ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 4, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.322, 0.505, 0.687, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.505 std_dev=0.183
C2' A 0, 0.328, 0.521, 0.714, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.521 std_dev=0.193
O2' A 0, 0.328, 0.555, 0.782, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.555 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.502, 0.772, 1.042, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.772 std_dev=0.270
C3' A 0, 0.539, 0.837, 1.135, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.837 std_dev=0.298
P B 0, 0.605, 0.926, 1.248, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.926 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.527, 0.915, 1.302, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.915 std_dev=0.388
O3' A 0, 0.769, 1.205, 1.640, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.205 std_dev=0.435
C5' A 0, 0.852, 1.325, 1.798, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.325 std_dev=0.473
OP1 B 0, 0.784, 1.260, 1.736, 1.954 max_d=1.954 avg_d=1.260 std_dev=0.476
O5' B 0, 0.784, 1.281, 1.777, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.281 std_dev=0.496
C5' B 0, 0.781, 1.311, 1.840, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.311 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.923, 1.460, 1.997, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.460 std_dev=0.537
C3' B 0, 0.806, 1.345, 1.883, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.345 std_dev=0.538
OP2 A 0, 0.848, 1.388, 1.928, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.388 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.895, 1.480, 2.065, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.480 std_dev=0.585
P A 0, 0.847, 1.508, 2.168, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.508 std_dev=0.660
O3' B 0, 0.902, 1.569, 2.235, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.569 std_dev=0.667
O2' B 0, 1.144, 1.867, 2.589, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.867 std_dev=0.723
C2' B 0, 0.939, 1.663, 2.387, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.663 std_dev=0.724
O4' B 0, 0.953, 1.735, 2.517, 3.229 max_d=3.229 avg_d=1.735 std_dev=0.782
OP1 A 0, 1.142, 1.967, 2.792, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.967 std_dev=0.825
C1' B 0, 0.801, 1.849, 2.897, 4.146 max_d=4.146 avg_d=1.849 std_dev=1.048
O2 B 0, 0.237, 1.889, 3.542, 5.845 max_d=5.845 avg_d=1.889 std_dev=1.652
N1 B 0, 0.213, 1.939, 3.665, 6.054 max_d=6.054 avg_d=1.939 std_dev=1.726
C2 B 0, -0.042, 1.876, 3.795, 6.510 max_d=6.510 avg_d=1.876 std_dev=1.918
C6 B 0, 0.042, 2.373, 4.704, 7.935 max_d=7.935 avg_d=2.373 std_dev=2.331
N3 B 0, -0.388, 2.140, 4.668, 8.253 max_d=8.253 avg_d=2.140 std_dev=2.528
C5 B 0, -0.567, 2.517, 5.600, 9.882 max_d=9.882 avg_d=2.517 std_dev=3.083
C4 B 0, -0.820, 2.319, 5.458, 9.855 max_d=9.855 avg_d=2.319 std_dev=3.139
N4 B 0, -1.157, 2.632, 6.420, 11.710 max_d=11.710 avg_d=2.632 std_dev=3.789

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.08 0.15 0.30 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.13 0.06 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.12 0.25 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.15 0.26 0.18
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.10 0.19 0.30 0.20
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.04 0.08 0.10 0.18 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.09 0.18 0.31 0.22
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.07 0.12 0.27 0.18
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.11 0.22 0.30 0.21
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.09 0.15 0.23 0.15
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.19 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.11 0.08 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.11 0.05 0.07 0.08 0.11 0.04 0.04 0.00 0.01 0.08 0.19 0.09 0.09
O4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.15 0.09
O5' 0.02 0.08 0.05 0.06 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.15 0.10 0.13 0.12 0.08 0.15 0.07 0.19 0.10 0.18 0.12 0.22 0.15 0.07 0.11 0.19 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.15 0.30 0.09 0.06 0.25 0.05 0.26 0.01 0.30 0.18 0.31 0.27 0.30 0.23 0.19 0.08 0.09 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.21 0.05 0.06 0.16 0.03 0.18 0.01 0.20 0.12 0.22 0.18 0.21 0.15 0.12 0.04 0.09 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.85 1.46 0.66 0.21 2.24 0.12 2.28 0.35 1.92 1.47 1.87 2.44 0.97 0.43 0.20 0.45 0.38 0.29 0.24 0.22
C2 1.12 1.74 0.70 0.38 3.19 0.22 3.36 0.36 2.69 1.89 2.38 3.68 0.95 0.53 0.32 0.72 0.40 0.27 0.17 0.22
C2' 0.72 1.38 0.61 0.17 2.15 0.14 2.14 0.34 1.76 1.33 1.80 2.41 0.95 0.41 0.15 0.34 0.37 0.26 0.25 0.22
C3' 0.51 1.07 0.53 0.13 1.69 0.16 1.69 0.27 1.38 1.03 1.41 1.89 0.73 0.34 0.11 0.21 0.38 0.23 0.33 0.25
C4 0.91 1.44 0.62 0.28 2.64 0.12 2.88 0.38 2.38 1.63 1.97 2.92 0.72 0.43 0.25 0.51 0.36 0.24 0.18 0.20
C4' 0.55 1.04 0.55 0.13 1.47 0.11 1.45 0.24 1.22 0.98 1.29 1.61 0.78 0.36 0.14 0.27 0.38 0.24 0.33 0.23
C5 0.72 1.10 0.48 0.24 2.33 0.15 2.73 0.40 2.25 1.40 1.58 2.60 0.34 0.34 0.22 0.37 0.29 0.19 0.14 0.17
C5' 0.30 0.63 0.40 0.09 0.94 0.11 0.93 0.15 0.78 0.60 0.80 1.03 0.46 0.28 0.08 0.14 0.36 0.20 0.39 0.24
C6 0.78 1.13 0.49 0.28 2.51 0.15 2.94 0.37 2.39 1.47 1.66 2.85 0.32 0.36 0.25 0.44 0.29 0.19 0.13 0.17
C8 0.52 0.86 0.43 0.18 1.77 0.29 2.06 0.44 1.76 1.10 1.23 1.94 0.32 0.30 0.15 0.23 0.31 0.24 0.20 0.19
N1 0.99 1.45 0.60 0.35 2.94 0.18 3.25 0.35 2.61 1.72 2.06 3.39 0.63 0.46 0.30 0.62 0.35 0.25 0.16 0.20
N3 1.11 1.77 0.73 0.36 3.08 0.19 3.19 0.36 2.59 1.87 2.38 3.47 1.04 0.53 0.31 0.69 0.41 0.27 0.19 0.22
N6 0.62 0.83 0.38 0.25 2.18 0.18 2.69 0.36 2.19 1.25 1.32 2.50 0.15 0.30 0.24 0.32 0.21 0.18 0.14 0.15
N7 0.48 0.74 0.37 0.19 1.79 0.30 2.20 0.45 1.86 1.07 1.14 1.99 0.23 0.27 0.17 0.20 0.26 0.19 0.16 0.17
N9 0.79 1.30 0.59 0.22 2.26 0.13 2.45 0.38 2.07 1.45 1.73 2.47 0.68 0.39 0.20 0.40 0.36 0.26 0.21 0.21
O2' 0.80 1.55 0.66 0.18 2.27 0.13 2.16 0.34 1.76 1.41 1.99 2.56 1.19 0.44 0.16 0.42 0.38 0.29 0.24 0.22
O3' 0.43 1.02 0.49 0.12 1.57 0.17 1.51 0.23 1.20 0.91 1.35 1.79 0.75 0.32 0.09 0.17 0.38 0.22 0.36 0.26
O4' 0.77 1.27 0.65 0.20 1.80 0.12 1.82 0.31 1.59 1.28 1.55 1.91 0.90 0.43 0.21 0.42 0.38 0.29 0.28 0.23
O5' 0.16 0.40 0.26 0.09 0.82 0.25 0.92 0.18 0.77 0.46 0.59 0.92 0.24 0.17 0.01 0.15 0.33 0.15 0.41 0.24
OP1 0.31 0.16 0.09 0.02 0.15 0.12 0.17 0.29 0.11 0.14 0.12 0.21 0.28 0.10 0.01 0.26 0.47 0.30 0.74 0.49
OP2 0.28 0.16 0.07 0.08 0.41 0.29 0.62 0.23 0.50 0.12 0.14 0.50 0.48 0.05 0.01 0.36 0.48 0.39 0.70 0.52
P 0.21 0.09 0.10 0.02 0.34 0.17 0.45 0.16 0.35 0.08 0.16 0.42 0.29 0.08 0.00 0.24 0.43 0.25 0.62 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.00 0.12 0.45 0.16 0.23
C2 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.28 0.02 0.52 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.19 0.28 0.34 0.33 0.56 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.16 0.10 0.01 0.08 0.03 0.19 0.00 0.02 0.02 0.13 0.22 0.14 0.13
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.26 0.01 0.44 0.02 0.46 0.16 0.05 0.27 0.35 0.01 0.01 0.01 0.35 0.22 0.42 0.29
C4 0.02 0.02 0.03 0.26 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.28 0.06 0.02 0.36 1.04 0.24 0.62
C4' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.08 0.00 0.35 0.00 0.42 0.07 0.19 0.08 0.62 0.23 0.01 0.00 0.01 0.13 0.22 0.05
C5 0.01 0.02 0.07 0.44 0.01 0.35 0.00 0.54 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.35 0.13 0.19 0.93 1.72 0.85 1.28
C5' 0.04 0.52 0.16 0.02 0.09 0.00 0.54 0.00 0.62 0.05 0.40 0.08 1.08 0.05 0.18 0.01 0.01 0.21 0.36 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.46 0.02 0.42 0.00 0.62 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.31 0.11 0.27 0.99 1.60 0.91 1.25
N1 0.00 0.01 0.01 0.16 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.11 0.01 0.28 0.74 0.22 0.45
N3 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.19 0.01 0.40 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.11 0.21 0.20 0.41 0.52 0.20
N4 0.02 0.03 0.03 0.27 0.00 0.08 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.31 0.08 0.03 0.36 1.07 0.24 0.64
O2 0.02 0.01 0.19 0.35 0.03 0.62 0.03 1.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.34 0.50 0.97 0.87 1.18 0.99
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.28 0.23 0.35 0.05 0.31 0.18 0.19 0.31 0.10 0.00 0.02 0.16 0.24 0.22 0.30 0.20
O3' 0.28 0.19 0.02 0.01 0.06 0.01 0.13 0.18 0.11 0.11 0.11 0.08 0.34 0.02 0.00 0.18 0.39 0.23 0.54 0.35
O4' 0.00 0.28 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.01 0.27 0.01 0.21 0.03 0.50 0.16 0.18 0.00 0.06 0.35 0.13 0.13
O5' 0.12 0.34 0.13 0.35 0.36 0.01 0.93 0.01 0.99 0.28 0.20 0.36 0.97 0.24 0.39 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.45 0.33 0.22 0.22 1.04 0.13 1.72 0.21 1.60 0.74 0.41 1.07 0.87 0.22 0.23 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.56 0.14 0.42 0.24 0.22 0.85 0.36 0.91 0.22 0.52 0.24 1.18 0.30 0.54 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.30 0.13 0.29 0.62 0.05 1.28 0.00 1.25 0.45 0.20 0.64 0.99 0.20 0.35 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00