ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 12, 21, 13, 3, 2, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.004, 0.037, 0.069, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.037 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.040, 0.093, 0.145, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.093 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.018, 0.074, 0.130, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.074 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.051, 0.114, 0.178, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.114 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.066, 0.146, 0.225, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.146 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.067, 0.158, 0.249, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.158 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.086, 0.200, 0.315, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.200 std_dev=0.115
P A 0, 0.076, 0.214, 0.353, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.214 std_dev=0.138
O5' A 0, 0.071, 0.210, 0.349, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.210 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.148, 0.293, 0.438, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.293 std_dev=0.145
OP1 A 0, 0.080, 0.236, 0.393, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.236 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.089, 0.248, 0.408, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.248 std_dev=0.159
OP2 B 0, 0.224, 0.390, 0.556, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.390 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.153, 0.329, 0.506, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.329 std_dev=0.176
P B 0, 0.163, 0.347, 0.530, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.347 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.126, 0.310, 0.495, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.310 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.106, 0.292, 0.477, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.292 std_dev=0.185
C3' B 0, 0.065, 0.259, 0.452, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.259 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.064, 0.260, 0.457, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.260 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.099, 0.306, 0.513, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.306 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.069, 0.278, 0.486, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.278 std_dev=0.208
C5' B 0, 0.138, 0.349, 0.560, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.349 std_dev=0.211
N4 B 0, 0.055, 0.266, 0.477, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.266 std_dev=0.211
C4' B 0, 0.123, 0.334, 0.545, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.334 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.101, 0.312, 0.524, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.312 std_dev=0.211
O3' B 0, 0.032, 0.249, 0.466, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.249 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.088, 0.307, 0.525, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.307 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.156, 0.381, 0.605, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.381 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.129, 0.355, 0.580, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.355 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.162, 0.392, 0.622, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.392 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.131, 0.374, 0.617, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.374 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.100, 0.358, 0.615, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.358 std_dev=0.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.06 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.03 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.08 0.07 0.09 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.09 0.08 0.10 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.09 0.08 0.11 0.07
C8 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.06
N1 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.07 0.10 0.06
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.06 0.09 0.05
N6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.08 0.05 0.10 0.10 0.12 0.09
N7 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04 0.11 0.09 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.06 0.09 0.05
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.09 0.06 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.04 0.04 0.08 0.10 0.04 0.05 0.00 0.01 0.06 0.16 0.09 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.05 0.12 0.08
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.11 0.08 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.09 0.06 0.09 0.16 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.10 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.02 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.06 0.09 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.03 0.08 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.15 0.11 0.08 0.15 0.07 0.12 0.08 0.11 0.12 0.16 0.17 0.16 0.13 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09
C2 0.14 0.14 0.15 0.13 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.13 0.11 0.09 0.18 0.16 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.14
C2' 0.11 0.15 0.11 0.07 0.14 0.07 0.11 0.07 0.11 0.12 0.16 0.16 0.16 0.13 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08
C3' 0.13 0.16 0.12 0.09 0.16 0.08 0.14 0.08 0.13 0.13 0.17 0.18 0.17 0.14 0.09 0.11 0.07 0.14 0.13 0.10
C4 0.10 0.13 0.11 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.13 0.15 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11
C4' 0.11 0.15 0.12 0.08 0.16 0.07 0.13 0.06 0.12 0.12 0.17 0.18 0.16 0.13 0.08 0.09 0.06 0.11 0.09 0.07
C5 0.09 0.12 0.10 0.07 0.13 0.07 0.13 0.10 0.11 0.10 0.13 0.15 0.13 0.10 0.07 0.08 0.09 0.12 0.12 0.11
C5' 0.10 0.14 0.11 0.08 0.15 0.06 0.12 0.06 0.11 0.11 0.16 0.18 0.15 0.11 0.09 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07
C6 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.12 0.14 0.14 0.14
C8 0.10 0.15 0.10 0.07 0.18 0.07 0.16 0.08 0.13 0.12 0.17 0.22 0.15 0.10 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08
N1 0.11 0.11 0.13 0.12 0.05 0.13 0.08 0.15 0.10 0.10 0.08 0.09 0.14 0.14 0.12 0.12 0.14 0.16 0.14 0.15
N3 0.12 0.15 0.13 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.13 0.09 0.17 0.15 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12
N6 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.13 0.13 0.12 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08 0.07 0.09 0.13 0.16 0.17 0.16
N7 0.10 0.14 0.10 0.07 0.18 0.07 0.17 0.08 0.14 0.12 0.16 0.21 0.13 0.10 0.07 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09
N9 0.11 0.14 0.11 0.07 0.15 0.07 0.13 0.08 0.12 0.12 0.16 0.18 0.16 0.12 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09
O2' 0.12 0.15 0.13 0.09 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.15 0.13 0.17 0.15 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09
O3' 0.14 0.16 0.13 0.09 0.16 0.10 0.14 0.10 0.14 0.14 0.17 0.17 0.17 0.14 0.09 0.13 0.09 0.16 0.17 0.12
O4' 0.11 0.15 0.12 0.08 0.15 0.08 0.13 0.09 0.11 0.12 0.16 0.18 0.16 0.13 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.10 0.13 0.11 0.09 0.15 0.07 0.13 0.08 0.12 0.11 0.15 0.18 0.13 0.11 0.10 0.08 0.08 0.14 0.10 0.09
OP1 0.12 0.15 0.12 0.10 0.17 0.09 0.15 0.08 0.14 0.13 0.17 0.21 0.15 0.11 0.10 0.11 0.08 0.13 0.09 0.08
OP2 0.10 0.13 0.10 0.09 0.15 0.08 0.14 0.08 0.12 0.11 0.15 0.19 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.08
P 0.09 0.12 0.09 0.07 0.15 0.06 0.13 0.07 0.11 0.10 0.14 0.18 0.12 0.09 0.09 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.08 0.14 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.10 0.12 0.19 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.11 0.13 0.21 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.10 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.10 0.10 0.19 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.14 0.07
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.08 0.10 0.16 0.10
N4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.12 0.14 0.20 0.13
O2 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.12 0.02 0.05 0.07 0.13 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.05 0.03 0.05 0.09 0.07 0.05
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.12 0.05 0.00 0.02 0.10 0.13 0.10 0.10
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.08 0.08 0.05
O5' 0.04 0.06 0.05 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.06 0.08 0.12 0.05 0.05 0.10 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.06 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.13 0.09 0.10 0.07 0.10 0.14 0.07 0.09 0.13 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.09 0.07 0.19 0.03 0.21 0.01 0.19 0.14 0.16 0.20 0.13 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.06 0.06 0.12 0.02 0.13 0.02 0.11 0.07 0.10 0.13 0.07 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00