ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55484

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.017, 0.036, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.020, 0.044, 0.068, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.044 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.022, 0.056, 0.089, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.056 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.034, 0.078, 0.122, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.078 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.030, 0.103, 0.175, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.103 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.070, 0.158, 0.245, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.158 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.066, 0.167, 0.269, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.167 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.105, 0.242, 0.379, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.242 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.089, 0.236, 0.383, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.236 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.118, 0.268, 0.417, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.268 std_dev=0.150
O3' A 0, 0.116, 0.292, 0.469, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.292 std_dev=0.176
P A 0, 0.105, 0.322, 0.539, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.322 std_dev=0.217
OP1 A 0, 0.118, 0.365, 0.611, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.365 std_dev=0.246
OP2 A 0, 0.184, 0.447, 0.710, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.447 std_dev=0.263
N2 B 0, 0.106, 0.413, 0.720, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.413 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.105, 0.443, 0.782, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.443 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.204, 0.546, 0.888, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.546 std_dev=0.342
O3' B 0, 0.226, 0.569, 0.911, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.569 std_dev=0.342
N3 B 0, 0.116, 0.463, 0.810, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.463 std_dev=0.347
N1 B 0, 0.124, 0.474, 0.825, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.474 std_dev=0.350
N9 B 0, 0.192, 0.549, 0.906, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.549 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.152, 0.512, 0.872, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.512 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.162, 0.531, 0.901, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.531 std_dev=0.369
C5 B 0, 0.172, 0.546, 0.919, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.546 std_dev=0.373
C8 B 0, 0.226, 0.607, 0.988, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.607 std_dev=0.381
O6 B 0, 0.190, 0.579, 0.969, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.579 std_dev=0.389
N7 B 0, 0.216, 0.606, 0.996, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.606 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.415, 0.812, 1.209, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.812 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.258, 0.670, 1.083, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.670 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.238, 0.657, 1.076, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.657 std_dev=0.419
OP1 B 0, 0.422, 0.856, 1.290, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.856 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.289, 0.735, 1.181, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.735 std_dev=0.446
C3' B 0, 0.255, 0.709, 1.162, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.709 std_dev=0.453
P B 0, 0.343, 0.799, 1.255, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.799 std_dev=0.456
C4' B 0, 0.305, 0.797, 1.288, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.797 std_dev=0.491
O5' B 0, 0.282, 0.791, 1.301, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.791 std_dev=0.510
C5' B 0, 0.386, 1.049, 1.712, 2.039 max_d=2.039 avg_d=1.049 std_dev=0.663

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06
C2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.04 0.03 0.09 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.06
N1 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06
N2 0.04 0.01 0.11 0.08 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.12 0.04 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
N3 0.03 0.01 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.08 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.09 0.02 0.13 0.19 0.13 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.08 0.08 0.05 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.11 0.05 0.12 0.08 0.11 0.04 0.05 0.00 0.02 0.09 0.05 0.12 0.09 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.09 0.07
O5' 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.03 0.09 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.08 0.00 0.09 0.09 0.07
OP1 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.12 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.09 0.09 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.10 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.12 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.13 0.14 0.16 0.13 0.07 0.14 0.21 0.13
C2 0.11 0.09 0.15 0.12 0.09 0.13 0.09 0.14 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.23 0.15 0.16 0.15 0.08 0.16 0.19 0.15
C2' 0.10 0.09 0.04 0.07 0.08 0.16 0.07 0.18 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.11 0.15 0.20 0.15 0.06 0.15 0.22 0.15
C3' 0.07 0.07 0.08 0.05 0.06 0.11 0.06 0.12 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.16 0.11 0.14 0.09 0.05 0.09 0.16 0.08
C4 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.12 0.06 0.14 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.15 0.13 0.16 0.14 0.07 0.15 0.20 0.14
C4' 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.16 0.12 0.13 0.08 0.08 0.09 0.16 0.08
C5 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.13 0.07 0.14 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.14 0.13 0.17 0.14 0.08 0.15 0.19 0.14
C5' 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.04 0.05 0.09 0.07 0.17 0.11 0.10 0.06 0.10 0.07 0.15 0.07
C6 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.19 0.11 0.17 0.15 0.10 0.16 0.19 0.14
C8 0.10 0.07 0.05 0.08 0.07 0.14 0.06 0.15 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.16 0.17 0.14 0.06 0.15 0.22 0.14
N1 0.12 0.10 0.15 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.23 0.13 0.17 0.15 0.10 0.17 0.18 0.15
N2 0.12 0.09 0.17 0.15 0.10 0.14 0.09 0.15 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.26 0.17 0.16 0.15 0.08 0.17 0.19 0.16
N3 0.09 0.07 0.11 0.09 0.06 0.12 0.06 0.13 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.19 0.14 0.16 0.14 0.07 0.15 0.19 0.14
N7 0.10 0.08 0.04 0.07 0.06 0.14 0.06 0.15 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.05 0.07 0.10 0.15 0.17 0.14 0.07 0.15 0.21 0.14
N9 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.12 0.06 0.14 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.12 0.14 0.16 0.13 0.06 0.14 0.21 0.13
O2' 0.11 0.08 0.04 0.08 0.07 0.16 0.06 0.18 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.11 0.16 0.20 0.15 0.05 0.16 0.21 0.15
O3' 0.05 0.08 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.18 0.12 0.11 0.07 0.09 0.06 0.15 0.07
O4' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.08 0.14 0.15 0.15 0.11 0.09 0.13 0.21 0.13
O5' 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.05 0.06 0.09 0.08 0.16 0.12 0.12 0.08 0.10 0.09 0.16 0.08
O6 0.12 0.12 0.12 0.09 0.12 0.15 0.12 0.16 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.20 0.10 0.18 0.15 0.12 0.17 0.18 0.15
OP1 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.04 0.07 0.11 0.08 0.09 0.12 0.13 0.07 0.11 0.08 0.17 0.09
OP2 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.10 0.12 0.11 0.06 0.10 0.07 0.16 0.08
P 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.04 0.05 0.09 0.07 0.11 0.13 0.11 0.07 0.10 0.09 0.18 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.08 0.10 0.01 0.11 0.21 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.15 0.02 0.20 0.25 0.19
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02 0.16 0.17 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.04 0.10 0.02 0.11 0.20 0.13
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.09 0.02 0.12 0.21 0.14
C5' 0.04 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.09 0.01 0.12 0.21 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.07 0.09 0.02 0.12 0.19 0.14
N1 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.06 0.09 0.01 0.12 0.22 0.13
N2 0.04 0.00 0.09 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.14 0.11 0.10 0.01 0.11 0.21 0.12
N3 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.08 0.10 0.02 0.11 0.20 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.09 0.02 0.13 0.21 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.11 0.19 0.13
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.10 0.18 0.15 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.05 0.25 0.31 0.22
O3' 0.07 0.12 0.03 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.09 0.05 0.11 0.14 0.12 0.06 0.07 0.03 0.00 0.05 0.09 0.09 0.15 0.16 0.11
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.11 0.08 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.07 0.08
O5' 0.08 0.10 0.15 0.11 0.10 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.17 0.09 0.07 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.08 0.00 0.13 0.21 0.13
OP1 0.08 0.11 0.20 0.16 0.11 0.05 0.12 0.07 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.25 0.15 0.08 0.02 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.21 0.25 0.17 0.20 0.04 0.21 0.01 0.21 0.19 0.22 0.21 0.20 0.21 0.19 0.31 0.16 0.07 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.19 0.13 0.13 0.02 0.14 0.01 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.22 0.11 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00