ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 7, 8, 10, 8, 3, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.027, 0.069, 0.111, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.069 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.041, 0.088, 0.136, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.088 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.086, 0.143, 0.200, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.143 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.098, 0.158, 0.219, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.158 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.139, 0.219, 0.299, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.219 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.048, 0.134, 0.221, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.134 std_dev=0.086
P A 0, 0.124, 0.244, 0.363, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.244 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.326, 0.458, 0.590, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.458 std_dev=0.132
OP1 B 0, 0.129, 0.282, 0.435, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.282 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.119, 0.290, 0.461, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.290 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.165, 0.343, 0.520, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.343 std_dev=0.178
P B 0, 0.131, 0.311, 0.492, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.311 std_dev=0.181
O3' B 0, 0.249, 0.436, 0.624, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.436 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.214, 0.412, 0.611, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.412 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.116, 0.321, 0.526, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.321 std_dev=0.205
O2' B 0, 0.283, 0.491, 0.698, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.491 std_dev=0.207
O4' B 0, 0.195, 0.404, 0.612, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.404 std_dev=0.209
O5' A 0, 0.961, 1.181, 1.402, 1.477 max_d=1.477 avg_d=1.181 std_dev=0.221
C2' B 0, 0.250, 0.474, 0.698, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.474 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.230, 0.465, 0.700, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.465 std_dev=0.235
OP2 A 0, 0.996, 1.233, 1.470, 1.568 max_d=1.568 avg_d=1.233 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.887, 1.126, 1.364, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.126 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.192, 0.433, 0.674, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.433 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.256, 0.526, 0.796, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.526 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.265, 0.544, 0.823, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.544 std_dev=0.279
O2 B 0, 0.278, 0.573, 0.868, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.573 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.271, 0.574, 0.877, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.574 std_dev=0.303
C5 B 0, 0.290, 0.607, 0.925, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.607 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.285, 0.632, 0.979, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.632 std_dev=0.347
C4 B 0, 0.295, 0.647, 1.000, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.647 std_dev=0.353
N4 B 0, 0.306, 0.706, 1.105, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.706 std_dev=0.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.13 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.03 0.06 0.13 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.15 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.13 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.13 0.06
C5' 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.13 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.06 0.13 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03 0.06 0.13 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.03 0.07 0.13 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.07 0.14 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.07 0.13 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.13 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.12 0.17 0.10
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.09 0.12 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.03
O5' 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.10 0.09 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.13 0.15 0.13 0.13 0.09 0.13 0.05 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.17 0.12 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05
C2 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.12 0.10 0.08
C2' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.08 0.05
C3' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05
C4 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.04 0.08 0.08 0.05
C4' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05
C5 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.04 0.09 0.08 0.05
C5' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06
C6 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.04 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.12 0.10 0.08
C8 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06
N1 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.13 0.11 0.09
N3 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.10 0.09 0.06
N6 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.13 0.11 0.10
N7 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06
N9 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05
O2' 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
O3' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06
O4' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05
O5' 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06
OP1 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.14 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08
OP2 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10
P 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.09 0.13 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.13 0.09
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08 0.11 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.08 0.12 0.07
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.10 0.14 0.09
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.03 0.05 0.08 0.07 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.05
O5' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.10 0.07 0.05 0.13 0.04 0.13 0.02 0.11 0.10 0.12 0.14 0.10 0.07 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.05 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00