ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.005, 0.012, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.012 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.002, 0.016, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N3 A 0, -0.004, 0.018, 0.040, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.018 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N6 A 0, -0.004, 0.024, 0.052, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.024 std_dev=0.028
O4' A 0, -0.005, 0.062, 0.128, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.062 std_dev=0.067
C2' A 0, -0.002, 0.068, 0.138, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.068 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.003, 0.100, 0.198, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.100 std_dev=0.098
O2' A 0, -0.006, 0.118, 0.242, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.118 std_dev=0.124
C4' A 0, -0.009, 0.115, 0.239, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.115 std_dev=0.124
O3' A 0, 0.005, 0.156, 0.307, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.156 std_dev=0.151
O5' A 0, 0.017, 0.178, 0.338, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.178 std_dev=0.161
C5' A 0, -0.009, 0.175, 0.359, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.175 std_dev=0.184
OP2 A 0, -0.018, 0.245, 0.509, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.245 std_dev=0.263
P A 0, -0.025, 0.246, 0.518, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.246 std_dev=0.272
P B 0, -0.013, 0.285, 0.583, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.285 std_dev=0.298
O5' B 0, -0.007, 0.325, 0.656, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.325 std_dev=0.332
OP2 B 0, -0.016, 0.318, 0.652, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.318 std_dev=0.334
OP1 A 0, -0.038, 0.296, 0.631, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.296 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.002, 0.360, 0.718, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.360 std_dev=0.358
C5' B 0, -0.037, 0.323, 0.683, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.323 std_dev=0.360
O4' B 0, -0.065, 0.362, 0.789, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.362 std_dev=0.427
C4' B 0, -0.076, 0.354, 0.785, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.354 std_dev=0.431
C1' B 0, -0.098, 0.410, 0.917, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.410 std_dev=0.508
O2' B 0, -0.088, 0.427, 0.942, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.427 std_dev=0.515
C3' B 0, -0.123, 0.393, 0.909, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.393 std_dev=0.516
C6 B 0, -0.073, 0.443, 0.959, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.443 std_dev=0.516
C2' B 0, -0.116, 0.416, 0.948, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.416 std_dev=0.532
O3' B 0, -0.137, 0.408, 0.953, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.408 std_dev=0.545
C5 B 0, -0.078, 0.468, 1.015, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.468 std_dev=0.546
N1 B 0, -0.121, 0.442, 1.006, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.442 std_dev=0.563
C4 B 0, -0.150, 0.505, 1.159, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.505 std_dev=0.654
N4 B 0, -0.147, 0.529, 1.205, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.529 std_dev=0.676
C2 B 0, -0.202, 0.498, 1.197, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.498 std_dev=0.700
N3 B 0, -0.219, 0.531, 1.281, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.531 std_dev=0.750
O2 B 0, -0.242, 0.534, 1.310, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.534 std_dev=0.776

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.11 0.03 0.05 0.07 0.07 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.05 0.03 0.08 0.09 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.09 0.11 0.10 0.09
C8 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.07 0.08 0.06
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.07 0.10 0.09 0.08
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.10 0.13 0.13 0.12
N7 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.10 0.08 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.05 0.08 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.08 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.11 0.09 0.09 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.11 0.09
O5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.07 0.04 0.10 0.10 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.03 0.09 0.03 0.11 0.07 0.10 0.05 0.13 0.10 0.05 0.04 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.03 0.10 0.08 0.09 0.06 0.13 0.08 0.08 0.06 0.04 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.02 0.09 0.06 0.08 0.05 0.12 0.09 0.06 0.04 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.18 0.14 0.16 0.15 0.15 0.20 0.14 0.16 0.17 0.16 0.18 0.26 0.16 0.15 0.20 0.30 0.19 0.21
C2 0.18 0.15 0.23 0.18 0.11 0.17 0.09 0.10 0.11 0.16 0.13 0.10 0.17 0.34 0.23 0.16 0.08 0.12 0.09 0.08
C2' 0.07 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.20 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.19 0.12 0.11 0.19 0.28 0.17 0.19
C3' 0.07 0.09 0.05 0.09 0.10 0.14 0.10 0.22 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.13 0.08 0.12 0.19 0.27 0.14 0.18
C4 0.14 0.14 0.19 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.14 0.13 0.12 0.17 0.30 0.14 0.13 0.12 0.23 0.14 0.15
C4' 0.10 0.10 0.07 0.12 0.11 0.18 0.12 0.24 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.15 0.21 0.31 0.17 0.20
C5 0.12 0.11 0.15 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.10 0.13 0.27 0.10 0.11 0.11 0.21 0.13 0.14
C5' 0.15 0.12 0.09 0.18 0.12 0.23 0.15 0.28 0.16 0.14 0.11 0.11 0.10 0.06 0.14 0.19 0.24 0.32 0.17 0.21
C6 0.16 0.11 0.18 0.13 0.07 0.14 0.06 0.06 0.08 0.13 0.08 0.07 0.13 0.29 0.16 0.15 0.05 0.12 0.09 0.08
C8 0.10 0.13 0.10 0.07 0.14 0.11 0.13 0.22 0.12 0.12 0.14 0.15 0.15 0.21 0.05 0.12 0.20 0.29 0.18 0.20
N1 0.17 0.12 0.21 0.16 0.08 0.17 0.07 0.10 0.10 0.14 0.10 0.07 0.15 0.32 0.21 0.16 0.06 0.09 0.08 0.06
N3 0.15 0.15 0.21 0.15 0.11 0.13 0.10 0.09 0.10 0.14 0.13 0.12 0.17 0.32 0.20 0.14 0.10 0.20 0.13 0.13
N6 0.18 0.11 0.20 0.15 0.06 0.18 0.07 0.12 0.11 0.14 0.07 0.05 0.12 0.29 0.18 0.18 0.07 0.10 0.08 0.07
N7 0.09 0.10 0.10 0.03 0.10 0.03 0.09 0.17 0.07 0.09 0.10 0.11 0.12 0.22 0.06 0.08 0.17 0.25 0.15 0.17
N9 0.14 0.16 0.17 0.10 0.15 0.11 0.13 0.18 0.12 0.14 0.15 0.15 0.18 0.27 0.11 0.14 0.18 0.28 0.18 0.19
O2' 0.09 0.10 0.15 0.13 0.11 0.14 0.11 0.20 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.23 0.17 0.12 0.20 0.31 0.19 0.21
O3' 0.12 0.13 0.05 0.12 0.13 0.17 0.14 0.24 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.09 0.08 0.15 0.21 0.28 0.16 0.19
O4' 0.16 0.17 0.17 0.14 0.17 0.18 0.17 0.23 0.17 0.17 0.18 0.18 0.19 0.23 0.14 0.18 0.22 0.32 0.20 0.22
O5' 0.17 0.14 0.10 0.19 0.13 0.25 0.15 0.29 0.17 0.15 0.13 0.12 0.12 0.07 0.15 0.21 0.24 0.30 0.16 0.20
OP1 0.21 0.18 0.13 0.20 0.14 0.26 0.16 0.28 0.19 0.19 0.15 0.12 0.18 0.13 0.15 0.24 0.22 0.26 0.12 0.18
OP2 0.23 0.20 0.15 0.22 0.17 0.27 0.19 0.28 0.21 0.20 0.18 0.15 0.20 0.12 0.17 0.26 0.23 0.23 0.12 0.17
P 0.20 0.16 0.13 0.20 0.14 0.26 0.16 0.28 0.18 0.18 0.14 0.12 0.15 0.11 0.16 0.23 0.22 0.26 0.13 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.09 0.10 0.17 0.12
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.04 0.06 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.11 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.10 0.17 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.06 0.11 0.17 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.16 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.16 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.08 0.10 0.17 0.11
N4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.03 0.06 0.12 0.17 0.10
O2 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.04 0.10 0.09 0.17 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.07 0.07 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04
O3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.07 0.01 0.05 0.07 0.13 0.03 0.00 0.01 0.09 0.18 0.13 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.06 0.06 0.10 0.09
O5' 0.06 0.09 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.03 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.06 0.10 0.10 0.04 0.11 0.03 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.18 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.17 0.03 0.05 0.17 0.02 0.17 0.01 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.05 0.13 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.01 0.05 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.04 0.12 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00