ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55485

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.070, 0.222, 0.373, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.222 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.063, 0.233, 0.402, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.233 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.118, 0.342, 0.567, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.342 std_dev=0.224
O2' A 0, 0.066, 0.303, 0.539, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.303 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.121, 0.378, 0.634, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.378 std_dev=0.256
O5' A 0, 0.152, 0.452, 0.752, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.452 std_dev=0.300
O6 B 0, 0.229, 0.565, 0.900, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.565 std_dev=0.336
N1 B 0, 0.165, 0.508, 0.851, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.508 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.212, 0.556, 0.900, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.556 std_dev=0.344
C2 B 0, 0.137, 0.501, 0.865, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.501 std_dev=0.364
N3 B 0, 0.161, 0.540, 0.920, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.540 std_dev=0.380
C5 B 0, 0.232, 0.614, 0.996, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.614 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.201, 0.586, 0.972, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.586 std_dev=0.386
O3' A 0, 0.181, 0.568, 0.956, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.568 std_dev=0.388
C4 B 0, 0.209, 0.601, 0.994, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.601 std_dev=0.392
N2 B 0, 0.082, 0.478, 0.875, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.478 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.308, 0.719, 1.129, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.719 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.296, 0.708, 1.120, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.708 std_dev=0.412
C4' B 0, 0.309, 0.730, 1.151, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.730 std_dev=0.421
OP2 A 0, 0.151, 0.576, 1.002, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.576 std_dev=0.426
N7 B 0, 0.265, 0.701, 1.136, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.701 std_dev=0.435
N9 B 0, 0.233, 0.687, 1.141, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.687 std_dev=0.454
O4' B 0, 0.291, 0.746, 1.201, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.746 std_dev=0.455
C5' B 0, 0.319, 0.779, 1.238, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.779 std_dev=0.460
C1' B 0, 0.225, 0.698, 1.171, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.698 std_dev=0.473
C8 B 0, 0.265, 0.742, 1.218, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.742 std_dev=0.477
P A 0, 0.142, 0.626, 1.109, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.626 std_dev=0.484
C2' B 0, 0.220, 0.709, 1.198, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.709 std_dev=0.489
O5' B 0, 0.351, 0.889, 1.428, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.889 std_dev=0.538
OP2 B 0, 0.295, 0.864, 1.433, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.864 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.159, 0.737, 1.314, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.737 std_dev=0.578
P B 0, 0.359, 0.952, 1.546, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.952 std_dev=0.593
OP1 B 0, 0.385, 1.030, 1.676, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.030 std_dev=0.645
OP1 A 0, 0.072, 1.018, 1.963, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.018 std_dev=0.945

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.10 0.16 0.07
C2 0.01 0.00 0.20 0.20 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.27 0.06 0.18 0.01 0.18 0.33 0.15
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.09 0.16 0.24 0.20 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.15 0.08 0.04
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.11 0.16 0.24 0.18 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.16 0.12 0.08
C4 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.04 0.15 0.01 0.14 0.29 0.12
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.15 0.01 0.13 0.33 0.12
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.11 0.05 0.04 0.03 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.16 0.00 0.15 0.36 0.13
C8 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.11 0.02 0.07 0.25 0.08
N1 0.01 0.00 0.16 0.16 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.23 0.05 0.18 0.01 0.18 0.36 0.15
N2 0.01 0.00 0.24 0.24 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.34 0.07 0.18 0.01 0.20 0.33 0.15
N3 0.01 0.00 0.20 0.18 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.24 0.05 0.16 0.00 0.17 0.29 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.12 0.02 0.08 0.30 0.09
N9 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.10 0.24 0.09
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.09 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.15 0.24 0.18 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.08 0.10 0.09 0.04
O3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.13 0.00 0.08 0.02 0.14 0.12 0.23 0.34 0.24 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.24 0.12 0.15 0.28 0.16
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.17 0.03 0.07 0.20 0.11
O5' 0.10 0.18 0.04 0.12 0.15 0.01 0.15 0.01 0.16 0.11 0.18 0.18 0.16 0.12 0.13 0.08 0.24 0.17 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.12 0.03 0.17 0.00 0.15 0.39 0.14
OP1 0.10 0.18 0.15 0.16 0.14 0.07 0.13 0.03 0.15 0.07 0.18 0.20 0.17 0.08 0.10 0.10 0.15 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.33 0.08 0.12 0.29 0.03 0.33 0.01 0.36 0.25 0.36 0.33 0.29 0.30 0.24 0.09 0.28 0.20 0.01 0.39 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.15 0.04 0.08 0.12 0.01 0.12 0.01 0.13 0.08 0.15 0.15 0.13 0.09 0.09 0.04 0.16 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.13 0.35 0.22 0.24 0.32 0.15 0.21 0.06 0.27 0.04 0.10 0.26 0.18 0.32 0.62 0.21 0.40 0.11 0.08 0.12 0.28 0.14
C2 0.21 0.25 0.17 0.19 0.14 0.22 0.18 0.20 0.26 0.14 0.30 0.33 0.15 0.15 0.14 0.37 0.22 0.24 0.20 0.29 0.17 0.33 0.22
C2' 0.45 0.30 0.34 0.23 0.35 0.35 0.29 0.27 0.22 0.36 0.22 0.28 0.36 0.31 0.39 0.56 0.21 0.45 0.13 0.17 0.12 0.16 0.08
C3' 0.51 0.40 0.42 0.31 0.44 0.42 0.40 0.34 0.34 0.45 0.34 0.39 0.45 0.41 0.48 0.61 0.28 0.51 0.21 0.29 0.19 0.08 0.12
C4 0.32 0.15 0.25 0.19 0.12 0.27 0.11 0.20 0.19 0.17 0.23 0.22 0.10 0.12 0.20 0.54 0.21 0.33 0.16 0.24 0.14 0.32 0.19
C4' 0.52 0.31 0.48 0.34 0.40 0.43 0.33 0.32 0.23 0.42 0.21 0.28 0.40 0.35 0.46 0.70 0.32 0.50 0.19 0.15 0.16 0.11 0.09
C5 0.31 0.24 0.24 0.18 0.11 0.27 0.15 0.20 0.26 0.15 0.32 0.35 0.10 0.13 0.18 0.55 0.20 0.32 0.16 0.31 0.14 0.32 0.20
C5' 0.60 0.37 0.60 0.47 0.48 0.52 0.41 0.42 0.30 0.51 0.27 0.31 0.47 0.44 0.55 0.79 0.44 0.58 0.30 0.21 0.26 0.04 0.17
C6 0.21 0.36 0.16 0.18 0.18 0.23 0.24 0.19 0.34 0.14 0.39 0.45 0.22 0.18 0.14 0.42 0.20 0.25 0.20 0.37 0.16 0.33 0.22
C8 0.44 0.05 0.38 0.22 0.22 0.33 0.11 0.22 0.12 0.25 0.15 0.06 0.23 0.15 0.32 0.66 0.21 0.42 0.12 0.19 0.12 0.30 0.16
N1 0.18 0.34 0.16 0.20 0.19 0.21 0.23 0.19 0.32 0.15 0.37 0.42 0.22 0.19 0.14 0.33 0.22 0.22 0.22 0.35 0.17 0.33 0.23
N2 0.18 0.26 0.17 0.20 0.16 0.21 0.19 0.20 0.26 0.15 0.30 0.33 0.18 0.16 0.14 0.30 0.23 0.22 0.22 0.30 0.18 0.33 0.23
N3 0.27 0.17 0.21 0.19 0.11 0.25 0.12 0.20 0.19 0.16 0.23 0.23 0.10 0.12 0.18 0.46 0.22 0.29 0.18 0.24 0.16 0.32 0.20
N7 0.40 0.18 0.34 0.20 0.13 0.31 0.11 0.21 0.23 0.19 0.29 0.29 0.11 0.12 0.25 0.65 0.20 0.38 0.13 0.29 0.13 0.32 0.18
N9 0.40 0.06 0.33 0.21 0.19 0.31 0.11 0.21 0.11 0.23 0.13 0.07 0.19 0.14 0.28 0.61 0.21 0.38 0.13 0.17 0.13 0.30 0.17
O2' 0.44 0.30 0.32 0.20 0.35 0.33 0.30 0.24 0.24 0.35 0.24 0.30 0.36 0.31 0.38 0.54 0.19 0.44 0.11 0.19 0.11 0.19 0.09
O3' 0.52 0.51 0.42 0.32 0.51 0.44 0.51 0.38 0.49 0.52 0.49 0.50 0.51 0.51 0.52 0.58 0.29 0.54 0.27 0.47 0.24 0.08 0.18
O4' 0.44 0.13 0.43 0.27 0.26 0.35 0.15 0.23 0.06 0.29 0.06 0.09 0.27 0.19 0.34 0.68 0.27 0.42 0.11 0.11 0.11 0.26 0.12
O5' 0.42 0.29 0.38 0.23 0.35 0.32 0.30 0.22 0.23 0.36 0.22 0.25 0.35 0.31 0.39 0.55 0.19 0.40 0.11 0.16 0.07 0.18 0.05
O6 0.16 0.44 0.16 0.19 0.27 0.21 0.31 0.19 0.40 0.18 0.46 0.52 0.33 0.24 0.17 0.35 0.20 0.21 0.22 0.43 0.16 0.34 0.23
OP1 0.41 0.23 0.46 0.38 0.36 0.40 0.38 0.34 0.32 0.43 0.24 0.12 0.30 0.42 0.41 0.55 0.37 0.41 0.29 0.32 0.27 0.11 0.18
OP2 0.18 0.12 0.13 0.02 0.17 0.11 0.19 0.04 0.19 0.19 0.16 0.06 0.14 0.20 0.18 0.25 0.04 0.19 0.05 0.19 0.13 0.28 0.17
P 0.46 0.31 0.46 0.34 0.41 0.39 0.39 0.32 0.32 0.44 0.28 0.22 0.37 0.41 0.45 0.59 0.31 0.45 0.22 0.26 0.16 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.12 0.10
C2 0.03 0.00 0.13 0.24 0.00 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.28 0.04 0.26 0.01 0.31 0.46 0.36
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.15 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.05 0.02
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.18 0.00 0.17 0.01 0.21 0.05 0.24 0.26 0.22 0.11 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.10 0.05 0.01
C4 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.02 0.22 0.01 0.25 0.37 0.30
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.05 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.20 0.01 0.24 0.00 0.32 0.44 0.36
C5' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.18 0.10 0.17 0.15 0.13 0.14 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.19 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.21 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.25 0.02 0.28 0.00 0.39 0.52 0.41
C8 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.15 0.01 0.21 0.26 0.25
N1 0.02 0.00 0.10 0.24 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.29 0.03 0.29 0.01 0.37 0.51 0.40
N2 0.03 0.00 0.15 0.26 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.30 0.04 0.27 0.01 0.30 0.47 0.36
N3 0.03 0.00 0.13 0.22 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.23 0.04 0.22 0.01 0.24 0.38 0.30
N7 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.21 0.01 0.31 0.39 0.34
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.15 0.01 0.16 0.25 0.22
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05
O3' 0.00 0.28 0.01 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.25 0.07 0.29 0.30 0.23 0.13 0.09 0.04 0.00 0.01 0.07 0.26 0.12 0.07 0.01
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.07
O5' 0.06 0.26 0.02 0.03 0.22 0.01 0.24 0.01 0.28 0.15 0.29 0.27 0.22 0.21 0.15 0.05 0.07 0.04 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.26 0.01 0.29 0.00 0.44 0.55 0.45
OP1 0.06 0.31 0.09 0.10 0.25 0.05 0.32 0.05 0.39 0.21 0.37 0.30 0.24 0.31 0.16 0.05 0.12 0.06 0.01 0.44 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.46 0.05 0.05 0.37 0.03 0.44 0.01 0.52 0.26 0.51 0.47 0.38 0.39 0.25 0.07 0.07 0.07 0.01 0.55 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.36 0.02 0.01 0.30 0.02 0.36 0.01 0.41 0.25 0.40 0.36 0.30 0.34 0.22 0.05 0.01 0.07 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00