ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55494

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 5, 7, 2, 3, 2, 2, 6, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.036, 0.071, 0.106, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.071 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.121, 0.183, 0.246, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.183 std_dev=0.063
O4 A 0, 0.032, 0.096, 0.161, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.096 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.099, 0.179, 0.260, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.179 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.147, 0.239, 0.331, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.239 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.207, 0.313, 0.418, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.313 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.185, 0.299, 0.414, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.299 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.321, 0.492, 0.663, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.492 std_dev=0.171
C5' A 0, 0.235, 0.432, 0.629, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.432 std_dev=0.197
N7 B 0, 0.128, 0.346, 0.564, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.346 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.201, 0.432, 0.664, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.432 std_dev=0.231
P A 0, 0.236, 0.470, 0.705, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.470 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.214, 0.453, 0.691, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.453 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.251, 0.502, 0.754, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.502 std_dev=0.252
OP2 A 0, 0.207, 0.479, 0.751, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.479 std_dev=0.272
N9 B 0, 0.130, 0.414, 0.697, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.414 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.080, 0.394, 0.709, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.394 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.239, 0.591, 0.943, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.591 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.348, 0.708, 1.069, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.708 std_dev=0.360
N6 B 0, 0.216, 0.578, 0.941, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.578 std_dev=0.363
C1' B 0, 0.135, 0.505, 0.875, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.505 std_dev=0.370
OP1 A 0, 0.159, 0.588, 1.017, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.588 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.205, 0.655, 1.105, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.655 std_dev=0.450
C2 B 0, 0.404, 0.870, 1.336, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.870 std_dev=0.466
O4' B 0, 0.195, 0.679, 1.164, 2.880 max_d=2.880 avg_d=0.679 std_dev=0.485
N1 B 0, 0.335, 0.825, 1.315, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.825 std_dev=0.490
C3' B 0, 0.815, 1.373, 1.932, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.373 std_dev=0.559
O2' B 0, 0.845, 1.411, 1.977, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.411 std_dev=0.566
C4' B 0, 0.198, 0.775, 1.351, 3.580 max_d=3.580 avg_d=0.775 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.169, 1.003, 1.838, 5.264 max_d=5.264 avg_d=1.003 std_dev=0.834
O3' B 0, 1.551, 2.539, 3.527, 3.819 max_d=3.819 avg_d=2.539 std_dev=0.988
O5' B 0, 1.124, 2.278, 3.433, 7.589 max_d=7.589 avg_d=2.278 std_dev=1.154
P B 0, 1.788, 3.420, 5.052, 10.297 max_d=10.297 avg_d=3.420 std_dev=1.632
OP2 B 0, 1.686, 3.404, 5.122, 10.470 max_d=10.470 avg_d=3.404 std_dev=1.718
OP1 B 0, 3.345, 5.721, 8.097, 11.853 max_d=11.853 avg_d=5.721 std_dev=2.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.10 0.10 0.18 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.09 0.05
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.09 0.05 0.07 0.08 0.02 0.01 0.10 0.01 0.06 0.11 0.11 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.03 0.16 0.15 0.25 0.15
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.04 0.17 0.15 0.25 0.15
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.13 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.03 0.13 0.11 0.19 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.09 0.09 0.16 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.01 0.13 0.13 0.22 0.13
O2 0.05 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.02 0.05 0.09 0.09 0.16 0.10
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.11 0.00 0.05 0.06 0.05 0.06 0.10 0.10 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.10 0.05 0.08 0.09 0.05 0.00 0.13 0.02 0.08 0.16 0.19 0.08
O4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.00 0.03 0.17 0.18 0.28 0.17
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.08 0.08 0.16 0.12
O5' 0.06 0.10 0.04 0.06 0.16 0.02 0.17 0.01 0.13 0.09 0.13 0.09 0.06 0.08 0.17 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.06 0.10 0.08 0.11 0.15 0.07 0.15 0.07 0.11 0.09 0.13 0.09 0.10 0.16 0.18 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.18 0.09 0.11 0.25 0.08 0.25 0.08 0.19 0.16 0.22 0.16 0.10 0.19 0.28 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.05 0.05 0.15 0.03 0.15 0.02 0.11 0.09 0.13 0.10 0.06 0.08 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.19 0.28 0.40 0.14 0.20 0.16 0.20 0.20 0.14 0.21 0.16 0.23 0.15 0.13 0.45 0.39 0.23 0.73 1.68 1.39 1.20
C2 0.14 0.17 0.23 0.37 0.15 0.17 0.16 0.21 0.18 0.15 0.18 0.15 0.20 0.15 0.14 0.46 0.32 0.16 0.80 1.63 1.35 1.20
C2' 0.11 0.14 0.31 0.43 0.12 0.24 0.13 0.25 0.15 0.10 0.16 0.13 0.18 0.11 0.11 0.55 0.45 0.27 0.79 1.84 1.32 1.26
C3' 0.12 0.12 0.30 0.43 0.09 0.31 0.11 0.34 0.14 0.10 0.14 0.10 0.18 0.10 0.09 0.55 0.51 0.39 0.69 1.90 1.29 1.23
C4 0.13 0.17 0.24 0.39 0.15 0.19 0.15 0.22 0.18 0.14 0.19 0.16 0.20 0.15 0.14 0.48 0.36 0.17 0.77 1.66 1.37 1.21
C4' 0.15 0.17 0.30 0.44 0.11 0.28 0.12 0.25 0.17 0.13 0.19 0.13 0.21 0.12 0.11 0.45 0.51 0.37 0.59 1.76 1.39 1.18
C5 0.13 0.17 0.27 0.41 0.14 0.20 0.15 0.22 0.18 0.14 0.20 0.15 0.21 0.14 0.13 0.49 0.40 0.21 0.72 1.68 1.37 1.19
C5' 0.17 0.18 0.30 0.44 0.11 0.31 0.12 0.27 0.18 0.14 0.21 0.14 0.22 0.12 0.12 0.43 0.55 0.40 0.52 1.70 1.39 1.12
C6 0.13 0.18 0.29 0.41 0.14 0.21 0.15 0.22 0.19 0.14 0.20 0.15 0.23 0.14 0.13 0.49 0.41 0.23 0.70 1.68 1.38 1.19
N1 0.13 0.18 0.27 0.39 0.14 0.19 0.15 0.20 0.19 0.14 0.20 0.15 0.22 0.14 0.13 0.47 0.37 0.20 0.74 1.67 1.38 1.20
N3 0.15 0.17 0.22 0.38 0.16 0.18 0.16 0.22 0.18 0.16 0.18 0.16 0.19 0.16 0.15 0.47 0.33 0.16 0.81 1.64 1.36 1.21
O2 0.16 0.16 0.21 0.35 0.16 0.18 0.16 0.22 0.17 0.17 0.17 0.16 0.18 0.17 0.16 0.44 0.29 0.16 0.83 1.58 1.32 1.19
O2' 0.11 0.12 0.31 0.43 0.10 0.23 0.11 0.23 0.13 0.09 0.13 0.11 0.17 0.09 0.09 0.52 0.44 0.28 0.84 1.85 1.32 1.29
O3' 0.17 0.14 0.31 0.42 0.14 0.41 0.14 0.49 0.15 0.15 0.15 0.13 0.18 0.15 0.14 0.60 0.57 0.50 0.74 2.04 1.24 1.26
O4 0.14 0.18 0.23 0.39 0.16 0.19 0.16 0.23 0.18 0.15 0.20 0.17 0.20 0.16 0.15 0.48 0.36 0.17 0.79 1.66 1.37 1.22
O4' 0.18 0.23 0.31 0.43 0.17 0.25 0.18 0.24 0.23 0.18 0.25 0.19 0.27 0.18 0.16 0.42 0.44 0.30 0.64 1.64 1.44 1.17
O5' 0.15 0.21 0.30 0.45 0.13 0.30 0.14 0.27 0.20 0.12 0.23 0.16 0.24 0.12 0.11 0.47 0.54 0.38 0.54 1.71 1.36 1.12
OP1 0.20 0.23 0.38 0.46 0.16 0.35 0.17 0.35 0.21 0.18 0.25 0.19 0.25 0.17 0.16 0.54 0.61 0.43 0.53 1.70 1.40 1.11
OP2 0.18 0.21 0.29 0.47 0.15 0.35 0.15 0.34 0.21 0.13 0.24 0.18 0.25 0.13 0.14 0.50 0.56 0.41 0.56 1.70 1.31 1.11
P 0.16 0.20 0.30 0.45 0.12 0.32 0.13 0.29 0.19 0.13 0.23 0.15 0.24 0.11 0.11 0.46 0.55 0.40 0.49 1.64 1.35 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.47 0.55 0.49 0.46
C2 0.03 0.00 0.32 0.13 0.01 0.24 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.44 0.38 0.75 0.93 1.06 0.85
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.02 0.06 0.20 0.13 0.20 0.24 0.32 0.09 0.12 0.02 0.00 0.05 0.02 0.76 0.93 0.65 0.74
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.01 0.20 0.03 0.18 0.29 0.14 0.12 0.22 0.28 0.15 0.02 0.01 0.03 0.37 0.44 0.47 0.32
C4 0.02 0.01 0.16 0.12 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.27 0.20 0.72 0.93 0.95 0.81
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.12 0.00 0.08 0.01 0.11 0.16 0.19 0.23 0.09 0.12 0.05 0.26 0.03 0.01 0.02 0.22 0.28 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.17 0.09 0.79 1.17 1.10 0.97
C5' 0.09 0.34 0.20 0.03 0.20 0.01 0.18 0.00 0.22 0.23 0.29 0.31 0.20 0.20 0.12 0.09 0.22 0.02 0.01 0.39 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.18 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.21 0.17 0.80 1.17 1.20 1.00
C8 0.01 0.01 0.20 0.29 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.41 0.20 0.21 0.79 1.28 0.94 0.97
N1 0.03 0.00 0.24 0.14 0.01 0.19 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.34 0.30 0.79 1.05 1.17 0.94
N3 0.03 0.00 0.32 0.12 0.00 0.23 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.45 0.37 0.70 0.83 0.93 0.75
N6 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.31 0.16 0.11 0.82 1.31 1.28 1.08
N7 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.36 0.18 0.11 0.82 1.40 1.11 1.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.18 0.01 0.68 0.91 0.79 0.75
O2' 0.03 0.55 0.00 0.02 0.28 0.26 0.26 0.09 0.31 0.41 0.44 0.53 0.31 0.36 0.17 0.00 0.06 0.17 0.62 0.87 0.65 0.61
O3' 0.32 0.44 0.05 0.01 0.27 0.03 0.17 0.22 0.21 0.20 0.34 0.45 0.16 0.18 0.18 0.06 0.00 0.23 0.17 0.33 0.73 0.30
O4' 0.00 0.38 0.02 0.03 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.21 0.30 0.37 0.11 0.11 0.01 0.17 0.23 0.00 0.20 0.16 0.30 0.16
O5' 0.47 0.75 0.76 0.37 0.72 0.02 0.79 0.01 0.80 0.79 0.79 0.70 0.82 0.82 0.68 0.62 0.17 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 0.93 0.93 0.44 0.93 0.22 1.17 0.39 1.17 1.28 1.05 0.83 1.31 1.40 0.91 0.87 0.33 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 1.06 0.65 0.47 0.95 0.28 1.10 0.34 1.20 0.94 1.17 0.93 1.28 1.11 0.79 0.65 0.73 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.85 0.74 0.32 0.81 0.06 0.97 0.02 1.00 0.97 0.94 0.75 1.08 1.07 0.75 0.61 0.30 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00