ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55505

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.025, 0.045, 0.064, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.045 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O4' A 0, -0.028, 0.246, 0.520, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.246 std_dev=0.274
C2' A 0, -0.006, 0.284, 0.574, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.284 std_dev=0.290
OP2 B 0, 0.207, 0.644, 1.080, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.644 std_dev=0.437
P B 0, 0.287, 0.761, 1.235, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.761 std_dev=0.474
C4' A 0, -0.066, 0.429, 0.924, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.429 std_dev=0.495
O5' B 0, 0.309, 0.895, 1.480, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.895 std_dev=0.585
OP1 B 0, 0.356, 0.972, 1.588, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.972 std_dev=0.616
C3' A 0, -0.174, 0.521, 1.216, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.521 std_dev=0.695
O2' A 0, -0.092, 0.616, 1.323, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.616 std_dev=0.708
C5' A 0, 0.001, 0.716, 1.432, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.716 std_dev=0.716
C5' B 0, 0.199, 1.077, 1.955, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.077 std_dev=0.878
O5' A 0, -0.148, 0.925, 1.997, 3.678 max_d=3.678 avg_d=0.925 std_dev=1.072
O3' A 0, -0.446, 0.811, 2.067, 4.071 max_d=4.071 avg_d=0.811 std_dev=1.256
C4' B 0, -0.161, 1.279, 2.719, 4.883 max_d=4.883 avg_d=1.279 std_dev=1.440
P A 0, -0.242, 1.342, 2.926, 4.896 max_d=4.896 avg_d=1.342 std_dev=1.584
C3' B 0, -0.299, 1.436, 3.172, 5.959 max_d=5.959 avg_d=1.436 std_dev=1.735
OP2 A 0, -0.222, 1.619, 3.460, 5.469 max_d=5.469 avg_d=1.619 std_dev=1.841
O4' B 0, -0.565, 1.301, 3.168, 6.367 max_d=6.367 avg_d=1.301 std_dev=1.867
OP1 A 0, -0.321, 1.549, 3.419, 5.411 max_d=5.411 avg_d=1.549 std_dev=1.870
O3' B 0, -0.366, 1.548, 3.461, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.548 std_dev=1.913
C6 B 0, -0.841, 1.124, 3.089, 7.106 max_d=7.106 avg_d=1.124 std_dev=1.965
C5 B 0, -0.879, 1.203, 3.286, 7.311 max_d=7.311 avg_d=1.203 std_dev=2.082
C2' B 0, -0.741, 1.480, 3.701, 8.094 max_d=8.094 avg_d=1.480 std_dev=2.221
C1' B 0, -0.893, 1.401, 3.695, 8.084 max_d=8.084 avg_d=1.401 std_dev=2.294
N1 B 0, -1.037, 1.305, 3.648, 8.281 max_d=8.281 avg_d=1.305 std_dev=2.342
C4 B 0, -1.179, 1.425, 4.028, 8.796 max_d=8.796 avg_d=1.425 std_dev=2.603
N4 B 0, -1.160, 1.616, 4.392, 9.067 max_d=9.067 avg_d=1.616 std_dev=2.776
O2' B 0, -1.056, 1.729, 4.513, 9.946 max_d=9.946 avg_d=1.729 std_dev=2.785
C2 B 0, -1.347, 1.502, 4.351, 9.730 max_d=9.730 avg_d=1.502 std_dev=2.849
N3 B 0, -1.383, 1.565, 4.513, 9.942 max_d=9.942 avg_d=1.565 std_dev=2.948
O2 B 0, -1.453, 1.743, 4.939, 10.800 max_d=10.800 avg_d=1.743 std_dev=3.196

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.17 0.13 0.38 0.16
C2 0.04 0.00 0.21 0.14 0.01 0.08 0.02 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.42 0.36 0.15 0.52 0.61 1.15 0.73
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.03 0.05 0.16 0.09 0.10 0.17 0.20 0.06 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.18 0.20 0.31 0.15
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.20 0.01 0.33 0.03 0.31 0.44 0.22 0.11 0.39 0.44 0.24 0.01 0.01 0.02 0.34 0.25 0.41 0.25
C4 0.02 0.01 0.11 0.20 0.00 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.16 0.09 0.51 0.56 1.02 0.67
C4' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.19 0.22 0.14 0.06 0.24 0.24 0.11 0.29 0.03 0.01 0.02 0.30 0.06 0.16
C5 0.02 0.02 0.05 0.33 0.01 0.18 0.00 0.39 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.15 0.06 0.67 0.87 1.34 0.94
C5' 0.07 0.29 0.16 0.03 0.28 0.01 0.39 0.00 0.43 0.33 0.38 0.22 0.50 0.41 0.22 0.17 0.19 0.01 0.01 0.12 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.19 0.01 0.43 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.39 0.12 0.10 0.71 0.99 1.50 1.05
C8 0.02 0.02 0.10 0.44 0.01 0.22 0.01 0.33 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.23 0.38 0.06 0.60 0.72 1.03 0.78
N1 0.03 0.01 0.17 0.22 0.02 0.14 0.02 0.38 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.42 0.20 0.13 0.64 0.85 1.39 0.94
N3 0.04 0.01 0.20 0.11 0.01 0.06 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.40 0.14 0.42 0.44 0.93 0.56
N6 0.02 0.01 0.06 0.39 0.01 0.24 0.02 0.50 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.38 0.22 0.09 0.79 1.20 1.67 1.21
N7 0.01 0.02 0.05 0.44 0.01 0.24 0.01 0.41 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.29 0.37 0.02 0.72 0.99 1.36 1.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.24 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.43 0.42 0.80 0.53
O2' 0.02 0.42 0.00 0.01 0.31 0.29 0.34 0.17 0.39 0.23 0.42 0.38 0.38 0.29 0.19 0.00 0.09 0.24 0.29 0.22 0.37 0.24
O3' 0.27 0.36 0.04 0.01 0.16 0.03 0.15 0.19 0.12 0.38 0.20 0.40 0.22 0.37 0.11 0.09 0.00 0.20 0.38 0.39 0.45 0.33
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.06 0.13 0.14 0.09 0.02 0.02 0.24 0.20 0.00 0.11 0.18 0.15 0.08
O5' 0.17 0.52 0.18 0.34 0.51 0.02 0.67 0.01 0.71 0.60 0.64 0.42 0.79 0.72 0.43 0.29 0.38 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.61 0.20 0.25 0.56 0.30 0.87 0.12 0.99 0.72 0.85 0.44 1.20 0.99 0.42 0.22 0.39 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.15 0.31 0.41 1.02 0.06 1.34 0.05 1.50 1.03 1.39 0.93 1.67 1.36 0.80 0.37 0.45 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.73 0.15 0.25 0.67 0.16 0.94 0.02 1.05 0.78 0.94 0.56 1.21 1.02 0.53 0.24 0.33 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.87 1.28 0.35 0.43 1.28 0.69 0.90 0.58 0.79 0.98 1.42 1.44 1.37 0.38 0.56 1.03 0.31 0.18 0.20 0.21
C2 1.19 1.49 0.58 0.69 1.10 0.90 0.84 0.64 0.88 1.20 1.43 1.00 1.66 0.60 0.91 1.31 0.40 0.28 0.15 0.19
C2' 0.73 1.07 0.30 0.51 0.99 0.63 0.66 0.51 0.59 0.80 1.17 1.10 1.18 0.21 0.62 0.91 0.29 0.14 0.17 0.19
C3' 0.62 1.08 0.31 0.64 1.09 0.49 0.68 0.35 0.54 0.75 1.25 1.29 1.20 0.12 0.70 0.71 0.40 0.45 0.41 0.39
C4 0.93 1.25 0.38 0.52 1.14 0.74 0.84 0.59 0.80 1.01 1.31 1.11 1.33 0.35 0.68 1.11 0.33 0.17 0.16 0.20
C4' 0.84 1.37 0.35 0.45 1.45 0.61 1.00 0.48 0.81 1.01 1.58 1.73 1.46 0.40 0.57 0.93 0.31 0.32 0.28 0.26
C5 0.81 1.02 0.28 0.50 0.89 0.69 0.71 0.56 0.70 0.86 1.02 0.81 1.07 0.21 0.66 1.03 0.33 0.16 0.16 0.19
C5' 0.73 1.29 0.28 0.53 1.46 0.58 1.04 0.50 0.80 0.94 1.54 1.78 1.35 0.26 0.66 0.84 0.49 0.53 0.51 0.50
C6 0.91 0.99 0.35 0.58 0.69 0.77 0.58 0.58 0.68 0.89 0.88 0.55 1.07 0.28 0.78 1.15 0.37 0.23 0.14 0.19
C8 0.64 0.97 0.17 0.40 1.03 0.56 0.78 0.49 0.65 0.76 1.08 1.14 1.01 0.18 0.51 0.85 0.26 0.15 0.19 0.20
N1 1.13 1.27 0.52 0.69 0.87 0.89 0.72 0.63 0.79 1.10 1.13 0.77 1.42 0.50 0.92 1.31 0.41 0.30 0.15 0.19
N3 1.10 1.46 0.52 0.61 1.23 0.84 0.89 0.63 0.88 1.16 1.51 1.17 1.59 0.53 0.81 1.23 0.37 0.22 0.16 0.20
N6 0.72 0.63 0.26 0.56 0.35 0.71 0.34 0.54 0.46 0.63 0.50 0.26 0.72 0.17 0.76 1.03 0.38 0.23 0.15 0.18
N7 0.61 0.84 0.17 0.43 0.86 0.55 0.69 0.48 0.60 0.69 0.91 0.89 0.87 0.15 0.55 0.84 0.27 0.14 0.18 0.20
N9 0.82 1.17 0.30 0.44 1.18 0.66 0.85 0.56 0.75 0.92 1.29 1.27 1.24 0.29 0.58 1.00 0.30 0.16 0.18 0.20
O2' 1.01 1.27 0.49 0.56 1.05 0.93 0.75 0.82 0.77 1.02 1.29 1.05 1.42 0.49 0.69 1.23 0.60 0.42 0.46 0.52
O3' 0.87 1.38 0.44 0.64 1.31 0.67 0.86 0.48 0.74 1.00 1.54 1.50 1.54 0.36 0.74 0.94 0.43 0.44 0.43 0.40
O4' 1.00 1.50 0.49 0.38 1.63 0.73 1.21 0.63 1.01 1.17 1.71 1.90 1.56 0.58 0.50 1.10 0.33 0.25 0.24 0.25
O5' 0.65 1.22 0.30 0.67 1.47 0.56 1.05 0.51 0.77 0.88 1.50 1.83 1.26 0.22 0.81 0.71 0.66 0.71 0.71 0.70
OP1 0.72 1.17 0.58 1.12 1.44 0.96 1.07 1.05 0.85 0.88 1.46 1.81 1.19 0.40 1.21 0.87 1.35 1.48 1.47 1.49
OP2 0.74 0.96 0.79 1.32 1.23 1.10 0.93 1.16 0.76 0.78 1.20 1.58 0.95 0.68 1.48 0.88 1.51 1.60 1.64 1.63
P 0.56 1.10 0.43 0.96 1.40 0.76 0.97 0.83 0.69 0.76 1.41 1.80 1.12 0.33 1.09 0.68 1.14 1.29 1.29 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.19 0.09 0.13 0.10
C2 0.03 0.00 0.14 0.18 0.01 0.09 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.13 0.28 0.12 0.14 0.16
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.14 0.12 0.01 0.11 0.03 0.25 0.01 0.02 0.01 0.37 0.24 0.31 0.31
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.24 0.01 0.23 0.02 0.19 0.15 0.22 0.25 0.14 0.03 0.01 0.03 0.32 0.28 0.30 0.30
C4 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.03 0.28 0.15 0.25 0.17
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.17 0.05 0.07 0.08 0.17 0.23 0.04 0.01 0.02 0.08 0.13 0.03
C5 0.03 0.02 0.09 0.23 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.13 0.14 0.31 0.23 0.30 0.23
C5' 0.05 0.09 0.14 0.02 0.12 0.01 0.23 0.00 0.23 0.06 0.06 0.13 0.19 0.11 0.15 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.17 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.17 0.30 0.18 0.24 0.19
N1 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.07 0.02 0.25 0.08 0.15 0.13
N3 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.07 0.09 0.29 0.09 0.18 0.16
N4 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.13 0.03 0.28 0.18 0.28 0.18
O2 0.05 0.01 0.25 0.14 0.01 0.17 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.32 0.16 0.23 0.29 0.21 0.13 0.21
O2' 0.01 0.18 0.01 0.03 0.23 0.23 0.30 0.11 0.30 0.13 0.19 0.25 0.32 0.00 0.09 0.14 0.42 0.32 0.40 0.38
O3' 0.19 0.08 0.02 0.01 0.11 0.04 0.13 0.15 0.09 0.07 0.07 0.13 0.16 0.09 0.00 0.14 0.30 0.50 0.40 0.39
O4' 0.01 0.13 0.01 0.03 0.03 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.09 0.03 0.23 0.14 0.14 0.00 0.06 0.06 0.26 0.07
O5' 0.19 0.28 0.37 0.32 0.28 0.02 0.31 0.01 0.30 0.25 0.29 0.28 0.29 0.42 0.30 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.12 0.24 0.28 0.15 0.08 0.23 0.06 0.18 0.08 0.09 0.18 0.21 0.32 0.50 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 0.14 0.31 0.30 0.25 0.13 0.30 0.16 0.24 0.15 0.18 0.28 0.13 0.40 0.40 0.26 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.31 0.30 0.17 0.03 0.23 0.02 0.19 0.13 0.16 0.18 0.21 0.38 0.39 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00