ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 12, 7, 10, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.001, 0.036, 0.072, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.036 std_dev=0.035
O3' A 0, 0.068, 0.180, 0.293, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.180 std_dev=0.112
P B 0, 0.220, 0.334, 0.448, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.334 std_dev=0.114
OP1 B 0, 0.158, 0.277, 0.395, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.277 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.034, 0.155, 0.277, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.155 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.007, 0.132, 0.256, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.132 std_dev=0.124
O4' A 0, -0.018, 0.108, 0.235, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.108 std_dev=0.127
OP2 B 0, 0.241, 0.374, 0.507, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.374 std_dev=0.133
O5' B 0, 0.250, 0.391, 0.532, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.391 std_dev=0.141
C5' B 0, 0.232, 0.377, 0.522, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.377 std_dev=0.145
OP1 A 0, 0.130, 0.280, 0.429, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.280 std_dev=0.149
P A 0, 0.075, 0.227, 0.380, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.227 std_dev=0.152
O3' B 0, 0.359, 0.532, 0.705, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.532 std_dev=0.173
C4' B 0, 0.281, 0.460, 0.640, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.460 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.345, 0.529, 0.713, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.529 std_dev=0.184
C2' A 0, -0.079, 0.120, 0.318, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.120 std_dev=0.198
C5' A 0, -0.018, 0.185, 0.388, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.185 std_dev=0.203
O4' B 0, 0.319, 0.537, 0.756, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.537 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.382, 0.609, 0.835, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.609 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.088, 0.316, 0.545, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.316 std_dev=0.228
O2' B 0, 0.395, 0.637, 0.880, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.637 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.391, 0.637, 0.883, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.637 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.399, 0.647, 0.894, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.647 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.406, 0.675, 0.944, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.675 std_dev=0.269
OP2 A 0, 0.100, 0.374, 0.648, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.374 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.415, 0.698, 0.982, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.698 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.430, 0.758, 1.087, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.758 std_dev=0.328
O2 B 0, 0.445, 0.796, 1.147, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.796 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.423, 0.778, 1.133, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.778 std_dev=0.355
N3 B 0, 0.433, 0.805, 1.177, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.805 std_dev=0.372
O2' A 0, -0.172, 0.205, 0.582, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.205 std_dev=0.377
N4 B 0, 0.425, 0.844, 1.263, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.844 std_dev=0.419

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.11 0.06 0.27 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.07 0.15 0.08 0.23 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.09 0.04 0.09 0.08 0.12 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.28 0.25 0.16 0.16
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.19 0.21 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.18 0.07 0.23 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.08 0.28 0.09
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.20 0.09 0.19 0.08
C5' 0.04 0.08 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.08 0.03 0.09 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.20 0.10 0.18 0.09
C8 0.01 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.13 0.08 0.04 0.23 0.08 0.20 0.08
N1 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.05 0.18 0.09 0.20 0.09
N3 0.02 0.00 0.12 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.10 0.07 0.15 0.07 0.24 0.10
N6 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.10 0.03 0.21 0.11 0.15 0.08
N7 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.12 0.08 0.03 0.23 0.10 0.16 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.18 0.07 0.25 0.09
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.03 0.06 0.13 0.09 0.15 0.08 0.12 0.05 0.00 0.03 0.05 0.21 0.25 0.19 0.16
O3' 0.11 0.10 0.02 0.00 0.10 0.02 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.03 0.00 0.08 0.04 0.14 0.23 0.07
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.11 0.40 0.22
O5' 0.11 0.15 0.28 0.13 0.18 0.01 0.20 0.01 0.20 0.23 0.18 0.15 0.21 0.23 0.18 0.21 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.25 0.19 0.07 0.08 0.09 0.12 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.25 0.14 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.23 0.16 0.21 0.23 0.28 0.19 0.18 0.18 0.20 0.20 0.24 0.15 0.16 0.25 0.19 0.23 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.10 0.16 0.07 0.09 0.09 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.16 0.07 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.12 0.08 0.10 0.11 0.07 0.08 0.10 0.13 0.09
C2 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.09 0.12 0.13 0.08 0.09 0.11 0.12 0.09
C2' 0.15 0.17 0.12 0.10 0.20 0.10 0.20 0.09 0.18 0.17 0.18 0.21 0.16 0.13 0.07 0.14 0.13 0.13 0.19 0.14
C3' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.13 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09
C4 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.11 0.11 0.07 0.08 0.11 0.12 0.09
C4' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.11 0.15 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
C5 0.07 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.09 0.13 0.08 0.10 0.11 0.07 0.08 0.11 0.12 0.09
C5' 0.14 0.11 0.14 0.13 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.15 0.11 0.19 0.13 0.15 0.12 0.17 0.13 0.13
C6 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.14 0.09 0.11 0.12 0.08 0.09 0.11 0.12 0.09
C8 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.12 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09
N1 0.08 0.09 0.09 0.10 0.13 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.15 0.09 0.12 0.12 0.08 0.09 0.11 0.13 0.09
N3 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.08 0.08 0.11 0.12 0.09
N6 0.08 0.10 0.09 0.09 0.13 0.08 0.13 0.08 0.11 0.09 0.12 0.15 0.09 0.10 0.12 0.08 0.09 0.11 0.13 0.09
N7 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09
N9 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.10 0.11 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09
O2' 0.18 0.24 0.15 0.12 0.30 0.11 0.30 0.10 0.26 0.23 0.27 0.33 0.21 0.13 0.08 0.16 0.17 0.17 0.28 0.20
O3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.12 0.07 0.11 0.08 0.08 0.09 0.14 0.15 0.12
O4' 0.10 0.13 0.10 0.10 0.16 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.15 0.19 0.13 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10
O5' 0.15 0.12 0.15 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.16 0.14 0.12 0.16 0.11 0.18 0.15 0.15 0.17 0.24 0.23 0.21
OP1 0.19 0.25 0.20 0.21 0.29 0.20 0.27 0.21 0.23 0.22 0.28 0.33 0.24 0.18 0.22 0.19 0.21 0.13 0.17 0.16
OP2 0.16 0.19 0.13 0.11 0.21 0.11 0.20 0.11 0.19 0.18 0.20 0.22 0.19 0.16 0.11 0.14 0.10 0.07 0.11 0.08
P 0.07 0.09 0.07 0.08 0.13 0.07 0.12 0.09 0.10 0.08 0.11 0.16 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.06 0.07 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.08 0.11 0.15 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.08 0.11 0.14 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.07 0.09 0.13 0.10
N4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.09 0.14 0.17 0.14
O2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.05 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.08 0.10 0.08 0.03 0.00 0.01 0.08 0.11 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.04 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.06 0.07 0.11 0.05 0.11 0.05 0.08 0.06 0.09 0.14 0.07 0.06 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.05 0.05 0.15 0.02 0.14 0.02 0.10 0.08 0.13 0.17 0.10 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.05 0.12 0.01 0.11 0.01 0.08 0.06 0.10 0.14 0.07 0.04 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00