ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55482

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 5, 3, 4, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.023, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.033, 0.050, 0.067, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.050 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.037, 0.054, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.054 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.035, 0.055, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.055 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.033, 0.053, 0.073, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.053 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.043, 0.067, 0.090, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.067 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.030, 0.054, 0.077, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.054 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.050, 0.079, 0.108, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.079 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.053, 0.088, 0.124, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.088 std_dev=0.035
C2 B 0, 0.495, 0.722, 0.949, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.722 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.666, 0.931, 1.196, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.931 std_dev=0.265
N2 B 0, 0.553, 0.832, 1.110, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.832 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.240, 0.524, 0.809, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.524 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.649, 0.939, 1.230, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.939 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.470, 0.777, 1.083, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.777 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.252, 0.603, 0.953, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.603 std_dev=0.351
N9 B 0, 0.897, 1.276, 1.656, 1.766 max_d=1.766 avg_d=1.276 std_dev=0.380
N7 B 0, 0.548, 0.980, 1.411, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.980 std_dev=0.431
C8 B 0, 0.769, 1.205, 1.642, 1.728 max_d=1.728 avg_d=1.205 std_dev=0.437
O6 B 0, 0.271, 0.743, 1.216, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.743 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.595, 1.140, 1.685, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.140 std_dev=0.545
C1' B 0, 1.280, 1.833, 2.386, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.833 std_dev=0.553
C2' A 0, 0.534, 1.096, 1.659, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.096 std_dev=0.562
O4' A 0, 0.587, 1.248, 1.909, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.248 std_dev=0.661
O3' B 0, 1.078, 1.822, 2.567, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.822 std_dev=0.745
C3' A 0, 0.920, 1.737, 2.554, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.737 std_dev=0.817
O2' B 0, 1.684, 2.523, 3.362, 3.436 max_d=3.436 avg_d=2.523 std_dev=0.839
C4' A 0, 1.138, 2.016, 2.894, 2.884 max_d=2.884 avg_d=2.016 std_dev=0.878
C3' B 0, 1.364, 2.270, 3.176, 3.998 max_d=3.998 avg_d=2.270 std_dev=0.906
O2' A 0, 0.608, 1.616, 2.624, 4.440 max_d=4.440 avg_d=1.616 std_dev=1.008
O4' B 0, 2.888, 3.908, 4.928, 4.929 max_d=4.929 avg_d=3.908 std_dev=1.020
O3' A 0, 0.824, 1.951, 3.079, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.951 std_dev=1.128
C4' B 0, 2.962, 4.173, 5.384, 5.707 max_d=5.707 avg_d=4.173 std_dev=1.211
C5' A 0, 1.844, 3.256, 4.667, 5.281 max_d=5.281 avg_d=3.256 std_dev=1.412
C5' B 0, 4.878, 6.504, 8.130, 8.265 max_d=8.265 avg_d=6.504 std_dev=1.626
O5' A 0, 0.768, 2.456, 4.145, 7.107 max_d=7.107 avg_d=2.456 std_dev=1.688
O5' B 0, 5.580, 7.373, 9.167, 9.083 max_d=9.083 avg_d=7.373 std_dev=1.793
P B 0, 7.810, 10.216, 12.623, 12.221 max_d=12.221 avg_d=10.216 std_dev=2.406
P A 0, 0.583, 3.085, 5.586, 10.236 max_d=10.236 avg_d=3.085 std_dev=2.501
OP2 B 0, 8.479, 11.075, 13.671, 12.892 max_d=12.892 avg_d=11.075 std_dev=2.596
OP1 B 0, 8.451, 11.068, 13.685, 13.400 max_d=13.400 avg_d=11.068 std_dev=2.617
OP1 A 0, 0.716, 3.381, 6.045, 11.006 max_d=11.006 avg_d=3.381 std_dev=2.664
OP2 A 0, 0.821, 3.505, 6.189, 11.288 max_d=11.288 avg_d=3.505 std_dev=2.684

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.28 0.01 0.27 0.02 0.76 0.35 0.36
C2 0.04 0.00 0.38 0.34 0.01 0.44 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.13 0.47 1.29 0.01 1.46 1.86 1.51
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.20 0.02 0.10 0.18 0.17 0.19 0.29 0.45 0.37 0.11 0.03 0.00 0.02 0.03 0.44 0.13 0.87 0.54 0.53
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.31 0.01 0.38 0.02 0.40 0.37 0.37 0.36 0.31 0.42 0.25 0.01 0.01 0.02 0.29 0.43 0.68 0.33 0.32
C4 0.02 0.01 0.20 0.31 0.00 0.18 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.24 0.09 0.24 0.68 0.01 0.88 0.97 0.73
C4' 0.02 0.44 0.02 0.01 0.18 0.00 0.14 0.01 0.17 0.35 0.31 0.58 0.42 0.28 0.11 0.31 0.01 0.00 0.02 0.16 0.55 0.23 0.21
C5 0.01 0.01 0.10 0.38 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.17 0.10 0.53 0.01 0.78 0.92 0.58
C5' 0.06 0.82 0.18 0.02 0.34 0.01 0.26 0.00 0.36 0.55 0.61 1.09 0.75 0.47 0.17 0.15 0.22 0.02 0.01 0.33 0.33 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.40 0.01 0.17 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.19 0.20 0.71 0.01 0.92 1.19 0.82
C8 0.02 0.01 0.19 0.37 0.00 0.35 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.49 0.18 0.26 0.53 0.02 0.88 0.85 0.64
N1 0.03 0.00 0.29 0.37 0.01 0.31 0.01 0.61 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.14 0.35 1.05 0.01 1.25 1.62 1.25
N2 0.06 0.01 0.45 0.36 0.02 0.58 0.01 1.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.52 0.18 0.57 1.61 0.02 1.88 2.41 1.98
N3 0.04 0.01 0.37 0.31 0.00 0.42 0.01 0.75 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.14 0.47 1.16 0.02 1.28 1.52 1.28
N7 0.01 0.01 0.11 0.42 0.01 0.28 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.48 0.23 0.14 0.46 0.02 0.81 0.88 0.56
N9 0.00 0.01 0.03 0.25 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.09 0.01 0.36 0.01 0.75 0.59 0.41
O2' 0.03 0.39 0.00 0.01 0.24 0.31 0.33 0.15 0.32 0.49 0.31 0.52 0.38 0.48 0.25 0.00 0.06 0.21 0.29 0.37 0.98 0.49 0.54
O3' 0.28 0.13 0.02 0.01 0.09 0.01 0.17 0.22 0.19 0.18 0.14 0.18 0.14 0.23 0.09 0.06 0.00 0.18 0.19 0.24 0.64 0.41 0.24
O4' 0.01 0.47 0.03 0.02 0.24 0.00 0.10 0.02 0.20 0.26 0.35 0.57 0.47 0.14 0.01 0.21 0.18 0.00 0.27 0.14 0.72 0.35 0.38
O5' 0.27 1.29 0.44 0.29 0.68 0.02 0.53 0.01 0.71 0.53 1.05 1.61 1.16 0.46 0.36 0.29 0.19 0.27 0.00 0.63 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.13 0.43 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.37 0.24 0.14 0.63 0.00 0.85 1.16 0.74
OP1 0.76 1.46 0.87 0.68 0.88 0.55 0.78 0.33 0.92 0.88 1.25 1.88 1.28 0.81 0.75 0.98 0.64 0.72 0.02 0.85 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 1.86 0.54 0.33 0.97 0.23 0.92 0.37 1.19 0.85 1.62 2.41 1.52 0.88 0.59 0.49 0.41 0.35 0.01 1.16 0.01 0.00 0.00
P 0.36 1.51 0.53 0.32 0.73 0.21 0.58 0.01 0.82 0.64 1.25 1.98 1.28 0.56 0.41 0.54 0.24 0.38 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.23 0.34 0.41 0.22 0.30 0.31 0.48 0.32 0.33 0.21 0.36 0.22 0.39 0.23 0.42 0.51 0.35 0.77 0.46 0.79 1.37 0.91
C2 0.32 0.30 0.49 0.36 0.30 0.40 0.37 0.62 0.43 0.33 0.36 0.34 0.30 0.39 0.30 0.61 0.56 0.50 0.73 0.54 0.75 1.12 0.82
C2' 0.36 0.27 0.46 0.51 0.41 0.49 0.57 0.68 0.57 0.62 0.36 0.33 0.29 0.70 0.45 0.58 0.69 0.53 1.06 0.75 1.11 1.67 1.22
C3' 0.62 0.67 0.47 0.62 0.60 0.74 0.58 0.90 0.58 0.59 0.61 0.78 0.66 0.61 0.59 0.38 0.41 0.81 1.23 0.61 1.29 1.84 1.38
C4 0.26 0.26 0.42 0.38 0.27 0.34 0.35 0.54 0.40 0.33 0.31 0.35 0.26 0.39 0.27 0.50 0.52 0.43 0.73 0.53 0.74 1.20 0.83
C4' 0.64 0.60 0.55 0.73 0.64 0.75 0.67 0.89 0.66 0.70 0.60 0.63 0.61 0.73 0.66 0.38 0.53 0.79 1.27 0.71 1.35 1.89 1.43
C5 0.28 0.28 0.44 0.36 0.29 0.35 0.36 0.55 0.43 0.33 0.35 0.35 0.28 0.39 0.28 0.53 0.52 0.45 0.71 0.54 0.71 1.11 0.79
C5' 1.12 0.95 1.01 1.18 1.11 1.25 1.20 1.40 1.17 1.27 1.01 0.86 1.00 1.31 1.17 0.80 0.91 1.28 1.81 1.26 1.94 2.43 2.01
C6 0.34 0.32 0.51 0.35 0.32 0.41 0.38 0.61 0.45 0.34 0.40 0.35 0.32 0.39 0.32 0.64 0.57 0.51 0.69 0.54 0.72 1.00 0.76
C8 0.22 0.24 0.36 0.41 0.23 0.29 0.32 0.47 0.36 0.32 0.24 0.38 0.22 0.39 0.24 0.42 0.49 0.35 0.74 0.51 0.74 1.26 0.85
N1 0.35 0.32 0.52 0.36 0.32 0.43 0.38 0.64 0.44 0.34 0.39 0.34 0.32 0.39 0.32 0.67 0.59 0.53 0.71 0.54 0.75 1.03 0.78
N2 0.33 0.31 0.50 0.36 0.31 0.43 0.37 0.65 0.43 0.34 0.37 0.34 0.31 0.40 0.31 0.65 0.58 0.52 0.74 0.55 0.78 1.12 0.83
N3 0.28 0.27 0.44 0.37 0.28 0.37 0.35 0.57 0.41 0.33 0.32 0.34 0.28 0.39 0.27 0.53 0.53 0.46 0.74 0.53 0.75 1.20 0.85
N7 0.25 0.26 0.40 0.38 0.26 0.31 0.35 0.49 0.41 0.32 0.31 0.37 0.25 0.39 0.26 0.46 0.49 0.40 0.70 0.53 0.70 1.14 0.79
N9 0.22 0.24 0.37 0.40 0.24 0.31 0.33 0.49 0.36 0.32 0.25 0.36 0.23 0.39 0.24 0.43 0.50 0.38 0.75 0.50 0.76 1.28 0.87
O2' 0.82 0.63 0.96 0.93 0.84 0.89 0.96 1.03 0.94 1.03 0.74 0.49 0.69 1.08 0.89 1.12 1.17 0.88 1.23 1.05 1.25 1.72 1.36
O3' 0.56 0.57 0.45 0.55 0.53 0.69 0.51 0.87 0.49 0.53 0.50 0.65 0.57 0.54 0.54 0.50 0.39 0.76 1.07 0.52 1.10 1.71 1.21
O4' 0.44 0.41 0.47 0.65 0.43 0.54 0.48 0.67 0.47 0.50 0.41 0.46 0.41 0.54 0.45 0.27 0.52 0.54 1.03 0.54 1.10 1.64 1.19
O5' 1.08 0.83 1.04 1.23 1.07 1.20 1.22 1.33 1.16 1.33 0.93 0.70 0.89 1.39 1.16 0.79 1.00 1.21 1.81 1.31 1.96 2.42 2.00
O6 0.37 0.35 0.55 0.36 0.35 0.43 0.39 0.63 0.46 0.35 0.44 0.36 0.35 0.39 0.34 0.71 0.60 0.54 0.67 0.53 0.72 0.90 0.72
OP1 1.53 1.23 1.46 1.63 1.50 1.68 1.66 1.87 1.58 1.83 1.33 1.09 1.30 1.88 1.62 1.21 1.34 1.68 2.34 1.72 2.56 2.99 2.59
OP2 1.80 1.44 1.71 1.84 1.79 1.94 2.00 2.12 1.91 2.16 1.57 1.25 1.54 2.25 1.91 1.48 1.58 1.97 2.54 2.09 2.76 3.14 2.80
P 1.43 1.09 1.36 1.51 1.42 1.55 1.61 1.73 1.54 1.76 1.23 0.91 1.18 1.84 1.53 1.11 1.21 1.57 2.20 1.72 2.40 2.84 2.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.30 0.00 0.34 0.02 0.47 0.32 0.32
C2 0.04 0.00 0.34 0.21 0.01 0.24 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.51 0.37 0.62 0.01 0.63 0.81 0.64
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.19 0.03 0.11 0.19 0.17 0.17 0.27 0.40 0.33 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.39 0.14 0.65 0.43 0.42
C3' 0.03 0.21 0.00 0.00 0.21 0.00 0.31 0.01 0.31 0.38 0.25 0.23 0.19 0.40 0.22 0.02 0.01 0.03 0.27 0.35 0.55 0.36 0.29
C4 0.02 0.01 0.19 0.21 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.29 0.19 0.58 0.01 0.58 0.79 0.60
C4' 0.01 0.24 0.03 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.13 0.28 0.18 0.33 0.23 0.24 0.10 0.29 0.03 0.00 0.02 0.15 0.32 0.25 0.09
C5 0.01 0.01 0.11 0.31 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.22 0.09 0.69 0.01 0.70 1.06 0.77
C5' 0.08 0.42 0.19 0.01 0.26 0.01 0.30 0.00 0.32 0.41 0.37 0.52 0.38 0.41 0.20 0.12 0.21 0.02 0.01 0.35 0.29 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.31 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.28 0.16 0.71 0.00 0.73 1.15 0.81
C8 0.01 0.01 0.17 0.38 0.00 0.28 0.01 0.41 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.40 0.23 0.20 0.72 0.02 0.77 0.98 0.81
N1 0.03 0.00 0.27 0.25 0.01 0.18 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.40 0.29 0.67 0.01 0.67 1.01 0.73
N2 0.05 0.01 0.40 0.23 0.01 0.33 0.01 0.52 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.56 0.64 0.45 0.63 0.02 0.68 0.77 0.64
N3 0.04 0.01 0.33 0.19 0.01 0.23 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.43 0.50 0.37 0.56 0.01 0.58 0.68 0.55
N7 0.01 0.01 0.09 0.40 0.01 0.24 0.00 0.41 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.24 0.11 0.77 0.03 0.84 1.21 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.16 0.02 0.54 0.01 0.56 0.67 0.55
O2' 0.01 0.45 0.00 0.02 0.26 0.29 0.28 0.12 0.31 0.40 0.37 0.56 0.43 0.37 0.19 0.00 0.07 0.20 0.30 0.32 0.67 0.45 0.36
O3' 0.30 0.51 0.03 0.01 0.29 0.03 0.22 0.21 0.28 0.23 0.40 0.64 0.50 0.24 0.16 0.07 0.00 0.21 0.38 0.28 0.68 0.59 0.43
O4' 0.00 0.37 0.02 0.03 0.19 0.00 0.09 0.02 0.16 0.20 0.29 0.45 0.37 0.11 0.02 0.20 0.21 0.00 0.29 0.11 0.40 0.24 0.28
O5' 0.34 0.62 0.39 0.27 0.58 0.02 0.69 0.01 0.71 0.72 0.67 0.63 0.56 0.77 0.54 0.30 0.38 0.29 0.00 0.77 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.15 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.32 0.28 0.11 0.77 0.00 0.82 1.31 0.92
OP1 0.47 0.63 0.65 0.55 0.58 0.32 0.70 0.29 0.73 0.77 0.67 0.68 0.58 0.84 0.56 0.67 0.68 0.40 0.01 0.82 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.81 0.43 0.36 0.79 0.25 1.06 0.33 1.15 0.98 1.01 0.77 0.68 1.21 0.67 0.45 0.59 0.24 0.02 1.31 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.64 0.42 0.29 0.60 0.09 0.77 0.02 0.81 0.81 0.73 0.64 0.55 0.91 0.55 0.36 0.43 0.28 0.01 0.92 0.00 0.00 0.00