ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55486

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.024, 0.050, 0.076, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.050 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.021, 0.047, 0.074, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.016, 0.046, 0.075, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.046 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.004, 0.039, 0.073, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.039 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.028, 0.063, 0.098, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.063 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.005, 0.041, 0.078, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.009, 0.057, 0.104, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.057 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.013, 0.106, 0.225, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.106 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.092, 0.212, 0.332, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.212 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.180, 0.340, 0.499, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.340 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.151, 0.318, 0.486, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.318 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.184, 0.366, 0.548, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.366 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.290, 0.541, 0.791, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.541 std_dev=0.251
C5' A 0, 0.227, 0.489, 0.752, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.489 std_dev=0.263
O5' A 0, 0.186, 0.469, 0.751, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.469 std_dev=0.282
N2 B 0, 0.218, 0.545, 0.872, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.545 std_dev=0.327
P A 0, 0.433, 0.797, 1.161, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.797 std_dev=0.364
OP2 A 0, 0.452, 0.853, 1.253, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.853 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.322, 0.724, 1.126, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.724 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.409, 0.825, 1.241, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.825 std_dev=0.416
N1 B 0, 0.390, 0.872, 1.354, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.872 std_dev=0.482
C4 B 0, 0.507, 1.017, 1.528, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.017 std_dev=0.510
OP1 A 0, 0.635, 1.158, 1.680, 1.489 max_d=1.489 avg_d=1.158 std_dev=0.523
N9 B 0, 0.624, 1.199, 1.774, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.199 std_dev=0.575
C6 B 0, 0.505, 1.091, 1.678, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.091 std_dev=0.586
C5 B 0, 0.548, 1.135, 1.723, 1.969 max_d=1.969 avg_d=1.135 std_dev=0.587
C1' B 0, 0.685, 1.296, 1.907, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.296 std_dev=0.611
C8 B 0, 0.698, 1.356, 2.015, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.356 std_dev=0.658
N7 B 0, 0.663, 1.338, 2.013, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.338 std_dev=0.675
O6 B 0, 0.577, 1.262, 1.948, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.262 std_dev=0.685
C2' B 0, 0.856, 1.579, 2.301, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.579 std_dev=0.723
O4' B 0, 0.923, 1.683, 2.442, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.683 std_dev=0.759
O2' B 0, 0.180, 1.051, 1.922, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.051 std_dev=0.871
C4' B 0, 1.119, 2.104, 3.089, 2.845 max_d=2.845 avg_d=2.104 std_dev=0.985
C5' B 0, 1.115, 2.204, 3.292, 3.159 max_d=3.159 avg_d=2.204 std_dev=1.088
C3' B 0, 1.229, 2.353, 3.477, 3.211 max_d=3.211 avg_d=2.353 std_dev=1.124
O5' B 0, 1.325, 2.560, 3.795, 3.971 max_d=3.971 avg_d=2.560 std_dev=1.235
P B 0, 1.268, 2.591, 3.915, 4.343 max_d=4.343 avg_d=2.591 std_dev=1.324
OP2 B 0, 1.227, 2.567, 3.908, 4.353 max_d=4.353 avg_d=2.567 std_dev=1.341
O3' B 0, 1.440, 2.910, 4.380, 4.136 max_d=4.136 avg_d=2.910 std_dev=1.470
OP1 B 0, 1.503, 3.026, 4.549, 4.952 max_d=4.952 avg_d=3.026 std_dev=1.523

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.10 0.11
C2 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.08 0.05 0.02 0.04 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.12 0.06 0.05
C4 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.05 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05
C5 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.10 0.09 0.06
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.06 0.06 0.11 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01 0.03
C6 0.03 0.02 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.03 0.12 0.01 0.12 0.12 0.07
C8 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.11 0.02 0.08 0.07 0.06
N1 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.10 0.06 0.08 0.02 0.09 0.10 0.07
N2 0.05 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.10 0.03 0.04 0.03 0.08 0.10
N3 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.09 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10
N7 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.14 0.02 0.13 0.10 0.08
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.09 0.06 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.10 0.04 0.10 0.09 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.12 0.20 0.08 0.08
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.10 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.15
O5' 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.08 0.03 0.03 0.14 0.04 0.04 0.08 0.06 0.00 0.15 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.12 0.02 0.15 0.00 0.17 0.16 0.10
OP1 0.04 0.04 0.08 0.12 0.04 0.03 0.10 0.04 0.12 0.08 0.09 0.03 0.02 0.13 0.03 0.09 0.20 0.11 0.02 0.17 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.09 0.01 0.12 0.07 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.14 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.13 0.72 0.51 0.13 0.22 0.12 0.22 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.11 0.14 0.52 0.24 0.08 0.12 0.15 0.13 0.19 0.09
C2 0.22 0.12 0.71 0.34 0.14 0.18 0.13 0.18 0.12 0.15 0.12 0.12 0.14 0.13 0.16 0.79 0.39 0.15 0.17 0.13 0.17 0.20 0.20
C2' 0.24 0.14 0.72 0.49 0.15 0.21 0.13 0.21 0.11 0.15 0.11 0.15 0.17 0.13 0.17 0.57 0.25 0.15 0.16 0.12 0.14 0.15 0.10
C3' 0.19 0.11 0.65 0.49 0.12 0.19 0.11 0.19 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.14 0.44 0.26 0.18 0.27 0.14 0.24 0.21 0.19
C4 0.22 0.12 0.74 0.43 0.14 0.20 0.12 0.20 0.11 0.14 0.11 0.11 0.14 0.12 0.16 0.68 0.29 0.12 0.11 0.12 0.11 0.17 0.12
C4' 0.14 0.09 0.63 0.53 0.08 0.20 0.09 0.20 0.13 0.07 0.12 0.10 0.08 0.09 0.08 0.34 0.29 0.13 0.27 0.17 0.27 0.29 0.23
C5 0.23 0.10 0.73 0.40 0.13 0.20 0.11 0.20 0.10 0.14 0.10 0.10 0.13 0.12 0.16 0.72 0.35 0.14 0.12 0.10 0.13 0.16 0.14
C5' 0.11 0.10 0.55 0.54 0.08 0.19 0.11 0.19 0.15 0.09 0.14 0.10 0.08 0.11 0.08 0.22 0.33 0.17 0.36 0.20 0.36 0.37 0.32
C6 0.22 0.11 0.70 0.35 0.13 0.21 0.11 0.21 0.11 0.14 0.11 0.11 0.12 0.12 0.15 0.82 0.49 0.18 0.17 0.11 0.19 0.20 0.20
C8 0.21 0.12 0.71 0.49 0.13 0.21 0.11 0.21 0.10 0.13 0.10 0.12 0.14 0.11 0.15 0.52 0.25 0.10 0.15 0.11 0.14 0.17 0.10
N1 0.22 0.12 0.69 0.32 0.14 0.20 0.12 0.19 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.13 0.16 0.84 0.49 0.17 0.19 0.13 0.20 0.22 0.23
N2 0.22 0.13 0.71 0.32 0.15 0.19 0.14 0.19 0.13 0.16 0.13 0.12 0.15 0.14 0.17 0.82 0.41 0.16 0.20 0.14 0.20 0.23 0.23
N3 0.22 0.12 0.74 0.39 0.14 0.19 0.12 0.19 0.12 0.15 0.12 0.12 0.14 0.13 0.16 0.72 0.30 0.13 0.13 0.13 0.13 0.18 0.15
N7 0.22 0.09 0.71 0.44 0.12 0.20 0.10 0.20 0.09 0.13 0.09 0.09 0.13 0.11 0.15 0.60 0.30 0.13 0.14 0.10 0.13 0.15 0.11
N9 0.22 0.13 0.73 0.48 0.14 0.22 0.12 0.22 0.11 0.14 0.11 0.13 0.15 0.12 0.15 0.57 0.25 0.10 0.11 0.12 0.11 0.17 0.09
O2' 0.24 0.13 0.74 0.49 0.15 0.21 0.12 0.21 0.11 0.14 0.11 0.14 0.16 0.12 0.17 0.58 0.23 0.13 0.13 0.13 0.12 0.15 0.08
O3' 0.20 0.11 0.63 0.47 0.13 0.19 0.12 0.20 0.12 0.14 0.10 0.12 0.13 0.13 0.15 0.44 0.26 0.23 0.32 0.15 0.28 0.24 0.24
O4' 0.17 0.14 0.69 0.57 0.12 0.26 0.13 0.26 0.16 0.11 0.16 0.15 0.13 0.13 0.12 0.40 0.30 0.04 0.18 0.20 0.20 0.26 0.16
O5' 0.10 0.10 0.48 0.48 0.10 0.14 0.12 0.13 0.15 0.11 0.14 0.09 0.08 0.12 0.09 0.17 0.26 0.21 0.43 0.20 0.42 0.41 0.38
O6 0.23 0.12 0.67 0.36 0.12 0.26 0.11 0.26 0.11 0.15 0.12 0.14 0.12 0.12 0.15 0.88 0.64 0.23 0.21 0.12 0.24 0.23 0.25
OP1 0.07 0.06 0.49 0.63 0.09 0.18 0.14 0.18 0.17 0.13 0.13 0.03 0.06 0.15 0.09 0.13 0.46 0.18 0.49 0.24 0.49 0.52 0.48
OP2 0.08 0.07 0.44 0.54 0.10 0.14 0.13 0.14 0.16 0.12 0.14 0.03 0.07 0.14 0.09 0.12 0.34 0.19 0.50 0.20 0.48 0.47 0.45
P 0.09 0.08 0.52 0.62 0.09 0.21 0.14 0.20 0.18 0.11 0.15 0.07 0.07 0.14 0.08 0.15 0.43 0.14 0.44 0.24 0.44 0.46 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.39 0.04 0.37 0.18 0.24
C2 0.05 0.00 0.41 0.44 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.13 0.45 0.02 0.41 0.36 0.36
C2' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.23 0.02 0.16 0.16 0.24 0.14 0.35 0.47 0.39 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.64 0.22 0.76 0.56 0.61
C3' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.39 0.01 0.48 0.03 0.55 0.32 0.52 0.41 0.37 0.44 0.28 0.02 0.00 0.02 0.30 0.60 0.52 0.11 0.25
C4 0.03 0.01 0.23 0.39 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.14 0.07 0.48 0.02 0.43 0.35 0.37
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.19 0.18 0.15 0.08 0.09 0.21 0.11 0.29 0.01 0.00 0.01 0.23 0.18 0.27 0.06
C5 0.02 0.01 0.16 0.48 0.00 0.18 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.29 0.04 0.53 0.02 0.48 0.43 0.45
C5' 0.06 0.14 0.16 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.23 0.20 0.19 0.11 0.11 0.24 0.12 0.12 0.20 0.01 0.01 0.28 0.27 0.40 0.02
C6 0.04 0.01 0.24 0.55 0.01 0.19 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.20 0.37 0.06 0.52 0.01 0.48 0.46 0.46
C8 0.01 0.01 0.14 0.32 0.01 0.18 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.19 0.08 0.55 0.03 0.48 0.38 0.43
N1 0.04 0.00 0.35 0.52 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.30 0.10 0.49 0.02 0.45 0.42 0.42
N2 0.05 0.00 0.47 0.41 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.19 0.16 0.41 0.03 0.39 0.34 0.34
N3 0.05 0.00 0.39 0.37 0.00 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.12 0.42 0.01 0.39 0.30 0.32
N7 0.01 0.01 0.05 0.44 0.00 0.21 0.00 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.32 0.04 0.56 0.04 0.52 0.47 0.49
N9 0.00 0.01 0.04 0.28 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.05 0.01 0.49 0.04 0.42 0.29 0.35
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.14 0.29 0.23 0.12 0.20 0.31 0.14 0.20 0.14 0.32 0.18 0.00 0.08 0.21 0.30 0.23 0.45 0.45 0.34
O3' 0.27 0.19 0.03 0.00 0.14 0.01 0.29 0.20 0.37 0.19 0.30 0.19 0.14 0.32 0.05 0.08 0.00 0.19 0.18 0.47 0.18 0.30 0.12
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.16 0.12 0.04 0.01 0.21 0.19 0.00 0.20 0.05 0.14 0.23 0.10
O5' 0.39 0.45 0.64 0.30 0.48 0.01 0.53 0.01 0.52 0.55 0.49 0.41 0.42 0.56 0.49 0.30 0.18 0.20 0.00 0.52 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.22 0.60 0.02 0.23 0.02 0.28 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.23 0.47 0.05 0.52 0.00 0.50 0.49 0.49
OP1 0.37 0.41 0.76 0.52 0.43 0.18 0.48 0.27 0.48 0.48 0.45 0.39 0.39 0.52 0.42 0.45 0.18 0.14 0.01 0.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.36 0.56 0.11 0.35 0.27 0.43 0.40 0.46 0.38 0.42 0.34 0.30 0.47 0.29 0.45 0.30 0.23 0.01 0.49 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.36 0.61 0.25 0.37 0.06 0.45 0.02 0.46 0.43 0.42 0.34 0.32 0.49 0.35 0.34 0.12 0.10 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00