ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55489

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.011, 0.035, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.009, 0.038, 0.066, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.054, 0.284, 0.514, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.284 std_dev=0.230
N2 B 0, 0.084, 0.335, 0.585, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.335 std_dev=0.251
C2' A 0, 0.059, 0.311, 0.562, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.311 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.044, 0.296, 0.548, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.296 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.047, 0.301, 0.555, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.301 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.037, 0.320, 0.603, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.320 std_dev=0.283
O3' B 0, 0.127, 0.413, 0.700, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.413 std_dev=0.287
C6 B 0, 0.088, 0.377, 0.666, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.377 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.099, 0.405, 0.710, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.405 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.064, 0.372, 0.679, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.372 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.114, 0.428, 0.742, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.428 std_dev=0.314
C3' B 0, 0.102, 0.416, 0.730, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.416 std_dev=0.314
O6 B 0, 0.094, 0.414, 0.735, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.414 std_dev=0.320
O4' B 0, 0.066, 0.390, 0.714, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.390 std_dev=0.324
C5 B 0, 0.102, 0.427, 0.751, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.427 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.066, 0.393, 0.720, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.393 std_dev=0.327
C4' A 0, 0.022, 0.354, 0.685, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.354 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.077, 0.409, 0.741, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.409 std_dev=0.332
O2' A 0, 0.033, 0.368, 0.702, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.368 std_dev=0.335
N9 B 0, 0.096, 0.434, 0.772, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.434 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.094, 0.483, 0.873, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.483 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.139, 0.545, 0.951, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.545 std_dev=0.406
C8 B 0, 0.134, 0.541, 0.947, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.541 std_dev=0.406
N7 B 0, 0.130, 0.540, 0.949, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.540 std_dev=0.410
O5' B 0, 0.154, 0.659, 1.163, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.659 std_dev=0.505
P B 0, 0.181, 0.716, 1.251, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.716 std_dev=0.535
OP1 B 0, 0.203, 0.752, 1.301, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.752 std_dev=0.549
O3' A 0, 0.142, 0.692, 1.242, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.692 std_dev=0.550
OP2 B 0, 0.185, 0.739, 1.292, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.739 std_dev=0.554
C5' A 0, 0.091, 0.695, 1.299, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.695 std_dev=0.604
O5' A 0, 0.109, 0.724, 1.339, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.724 std_dev=0.615
P A 0, -0.019, 0.793, 1.604, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.793 std_dev=0.812
OP2 A 0, 0.014, 0.898, 1.782, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.898 std_dev=0.884
OP1 A 0, -0.111, 0.814, 1.739, 2.542 max_d=2.542 avg_d=0.814 std_dev=0.925

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.35 0.20
C2 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.08 0.19 0.01 0.14 0.31 0.16
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.09 0.14 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.13 0.18 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.15 0.18 0.12 0.11 0.09 0.19 0.09 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.23 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.04 0.22 0.01 0.18 0.32 0.20
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.04 0.05 0.03 0.14 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.18 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.02 0.32 0.01 0.27 0.35 0.27
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.18 0.25 0.12 0.07 0.05 0.27 0.13 0.04 0.04 0.00 0.01 0.22 0.13 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.03 0.33 0.01 0.28 0.35 0.27
C8 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.18 0.06 0.35 0.01 0.30 0.35 0.30
N1 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.06 0.27 0.01 0.21 0.32 0.21
N2 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.17 0.10 0.16 0.02 0.10 0.29 0.14
N3 0.01 0.01 0.12 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.12 0.07 0.15 0.01 0.11 0.31 0.16
N7 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.04 0.39 0.01 0.35 0.39 0.35
N9 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.21 0.01 0.18 0.33 0.20
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.11 0.04 0.08 0.04 0.10 0.07 0.15 0.22 0.19 0.06 0.04 0.00 0.02 0.05 0.05 0.09 0.18 0.18 0.07
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.04 0.14 0.18 0.13 0.17 0.12 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.12 0.17 0.38 0.14 0.16
O4' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.02 0.12 0.43 0.28
O5' 0.06 0.19 0.03 0.07 0.22 0.01 0.32 0.01 0.33 0.35 0.27 0.16 0.15 0.39 0.21 0.05 0.12 0.06 0.00 0.37 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.02 0.37 0.00 0.33 0.38 0.32
OP1 0.07 0.14 0.13 0.23 0.18 0.11 0.27 0.13 0.28 0.30 0.21 0.10 0.11 0.35 0.18 0.18 0.38 0.12 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.31 0.18 0.06 0.32 0.18 0.35 0.05 0.35 0.35 0.32 0.29 0.31 0.39 0.33 0.18 0.14 0.43 0.02 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.16 0.08 0.05 0.20 0.10 0.27 0.02 0.27 0.30 0.21 0.14 0.16 0.35 0.20 0.07 0.16 0.28 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.19 0.13 0.17 0.18 0.12 0.17 0.14 0.17 0.17 0.17 0.22 0.19 0.18 0.17 0.14 0.20 0.18 0.39 0.16 0.31 0.18 0.31
C2 0.13 0.07 0.07 0.13 0.13 0.06 0.14 0.16 0.12 0.17 0.08 0.04 0.09 0.17 0.15 0.13 0.18 0.11 0.40 0.12 0.33 0.20 0.32
C2' 0.14 0.17 0.13 0.16 0.14 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.13 0.22 0.17 0.11 0.14 0.12 0.20 0.16 0.34 0.08 0.27 0.13 0.26
C3' 0.11 0.09 0.21 0.28 0.11 0.16 0.14 0.24 0.14 0.15 0.10 0.11 0.09 0.16 0.13 0.13 0.31 0.07 0.13 0.18 0.06 0.06 0.06
C4 0.15 0.14 0.11 0.15 0.16 0.10 0.16 0.15 0.15 0.17 0.14 0.13 0.15 0.17 0.16 0.14 0.19 0.15 0.40 0.14 0.32 0.18 0.32
C4' 0.14 0.12 0.20 0.27 0.15 0.19 0.17 0.27 0.17 0.19 0.13 0.14 0.13 0.20 0.16 0.12 0.29 0.13 0.20 0.20 0.13 0.07 0.13
C5 0.14 0.10 0.10 0.15 0.14 0.09 0.15 0.15 0.14 0.16 0.11 0.08 0.12 0.17 0.15 0.12 0.19 0.13 0.40 0.13 0.31 0.18 0.31
C5' 0.30 0.22 0.36 0.43 0.30 0.36 0.34 0.45 0.33 0.37 0.26 0.16 0.24 0.38 0.32 0.28 0.44 0.28 0.14 0.37 0.16 0.24 0.17
C6 0.12 0.03 0.06 0.14 0.11 0.06 0.13 0.17 0.11 0.16 0.04 0.08 0.06 0.16 0.13 0.11 0.19 0.10 0.40 0.11 0.32 0.18 0.31
C8 0.17 0.19 0.15 0.18 0.19 0.14 0.18 0.15 0.18 0.19 0.18 0.21 0.19 0.19 0.18 0.14 0.21 0.18 0.40 0.17 0.31 0.19 0.31
N1 0.12 0.02 0.05 0.13 0.11 0.05 0.13 0.17 0.11 0.17 0.04 0.07 0.06 0.17 0.13 0.12 0.18 0.09 0.40 0.11 0.33 0.20 0.32
N2 0.14 0.06 0.07 0.12 0.13 0.06 0.14 0.16 0.12 0.18 0.08 0.05 0.09 0.18 0.15 0.14 0.18 0.11 0.41 0.12 0.34 0.21 0.33
N3 0.15 0.12 0.10 0.14 0.15 0.08 0.16 0.15 0.14 0.17 0.12 0.11 0.14 0.17 0.16 0.14 0.19 0.14 0.40 0.13 0.32 0.19 0.32
N7 0.15 0.15 0.12 0.17 0.16 0.11 0.17 0.15 0.16 0.17 0.15 0.15 0.15 0.18 0.16 0.13 0.20 0.15 0.40 0.15 0.31 0.18 0.31
N9 0.18 0.19 0.14 0.17 0.19 0.13 0.18 0.15 0.17 0.19 0.18 0.21 0.19 0.19 0.18 0.15 0.20 0.18 0.41 0.16 0.32 0.19 0.32
O2' 0.21 0.23 0.18 0.17 0.20 0.16 0.17 0.10 0.15 0.17 0.18 0.29 0.24 0.16 0.20 0.22 0.20 0.23 0.41 0.12 0.34 0.20 0.33
O3' 0.15 0.10 0.25 0.30 0.15 0.19 0.18 0.26 0.18 0.20 0.13 0.10 0.11 0.21 0.17 0.17 0.33 0.10 0.06 0.22 0.02 0.13 0.02
O4' 0.18 0.20 0.17 0.21 0.19 0.17 0.20 0.20 0.19 0.20 0.19 0.22 0.19 0.21 0.19 0.14 0.23 0.19 0.38 0.19 0.29 0.19 0.30
O5' 0.42 0.34 0.49 0.56 0.42 0.47 0.46 0.56 0.45 0.48 0.38 0.26 0.36 0.49 0.44 0.41 0.57 0.39 0.22 0.49 0.27 0.35 0.28
O6 0.10 0.10 0.03 0.14 0.09 0.06 0.12 0.18 0.09 0.16 0.04 0.21 0.07 0.16 0.12 0.09 0.20 0.07 0.39 0.10 0.31 0.18 0.31
OP1 0.62 0.46 0.65 0.70 0.59 0.65 0.62 0.71 0.58 0.69 0.49 0.36 0.51 0.69 0.64 0.59 0.70 0.60 0.48 0.60 0.51 0.54 0.52
OP2 0.66 0.52 0.69 0.74 0.63 0.68 0.65 0.74 0.62 0.70 0.54 0.45 0.57 0.70 0.67 0.64 0.75 0.63 0.47 0.62 0.49 0.51 0.49
P 0.58 0.45 0.62 0.67 0.56 0.62 0.59 0.70 0.56 0.64 0.48 0.37 0.49 0.64 0.59 0.55 0.68 0.56 0.40 0.59 0.44 0.48 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.13 0.04
C2 0.02 0.00 0.14 0.21 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.24 0.03 0.20 0.01 0.13 0.07 0.12
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.09 0.18 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.03 0.22 0.07 0.16
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.03 0.11 0.08 0.17 0.26 0.20 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.30 0.05 0.23
C4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.14 0.07 0.12
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.13 0.10 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.23 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.27 0.01 0.19 0.08 0.18
C5' 0.03 0.19 0.03 0.03 0.15 0.00 0.15 0.00 0.17 0.06 0.19 0.21 0.17 0.11 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.16 0.08 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.29 0.00 0.20 0.10 0.20
C8 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.28 0.02 0.20 0.06 0.18
N1 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.19 0.02 0.25 0.02 0.17 0.07 0.17
N2 0.04 0.00 0.18 0.26 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.30 0.04 0.16 0.01 0.10 0.09 0.10
N3 0.02 0.00 0.14 0.20 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.21 0.03 0.16 0.01 0.11 0.09 0.09
N7 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.31 0.03 0.22 0.11 0.22
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.19 0.01 0.14 0.07 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.10 0.05
O3' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.12 0.03 0.08 0.03 0.12 0.09 0.19 0.30 0.21 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.26 0.11 0.32 0.05 0.24
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.04 0.24 0.08
O5' 0.08 0.20 0.21 0.30 0.21 0.02 0.27 0.01 0.29 0.28 0.25 0.16 0.16 0.31 0.19 0.06 0.26 0.08 0.00 0.32 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.01 0.32 0.00 0.24 0.15 0.24
OP1 0.08 0.13 0.22 0.30 0.14 0.04 0.19 0.08 0.20 0.20 0.17 0.10 0.11 0.22 0.14 0.11 0.32 0.04 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.07 0.07 0.05 0.07 0.23 0.08 0.33 0.10 0.06 0.07 0.09 0.09 0.11 0.07 0.10 0.05 0.24 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.16 0.23 0.12 0.02 0.18 0.01 0.20 0.18 0.17 0.10 0.09 0.22 0.11 0.05 0.24 0.08 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00