ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55481

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 3, 1, 3, 1, 3, 1, 2, 3, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.025, 0.041, 0.057, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.025, 0.041, 0.057, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.017, 0.036, 0.056, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.034, 0.064, 0.094, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.064 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.043, 0.073, 0.103, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.073 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.045, 0.081, 0.117, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.081 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.009, 0.054, 0.100, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.054 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.114, 0.244, 0.373, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.244 std_dev=0.129
C2' A 0, 0.171, 0.314, 0.457, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.314 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.270, 0.442, 0.614, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.442 std_dev=0.172
C4' A 0, 0.179, 0.380, 0.580, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.380 std_dev=0.201
C3' A 0, 0.229, 0.452, 0.675, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.452 std_dev=0.223
O5' A 0, 0.329, 0.641, 0.953, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.641 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.345, 0.663, 0.982, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.663 std_dev=0.319
C5' A 0, 0.304, 0.636, 0.969, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.636 std_dev=0.332
N2 B 0, 0.372, 0.751, 1.130, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.751 std_dev=0.379
N3 B 0, 0.299, 0.686, 1.072, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.686 std_dev=0.387
P A 0, 0.366, 0.780, 1.193, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.780 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.398, 0.811, 1.225, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.811 std_dev=0.413
C4 B 0, 0.365, 0.801, 1.238, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.801 std_dev=0.437
OP2 A 0, 0.318, 0.777, 1.236, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.777 std_dev=0.459
OP1 A 0, 0.443, 0.913, 1.382, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.913 std_dev=0.469
C5 B 0, 0.544, 1.051, 1.559, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.051 std_dev=0.508
N9 B 0, 0.251, 0.767, 1.283, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.767 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.699, 1.227, 1.754, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.227 std_dev=0.528
N7 B 0, 0.599, 1.133, 1.667, 2.062 max_d=2.062 avg_d=1.133 std_dev=0.534
C8 B 0, 0.385, 0.926, 1.467, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.926 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.243, 0.805, 1.367, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.805 std_dev=0.562
O4' B 0, 0.526, 1.114, 1.701, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.114 std_dev=0.587
N1 B 0, 0.475, 1.065, 1.655, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.065 std_dev=0.590
C6 B 0, 0.580, 1.212, 1.844, 2.228 max_d=2.228 avg_d=1.212 std_dev=0.632
P B 0, 0.555, 1.242, 1.928, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.242 std_dev=0.686
O5' B 0, 0.673, 1.391, 2.109, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.391 std_dev=0.718
OP1 B 0, 0.883, 1.612, 2.341, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.612 std_dev=0.729
C5' B 0, 0.899, 1.650, 2.402, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.650 std_dev=0.752
C4' B 0, 0.947, 1.704, 2.462, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.704 std_dev=0.757
OP2 B 0, 0.683, 1.441, 2.199, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.441 std_dev=0.758
O6 B 0, 0.679, 1.470, 2.260, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.470 std_dev=0.790
O2' B 0, 0.179, 1.041, 1.903, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.041 std_dev=0.862
C3' B 0, 1.189, 2.151, 3.114, 3.108 max_d=3.108 avg_d=2.151 std_dev=0.963
O3' B 0, 1.714, 3.139, 4.563, 4.505 max_d=4.505 avg_d=3.139 std_dev=1.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.05 0.08 0.10 0.06
C2 0.04 0.00 0.18 0.19 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.26 0.04 0.14 0.03 0.14 0.19 0.14
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.02 0.09 0.10 0.14 0.23 0.18 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.08 0.09 0.13 0.14 0.09
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.13 0.15 0.16 0.24 0.18 0.13 0.06 0.02 0.01 0.03 0.11 0.13 0.16 0.14 0.12
C4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.04 0.14 0.04 0.14 0.17 0.14
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.12 0.05 0.19 0.03 0.19 0.23 0.20
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.12 0.13 0.09 0.09 0.07 0.14 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.15 0.10 0.03 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.13 0.02 0.06 0.02 0.12 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.09 0.16 0.07 0.20 0.01 0.22 0.26 0.22
C8 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.05 0.21 0.04 0.20 0.21 0.19
N1 0.03 0.01 0.14 0.16 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.22 0.05 0.18 0.03 0.18 0.23 0.19
N2 0.06 0.01 0.23 0.24 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.23 0.34 0.05 0.13 0.04 0.14 0.17 0.12
N3 0.04 0.01 0.18 0.18 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.23 0.04 0.13 0.03 0.12 0.16 0.11
N7 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.14 0.05 0.22 0.05 0.24 0.26 0.23
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.14 0.05 0.12 0.14 0.12
O2' 0.04 0.18 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.14 0.23 0.16 0.07 0.04 0.00 0.07 0.05 0.08 0.09 0.12 0.12 0.08
O3' 0.02 0.26 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.06 0.16 0.16 0.22 0.34 0.23 0.14 0.06 0.07 0.00 0.03 0.16 0.16 0.23 0.19 0.18
O4' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07
O5' 0.07 0.14 0.08 0.11 0.14 0.02 0.19 0.02 0.20 0.21 0.18 0.13 0.13 0.22 0.14 0.08 0.16 0.08 0.00 0.23 0.03 0.02 0.01
O6 0.05 0.03 0.09 0.13 0.04 0.08 0.03 0.15 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.09 0.16 0.09 0.23 0.00 0.26 0.31 0.26
OP1 0.08 0.14 0.13 0.16 0.14 0.10 0.19 0.10 0.22 0.20 0.18 0.14 0.12 0.24 0.12 0.12 0.23 0.09 0.03 0.26 0.00 0.03 0.01
OP2 0.10 0.19 0.14 0.14 0.17 0.05 0.23 0.03 0.26 0.21 0.23 0.17 0.16 0.26 0.14 0.12 0.19 0.11 0.02 0.31 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.14 0.09 0.12 0.14 0.02 0.20 0.02 0.22 0.19 0.19 0.12 0.11 0.23 0.12 0.08 0.18 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.21 0.44 0.35 0.24 0.32 0.19 0.33 0.18 0.23 0.17 0.23 0.26 0.19 0.26 0.45 0.51 0.36 0.35 0.19 0.31 0.26 0.30
C2 0.34 0.21 0.30 0.38 0.26 0.39 0.23 0.40 0.20 0.28 0.19 0.19 0.26 0.25 0.29 0.34 0.83 0.45 0.38 0.20 0.37 0.34 0.37
C2' 0.22 0.18 0.34 0.23 0.18 0.24 0.17 0.26 0.19 0.16 0.19 0.21 0.19 0.17 0.18 0.33 0.48 0.30 0.25 0.23 0.22 0.23 0.22
C3' 0.13 0.12 0.30 0.16 0.12 0.14 0.15 0.17 0.19 0.13 0.17 0.15 0.12 0.16 0.11 0.24 0.35 0.23 0.17 0.24 0.13 0.22 0.15
C4 0.34 0.21 0.37 0.32 0.26 0.35 0.22 0.36 0.18 0.26 0.17 0.20 0.27 0.23 0.29 0.39 0.64 0.41 0.36 0.17 0.34 0.30 0.34
C4' 0.19 0.13 0.37 0.28 0.13 0.19 0.13 0.21 0.15 0.12 0.13 0.18 0.16 0.13 0.14 0.35 0.34 0.23 0.23 0.20 0.18 0.21 0.18
C5 0.34 0.20 0.35 0.32 0.27 0.36 0.22 0.37 0.18 0.28 0.17 0.18 0.27 0.24 0.30 0.37 0.67 0.43 0.37 0.17 0.34 0.32 0.35
C5' 0.13 0.09 0.34 0.30 0.09 0.13 0.11 0.14 0.15 0.10 0.12 0.14 0.10 0.13 0.09 0.30 0.25 0.17 0.18 0.21 0.14 0.22 0.14
C6 0.34 0.20 0.29 0.37 0.27 0.39 0.24 0.40 0.20 0.30 0.18 0.17 0.26 0.26 0.30 0.33 0.83 0.46 0.39 0.19 0.37 0.35 0.38
C8 0.33 0.21 0.44 0.35 0.25 0.33 0.20 0.34 0.17 0.24 0.16 0.22 0.27 0.21 0.27 0.44 0.49 0.37 0.36 0.17 0.32 0.27 0.32
N1 0.34 0.20 0.27 0.41 0.26 0.41 0.24 0.41 0.20 0.29 0.19 0.18 0.25 0.26 0.30 0.32 0.90 0.46 0.39 0.20 0.38 0.36 0.38
N2 0.34 0.20 0.28 0.41 0.26 0.42 0.23 0.42 0.20 0.28 0.19 0.18 0.25 0.25 0.29 0.33 0.90 0.47 0.40 0.20 0.39 0.36 0.39
N3 0.34 0.21 0.35 0.33 0.26 0.37 0.22 0.38 0.19 0.27 0.18 0.20 0.27 0.23 0.29 0.38 0.71 0.43 0.37 0.19 0.35 0.31 0.35
N7 0.33 0.20 0.40 0.31 0.26 0.33 0.21 0.35 0.17 0.26 0.16 0.18 0.27 0.22 0.29 0.40 0.54 0.39 0.36 0.16 0.32 0.29 0.33
N9 0.33 0.22 0.42 0.33 0.25 0.33 0.20 0.34 0.17 0.25 0.17 0.22 0.27 0.21 0.27 0.43 0.53 0.38 0.36 0.18 0.32 0.28 0.32
O2' 0.24 0.18 0.37 0.26 0.17 0.26 0.16 0.28 0.18 0.16 0.18 0.21 0.20 0.16 0.18 0.38 0.50 0.31 0.26 0.22 0.23 0.22 0.22
O3' 0.11 0.12 0.29 0.14 0.14 0.13 0.22 0.17 0.26 0.19 0.21 0.11 0.10 0.24 0.14 0.19 0.32 0.22 0.15 0.31 0.14 0.28 0.18
O4' 0.29 0.19 0.44 0.36 0.21 0.30 0.18 0.31 0.17 0.21 0.17 0.22 0.24 0.18 0.24 0.44 0.43 0.32 0.34 0.21 0.30 0.24 0.28
O5' 0.13 0.10 0.34 0.30 0.09 0.12 0.11 0.13 0.14 0.10 0.12 0.15 0.11 0.12 0.10 0.27 0.24 0.16 0.18 0.19 0.15 0.23 0.16
O6 0.34 0.19 0.26 0.42 0.27 0.41 0.25 0.41 0.21 0.31 0.18 0.19 0.24 0.28 0.31 0.32 0.93 0.47 0.40 0.21 0.38 0.36 0.39
OP1 0.21 0.19 0.33 0.39 0.24 0.21 0.29 0.20 0.31 0.28 0.27 0.15 0.19 0.31 0.23 0.21 0.22 0.26 0.21 0.37 0.24 0.34 0.25
OP2 0.16 0.14 0.31 0.33 0.14 0.15 0.14 0.14 0.16 0.14 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.23 0.18 0.19 0.16 0.18 0.16 0.25 0.17
P 0.13 0.12 0.33 0.36 0.12 0.14 0.15 0.11 0.18 0.13 0.16 0.14 0.11 0.16 0.12 0.24 0.21 0.15 0.16 0.22 0.15 0.24 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02 0.01 0.03 0.23 0.01 0.15 0.03 0.14 0.32 0.18
C2 0.04 0.00 0.23 0.22 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.15 0.11 0.13 0.02 0.14 0.27 0.16
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.04 0.08 0.15 0.13 0.11 0.19 0.27 0.22 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.36 0.12 0.34 0.50 0.38
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.23 0.01 0.30 0.02 0.32 0.26 0.28 0.20 0.18 0.31 0.19 0.04 0.01 0.04 0.12 0.36 0.15 0.17 0.07
C4 0.01 0.01 0.12 0.23 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.08 0.06 0.13 0.02 0.13 0.27 0.16
C4' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.05 0.09 0.04 0.13 0.06 0.27 0.05 0.01 0.02 0.11 0.09 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.13 0.04 0.16 0.02 0.15 0.25 0.16
C5' 0.06 0.06 0.15 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.11 0.07 0.09 0.06 0.12 0.06 0.14 0.19 0.02 0.01 0.09 0.09 0.11 0.02
C6 0.02 0.02 0.13 0.32 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.27 0.15 0.05 0.17 0.01 0.16 0.24 0.17
C8 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.13 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.27 0.16 0.09 0.16 0.04 0.15 0.27 0.17
N1 0.02 0.01 0.19 0.28 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.08 0.15 0.02 0.14 0.25 0.16
N2 0.08 0.01 0.27 0.20 0.03 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.23 0.15 0.13 0.05 0.15 0.28 0.17
N3 0.04 0.01 0.22 0.18 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.12 0.19 0.11 0.12 0.02 0.13 0.28 0.16
N7 0.02 0.02 0.07 0.31 0.02 0.13 0.00 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.31 0.21 0.07 0.19 0.04 0.16 0.24 0.17
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.18 0.05 0.03 0.13 0.03 0.13 0.29 0.16
O2' 0.03 0.14 0.01 0.04 0.18 0.27 0.26 0.14 0.27 0.27 0.21 0.11 0.12 0.31 0.18 0.00 0.11 0.17 0.23 0.30 0.23 0.52 0.28
O3' 0.23 0.15 0.04 0.01 0.08 0.05 0.13 0.19 0.15 0.16 0.11 0.23 0.19 0.21 0.05 0.11 0.00 0.15 0.23 0.22 0.42 0.31 0.29
O4' 0.01 0.11 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.15 0.11 0.07 0.03 0.17 0.15 0.00 0.13 0.06 0.13 0.31 0.16
O5' 0.15 0.13 0.36 0.12 0.13 0.02 0.16 0.01 0.17 0.16 0.15 0.13 0.12 0.19 0.13 0.23 0.23 0.13 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.36 0.02 0.11 0.02 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.30 0.22 0.06 0.19 0.00 0.18 0.24 0.17
OP1 0.14 0.14 0.34 0.15 0.13 0.09 0.15 0.09 0.16 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.23 0.42 0.13 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01
OP2 0.32 0.27 0.50 0.17 0.27 0.18 0.25 0.11 0.24 0.27 0.25 0.28 0.28 0.24 0.29 0.52 0.31 0.31 0.02 0.24 0.03 0.00 0.01
P 0.18 0.16 0.38 0.07 0.16 0.04 0.16 0.02 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.28 0.29 0.16 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00