ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55480

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 6, 6, 6, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.027, 0.045, 0.063, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.045 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.022, 0.042, 0.061, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.040 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.015, 0.041, 0.066, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.015, 0.048, 0.080, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.048 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.055 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.031, 0.082, 0.133, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.082 std_dev=0.051
N1 B 0, 0.334, 0.528, 0.722, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.528 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.328, 0.549, 0.770, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.549 std_dev=0.221
N2 B 0, 0.376, 0.605, 0.835, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.605 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.272, 0.503, 0.733, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.503 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.193, 0.470, 0.746, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.470 std_dev=0.276
C5 B 0, 0.229, 0.507, 0.784, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.507 std_dev=0.278
O6 B 0, 0.345, 0.635, 0.924, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.635 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.163, 0.454, 0.746, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.454 std_dev=0.292
N9 B 0, 0.134, 0.486, 0.838, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.486 std_dev=0.352
C1' B 0, 0.149, 0.536, 0.924, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.536 std_dev=0.388
N7 B 0, 0.177, 0.567, 0.956, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.567 std_dev=0.390
C8 B 0, 0.145, 0.551, 0.957, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.551 std_dev=0.406
C2' B 0, 0.478, 0.960, 1.441, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.960 std_dev=0.481
C4' B 0, 0.814, 1.361, 1.908, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.361 std_dev=0.547
C3' B 0, 1.028, 1.587, 2.146, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.587 std_dev=0.559
O4' B 0, 0.321, 0.924, 1.527, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.924 std_dev=0.603
O3' A 0, 0.433, 1.246, 2.059, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.246 std_dev=0.813
C3' A 0, 0.608, 1.430, 2.252, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.430 std_dev=0.822
O4' A 0, 0.726, 1.582, 2.438, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.582 std_dev=0.856
C2' A 0, 0.716, 1.611, 2.506, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.611 std_dev=0.895
O2' B 0, 0.515, 1.422, 2.329, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.422 std_dev=0.907
O3' B 0, 1.548, 2.459, 3.370, 3.924 max_d=3.924 avg_d=2.459 std_dev=0.911
C4' A 0, 0.808, 1.800, 2.792, 3.039 max_d=3.039 avg_d=1.800 std_dev=0.992
C5' B 0, 0.633, 1.801, 2.969, 4.944 max_d=4.944 avg_d=1.801 std_dev=1.168
O5' B 0, 1.511, 2.741, 3.970, 6.078 max_d=6.078 avg_d=2.741 std_dev=1.229
O2' A 0, 1.194, 2.731, 4.269, 4.409 max_d=4.409 avg_d=2.731 std_dev=1.537
C5' A 0, 1.533, 3.422, 5.311, 5.321 max_d=5.321 avg_d=3.422 std_dev=1.889
P B 0, 1.569, 3.501, 5.433, 8.925 max_d=8.925 avg_d=3.501 std_dev=1.932
OP1 B 0, 1.749, 3.766, 5.782, 9.203 max_d=9.203 avg_d=3.766 std_dev=2.017
OP2 B 0, 1.841, 4.451, 7.061, 10.449 max_d=10.449 avg_d=4.451 std_dev=2.610
O5' A 0, 1.175, 3.965, 6.754, 7.057 max_d=7.057 avg_d=3.965 std_dev=2.790
P A 0, 1.364, 5.451, 9.538, 9.931 max_d=9.931 avg_d=5.451 std_dev=4.087
OP1 A 0, 1.789, 5.962, 10.136, 10.607 max_d=10.607 avg_d=5.962 std_dev=4.173
OP2 A 0, 1.632, 6.078, 10.523, 11.112 max_d=11.112 avg_d=6.078 std_dev=4.445

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.20 0.03 0.68 0.30 0.22
C2 0.07 0.00 0.46 0.43 0.02 0.63 0.01 1.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.49 0.29 0.53 1.73 0.03 1.96 2.66 2.14
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.25 0.02 0.14 0.19 0.23 0.20 0.37 0.55 0.45 0.10 0.04 0.01 0.06 0.03 0.49 0.19 0.77 0.54 0.47
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.24 0.01 0.24 0.03 0.28 0.33 0.36 0.54 0.40 0.31 0.16 0.02 0.02 0.02 0.35 0.28 0.59 0.36 0.35
C4 0.03 0.02 0.25 0.24 0.00 0.28 0.01 0.63 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.27 0.77 0.02 0.97 1.12 0.85
C4' 0.02 0.63 0.02 0.01 0.28 0.00 0.13 0.01 0.24 0.36 0.46 0.81 0.61 0.25 0.07 0.21 0.04 0.01 0.03 0.18 0.36 0.27 0.11
C5 0.02 0.01 0.14 0.24 0.01 0.13 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.16 0.11 0.46 0.02 0.92 0.76 0.54
C5' 0.07 1.37 0.19 0.03 0.63 0.01 0.37 0.00 0.62 0.53 1.06 1.75 1.25 0.37 0.15 0.12 0.16 0.02 0.02 0.50 0.25 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.28 0.02 0.24 0.01 0.62 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.20 0.22 0.79 0.01 1.13 1.29 0.99
C8 0.02 0.02 0.20 0.33 0.01 0.36 0.01 0.53 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.44 0.11 0.30 0.61 0.04 1.28 0.84 0.79
N1 0.06 0.01 0.37 0.36 0.02 0.46 0.01 1.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.37 0.25 0.40 1.36 0.03 1.63 2.17 1.72
N2 0.08 0.01 0.55 0.54 0.02 0.81 0.01 1.75 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.64 0.34 0.64 2.23 0.04 2.66 3.57 2.88
N3 0.06 0.01 0.45 0.40 0.01 0.61 0.01 1.25 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.46 0.28 0.54 1.54 0.03 1.61 2.17 1.77
N7 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.25 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.14 0.17 0.38 0.04 1.15 0.60 0.54
N9 0.01 0.03 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.14 0.02 0.22 0.03 0.82 0.39 0.27
O2' 0.02 0.49 0.01 0.02 0.24 0.21 0.26 0.12 0.29 0.44 0.37 0.64 0.46 0.40 0.18 0.00 0.07 0.14 0.44 0.31 0.80 0.57 0.49
O3' 0.26 0.29 0.06 0.02 0.19 0.04 0.16 0.16 0.20 0.11 0.25 0.34 0.28 0.14 0.14 0.07 0.00 0.18 0.20 0.20 0.54 0.31 0.27
O4' 0.01 0.53 0.03 0.02 0.27 0.01 0.11 0.02 0.22 0.30 0.40 0.64 0.54 0.17 0.02 0.14 0.18 0.00 0.18 0.15 0.61 0.38 0.30
O5' 0.20 1.73 0.49 0.35 0.77 0.03 0.46 0.02 0.79 0.61 1.36 2.23 1.54 0.38 0.22 0.44 0.20 0.18 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.19 0.28 0.02 0.18 0.02 0.50 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.31 0.20 0.15 0.63 0.00 1.07 1.08 0.82
OP1 0.68 1.96 0.77 0.59 0.97 0.36 0.92 0.25 1.13 1.28 1.63 2.66 1.61 1.15 0.82 0.80 0.54 0.61 0.02 1.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 2.66 0.54 0.36 1.12 0.27 0.76 0.37 1.29 0.84 2.17 3.57 2.17 0.60 0.39 0.57 0.31 0.38 0.02 1.08 0.02 0.00 0.02
P 0.22 2.14 0.47 0.35 0.85 0.11 0.54 0.02 0.99 0.79 1.72 2.88 1.77 0.54 0.27 0.49 0.27 0.30 0.01 0.82 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.24 0.41 0.11 0.24 0.16 0.36 0.15 0.19 0.10 0.23 0.11 0.22 0.13 0.44 0.39 0.23 1.17 0.23 1.43 1.88 1.45
C2 0.12 0.11 0.36 0.44 0.14 0.31 0.21 0.51 0.25 0.18 0.19 0.11 0.10 0.24 0.13 0.34 0.54 0.29 1.12 0.34 1.36 1.67 1.43
C2' 0.34 0.23 0.46 0.64 0.34 0.46 0.46 0.59 0.44 0.51 0.29 0.25 0.24 0.57 0.39 0.57 0.55 0.36 1.48 0.57 1.81 2.26 1.83
C3' 0.53 0.48 0.46 0.71 0.51 0.69 0.54 0.81 0.53 0.58 0.48 0.51 0.49 0.60 0.53 0.44 0.49 0.67 1.72 0.58 2.00 2.57 2.04
C4 0.10 0.09 0.30 0.41 0.11 0.27 0.19 0.42 0.22 0.18 0.13 0.17 0.09 0.23 0.12 0.35 0.46 0.26 1.13 0.32 1.36 1.72 1.41
C4' 0.68 0.52 0.70 0.88 0.65 0.78 0.71 0.87 0.68 0.77 0.56 0.44 0.56 0.79 0.70 0.63 0.68 0.74 1.80 0.74 2.02 2.70 2.10
C5 0.10 0.09 0.31 0.41 0.12 0.28 0.20 0.44 0.25 0.18 0.16 0.17 0.08 0.24 0.12 0.33 0.48 0.27 1.09 0.35 1.29 1.62 1.36
C5' 1.20 0.81 1.24 1.42 1.15 1.34 1.31 1.49 1.24 1.45 0.95 0.60 0.92 1.51 1.26 1.02 1.15 1.27 2.43 1.39 2.65 3.43 2.77
C6 0.13 0.12 0.36 0.44 0.15 0.32 0.23 0.51 0.29 0.19 0.24 0.11 0.10 0.25 0.14 0.33 0.57 0.30 1.06 0.37 1.25 1.54 1.34
C8 0.12 0.16 0.24 0.38 0.12 0.24 0.17 0.34 0.18 0.19 0.12 0.27 0.13 0.23 0.13 0.42 0.39 0.23 1.13 0.28 1.33 1.76 1.37
N1 0.14 0.13 0.39 0.46 0.15 0.33 0.23 0.54 0.28 0.19 0.23 0.11 0.12 0.24 0.14 0.35 0.59 0.30 1.08 0.36 1.30 1.59 1.39
N2 0.13 0.12 0.39 0.47 0.14 0.33 0.22 0.55 0.26 0.19 0.20 0.11 0.11 0.24 0.14 0.35 0.57 0.30 1.13 0.34 1.39 1.69 1.47
N3 0.11 0.09 0.32 0.43 0.12 0.28 0.19 0.46 0.22 0.18 0.15 0.14 0.09 0.23 0.12 0.34 0.48 0.26 1.14 0.32 1.38 1.73 1.44
N7 0.11 0.13 0.27 0.38 0.11 0.25 0.19 0.37 0.23 0.18 0.13 0.26 0.11 0.23 0.12 0.36 0.43 0.24 1.08 0.34 1.26 1.63 1.32
N9 0.11 0.13 0.26 0.40 0.11 0.25 0.17 0.37 0.18 0.18 0.10 0.23 0.11 0.23 0.13 0.39 0.41 0.24 1.15 0.28 1.38 1.80 1.42
O2' 0.72 0.54 0.90 0.95 0.70 0.77 0.79 0.90 0.74 0.87 0.59 0.45 0.59 0.90 0.77 1.10 0.96 0.68 1.39 0.82 1.81 2.00 1.75
O3' 0.26 0.31 0.23 0.46 0.24 0.47 0.21 0.62 0.21 0.22 0.25 0.39 0.29 0.23 0.23 0.48 0.30 0.46 1.39 0.22 1.72 2.15 1.69
O4' 0.52 0.40 0.59 0.71 0.50 0.56 0.53 0.60 0.51 0.58 0.43 0.35 0.43 0.59 0.53 0.60 0.58 0.54 1.52 0.54 1.70 2.34 1.79
O5' 1.47 0.90 1.65 1.80 1.40 1.59 1.61 1.76 1.50 1.82 1.08 0.56 1.07 1.89 1.56 1.44 1.53 1.46 2.76 1.70 2.99 3.84 3.13
O6 0.17 0.19 0.38 0.45 0.20 0.34 0.27 0.53 0.33 0.23 0.31 0.15 0.15 0.28 0.18 0.36 0.64 0.32 1.01 0.39 1.18 1.44 1.28
OP1 2.41 1.73 2.61 2.77 2.31 2.58 2.58 2.81 2.41 2.88 1.93 1.36 1.91 2.95 2.53 2.28 2.43 2.42 3.80 2.62 4.11 5.01 4.24
OP2 2.28 1.34 2.47 2.62 2.16 2.47 2.52 2.74 2.31 2.88 1.63 0.79 1.61 2.99 2.44 2.17 2.28 2.32 3.72 2.61 4.03 4.86 4.14
P 1.99 1.22 2.21 2.36 1.89 2.15 2.18 2.38 2.01 2.49 1.46 0.76 1.44 2.57 2.12 1.92 2.04 1.99 3.39 2.27 3.67 4.55 3.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.08 0.03 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.36 0.01 0.43 0.03 0.52 0.49 0.43
C2 0.06 0.00 0.36 0.38 0.01 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.46 0.24 0.92 0.01 1.01 1.23 1.07
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.24 0.17 0.18 0.28 0.43 0.36 0.10 0.03 0.00 0.04 0.03 0.37 0.13 0.65 0.48 0.40
C3' 0.03 0.38 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.02 0.35 0.37 0.36 0.45 0.35 0.39 0.21 0.03 0.02 0.02 0.17 0.39 0.47 0.33 0.16
C4 0.03 0.01 0.19 0.27 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.28 0.12 0.82 0.02 0.86 1.13 0.89
C4' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.25 0.17 0.31 0.23 0.21 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.14 0.22 0.26 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.22 0.07 0.96 0.02 1.01 1.51 1.08
C5' 0.08 0.36 0.24 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.19 0.41 0.27 0.50 0.33 0.37 0.15 0.11 0.23 0.02 0.01 0.22 0.31 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.35 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.25 0.11 1.00 0.01 1.10 1.61 1.17
C8 0.04 0.01 0.18 0.37 0.01 0.25 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.39 0.25 0.15 1.00 0.04 0.99 1.51 1.10
N1 0.05 0.01 0.28 0.36 0.02 0.17 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.28 0.35 0.19 0.98 0.01 1.08 1.44 1.14
N2 0.08 0.01 0.43 0.45 0.02 0.31 0.02 0.50 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.59 0.28 0.96 0.02 1.08 1.27 1.16
N3 0.07 0.01 0.36 0.35 0.01 0.23 0.01 0.33 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.47 0.23 0.82 0.01 0.88 1.03 0.92
N7 0.03 0.01 0.10 0.39 0.01 0.21 0.01 0.37 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.26 0.09 1.06 0.04 1.11 1.77 1.23
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.20 0.03 0.74 0.02 0.75 1.00 0.77
O2' 0.02 0.27 0.00 0.03 0.23 0.29 0.32 0.11 0.32 0.39 0.28 0.33 0.25 0.41 0.22 0.00 0.07 0.20 0.33 0.36 0.69 0.56 0.38
O3' 0.36 0.46 0.04 0.02 0.28 0.03 0.22 0.23 0.25 0.25 0.35 0.59 0.47 0.26 0.20 0.07 0.00 0.25 0.22 0.26 0.56 0.48 0.28
O4' 0.01 0.24 0.03 0.02 0.12 0.01 0.07 0.02 0.11 0.15 0.19 0.28 0.23 0.09 0.03 0.20 0.25 0.00 0.41 0.08 0.41 0.46 0.42
O5' 0.43 0.92 0.37 0.17 0.82 0.02 0.96 0.01 1.00 1.00 0.98 0.96 0.82 1.06 0.74 0.33 0.22 0.41 0.00 1.07 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.39 0.02 0.14 0.02 0.22 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.36 0.26 0.08 1.07 0.00 1.20 1.83 1.28
OP1 0.52 1.01 0.65 0.47 0.86 0.22 1.01 0.31 1.10 0.99 1.08 1.08 0.88 1.11 0.75 0.69 0.56 0.41 0.03 1.20 0.00 0.02 0.00
OP2 0.49 1.23 0.48 0.33 1.13 0.26 1.51 0.29 1.61 1.51 1.44 1.27 1.03 1.77 1.00 0.56 0.48 0.46 0.02 1.83 0.02 0.00 0.01
P 0.43 1.07 0.40 0.16 0.89 0.06 1.08 0.02 1.17 1.10 1.14 1.16 0.92 1.23 0.77 0.38 0.28 0.42 0.01 1.28 0.00 0.01 0.00