ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55493

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 27, 12, 10, 3, 13, 13, 7, 1, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.036 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.022, 0.071, 0.119, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.071 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.586, 0.686, 0.787, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.686 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.697, 0.812, 0.927, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.812 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.731, 0.852, 0.973, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.852 std_dev=0.121
N6 B 0, 0.560, 0.746, 0.932, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.746 std_dev=0.186
N7 B 0, 0.996, 1.184, 1.372, 1.469 max_d=1.469 avg_d=1.184 std_dev=0.188
C3' A 0, 1.435, 1.640, 1.844, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.640 std_dev=0.205
C4' A 0, 1.438, 1.646, 1.854, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.646 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.296, 0.506, 0.716, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.506 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.419, 0.644, 0.868, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.644 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.470, 0.695, 0.921, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.695 std_dev=0.226
C8 B 0, 1.199, 1.427, 1.655, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.427 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.677, 0.961, 1.245, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.961 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.457, 0.745, 1.032, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.745 std_dev=0.287
O5' A 0, 1.886, 2.178, 2.470, 2.622 max_d=2.622 avg_d=2.178 std_dev=0.292
N9 B 0, 0.898, 1.195, 1.493, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.195 std_dev=0.297
C5' A 0, 2.042, 2.351, 2.660, 2.770 max_d=2.770 avg_d=2.351 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.415, 0.733, 1.051, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.733 std_dev=0.318
O3' A 0, 2.241, 2.564, 2.887, 2.909 max_d=2.909 avg_d=2.564 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.364, 0.729, 1.095, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.729 std_dev=0.366
OP2 A 0, 2.304, 2.686, 3.068, 3.362 max_d=3.362 avg_d=2.686 std_dev=0.382
C1' B 0, 1.113, 1.505, 1.897, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.505 std_dev=0.392
P A 0, 2.381, 2.777, 3.172, 3.413 max_d=3.413 avg_d=2.777 std_dev=0.396
C5' B 0, 3.040, 3.528, 4.016, 4.946 max_d=4.946 avg_d=3.528 std_dev=0.488
OP1 A 0, 2.828, 3.333, 3.839, 4.180 max_d=4.180 avg_d=3.333 std_dev=0.506
O4' B 0, 1.619, 2.136, 2.653, 3.576 max_d=3.576 avg_d=2.136 std_dev=0.517
C4' B 0, 2.143, 2.694, 3.245, 4.454 max_d=4.454 avg_d=2.694 std_dev=0.551
O2' B 0, 1.094, 1.777, 2.459, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.777 std_dev=0.683
C3' B 0, 1.501, 2.208, 2.915, 4.065 max_d=4.065 avg_d=2.208 std_dev=0.707
O3' B 0, 1.871, 2.994, 4.117, 5.765 max_d=5.765 avg_d=2.994 std_dev=1.123
O5' B 0, 3.485, 4.710, 5.935, 6.010 max_d=6.010 avg_d=4.710 std_dev=1.225
OP2 B 0, 6.041, 7.789, 9.537, 9.560 max_d=9.560 avg_d=7.789 std_dev=1.748
P B 0, 4.187, 6.038, 7.890, 7.877 max_d=7.877 avg_d=6.038 std_dev=1.851
OP1 B 0, 2.918, 5.840, 8.761, 8.764 max_d=8.764 avg_d=5.840 std_dev=2.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.08 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.02 0.12 0.14 0.17 0.14
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.03 0.13 0.14 0.15 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.03 0.10 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.11 0.12 0.15 0.11
O2 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.02 0.07 0.09 0.11 0.07
O2' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.04
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.08 0.05 0.09 0.07 0.04 0.00 0.11 0.01 0.06 0.12 0.09 0.07
O4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.00 0.02 0.13 0.16 0.19 0.15
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.07 0.03 0.06 0.13 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.05 0.14 0.05 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.12 0.16 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.06 0.05 0.17 0.03 0.15 0.02 0.11 0.09 0.15 0.11 0.04 0.09 0.19 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.14 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.07 0.04 0.07 0.15 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.17 0.11 0.55 0.12 0.25 0.11 0.15 0.14 0.09 0.17 0.15 0.16 0.08 0.11 0.39 0.49 0.21 0.77 2.18 1.75 1.39
C2 0.07 0.09 0.11 0.44 0.07 0.16 0.07 0.15 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.09 0.08 0.50 0.28 0.12 0.83 2.11 1.71 1.39
C2' 0.10 0.13 0.15 0.59 0.11 0.27 0.10 0.18 0.12 0.09 0.13 0.12 0.13 0.08 0.10 0.47 0.61 0.22 0.95 2.54 1.73 1.60
C3' 0.11 0.12 0.16 0.63 0.10 0.31 0.09 0.22 0.11 0.09 0.13 0.12 0.13 0.08 0.10 0.47 0.76 0.27 0.97 2.76 1.81 1.69
C4 0.07 0.10 0.11 0.47 0.07 0.18 0.07 0.14 0.09 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.07 0.51 0.34 0.13 0.79 2.14 1.75 1.38
C4' 0.16 0.18 0.14 0.66 0.14 0.34 0.12 0.22 0.14 0.11 0.17 0.17 0.15 0.09 0.13 0.34 0.77 0.30 0.77 2.44 1.83 1.50
C5 0.08 0.12 0.10 0.54 0.08 0.23 0.07 0.16 0.11 0.08 0.13 0.10 0.13 0.07 0.08 0.47 0.46 0.18 0.74 2.18 1.77 1.37
C5' 0.17 0.20 0.15 0.68 0.15 0.36 0.12 0.25 0.15 0.11 0.19 0.18 0.15 0.09 0.14 0.33 0.85 0.32 0.70 2.40 1.84 1.45
C6 0.10 0.15 0.11 0.56 0.10 0.26 0.09 0.17 0.12 0.09 0.15 0.12 0.14 0.07 0.09 0.43 0.51 0.21 0.74 2.19 1.77 1.38
N1 0.09 0.13 0.10 0.52 0.09 0.22 0.08 0.14 0.12 0.08 0.14 0.11 0.14 0.07 0.08 0.44 0.43 0.18 0.78 2.17 1.75 1.39
N3 0.08 0.09 0.11 0.43 0.07 0.15 0.08 0.15 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.53 0.25 0.11 0.82 2.11 1.72 1.39
O2 0.09 0.08 0.12 0.38 0.08 0.13 0.08 0.17 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.51 0.19 0.11 0.86 2.05 1.65 1.38
O2' 0.11 0.11 0.15 0.60 0.10 0.27 0.09 0.17 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.10 0.43 0.61 0.22 0.97 2.49 1.66 1.58
O3' 0.11 0.09 0.19 0.62 0.09 0.31 0.08 0.28 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.53 0.85 0.29 1.12 3.08 1.80 1.87
O4 0.08 0.10 0.11 0.45 0.07 0.16 0.08 0.15 0.09 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.54 0.29 0.12 0.79 2.12 1.75 1.38
O4' 0.16 0.21 0.12 0.61 0.15 0.31 0.13 0.20 0.16 0.12 0.20 0.19 0.17 0.10 0.14 0.31 0.61 0.28 0.66 2.11 1.79 1.33
O5' 0.16 0.19 0.14 0.67 0.14 0.35 0.12 0.24 0.15 0.11 0.18 0.18 0.16 0.09 0.13 0.38 0.82 0.31 0.74 2.44 1.83 1.48
OP1 0.19 0.21 0.18 0.74 0.17 0.40 0.15 0.28 0.17 0.14 0.20 0.21 0.17 0.12 0.17 0.35 0.99 0.35 0.68 2.42 1.78 1.43
OP2 0.15 0.17 0.14 0.66 0.13 0.34 0.11 0.23 0.13 0.11 0.16 0.15 0.13 0.09 0.12 0.43 0.81 0.30 0.75 2.46 1.84 1.48
P 0.16 0.19 0.14 0.69 0.14 0.36 0.11 0.25 0.14 0.11 0.18 0.17 0.14 0.09 0.13 0.36 0.86 0.32 0.68 2.36 1.82 1.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.43 0.56 0.40 0.45
C2 0.03 0.00 0.16 0.08 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.61 0.21 0.38 0.50 0.78 0.46
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.24 0.08 0.10 0.13 0.16 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.79 1.04 0.43 0.79
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.19 0.38 0.10 0.09 0.25 0.36 0.18 0.02 0.00 0.04 0.41 0.51 0.29 0.34
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.34 0.11 0.50 0.83 0.86 0.67
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.13 0.11 0.15 0.06 0.11 0.04 0.33 0.02 0.00 0.01 0.12 0.25 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.05 0.66 1.27 1.15 0.94
C5' 0.11 0.19 0.24 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.13 0.19 0.16 0.18 0.13 0.17 0.12 0.10 0.25 0.02 0.01 0.17 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.25 0.09 0.58 1.13 1.18 0.86
C8 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.19 0.12 0.93 1.72 1.16 1.21
N1 0.03 0.00 0.13 0.10 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.45 0.16 0.44 0.73 1.00 0.63
N3 0.03 0.00 0.16 0.09 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.62 0.21 0.36 0.45 0.66 0.42
N6 0.02 0.01 0.07 0.25 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.38 0.14 0.06 0.65 1.39 1.35 1.02
N7 0.01 0.01 0.06 0.36 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.15 0.07 0.89 1.80 1.33 1.25
N9 0.00 0.01 0.02 0.18 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.16 0.01 0.63 1.04 0.81 0.78
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.26 0.33 0.32 0.10 0.34 0.37 0.33 0.32 0.38 0.39 0.21 0.00 0.04 0.20 0.43 0.67 0.41 0.41
O3' 0.35 0.61 0.02 0.00 0.34 0.02 0.15 0.25 0.25 0.19 0.45 0.62 0.14 0.15 0.16 0.04 0.00 0.24 0.12 0.13 0.88 0.25
O4' 0.01 0.21 0.02 0.04 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.12 0.16 0.21 0.06 0.07 0.01 0.20 0.24 0.00 0.11 0.13 0.26 0.13
O5' 0.43 0.38 0.79 0.41 0.50 0.01 0.66 0.01 0.58 0.93 0.44 0.36 0.65 0.89 0.63 0.43 0.12 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.56 0.50 1.04 0.51 0.83 0.12 1.27 0.17 1.13 1.72 0.73 0.45 1.39 1.80 1.04 0.67 0.13 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.78 0.43 0.29 0.86 0.25 1.15 0.18 1.18 1.16 1.00 0.66 1.35 1.33 0.81 0.41 0.88 0.26 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.45 0.46 0.79 0.34 0.67 0.06 0.94 0.02 0.86 1.21 0.63 0.42 1.02 1.25 0.78 0.41 0.25 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00