ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.033 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.027, 0.057, 0.086, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.057 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.023, 0.065, 0.108, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.065 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.034, 0.084, 0.133, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.084 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.024, 0.095, 0.166, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.095 std_dev=0.071
N1 B 0, 0.107, 0.219, 0.331, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.219 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.107, 0.221, 0.336, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.221 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.019, 0.136, 0.252, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.136 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.120, 0.251, 0.382, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.251 std_dev=0.131
C6 B 0, 0.107, 0.239, 0.372, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.239 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.018, 0.158, 0.299, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.158 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.082, 0.230, 0.377, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.230 std_dev=0.147
N4 B 0, 0.117, 0.270, 0.423, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.270 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.102, 0.255, 0.408, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.255 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.125, 0.281, 0.437, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.281 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.070, 0.228, 0.386, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.228 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.083, 0.245, 0.408, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.245 std_dev=0.163
C3' A 0, 0.061, 0.225, 0.388, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.225 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.105, 0.271, 0.437, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.271 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.139, 0.307, 0.474, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.307 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.151, 0.342, 0.532, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.342 std_dev=0.190
C3' B 0, 0.105, 0.297, 0.488, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.297 std_dev=0.192
C5' A 0, 0.034, 0.255, 0.476, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.255 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.106, 0.339, 0.573, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.339 std_dev=0.234
C5' B 0, 0.136, 0.388, 0.639, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.388 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.121, 0.374, 0.627, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.374 std_dev=0.253
O3' A 0, 0.089, 0.364, 0.639, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.364 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.098, 0.382, 0.665, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.382 std_dev=0.284
O5' B 0, 0.130, 0.415, 0.700, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.415 std_dev=0.285
P A 0, 0.123, 0.440, 0.758, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.440 std_dev=0.318
P B 0, 0.058, 0.386, 0.713, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.386 std_dev=0.327
OP2 A 0, 0.163, 0.527, 0.892, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.527 std_dev=0.365
OP1 A 0, 0.100, 0.475, 0.849, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.475 std_dev=0.374
OP2 B 0, 0.116, 0.501, 0.887, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.501 std_dev=0.385
OP1 B 0, 0.102, 0.522, 0.943, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.522 std_dev=0.421

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.14 0.07
C2 0.05 0.00 0.12 0.09 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.20 0.14 0.04 0.09 0.07 0.13 0.06
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.10 0.12 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.14 0.07
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.15 0.08 0.09 0.10 0.15 0.07 0.02 0.01 0.02 0.07 0.13 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.07 0.02 0.11 0.08 0.14 0.06
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04 0.06 0.06 0.09 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03
C5 0.02 0.03 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.10 0.02 0.16 0.11 0.14 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.08 0.12 0.06 0.04 0.11 0.13 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.09 0.02 0.16 0.12 0.14 0.10
C8 0.03 0.02 0.05 0.15 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.16 0.04 0.18 0.11 0.13 0.08
N1 0.04 0.01 0.10 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.16 0.11 0.03 0.13 0.10 0.13 0.09
N3 0.05 0.01 0.12 0.09 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.18 0.13 0.05 0.07 0.05 0.14 0.06
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.10 0.11 0.04 0.19 0.14 0.15 0.13
N7 0.04 0.04 0.05 0.15 0.03 0.09 0.02 0.13 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.17 0.05 0.20 0.14 0.14 0.11
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.07 0.14 0.06
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.12 0.04 0.16 0.18 0.10 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.04 0.14 0.10 0.04
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.09 0.16 0.11 0.13 0.11 0.17 0.07 0.06 0.00 0.02 0.09 0.20 0.12 0.09
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.07 0.15 0.09
O5' 0.06 0.09 0.04 0.07 0.11 0.01 0.16 0.01 0.16 0.18 0.13 0.07 0.19 0.20 0.11 0.04 0.09 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.07 0.08 0.13 0.08 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.05 0.14 0.14 0.07 0.14 0.20 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.13 0.14 0.11 0.14 0.07 0.14 0.02 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.10 0.12 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.06 0.13 0.11 0.06 0.04 0.09 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.07 0.07 0.14 0.09 0.17 0.12 0.15 0.11 0.12 0.16 0.12 0.07 0.06 0.10 0.17 0.21 0.12 0.09
C2 0.10 0.13 0.08 0.13 0.11 0.13 0.16 0.17 0.16 0.11 0.15 0.10 0.17 0.08 0.12 0.11 0.20 0.25 0.20 0.17
C2' 0.15 0.17 0.13 0.10 0.18 0.11 0.18 0.11 0.17 0.16 0.18 0.19 0.18 0.14 0.09 0.15 0.19 0.20 0.14 0.04
C3' 0.18 0.18 0.15 0.10 0.21 0.12 0.23 0.09 0.22 0.19 0.19 0.22 0.18 0.16 0.10 0.18 0.15 0.30 0.23 0.10
C4 0.09 0.10 0.06 0.08 0.13 0.10 0.19 0.15 0.16 0.10 0.11 0.13 0.12 0.05 0.07 0.10 0.19 0.20 0.17 0.14
C4' 0.15 0.15 0.10 0.06 0.19 0.09 0.22 0.07 0.20 0.16 0.16 0.21 0.15 0.11 0.06 0.15 0.13 0.28 0.13 0.05
C5 0.08 0.10 0.06 0.07 0.10 0.11 0.19 0.16 0.17 0.10 0.10 0.10 0.12 0.05 0.06 0.10 0.18 0.21 0.20 0.16
C5' 0.16 0.16 0.12 0.08 0.20 0.11 0.24 0.08 0.22 0.18 0.17 0.21 0.15 0.12 0.09 0.17 0.10 0.35 0.15 0.10
C6 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.12 0.17 0.18 0.17 0.09 0.11 0.06 0.16 0.05 0.07 0.10 0.19 0.26 0.24 0.19
C8 0.10 0.09 0.08 0.06 0.12 0.09 0.19 0.12 0.16 0.11 0.09 0.13 0.10 0.07 0.06 0.11 0.15 0.20 0.13 0.11
N1 0.08 0.13 0.07 0.13 0.08 0.14 0.16 0.19 0.17 0.09 0.14 0.07 0.19 0.05 0.12 0.11 0.21 0.27 0.23 0.20
N3 0.09 0.11 0.07 0.11 0.13 0.11 0.17 0.16 0.16 0.11 0.13 0.13 0.14 0.07 0.10 0.10 0.20 0.22 0.18 0.15
N6 0.08 0.12 0.08 0.09 0.05 0.14 0.15 0.20 0.16 0.08 0.10 0.05 0.16 0.08 0.08 0.11 0.18 0.28 0.27 0.23
N7 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.19 0.14 0.17 0.11 0.09 0.10 0.12 0.08 0.08 0.12 0.16 0.18 0.18 0.14
N9 0.09 0.10 0.06 0.06 0.13 0.09 0.18 0.13 0.15 0.11 0.11 0.15 0.11 0.06 0.05 0.10 0.17 0.20 0.13 0.11
O2' 0.19 0.22 0.18 0.16 0.19 0.16 0.16 0.16 0.16 0.19 0.23 0.19 0.25 0.18 0.16 0.18 0.24 0.17 0.13 0.07
O3' 0.23 0.22 0.18 0.14 0.23 0.17 0.26 0.14 0.25 0.23 0.23 0.23 0.23 0.20 0.13 0.23 0.16 0.35 0.31 0.17
O4' 0.11 0.12 0.07 0.05 0.16 0.09 0.19 0.10 0.17 0.13 0.14 0.19 0.13 0.07 0.05 0.13 0.14 0.25 0.10 0.07
O5' 0.15 0.14 0.13 0.12 0.17 0.12 0.21 0.10 0.20 0.16 0.15 0.20 0.13 0.12 0.15 0.16 0.11 0.37 0.17 0.11
OP1 0.13 0.15 0.08 0.06 0.19 0.08 0.19 0.07 0.17 0.15 0.17 0.22 0.14 0.07 0.07 0.14 0.12 0.31 0.18 0.07
OP2 0.11 0.15 0.07 0.07 0.20 0.10 0.16 0.12 0.13 0.12 0.19 0.26 0.15 0.08 0.06 0.12 0.15 0.29 0.24 0.11
P 0.10 0.12 0.04 0.03 0.17 0.06 0.16 0.08 0.14 0.11 0.15 0.22 0.12 0.04 0.05 0.11 0.12 0.31 0.18 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.10 0.09 0.25 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.16 0.06 0.25 0.06
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.22 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.10 0.02 0.01 0.01 0.09 0.15 0.20 0.09
C4 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.24 0.09 0.26 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.18 0.17 0.04
C5 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.26 0.12 0.34 0.09
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.10 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.22 0.10 0.02
C6 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.05 0.23 0.11 0.36 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.17 0.07 0.28 0.07
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.20 0.08 0.24 0.06
N4 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.26 0.10 0.23 0.09
O2 0.05 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.12 0.06 0.11 0.07 0.26 0.08
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.05 0.05 0.03 0.17 0.21 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.03 0.12 0.05 0.00 0.02 0.17 0.18 0.21 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.11 0.13 0.25 0.07
O5' 0.10 0.16 0.05 0.09 0.24 0.01 0.26 0.01 0.23 0.17 0.20 0.26 0.11 0.03 0.17 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.06 0.12 0.15 0.09 0.18 0.12 0.22 0.11 0.07 0.08 0.10 0.07 0.17 0.18 0.13 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.25 0.25 0.22 0.20 0.26 0.17 0.34 0.10 0.36 0.28 0.24 0.23 0.26 0.21 0.21 0.25 0.03 0.04 0.00 0.03
P 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.02 0.12 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00