ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55488

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.051, 0.145, 0.240, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.145 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.046, 0.145, 0.245, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.145 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.060, 0.167, 0.274, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.167 std_dev=0.107
N3 B 0, 0.112, 0.239, 0.367, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.239 std_dev=0.127
C4' B 0, 0.144, 0.276, 0.407, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.276 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.070, 0.205, 0.340, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.205 std_dev=0.135
C2 B 0, 0.118, 0.260, 0.402, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.260 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.083, 0.227, 0.371, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.227 std_dev=0.144
N2 B 0, 0.061, 0.214, 0.367, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.214 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.163, 0.318, 0.472, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.318 std_dev=0.155
C1' B 0, 0.155, 0.326, 0.497, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.326 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.048, 0.224, 0.399, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.224 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.143, 0.323, 0.503, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.323 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.135, 0.317, 0.500, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.317 std_dev=0.183
C3' B 0, 0.167, 0.355, 0.542, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.355 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.120, 0.324, 0.528, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.324 std_dev=0.204
O3' B 0, 0.175, 0.396, 0.617, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.396 std_dev=0.221
O5' B 0, 0.168, 0.395, 0.621, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.395 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.170, 0.399, 0.627, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.399 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.120, 0.356, 0.593, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.356 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.168, 0.406, 0.645, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.406 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.236, 0.483, 0.730, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.483 std_dev=0.247
P B 0, 0.220, 0.471, 0.723, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.471 std_dev=0.252
N9 B 0, 0.194, 0.455, 0.715, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.455 std_dev=0.260
O5' A 0, 0.168, 0.448, 0.728, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.448 std_dev=0.280
P A 0, 0.179, 0.485, 0.790, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.485 std_dev=0.305
OP2 B 0, 0.258, 0.568, 0.878, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.568 std_dev=0.310
OP2 A 0, 0.168, 0.494, 0.820, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.494 std_dev=0.326
OP1 A 0, 0.182, 0.512, 0.841, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.512 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.228, 0.578, 0.929, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.578 std_dev=0.351
C6 B 0, 0.227, 0.581, 0.936, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.581 std_dev=0.354
C8 B 0, 0.257, 0.660, 1.063, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.660 std_dev=0.403
O6 B 0, 0.279, 0.730, 1.181, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.730 std_dev=0.451
N7 B 0, 0.281, 0.742, 1.203, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.742 std_dev=0.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.07 0.01 0.10 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.08 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.11 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.09 0.10 0.08
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.07
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.11 0.13 0.09
N2 0.03 0.01 0.05 0.08 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.03 0.08 0.01 0.11 0.13 0.09
N3 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.06 0.01 0.09 0.10 0.07
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.08 0.11 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.13 0.12 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04
O5' 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.11 0.13 0.10
OP1 0.04 0.10 0.09 0.11 0.08 0.04 0.09 0.02 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.13 0.01 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.12 0.08 0.09 0.09 0.02 0.10 0.01 0.12 0.07 0.13 0.13 0.10 0.10 0.06 0.07 0.12 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.05 0.07 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.04 0.04 0.06 0.02 0.10 0.01 0.13 0.07 0.12 0.08 0.05 0.10 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.17 0.04 0.03 0.01
C2 0.07 0.11 0.03 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.15 0.09 0.09 0.08 0.03 0.03 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08
C2' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.08 0.02 0.11 0.02 0.15 0.08 0.15 0.11 0.07 0.11 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.19 0.06 0.02 0.03
C3' 0.04 0.10 0.02 0.02 0.08 0.03 0.12 0.04 0.16 0.09 0.15 0.09 0.07 0.12 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.20 0.07 0.02 0.04
C4 0.04 0.10 0.02 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.10 0.05 0.11 0.13 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.12 0.08 0.05 0.05
C4' 0.05 0.08 0.03 0.03 0.09 0.04 0.13 0.04 0.16 0.11 0.13 0.05 0.05 0.14 0.08 0.03 0.04 0.06 0.03 0.20 0.05 0.01 0.02
C5 0.05 0.11 0.02 0.02 0.07 0.03 0.08 0.04 0.10 0.06 0.12 0.14 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.06 0.07 0.12 0.09 0.06 0.06
C5' 0.08 0.08 0.05 0.05 0.11 0.07 0.15 0.07 0.17 0.14 0.14 0.02 0.06 0.17 0.11 0.02 0.02 0.09 0.07 0.22 0.09 0.03 0.05
C6 0.08 0.12 0.03 0.03 0.10 0.05 0.10 0.07 0.11 0.10 0.12 0.15 0.10 0.10 0.09 0.03 0.03 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.09
C8 0.02 0.09 0.04 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.13 0.07 0.13 0.09 0.06 0.10 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.16 0.05 0.02 0.01
N1 0.08 0.12 0.04 0.04 0.10 0.06 0.10 0.07 0.11 0.11 0.12 0.15 0.10 0.11 0.10 0.03 0.02 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10
N2 0.08 0.11 0.03 0.03 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.15 0.09 0.09 0.08 0.02 0.02 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09
N3 0.06 0.10 0.02 0.02 0.07 0.04 0.07 0.05 0.09 0.06 0.11 0.13 0.07 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.07
N7 0.03 0.11 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.12 0.06 0.12 0.12 0.07 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.13 0.06 0.04 0.03
N9 0.03 0.09 0.03 0.03 0.06 0.01 0.09 0.01 0.12 0.06 0.12 0.10 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.15 0.06 0.03 0.03
O2' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.08 0.01 0.11 0.02 0.15 0.08 0.15 0.10 0.07 0.11 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.19 0.05 0.01 0.02
O3' 0.04 0.10 0.01 0.01 0.09 0.03 0.13 0.04 0.16 0.09 0.15 0.09 0.07 0.12 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.21 0.08 0.04 0.05
O4' 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.11 0.04 0.14 0.09 0.12 0.06 0.05 0.12 0.07 0.06 0.08 0.04 0.03 0.17 0.02 0.05 0.03
O5' 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.08 0.15 0.08 0.17 0.15 0.14 0.02 0.07 0.17 0.12 0.04 0.05 0.10 0.08 0.21 0.09 0.04 0.06
O6 0.10 0.13 0.05 0.05 0.12 0.06 0.13 0.08 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.13 0.12 0.03 0.03 0.11 0.12 0.14 0.13 0.11 0.10
OP1 0.10 0.05 0.06 0.07 0.12 0.09 0.18 0.08 0.19 0.18 0.12 0.04 0.06 0.20 0.13 0.04 0.06 0.11 0.08 0.25 0.07 0.05 0.07
OP2 0.10 0.05 0.08 0.09 0.12 0.09 0.17 0.08 0.18 0.16 0.12 0.07 0.06 0.18 0.13 0.06 0.09 0.11 0.07 0.22 0.07 0.05 0.06
P 0.10 0.06 0.06 0.06 0.12 0.09 0.17 0.08 0.19 0.17 0.12 0.05 0.06 0.20 0.13 0.03 0.05 0.11 0.08 0.23 0.08 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.00 0.10 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.09 0.02 0.07 0.05 0.06
N1 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09
N2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.06 0.02 0.07 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05
N7 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.09 0.08 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01
O3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.02 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.01 0.05 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.11 0.00 0.12 0.15 0.13
OP1 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.10 0.03 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.05 0.12 0.11 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.06 0.09 0.07 0.05 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00