ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55483

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N7 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.030 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N3 B 0, 0.291, 0.521, 0.750, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.521 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.267, 0.498, 0.728, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.498 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.268, 0.512, 0.756, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.512 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.221, 0.508, 0.796, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.508 std_dev=0.288
N9 B 0, 0.290, 0.580, 0.870, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.580 std_dev=0.290
N2 B 0, 0.328, 0.650, 0.971, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.650 std_dev=0.321
C5 B 0, 0.228, 0.556, 0.883, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.556 std_dev=0.327
C8 B 0, 0.372, 0.707, 1.043, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.707 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.340, 0.691, 1.042, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.691 std_dev=0.351
C6 B 0, 0.167, 0.556, 0.945, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.556 std_dev=0.389
N7 B 0, 0.296, 0.715, 1.135, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.715 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.480, 0.954, 1.427, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.954 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.352, 0.849, 1.346, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.849 std_dev=0.497
O4' B 0, 0.382, 0.888, 1.393, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.888 std_dev=0.506
O6 B 0, 0.197, 0.708, 1.218, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.708 std_dev=0.511
C4' B 0, 0.328, 0.860, 1.393, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.860 std_dev=0.533
O4' A 0, 0.098, 0.650, 1.202, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.650 std_dev=0.552
C2' A 0, 0.066, 0.641, 1.215, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.641 std_dev=0.575
O3' B 0, 0.648, 1.371, 2.093, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.371 std_dev=0.722
O2' B 0, 0.515, 1.319, 2.123, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.319 std_dev=0.804
C5' B 0, 0.606, 1.419, 2.232, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.419 std_dev=0.813
C3' A 0, 0.241, 1.061, 1.880, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.061 std_dev=0.819
C4' A 0, 0.195, 1.077, 1.958, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.077 std_dev=0.881
O5' B 0, 0.679, 1.564, 2.449, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.564 std_dev=0.885
O2' A 0, -0.011, 0.939, 1.888, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.939 std_dev=0.950
O3' A 0, 0.322, 1.417, 2.511, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.417 std_dev=1.095
O5' A 0, 0.465, 1.670, 2.875, 4.354 max_d=4.354 avg_d=1.670 std_dev=1.205
C5' A 0, 0.350, 1.588, 2.825, 3.671 max_d=3.671 avg_d=1.588 std_dev=1.237
P B 0, 0.837, 2.116, 3.395, 4.178 max_d=4.178 avg_d=2.116 std_dev=1.279
OP1 B 0, 1.284, 2.655, 4.025, 5.016 max_d=5.016 avg_d=2.655 std_dev=1.370
OP2 B 0, 0.858, 2.255, 3.651, 4.484 max_d=4.484 avg_d=2.255 std_dev=1.396
P A 0, 0.179, 1.662, 3.144, 5.156 max_d=5.156 avg_d=1.662 std_dev=1.482
OP2 A 0, 0.219, 1.985, 3.752, 6.172 max_d=6.172 avg_d=1.985 std_dev=1.767
OP1 A 0, 0.323, 2.176, 4.030, 6.585 max_d=6.585 avg_d=2.176 std_dev=1.853

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.26 0.01 0.39 0.32 0.22
C2 0.03 0.00 0.35 0.26 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.25 0.24 0.29 0.01 0.43 0.45 0.17
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.18 0.03 0.10 0.23 0.17 0.18 0.28 0.42 0.34 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.44 0.13 0.56 0.47 0.39
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.28 0.00 0.36 0.03 0.38 0.33 0.33 0.22 0.21 0.39 0.24 0.04 0.01 0.02 0.41 0.41 0.59 0.27 0.29
C4 0.01 0.01 0.18 0.28 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.17 0.13 0.37 0.01 0.31 0.54 0.21
C4' 0.01 0.11 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.22 0.06 0.17 0.11 0.20 0.09 0.33 0.03 0.01 0.03 0.11 0.44 0.22 0.19
C5 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.19 0.07 0.51 0.01 0.30 0.77 0.35
C5' 0.11 0.19 0.23 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.22 0.30 0.19 0.22 0.18 0.31 0.17 0.14 0.22 0.02 0.01 0.26 0.33 0.37 0.03
C6 0.02 0.00 0.17 0.38 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.21 0.11 0.48 0.01 0.29 0.79 0.32
C8 0.02 0.01 0.18 0.33 0.00 0.22 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.21 0.14 0.66 0.01 0.45 0.83 0.53
N1 0.03 0.01 0.28 0.33 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.20 0.19 0.37 0.01 0.35 0.62 0.21
N2 0.04 0.00 0.42 0.22 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.32 0.29 0.28 0.01 0.55 0.35 0.22
N3 0.03 0.01 0.34 0.21 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.28 0.23 0.26 0.01 0.41 0.38 0.16
N7 0.02 0.01 0.10 0.39 0.00 0.20 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.26 0.07 0.67 0.01 0.42 0.95 0.55
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.14 0.02 0.41 0.01 0.33 0.54 0.28
O2' 0.03 0.27 0.00 0.04 0.19 0.33 0.31 0.14 0.29 0.44 0.23 0.38 0.27 0.45 0.22 0.00 0.09 0.22 0.39 0.34 0.50 0.53 0.35
O3' 0.31 0.25 0.04 0.01 0.17 0.03 0.19 0.22 0.21 0.21 0.20 0.32 0.28 0.26 0.14 0.09 0.00 0.22 0.38 0.25 0.70 0.38 0.36
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.13 0.01 0.07 0.02 0.11 0.14 0.19 0.29 0.23 0.07 0.02 0.22 0.22 0.00 0.14 0.09 0.43 0.25 0.25
O5' 0.26 0.29 0.44 0.41 0.37 0.03 0.51 0.01 0.48 0.66 0.37 0.28 0.26 0.67 0.41 0.39 0.38 0.14 0.00 0.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.13 0.41 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.25 0.09 0.55 0.00 0.31 0.92 0.41
OP1 0.39 0.43 0.56 0.59 0.31 0.44 0.30 0.33 0.29 0.45 0.35 0.55 0.41 0.42 0.33 0.50 0.70 0.43 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.45 0.47 0.27 0.54 0.22 0.77 0.37 0.79 0.83 0.62 0.35 0.38 0.95 0.54 0.53 0.38 0.25 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.17 0.39 0.29 0.21 0.19 0.35 0.03 0.32 0.53 0.21 0.22 0.16 0.55 0.28 0.35 0.36 0.25 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.20 0.29 0.35 0.19 0.27 0.20 0.45 0.20 0.21 0.19 0.24 0.20 0.21 0.20 0.33 0.42 0.28 0.43 0.23 0.59 0.83 0.53
C2 0.21 0.17 0.43 0.31 0.16 0.27 0.14 0.42 0.15 0.16 0.14 0.22 0.18 0.15 0.18 0.49 0.53 0.31 0.45 0.18 0.54 0.78 0.56
C2' 0.34 0.27 0.40 0.43 0.36 0.43 0.44 0.59 0.44 0.46 0.33 0.24 0.29 0.50 0.39 0.44 0.60 0.43 0.69 0.54 0.87 1.06 0.82
C3' 0.48 0.43 0.45 0.63 0.42 0.53 0.38 0.72 0.36 0.40 0.39 0.46 0.45 0.37 0.44 0.28 0.35 0.52 0.38 0.34 0.69 0.96 0.54
C4 0.19 0.18 0.35 0.32 0.17 0.26 0.16 0.42 0.16 0.16 0.15 0.23 0.18 0.16 0.17 0.38 0.47 0.29 0.43 0.19 0.53 0.79 0.53
C4' 0.38 0.31 0.40 0.60 0.35 0.49 0.37 0.73 0.35 0.40 0.31 0.30 0.32 0.40 0.38 0.23 0.40 0.44 0.42 0.38 0.72 0.99 0.58
C5 0.19 0.17 0.37 0.32 0.16 0.25 0.14 0.40 0.14 0.15 0.14 0.23 0.18 0.15 0.17 0.40 0.47 0.29 0.42 0.18 0.50 0.76 0.51
C5' 0.55 0.46 0.55 0.79 0.52 0.72 0.54 0.98 0.52 0.57 0.47 0.42 0.48 0.58 0.55 0.35 0.63 0.64 0.67 0.54 0.96 1.18 0.81
C6 0.21 0.16 0.44 0.32 0.16 0.25 0.14 0.38 0.14 0.16 0.13 0.22 0.18 0.15 0.18 0.50 0.52 0.30 0.42 0.18 0.48 0.74 0.51
C8 0.19 0.20 0.29 0.34 0.18 0.25 0.18 0.42 0.18 0.18 0.18 0.24 0.19 0.19 0.18 0.33 0.41 0.27 0.41 0.21 0.54 0.79 0.50
N1 0.21 0.16 0.46 0.31 0.16 0.27 0.14 0.40 0.14 0.16 0.14 0.21 0.19 0.15 0.18 0.54 0.55 0.31 0.44 0.18 0.51 0.75 0.54
N2 0.22 0.17 0.45 0.31 0.16 0.28 0.15 0.43 0.15 0.16 0.14 0.21 0.19 0.15 0.18 0.54 0.55 0.32 0.46 0.18 0.56 0.79 0.58
N3 0.20 0.17 0.37 0.32 0.16 0.27 0.15 0.43 0.16 0.16 0.14 0.23 0.18 0.16 0.17 0.42 0.49 0.30 0.44 0.20 0.55 0.80 0.55
N7 0.18 0.19 0.32 0.33 0.17 0.24 0.15 0.40 0.15 0.16 0.15 0.24 0.19 0.16 0.17 0.35 0.43 0.27 0.41 0.18 0.49 0.76 0.49
N9 0.19 0.20 0.30 0.34 0.18 0.26 0.18 0.43 0.18 0.19 0.17 0.24 0.19 0.19 0.18 0.34 0.43 0.28 0.42 0.22 0.55 0.80 0.52
O2' 0.82 0.70 0.83 0.84 0.81 0.96 0.86 1.07 0.82 0.90 0.73 0.63 0.75 0.91 0.85 0.86 1.07 0.95 1.25 0.85 1.40 1.48 1.38
O3' 0.58 0.40 0.54 0.74 0.49 0.67 0.47 0.88 0.42 0.54 0.37 0.37 0.46 0.52 0.54 0.34 0.42 0.65 0.56 0.42 0.88 1.15 0.74
O4' 0.25 0.23 0.33 0.46 0.24 0.30 0.26 0.53 0.26 0.28 0.23 0.26 0.23 0.29 0.25 0.30 0.34 0.28 0.31 0.29 0.56 0.82 0.41
O5' 1.00 0.82 0.96 1.17 0.96 1.15 0.99 1.34 0.94 1.06 0.84 0.73 0.88 1.06 1.01 0.76 0.96 1.11 1.17 0.97 1.24 1.32 1.13
O6 0.22 0.16 0.49 0.32 0.17 0.25 0.16 0.36 0.16 0.17 0.16 0.20 0.19 0.16 0.19 0.56 0.55 0.30 0.41 0.19 0.45 0.71 0.49
OP1 1.06 0.67 0.97 1.32 0.96 1.35 1.06 1.64 0.94 1.24 0.72 0.51 0.79 1.25 1.09 0.64 1.04 1.28 1.55 1.02 1.77 1.83 1.66
OP2 1.60 1.36 1.47 1.78 1.55 1.81 1.58 1.96 1.50 1.65 1.36 1.23 1.45 1.65 1.60 1.15 1.55 1.77 1.85 1.50 1.94 1.90 1.84
P 1.09 0.81 1.00 1.30 1.03 1.31 1.11 1.53 1.03 1.21 0.85 0.68 0.90 1.23 1.12 0.72 1.05 1.26 1.41 1.09 1.57 1.61 1.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.36 0.02 0.46 0.47 0.37
C2 0.04 0.00 0.32 0.23 0.01 0.20 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.41 0.31 0.46 0.01 0.49 0.68 0.50
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.17 0.03 0.10 0.19 0.16 0.15 0.26 0.38 0.31 0.09 0.04 0.00 0.05 0.03 0.44 0.14 0.65 0.48 0.46
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.25 0.00 0.35 0.03 0.35 0.42 0.29 0.23 0.20 0.43 0.25 0.04 0.01 0.02 0.31 0.39 0.61 0.33 0.35
C4 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.24 0.16 0.43 0.01 0.49 0.66 0.47
C4' 0.02 0.20 0.03 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.12 0.31 0.13 0.29 0.19 0.28 0.12 0.28 0.04 0.01 0.02 0.15 0.28 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.10 0.35 0.00 0.14 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.24 0.08 0.47 0.01 0.59 0.77 0.54
C5' 0.08 0.31 0.19 0.03 0.25 0.01 0.35 0.00 0.35 0.45 0.31 0.37 0.28 0.46 0.24 0.15 0.20 0.02 0.01 0.39 0.32 0.42 0.02
C6 0.02 0.00 0.16 0.35 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.27 0.14 0.46 0.00 0.58 0.79 0.53
C8 0.01 0.01 0.15 0.42 0.01 0.31 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.41 0.32 0.16 0.58 0.03 0.71 0.73 0.62
N1 0.03 0.00 0.26 0.29 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.33 0.24 0.45 0.00 0.51 0.74 0.51
N2 0.06 0.01 0.38 0.23 0.02 0.29 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.47 0.53 0.37 0.50 0.01 0.52 0.68 0.54
N3 0.04 0.01 0.31 0.20 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.34 0.41 0.30 0.45 0.01 0.47 0.63 0.47
N7 0.01 0.01 0.09 0.43 0.00 0.28 0.00 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.34 0.08 0.57 0.03 0.75 0.83 0.64
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.19 0.15 0.02 0.44 0.02 0.52 0.60 0.46
O2' 0.02 0.36 0.00 0.04 0.19 0.28 0.25 0.15 0.25 0.41 0.27 0.47 0.34 0.39 0.19 0.00 0.12 0.22 0.37 0.28 0.61 0.47 0.38
O3' 0.27 0.41 0.05 0.01 0.24 0.04 0.24 0.20 0.27 0.32 0.33 0.53 0.41 0.34 0.15 0.12 0.00 0.20 0.51 0.30 0.84 0.54 0.58
O4' 0.01 0.31 0.03 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.16 0.24 0.37 0.30 0.08 0.02 0.22 0.20 0.00 0.33 0.11 0.40 0.45 0.35
O5' 0.36 0.46 0.44 0.31 0.43 0.02 0.47 0.01 0.46 0.58 0.45 0.50 0.45 0.57 0.44 0.37 0.51 0.33 0.00 0.47 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.39 0.01 0.15 0.01 0.39 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.28 0.30 0.11 0.47 0.00 0.64 0.85 0.56
OP1 0.46 0.49 0.65 0.61 0.49 0.28 0.59 0.32 0.58 0.71 0.51 0.52 0.47 0.75 0.52 0.61 0.84 0.40 0.03 0.64 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.68 0.48 0.33 0.66 0.34 0.77 0.42 0.79 0.73 0.74 0.68 0.63 0.83 0.60 0.47 0.54 0.45 0.02 0.85 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.50 0.46 0.35 0.47 0.09 0.54 0.02 0.53 0.62 0.51 0.54 0.47 0.64 0.46 0.38 0.58 0.35 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00