ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55500

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 11, 6, 15, 8, 4, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.016, 0.051, 0.087, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.051 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.021, 0.063, 0.105, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.063 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.104, 0.153, 0.203, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.153 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.053, 0.105, 0.156, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.105 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.029, 0.099, 0.169, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.099 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.038, 0.119, 0.200, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.119 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.224, 0.323, 0.423, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.323 std_dev=0.100
O5' A 0, 0.251, 0.382, 0.513, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.382 std_dev=0.131
P A 0, 0.220, 0.373, 0.526, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.373 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.225, 0.393, 0.561, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.393 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.167, 0.337, 0.507, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.337 std_dev=0.170
C5' B 0, 0.249, 0.422, 0.596, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.422 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.213, 0.392, 0.570, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.392 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.222, 0.403, 0.585, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.403 std_dev=0.182
P B 0, 0.179, 0.365, 0.550, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.365 std_dev=0.185
O5' B 0, 0.175, 0.368, 0.561, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.368 std_dev=0.193
O4' B 0, 0.320, 0.521, 0.721, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.521 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.394, 0.596, 0.798, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.596 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.290, 0.506, 0.722, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.506 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.461, 0.677, 0.893, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.677 std_dev=0.216
OP2 B 0, 0.187, 0.407, 0.626, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.407 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.616, 0.849, 1.083, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.849 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.255, 0.499, 0.743, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.499 std_dev=0.244
O3' B 0, 0.331, 0.581, 0.831, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.581 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.741, 0.992, 1.243, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.992 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.879, 1.195, 1.510, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.195 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.763, 1.084, 1.406, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.084 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.911, 1.251, 1.590, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.251 std_dev=0.340
N3 B 0, 0.889, 1.249, 1.610, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.249 std_dev=0.360
N4 B 0, 1.051, 1.468, 1.886, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.468 std_dev=0.418
O2 B 0, 0.780, 1.244, 1.707, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.244 std_dev=0.464

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.09 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.08 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.09 0.09 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.09 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.08 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.10 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.10 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.09 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.04 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.03 0.09 0.03 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.25 0.14 0.11 0.23 0.12 0.37 0.12 0.31 0.14 0.22 0.31 0.48 0.18 0.11 0.15 0.11 0.09 0.10 0.09
C2 0.19 0.25 0.19 0.16 0.21 0.16 0.33 0.13 0.27 0.15 0.20 0.29 0.50 0.24 0.16 0.19 0.12 0.09 0.10 0.09
C2' 0.14 0.24 0.13 0.11 0.23 0.12 0.37 0.13 0.31 0.14 0.21 0.30 0.46 0.18 0.11 0.15 0.12 0.10 0.11 0.10
C3' 0.14 0.24 0.12 0.11 0.24 0.11 0.39 0.13 0.33 0.14 0.22 0.32 0.46 0.16 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10
C4 0.16 0.25 0.15 0.13 0.23 0.13 0.37 0.12 0.30 0.14 0.22 0.30 0.48 0.19 0.13 0.17 0.11 0.09 0.10 0.09
C4' 0.15 0.26 0.13 0.11 0.24 0.12 0.39 0.12 0.32 0.15 0.23 0.32 0.49 0.17 0.11 0.15 0.11 0.10 0.11 0.09
C5 0.15 0.25 0.14 0.12 0.24 0.12 0.38 0.12 0.31 0.14 0.22 0.30 0.46 0.17 0.12 0.16 0.11 0.08 0.10 0.09
C5' 0.15 0.26 0.13 0.12 0.25 0.12 0.40 0.13 0.33 0.15 0.25 0.33 0.49 0.16 0.12 0.16 0.12 0.11 0.12 0.11
C6 0.16 0.25 0.15 0.13 0.23 0.14 0.36 0.12 0.30 0.14 0.21 0.30 0.46 0.19 0.14 0.17 0.11 0.09 0.10 0.09
C8 0.13 0.25 0.12 0.10 0.25 0.11 0.39 0.11 0.33 0.15 0.23 0.32 0.46 0.15 0.10 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09
N1 0.18 0.25 0.18 0.15 0.21 0.16 0.34 0.13 0.28 0.14 0.20 0.29 0.49 0.22 0.16 0.19 0.12 0.09 0.10 0.09
N3 0.18 0.25 0.17 0.14 0.22 0.15 0.35 0.13 0.28 0.14 0.21 0.29 0.50 0.22 0.15 0.18 0.12 0.09 0.10 0.09
N6 0.15 0.24 0.14 0.13 0.24 0.14 0.37 0.12 0.32 0.14 0.22 0.30 0.43 0.17 0.14 0.17 0.11 0.11 0.11 0.09
N7 0.13 0.24 0.12 0.10 0.25 0.11 0.39 0.11 0.33 0.15 0.23 0.32 0.44 0.15 0.11 0.14 0.10 0.09 0.11 0.09
N9 0.15 0.25 0.13 0.11 0.23 0.12 0.38 0.12 0.31 0.14 0.22 0.31 0.48 0.18 0.11 0.15 0.11 0.09 0.10 0.09
O2' 0.16 0.24 0.16 0.13 0.22 0.13 0.36 0.14 0.30 0.14 0.21 0.30 0.47 0.21 0.13 0.16 0.13 0.11 0.12 0.11
O3' 0.14 0.24 0.13 0.11 0.24 0.12 0.39 0.13 0.33 0.14 0.22 0.31 0.46 0.17 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10
O4' 0.15 0.27 0.14 0.11 0.24 0.12 0.38 0.12 0.31 0.15 0.24 0.31 0.50 0.18 0.11 0.16 0.11 0.09 0.11 0.09
O5' 0.16 0.29 0.14 0.11 0.24 0.12 0.38 0.11 0.31 0.16 0.27 0.31 0.52 0.17 0.11 0.17 0.10 0.09 0.10 0.08
OP1 0.22 0.35 0.19 0.15 0.25 0.16 0.37 0.14 0.31 0.21 0.31 0.31 0.57 0.21 0.14 0.22 0.12 0.11 0.11 0.10
OP2 0.18 0.32 0.14 0.12 0.25 0.13 0.38 0.12 0.31 0.18 0.30 0.32 0.53 0.17 0.11 0.19 0.09 0.09 0.11 0.09
P 0.18 0.32 0.15 0.12 0.24 0.13 0.37 0.12 0.30 0.18 0.29 0.31 0.54 0.19 0.12 0.19 0.10 0.09 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.10 0.12 0.19 0.14 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.18 0.25 0.23 0.23
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.04 0.08 0.08 0.14 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.07 0.27 0.37 0.31 0.33
C5' 0.04 0.13 0.02 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.24 0.09 0.14 0.16 0.20 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.09 0.25 0.33 0.27 0.29
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.10 0.13 0.11 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.14 0.21 0.17 0.18
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.21 0.30 0.27 0.27
O2 0.02 0.00 0.09 0.03 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.18 0.19 0.31 0.21 0.23
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.12 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.02 0.10 0.04 0.09 0.04 0.05 0.09 0.04 0.04 0.00 0.03 0.07 0.08 0.10 0.08
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.18 0.04 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03
O5' 0.03 0.12 0.04 0.05 0.18 0.01 0.27 0.00 0.25 0.10 0.14 0.21 0.19 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.19 0.05 0.05 0.25 0.05 0.37 0.05 0.33 0.13 0.21 0.30 0.31 0.07 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.14 0.06 0.07 0.23 0.03 0.31 0.01 0.27 0.11 0.17 0.27 0.21 0.07 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.15 0.04 0.05 0.23 0.02 0.33 0.01 0.29 0.12 0.18 0.27 0.23 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00