ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 6, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 8, 13, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.005, 0.031, 0.057, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.031 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.030 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.002, 0.039, 0.075, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.039 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.102, 0.208, 0.314, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.208 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.099, 0.210, 0.321, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.210 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.088, 0.206, 0.324, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.206 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.124, 0.256, 0.387, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.256 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.151, 0.289, 0.428, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.289 std_dev=0.138
O2' A 0, 0.168, 0.357, 0.546, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.357 std_dev=0.189
C5' A 0, 0.251, 0.478, 0.704, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.478 std_dev=0.226
P B 0, 0.240, 0.561, 0.882, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.561 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.267, 0.673, 1.079, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.673 std_dev=0.406
O5' B 0, 0.380, 1.148, 1.915, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.148 std_dev=0.767
OP1 B 0, 0.422, 1.364, 2.305, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.364 std_dev=0.942
O5' A 0, 0.619, 1.741, 2.863, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.741 std_dev=1.122
OP2 A 0, 0.733, 2.014, 3.295, 3.334 max_d=3.334 avg_d=2.014 std_dev=1.281
P A 0, 0.747, 2.091, 3.436, 3.413 max_d=3.413 avg_d=2.091 std_dev=1.344
C5' B 0, 0.535, 1.957, 3.378, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.957 std_dev=1.421
C6 B 0, 0.613, 2.071, 3.530, 3.562 max_d=3.562 avg_d=2.071 std_dev=1.459
OP1 A 0, 0.842, 2.358, 3.875, 3.793 max_d=3.793 avg_d=2.358 std_dev=1.517
C5 B 0, 0.662, 2.273, 3.884, 4.197 max_d=4.197 avg_d=2.273 std_dev=1.611
C3' B 0, 0.641, 2.386, 4.131, 4.064 max_d=4.064 avg_d=2.386 std_dev=1.745
C4' B 0, 0.673, 2.542, 4.412, 4.266 max_d=4.266 avg_d=2.542 std_dev=1.869
N1 B 0, 0.734, 2.646, 4.558, 4.355 max_d=4.355 avg_d=2.646 std_dev=1.912
O4' B 0, 0.729, 2.706, 4.684, 4.479 max_d=4.479 avg_d=2.706 std_dev=1.978
C4 B 0, 0.808, 2.894, 4.980, 5.237 max_d=5.237 avg_d=2.894 std_dev=2.086
O3' B 0, 0.730, 2.836, 4.943, 4.903 max_d=4.903 avg_d=2.836 std_dev=2.107
C2' B 0, 0.770, 2.904, 5.038, 4.941 max_d=4.941 avg_d=2.904 std_dev=2.134
C1' B 0, 0.795, 2.979, 5.163, 4.958 max_d=4.958 avg_d=2.979 std_dev=2.184
C2 B 0, 0.868, 3.155, 5.441, 5.186 max_d=5.186 avg_d=3.155 std_dev=2.287
N3 B 0, 0.892, 3.212, 5.531, 5.567 max_d=5.567 avg_d=3.212 std_dev=2.320
N4 B 0, 0.923, 3.362, 5.802, 6.137 max_d=6.137 avg_d=3.362 std_dev=2.440
O2 B 0, 1.012, 3.720, 6.429, 6.158 max_d=6.158 avg_d=3.720 std_dev=2.708
O2' B 0, 0.963, 3.792, 6.621, 6.427 max_d=6.427 avg_d=3.792 std_dev=2.829

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.61 0.47 0.16 0.38
C2 0.03 0.00 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.04 0.07 0.84 0.70 0.43 0.71
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.51 0.34 0.29 0.22
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.14 0.62 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.04 0.04 0.91 0.76 0.45 0.75
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.46 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.03 1.05 0.95 0.69 0.95
C5' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.46 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.04 0.04 1.05 0.97 0.73 0.98
C8 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.04 0.04 1.10 0.97 0.67 0.96
N1 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.04 0.06 0.96 0.85 0.60 0.87
N3 0.03 0.00 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.07 0.77 0.63 0.32 0.62
N6 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.10 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.05 0.05 1.11 1.07 0.87 1.09
N7 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03 1.14 1.07 0.83 1.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.90 0.74 0.39 0.70
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.03 0.11 0.09 0.13 0.13 0.11 0.10 0.05 0.00 0.05 0.01 0.45 0.25 0.34 0.19
O3' 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.18 0.28 0.71 0.38
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.44 0.47 0.16 0.29
O5' 0.61 0.84 0.51 0.04 0.91 0.02 1.05 0.01 1.05 1.10 0.96 0.77 1.11 1.14 0.90 0.45 0.18 0.44 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.70 0.34 0.14 0.76 0.22 0.95 0.46 0.97 0.97 0.85 0.63 1.07 1.07 0.74 0.25 0.28 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.43 0.29 0.62 0.45 0.46 0.69 0.39 0.73 0.67 0.60 0.32 0.87 0.83 0.39 0.34 0.71 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.71 0.22 0.24 0.75 0.09 0.95 0.01 0.98 0.96 0.87 0.62 1.09 1.08 0.70 0.19 0.38 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.10 0.24 0.30 0.13 0.28 0.11 0.30 0.07 0.09 0.11 0.18 0.13 0.32 0.40 0.17 0.21 0.23 0.09 0.17
C2 0.91 0.66 0.94 0.87 0.30 1.00 0.27 0.89 0.47 0.67 0.48 0.17 0.82 1.18 0.96 0.94 0.53 0.18 0.17 0.23
C2' 0.08 0.22 0.14 0.25 0.32 0.20 0.27 0.25 0.19 0.16 0.29 0.39 0.20 0.21 0.41 0.08 0.17 0.37 0.11 0.19
C3' 0.16 0.28 0.05 0.14 0.32 0.08 0.27 0.14 0.22 0.23 0.32 0.36 0.29 0.08 0.28 0.14 0.11 0.30 0.13 0.15
C4 0.50 0.34 0.55 0.55 0.14 0.61 0.13 0.57 0.24 0.36 0.23 0.11 0.43 0.70 0.63 0.53 0.36 0.20 0.10 0.20
C4' 0.19 0.22 0.10 0.07 0.18 0.09 0.15 0.07 0.16 0.19 0.21 0.18 0.25 0.12 0.12 0.18 0.08 0.15 0.15 0.11
C5 0.53 0.37 0.57 0.56 0.17 0.63 0.16 0.59 0.27 0.39 0.27 0.12 0.46 0.70 0.62 0.56 0.38 0.19 0.10 0.20
C5' 0.46 0.41 0.37 0.26 0.26 0.36 0.23 0.27 0.30 0.39 0.35 0.22 0.49 0.44 0.21 0.46 0.16 0.11 0.16 0.08
C6 0.83 0.61 0.84 0.80 0.30 0.93 0.28 0.86 0.45 0.63 0.45 0.19 0.73 1.04 0.84 0.87 0.52 0.16 0.16 0.23
C8 0.10 0.09 0.16 0.22 0.12 0.19 0.10 0.22 0.07 0.07 0.11 0.15 0.11 0.21 0.30 0.11 0.17 0.21 0.11 0.15
N1 1.01 0.75 1.03 0.95 0.36 1.11 0.33 0.98 0.54 0.76 0.55 0.22 0.91 1.28 1.02 1.05 0.58 0.17 0.19 0.24
N3 0.68 0.48 0.73 0.70 0.20 0.79 0.18 0.71 0.33 0.49 0.33 0.13 0.60 0.93 0.79 0.71 0.43 0.20 0.13 0.21
N6 0.94 0.71 0.93 0.88 0.38 1.05 0.36 0.98 0.54 0.73 0.54 0.26 0.83 1.13 0.90 1.00 0.60 0.13 0.19 0.25
N7 0.24 0.16 0.29 0.32 0.10 0.32 0.09 0.33 0.12 0.17 0.12 0.11 0.20 0.36 0.38 0.25 0.23 0.19 0.09 0.17
N9 0.24 0.15 0.31 0.35 0.10 0.36 0.09 0.36 0.10 0.15 0.11 0.14 0.19 0.40 0.44 0.26 0.24 0.22 0.08 0.17
O2' 0.16 0.20 0.32 0.44 0.40 0.40 0.34 0.44 0.20 0.14 0.32 0.52 0.17 0.44 0.65 0.19 0.29 0.53 0.15 0.27
O3' 0.06 0.17 0.15 0.25 0.26 0.20 0.22 0.24 0.15 0.12 0.24 0.33 0.17 0.22 0.40 0.06 0.17 0.32 0.11 0.18
O4' 0.08 0.12 0.11 0.15 0.13 0.12 0.11 0.14 0.10 0.10 0.13 0.14 0.13 0.13 0.20 0.08 0.14 0.13 0.14 0.13
O5' 1.59 1.52 1.49 1.38 1.35 1.47 1.33 1.38 1.44 1.52 1.44 1.25 1.59 1.54 1.30 1.59 1.28 1.06 0.99 1.14
OP1 2.33 2.28 2.13 1.88 1.96 2.05 1.88 1.84 2.03 2.23 2.15 1.80 2.42 2.26 1.73 2.30 1.64 1.12 1.10 1.33
OP2 2.02 2.10 1.80 1.57 1.94 1.70 1.86 1.52 1.92 2.03 2.05 1.86 2.17 1.85 1.37 1.98 1.43 0.87 1.07 1.17
P 2.10 2.04 1.93 1.73 1.76 1.88 1.72 1.72 1.86 2.01 1.92 1.62 2.15 2.03 1.60 2.09 1.55 1.11 1.08 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.04 0.07 0.08 0.08 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.08 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.04
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.00 0.08 0.02 0.06 0.05 0.10 0.11 0.10 0.03 0.01 0.01 0.03 0.11 0.07 0.05
C4 0.03 0.02 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.04 0.09 0.10 0.11 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.04 0.10 0.10 0.11 0.11
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.09 0.08 0.08 0.08
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.07 0.07 0.07
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.08 0.09 0.10 0.09
N4 0.04 0.02 0.08 0.11 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.15 0.05 0.10 0.12 0.13 0.12
O2 0.05 0.01 0.10 0.10 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.12 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08
O2' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.07 0.07 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.11 0.06 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.02 0.07 0.05 0.13 0.15 0.12 0.07 0.00 0.02 0.04 0.14 0.09 0.06
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.08 0.10 0.11 0.10 0.06 0.10 0.05 0.08 0.07 0.09 0.12 0.09 0.11 0.14 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.06 0.07 0.11 0.04 0.11 0.02 0.08 0.07 0.10 0.13 0.08 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.04 0.05 0.11 0.02 0.11 0.02 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00