ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 4, 3, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, -0.002, 0.006, 0.013, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.001, 0.038, 0.076, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.050, 0.118, 0.185, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.118 std_dev=0.067
O4 A 0, 0.022, 0.089, 0.157, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.089 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.041, 0.119, 0.198, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.119 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.053, 0.183, 0.313, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.183 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.064, 0.215, 0.367, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.215 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.057, 0.212, 0.368, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.212 std_dev=0.155
O3' A 0, 0.090, 0.327, 0.564, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.327 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.081, 0.351, 0.621, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.351 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.180, 0.516, 0.851, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.516 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.103, 0.443, 0.784, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.443 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.128, 0.471, 0.814, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.471 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.098, 0.454, 0.809, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.454 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.156, 0.522, 0.888, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.522 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.162, 0.536, 0.910, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.536 std_dev=0.374
N1 B 0, 0.129, 0.504, 0.880, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.504 std_dev=0.375
N6 B 0, 0.024, 0.473, 0.922, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.473 std_dev=0.449
N9 B 0, 0.079, 0.553, 1.026, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.553 std_dev=0.473
N7 B 0, -0.005, 0.531, 1.066, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.531 std_dev=0.536
O5' A 0, -0.093, 0.461, 1.014, 2.515 max_d=2.515 avg_d=0.461 std_dev=0.553
O2' B 0, 0.121, 0.690, 1.259, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.690 std_dev=0.569
C1' B 0, 0.059, 0.647, 1.235, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.647 std_dev=0.588
C8 B 0, -0.011, 0.589, 1.189, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.589 std_dev=0.600
C3' B 0, 0.019, 0.710, 1.401, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.710 std_dev=0.691
P A 0, -0.181, 0.540, 1.261, 3.341 max_d=3.341 avg_d=0.540 std_dev=0.721
OP2 A 0, -0.203, 0.564, 1.332, 3.543 max_d=3.543 avg_d=0.564 std_dev=0.768
O3' B 0, -0.045, 0.764, 1.573, 3.514 max_d=3.514 avg_d=0.764 std_dev=0.809
OP1 A 0, -0.188, 0.634, 1.456, 3.795 max_d=3.795 avg_d=0.634 std_dev=0.822
O4' B 0, -0.171, 0.893, 1.958, 4.272 max_d=4.272 avg_d=0.893 std_dev=1.065
C4' B 0, -0.189, 0.954, 2.097, 4.465 max_d=4.465 avg_d=0.954 std_dev=1.143
C5' B 0, -0.564, 1.257, 3.077, 6.823 max_d=6.823 avg_d=1.257 std_dev=1.820
O5' B 0, -0.813, 1.498, 3.809, 8.351 max_d=8.351 avg_d=1.498 std_dev=2.311
P B 0, -1.315, 1.901, 5.118, 11.463 max_d=11.463 avg_d=1.901 std_dev=3.216
OP2 B 0, -1.473, 1.969, 5.411, 12.002 max_d=12.002 avg_d=1.969 std_dev=3.442
OP1 B 0, -1.611, 2.145, 5.901, 12.955 max_d=12.955 avg_d=2.145 std_dev=3.756

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.26 0.08
C2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.25 0.15 0.20 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.23 0.14 0.13
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.11 0.06 0.09 0.09 0.02 0.00 0.12 0.00 0.25 0.28 0.11 0.18
C4 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.00 0.02 0.25 0.11 0.20 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.10 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.03 0.23 0.14 0.28 0.12
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.17 0.00 0.19 0.00 0.16 0.09 0.13 0.06 0.04 0.04 0.19 0.01 0.01 0.11 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.03 0.21 0.13 0.31 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.21 0.12 0.24 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.09 0.01 0.02 0.26 0.13 0.18 0.11
O2 0.05 0.00 0.08 0.09 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.11 0.02 0.05 0.24 0.18 0.18 0.12
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.10 0.00 0.05 0.06 0.04 0.09 0.17 0.18 0.07
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.02 0.13 0.04 0.12 0.05 0.09 0.11 0.05 0.00 0.13 0.01 0.18 0.32 0.11 0.18
O4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.00 0.03 0.26 0.10 0.18 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.33 0.12
O5' 0.13 0.25 0.21 0.25 0.25 0.01 0.23 0.01 0.21 0.21 0.26 0.24 0.09 0.18 0.26 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.15 0.23 0.28 0.11 0.10 0.14 0.11 0.13 0.12 0.13 0.18 0.17 0.32 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.20 0.14 0.11 0.20 0.26 0.28 0.29 0.31 0.24 0.18 0.18 0.18 0.11 0.18 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.13 0.18 0.10 0.03 0.12 0.01 0.13 0.10 0.11 0.12 0.07 0.18 0.09 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.15 0.23 0.13 0.19 0.50 0.17 0.62 0.14 0.49 0.25 0.09 0.28 0.40 0.37 0.32 0.14 0.62 0.82 1.47 0.75 1.04
C2 0.34 0.10 0.26 0.10 0.21 0.28 0.23 0.29 0.08 0.43 0.14 0.10 0.07 0.41 0.33 0.39 0.10 0.39 0.65 1.17 0.34 0.79
C2' 0.40 0.16 0.25 0.21 0.19 0.56 0.15 0.74 0.20 0.42 0.25 0.14 0.37 0.31 0.34 0.30 0.17 0.63 1.05 1.79 1.00 1.32
C3' 0.50 0.17 0.32 0.35 0.24 0.77 0.17 1.02 0.21 0.45 0.24 0.20 0.38 0.28 0.40 0.34 0.29 0.81 1.36 2.25 1.46 1.73
C4 0.34 0.09 0.27 0.12 0.22 0.28 0.25 0.27 0.12 0.42 0.10 0.12 0.12 0.39 0.32 0.40 0.12 0.38 0.67 1.20 0.37 0.82
C4' 0.55 0.11 0.29 0.31 0.24 0.81 0.16 1.04 0.17 0.51 0.23 0.15 0.35 0.34 0.43 0.33 0.27 0.89 1.28 2.11 1.44 1.64
C5 0.37 0.10 0.25 0.10 0.20 0.37 0.21 0.43 0.07 0.44 0.13 0.10 0.07 0.38 0.34 0.36 0.10 0.48 0.75 1.37 0.54 0.94
C5' 0.58 0.11 0.32 0.37 0.25 0.89 0.16 1.15 0.18 0.51 0.23 0.17 0.35 0.32 0.45 0.35 0.32 0.95 1.42 2.34 1.66 1.84
C6 0.39 0.11 0.24 0.10 0.19 0.43 0.19 0.52 0.07 0.45 0.18 0.09 0.13 0.38 0.35 0.33 0.11 0.55 0.80 1.45 0.66 1.01
N1 0.38 0.12 0.24 0.10 0.19 0.40 0.20 0.47 0.08 0.46 0.19 0.09 0.15 0.40 0.35 0.34 0.10 0.52 0.75 1.37 0.57 0.94
N3 0.32 0.09 0.28 0.13 0.22 0.23 0.26 0.21 0.14 0.42 0.10 0.12 0.15 0.40 0.32 0.42 0.13 0.33 0.64 1.10 0.31 0.76
O2 0.32 0.10 0.27 0.11 0.21 0.23 0.25 0.22 0.09 0.43 0.14 0.10 0.08 0.42 0.32 0.41 0.12 0.34 0.60 1.05 0.26 0.71
O2' 0.44 0.13 0.25 0.21 0.21 0.59 0.15 0.78 0.20 0.47 0.23 0.14 0.39 0.34 0.37 0.30 0.18 0.68 1.01 1.70 0.98 1.26
O3' 0.58 0.23 0.39 0.50 0.31 0.95 0.20 1.28 0.23 0.44 0.24 0.30 0.39 0.25 0.45 0.38 0.42 0.95 1.64 2.64 1.84 2.08
O4 0.32 0.11 0.28 0.14 0.23 0.23 0.26 0.20 0.17 0.40 0.11 0.14 0.19 0.39 0.32 0.43 0.14 0.33 0.66 1.13 0.35 0.79
O4' 0.49 0.15 0.24 0.19 0.21 0.63 0.17 0.79 0.16 0.52 0.25 0.11 0.30 0.39 0.40 0.30 0.21 0.76 0.97 1.67 1.02 1.24
O5' 0.58 0.13 0.27 0.28 0.32 0.82 0.26 1.07 0.12 0.55 0.14 0.24 0.18 0.41 0.49 0.31 0.19 0.94 1.36 2.28 1.54 1.79
OP1 0.80 0.23 0.47 0.53 0.46 1.12 0.36 1.40 0.18 0.69 0.18 0.39 0.19 0.50 0.66 0.51 0.41 1.21 1.74 2.79 2.03 2.26
OP2 0.45 0.25 0.21 0.20 0.22 0.66 0.19 0.87 0.26 0.40 0.34 0.20 0.37 0.27 0.36 0.25 0.12 0.76 1.24 2.19 1.37 1.67
P 0.61 0.13 0.30 0.31 0.31 0.86 0.24 1.09 0.13 0.56 0.18 0.23 0.23 0.40 0.49 0.34 0.21 0.97 1.41 2.37 1.61 1.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.01 0.23 0.57 0.13 0.30
C2 0.03 0.00 0.20 0.50 0.00 0.56 0.01 0.87 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.38 0.36 0.41 0.88 0.80 1.22 1.02
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.11 0.09 0.08 0.16 0.21 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.33 0.13 0.17
C3' 0.00 0.50 0.00 0.00 0.30 0.01 0.24 0.02 0.33 0.07 0.45 0.47 0.30 0.10 0.11 0.02 0.01 0.01 0.08 0.12 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.11 0.30 0.00 0.27 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.15 0.20 0.46 0.56 0.42 0.49
C4' 0.01 0.56 0.01 0.01 0.27 0.00 0.14 0.01 0.26 0.22 0.44 0.54 0.18 0.13 0.03 0.15 0.03 0.00 0.02 0.23 0.13 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.24 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.06 0.42 0.68 0.24 0.48
C5' 0.05 0.87 0.11 0.02 0.35 0.01 0.17 0.00 0.36 0.40 0.67 0.80 0.25 0.27 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.20 0.09 0.02
C6 0.01 0.02 0.09 0.33 0.00 0.26 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.24 0.22 0.15 0.52 0.59 0.54 0.58
C8 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.22 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.25 0.55 1.06 0.51 0.70
N1 0.03 0.01 0.16 0.45 0.01 0.44 0.00 0.67 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.33 0.32 0.30 0.74 0.66 1.00 0.85
N3 0.03 0.00 0.21 0.47 0.00 0.54 0.01 0.80 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.36 0.30 0.43 0.78 0.69 0.97 0.86
N6 0.01 0.03 0.07 0.30 0.01 0.18 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.21 0.08 0.48 0.65 0.42 0.54
N7 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.16 0.49 1.00 0.35 0.64
N9 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.34 0.70 0.11 0.41
O2' 0.01 0.38 0.00 0.02 0.23 0.15 0.17 0.05 0.24 0.07 0.33 0.36 0.21 0.07 0.09 0.00 0.03 0.10 0.08 0.18 0.10 0.07
O3' 0.15 0.36 0.01 0.01 0.15 0.03 0.13 0.08 0.22 0.11 0.32 0.30 0.21 0.08 0.03 0.03 0.00 0.12 0.23 0.32 0.26 0.24
O4' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.20 0.00 0.06 0.01 0.15 0.25 0.30 0.43 0.08 0.16 0.01 0.10 0.12 0.00 0.24 0.60 0.16 0.30
O5' 0.23 0.88 0.15 0.08 0.46 0.02 0.42 0.01 0.52 0.55 0.74 0.78 0.48 0.49 0.34 0.08 0.23 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.57 0.80 0.33 0.12 0.56 0.23 0.68 0.20 0.59 1.06 0.66 0.69 0.65 1.00 0.70 0.18 0.32 0.60 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 1.22 0.13 0.13 0.42 0.13 0.24 0.09 0.54 0.51 1.00 0.97 0.42 0.35 0.11 0.10 0.26 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.30 1.02 0.17 0.07 0.49 0.06 0.48 0.02 0.58 0.70 0.85 0.86 0.54 0.64 0.41 0.07 0.24 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00