ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55508

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.020, 0.045, 0.070, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.045 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.030, 0.056, 0.082, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.056 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.020, 0.047, 0.074, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.054 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.025, 0.058, 0.090, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.058 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.018, 0.051, 0.085, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.051 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.029, 0.068, 0.108, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.068 std_dev=0.039
N9 A 0, 0.029, 0.070, 0.111, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.070 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.030, 0.073, 0.116, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.073 std_dev=0.043
O5' B 0, 0.249, 0.494, 0.739, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.494 std_dev=0.245
P B 0, 0.207, 0.455, 0.702, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.455 std_dev=0.247
OP1 B 0, 0.277, 0.547, 0.817, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.547 std_dev=0.270
OP2 B 0, 0.305, 0.617, 0.928, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.617 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.595, 1.092, 1.589, 1.489 max_d=1.489 avg_d=1.092 std_dev=0.497
C5' B 0, 0.524, 1.099, 1.675, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.099 std_dev=0.576
O4' B 0, 0.717, 1.701, 2.686, 2.494 max_d=2.494 avg_d=1.701 std_dev=0.985
C2' A 0, 0.476, 1.558, 2.640, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.558 std_dev=1.082
O4' A 0, 0.473, 1.567, 2.660, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.567 std_dev=1.094
C3' B 0, 1.054, 2.422, 3.789, 3.488 max_d=3.488 avg_d=2.422 std_dev=1.367
O3' A 0, 0.573, 1.945, 3.318, 3.507 max_d=3.507 avg_d=1.945 std_dev=1.372
C3' A 0, 0.589, 2.004, 3.419, 3.365 max_d=3.365 avg_d=2.004 std_dev=1.415
O2' A 0, 0.682, 2.224, 3.765, 3.412 max_d=3.412 avg_d=2.224 std_dev=1.541
C4' A 0, 0.675, 2.273, 3.871, 3.697 max_d=3.697 avg_d=2.273 std_dev=1.598
C1' B 0, 0.974, 2.716, 4.458, 4.087 max_d=4.087 avg_d=2.716 std_dev=1.742
O3' B 0, 1.194, 3.048, 4.902, 4.459 max_d=4.459 avg_d=3.048 std_dev=1.854
C2' B 0, 1.253, 3.270, 5.288, 4.855 max_d=4.855 avg_d=3.270 std_dev=2.017
O2' B 0, 1.406, 3.839, 6.272, 5.764 max_d=5.764 avg_d=3.839 std_dev=2.433
C5' A 0, 1.097, 3.660, 6.223, 5.722 max_d=5.722 avg_d=3.660 std_dev=2.563
O5' A 0, 1.095, 3.707, 6.320, 5.896 max_d=5.896 avg_d=3.707 std_dev=2.612
N1 B 0, 1.353, 4.227, 7.102, 6.376 max_d=6.376 avg_d=4.227 std_dev=2.875
C6 B 0, 1.350, 4.226, 7.101, 6.322 max_d=6.322 avg_d=4.226 std_dev=2.875
P A 0, 1.437, 4.695, 7.952, 7.199 max_d=7.199 avg_d=4.695 std_dev=3.257
OP1 A 0, 1.591, 5.262, 8.933, 8.641 max_d=8.641 avg_d=5.262 std_dev=3.671
C5 B 0, 1.718, 5.592, 9.466, 8.424 max_d=8.424 avg_d=5.592 std_dev=3.874
OP2 A 0, 1.787, 5.707, 9.627, 8.602 max_d=8.602 avg_d=5.707 std_dev=3.920
O2 B 0, 1.735, 5.698, 9.662, 8.711 max_d=8.711 avg_d=5.698 std_dev=3.963
C2 B 0, 1.728, 5.700, 9.671, 8.656 max_d=8.656 avg_d=5.700 std_dev=3.972
C4 B 0, 2.134, 7.099, 12.064, 10.684 max_d=10.684 avg_d=7.099 std_dev=4.965
N3 B 0, 2.141, 7.148, 12.156, 10.798 max_d=10.798 avg_d=7.148 std_dev=5.007
N4 B 0, 2.593, 8.564, 14.535, 12.907 max_d=12.907 avg_d=8.564 std_dev=5.971

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.25 0.33 0.46 0.06
C2 0.04 0.00 0.41 0.84 0.01 0.52 0.02 0.78 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.53 0.12 1.04 1.12 2.37 1.43
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.20 0.01 0.07 0.19 0.15 0.22 0.29 0.42 0.09 0.14 0.02 0.00 0.03 0.02 0.27 0.45 0.15 0.34
C3' 0.02 0.84 0.00 0.00 0.52 0.00 0.40 0.03 0.55 0.08 0.74 0.79 0.49 0.14 0.19 0.02 0.01 0.02 0.15 0.60 0.35 0.22
C4 0.03 0.01 0.20 0.52 0.00 0.31 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.20 0.07 0.66 0.37 1.58 0.75
C4' 0.00 0.52 0.01 0.00 0.31 0.00 0.24 0.01 0.34 0.15 0.46 0.47 0.30 0.12 0.10 0.25 0.03 0.00 0.02 0.39 0.17 0.06
C5 0.01 0.02 0.07 0.40 0.00 0.24 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.14 0.06 0.59 0.24 1.56 0.63
C5' 0.09 0.78 0.19 0.03 0.45 0.01 0.40 0.00 0.55 0.39 0.72 0.67 0.51 0.34 0.21 0.06 0.17 0.02 0.00 0.43 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.55 0.01 0.34 0.01 0.55 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.29 0.09 0.79 0.38 2.02 0.99
C8 0.02 0.01 0.22 0.08 0.00 0.15 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.22 0.02 0.36 0.99 0.43 0.31
N1 0.04 0.00 0.29 0.74 0.01 0.46 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.45 0.11 1.00 0.87 2.39 1.36
N3 0.06 0.01 0.42 0.79 0.00 0.47 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.43 0.10 0.90 0.93 1.98 1.17
N6 0.01 0.01 0.09 0.49 0.01 0.30 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.25 0.07 0.72 0.22 1.91 0.88
N7 0.01 0.02 0.14 0.14 0.01 0.12 0.00 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.08 0.02 0.33 0.81 0.86 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.34 0.39 0.83 0.16
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.25 0.25 0.32 0.06 0.35 0.27 0.31 0.21 0.38 0.33 0.19 0.00 0.05 0.20 0.16 0.48 0.13 0.36
O3' 0.30 0.53 0.03 0.01 0.20 0.03 0.14 0.17 0.29 0.22 0.45 0.43 0.25 0.08 0.11 0.05 0.00 0.25 0.20 0.91 0.47 0.38
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02 0.11 0.10 0.07 0.02 0.02 0.20 0.25 0.00 0.37 0.11 0.43 0.19
O5' 0.25 1.04 0.27 0.15 0.66 0.02 0.59 0.00 0.79 0.36 1.00 0.90 0.72 0.33 0.34 0.16 0.20 0.37 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.33 1.12 0.45 0.60 0.37 0.39 0.24 0.43 0.38 0.99 0.87 0.93 0.22 0.81 0.39 0.48 0.91 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 2.37 0.15 0.35 1.58 0.17 1.56 0.29 2.02 0.43 2.39 1.98 1.91 0.86 0.83 0.13 0.47 0.43 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.06 1.43 0.34 0.22 0.75 0.06 0.63 0.01 0.99 0.31 1.36 1.17 0.88 0.09 0.16 0.36 0.38 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.15 2.29 1.09 0.35 2.83 0.21 2.33 0.12 1.78 1.78 2.77 3.29 2.23 0.87 0.08 0.75 0.11 0.14 0.16 0.14
C2 1.41 2.81 1.21 0.55 3.41 0.32 2.78 0.12 2.15 2.19 3.38 3.78 2.70 0.91 0.27 0.94 0.23 0.22 0.21 0.26
C2' 1.44 2.74 1.28 0.46 3.40 0.33 2.80 0.12 2.16 2.15 3.32 3.97 2.67 1.08 0.04 0.99 0.15 0.04 0.07 0.09
C3' 1.83 3.15 1.62 0.85 3.66 0.76 2.98 0.42 2.39 2.50 3.70 4.20 3.16 1.42 0.47 1.42 0.43 0.31 0.25 0.32
C4 1.21 2.36 1.11 0.40 2.87 0.24 2.39 0.11 1.85 1.86 2.81 3.23 2.28 0.85 0.05 0.81 0.15 0.16 0.17 0.19
C4' 1.41 2.58 1.27 0.55 2.95 0.50 2.32 0.24 1.82 1.97 3.03 3.39 2.63 1.07 0.24 1.06 0.26 0.18 0.14 0.20
C5 1.09 2.05 1.01 0.33 2.40 0.22 2.03 0.11 1.62 1.65 2.38 2.63 2.00 0.74 0.08 0.75 0.14 0.16 0.17 0.19
C5' 1.49 2.59 1.30 0.68 2.79 0.69 2.14 0.46 1.73 1.97 2.97 3.15 2.72 1.11 0.45 1.22 0.47 0.37 0.32 0.43
C6 1.15 2.12 1.03 0.39 2.39 0.24 2.03 0.10 1.67 1.73 2.41 2.55 2.06 0.71 0.05 0.82 0.19 0.22 0.20 0.24
C8 0.98 1.85 0.95 0.24 2.19 0.18 1.82 0.12 1.43 1.46 2.17 2.46 1.82 0.73 0.21 0.66 0.09 0.12 0.14 0.12
N1 1.35 2.60 1.15 0.52 2.98 0.31 2.48 0.12 2.00 2.07 3.00 3.17 2.49 0.82 0.23 0.93 0.24 0.24 0.22 0.27
N3 1.35 2.70 1.20 0.50 3.33 0.29 2.73 0.11 2.09 2.10 3.26 3.79 2.59 0.93 0.18 0.90 0.19 0.19 0.19 0.22
N6 0.98 1.68 0.89 0.31 1.76 0.21 1.49 0.08 1.29 1.40 1.83 1.83 1.67 0.56 0.07 0.73 0.20 0.25 0.21 0.25
N7 0.92 1.70 0.90 0.22 1.95 0.17 1.64 0.12 1.31 1.36 1.96 2.15 1.68 0.66 0.23 0.63 0.10 0.12 0.15 0.13
N9 1.13 2.19 1.07 0.34 2.68 0.22 2.23 0.12 1.72 1.73 2.62 3.05 2.13 0.84 0.09 0.75 0.12 0.13 0.15 0.15
O2' 1.05 2.40 0.88 0.15 3.18 0.23 2.60 0.44 1.89 1.81 3.04 3.83 2.27 0.66 0.46 0.59 0.27 0.24 0.26 0.21
O3' 1.68 3.10 1.47 0.70 3.66 0.58 2.91 0.22 2.27 2.38 3.71 4.27 3.11 1.27 0.36 1.23 0.24 0.14 0.14 0.18
O4' 1.08 2.14 1.01 0.32 2.52 0.25 1.98 0.10 1.51 1.61 2.55 2.92 2.16 0.81 0.09 0.74 0.12 0.12 0.14 0.08
O5' 1.67 2.68 1.44 0.78 2.76 0.89 2.13 0.59 1.80 2.09 2.99 3.04 2.84 1.24 0.45 1.46 0.40 0.35 0.38 0.30
OP1 1.26 2.44 0.85 0.15 2.49 0.30 1.72 0.16 1.33 1.71 2.81 2.82 2.68 0.69 0.25 1.03 0.49 0.83 1.03 0.88
OP2 2.93 3.90 2.59 1.91 3.77 2.10 3.12 1.69 2.88 3.29 4.12 3.92 4.13 2.41 1.57 2.76 1.35 1.00 0.78 0.94
P 1.97 3.03 1.62 0.94 3.02 1.12 2.33 0.73 2.01 2.38 3.33 3.27 3.25 1.42 0.60 1.78 0.44 0.17 0.17 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.28 0.00 0.16 0.34 0.33 0.12
C2 0.03 0.00 0.22 0.22 0.02 0.06 0.03 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.12 0.22 0.26 0.47 0.62 0.17
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.03 0.02 0.17 0.18 0.24 0.01 0.17 0.03 0.37 0.00 0.02 0.02 0.34 0.48 0.30 0.34
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.32 0.00 0.31 0.02 0.25 0.19 0.29 0.35 0.15 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.43 0.12
C4 0.02 0.02 0.03 0.32 0.00 0.13 0.00 0.21 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.08 0.02 0.55 0.32 1.02 0.47
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.27 0.08 0.02 0.15 0.23 0.26 0.01 0.01 0.03 0.11 0.22 0.04
C5 0.01 0.03 0.17 0.31 0.00 0.25 0.00 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.54 0.13 0.15 0.66 0.22 1.06 0.56
C5' 0.06 0.12 0.18 0.02 0.21 0.01 0.35 0.00 0.33 0.10 0.10 0.23 0.28 0.08 0.17 0.02 0.01 0.11 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.24 0.25 0.02 0.27 0.00 0.33 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.53 0.10 0.22 0.56 0.21 0.85 0.42
N1 0.01 0.00 0.01 0.19 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.02 0.31 0.36 0.60 0.20
N3 0.02 0.01 0.17 0.29 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.16 0.39 0.43 0.83 0.30
N4 0.02 0.02 0.03 0.35 0.00 0.15 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.11 0.02 0.61 0.31 1.14 0.55
O2 0.05 0.00 0.37 0.15 0.02 0.23 0.03 0.28 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.33 0.25 0.40 0.15 0.57 0.44 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.34 0.26 0.54 0.08 0.53 0.21 0.12 0.36 0.33 0.00 0.01 0.19 0.29 0.36 0.32 0.31
O3' 0.28 0.12 0.02 0.01 0.08 0.01 0.13 0.17 0.10 0.10 0.04 0.11 0.25 0.01 0.00 0.18 0.25 0.49 0.71 0.36
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.02 0.01 0.15 0.02 0.22 0.02 0.16 0.02 0.40 0.19 0.18 0.00 0.20 0.24 0.23 0.08
O5' 0.16 0.26 0.34 0.14 0.55 0.03 0.66 0.01 0.56 0.31 0.39 0.61 0.15 0.29 0.25 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.34 0.47 0.48 0.18 0.32 0.11 0.22 0.11 0.21 0.36 0.43 0.31 0.57 0.36 0.49 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.62 0.30 0.43 1.02 0.22 1.06 0.16 0.85 0.60 0.83 1.14 0.44 0.32 0.71 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.34 0.12 0.47 0.04 0.56 0.02 0.42 0.20 0.30 0.55 0.11 0.31 0.36 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00