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.11 0.70 0.34 0.19
O2 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.38 0.13 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.20 0.13 0.03
O3' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.10 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.37 0.44 0.03
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.22 0.11 0.06
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.11 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.29 0.45 0.35 0.41 0.63 0.24 0.65 0.36 0.55 0.43 0.54 0.70 0.38 0.20 0.37 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.14 0.31 0.27 0.16 0.27 0.31 0.20 0.14 0.22 0.34 0.13 0.13 0.44 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.05 0.03 0.15 0.03 0.15 0.02 0.12 0.08 0.12 0.19 0.08 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00