ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55510

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.040, 0.069, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.024, 0.085, 0.146, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.085 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.024, 0.118, 0.211, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.118 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.035, 0.129, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.129 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.034, 0.135, 0.235, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.135 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.027, 0.180, 0.334, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.180 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.040, 0.193, 0.346, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.193 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.044, 0.254, 0.464, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.254 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.073, 0.342, 0.612, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.342 std_dev=0.269
P B 0, 0.144, 0.509, 0.874, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.509 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.081, 0.500, 0.920, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.500 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.159, 0.600, 1.040, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.600 std_dev=0.441
C5' B 0, 0.186, 0.647, 1.109, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.647 std_dev=0.462
OP1 B 0, 0.178, 0.642, 1.106, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.642 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.101, 0.714, 1.327, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.714 std_dev=0.613
C4' B 0, 0.131, 0.834, 1.537, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.834 std_dev=0.703
C2' B 0, 0.141, 0.905, 1.669, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.905 std_dev=0.764
C3' B 0, 0.144, 0.966, 1.788, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.966 std_dev=0.822
O4' B 0, 0.117, 0.966, 1.816, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.966 std_dev=0.849
C1' B 0, 0.115, 0.968, 1.820, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.968 std_dev=0.852
N1 B 0, 0.137, 1.150, 2.162, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.150 std_dev=1.013
O2 B 0, 0.065, 1.085, 2.106, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.085 std_dev=1.020
C6 B 0, 0.183, 1.265, 2.348, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.265 std_dev=1.082
C2 B 0, 0.126, 1.210, 2.293, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.210 std_dev=1.084
O3' B 0, 0.058, 1.173, 2.287, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.173 std_dev=1.115
O5' A 0, -0.271, 0.901, 2.072, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.901 std_dev=1.171
N3 B 0, 0.172, 1.389, 2.607, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.389 std_dev=1.217
C5 B 0, 0.218, 1.437, 2.655, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.437 std_dev=1.218
C4 B 0, 0.202, 1.493, 2.784, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.493 std_dev=1.291
N4 B 0, 0.205, 1.673, 3.141, 3.574 max_d=3.574 avg_d=1.673 std_dev=1.468
P A 0, -0.298, 1.592, 3.482, 4.248 max_d=4.248 avg_d=1.592 std_dev=1.890
OP1 A 0, -0.355, 1.895, 4.145, 5.057 max_d=5.057 avg_d=1.895 std_dev=2.250
OP2 A 0, -0.544, 2.516, 5.576, 6.823 max_d=6.823 avg_d=2.516 std_dev=3.060

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.42 0.14 0.38 0.28
C2 0.03 0.00 0.07 0.11 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.16 0.04 0.68 0.18 1.08 0.68
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.08 0.14 0.16
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.07 0.02 0.05 0.04 0.08 0.02 0.11 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.13 0.22 0.09 0.15
C4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.73 0.18 1.13 0.72
C4' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.20 0.19 0.08
C5 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.86 0.34 1.55 0.95
C5' 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.02 0.88 0.39 1.66 1.00
C8 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.86 0.26 1.43 0.90
N1 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.16 0.03 0.80 0.32 1.42 0.87
N3 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.14 0.04 0.61 0.10 0.87 0.56
N6 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.11 0.03 0.94 0.49 1.92 1.14
N7 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.93 0.40 1.76 1.07
N9 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.69 0.11 0.99 0.64
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.22 0.37 0.15
O3' 0.02 0.16 0.02 0.02 0.10 0.04 0.09 0.08 0.12 0.02 0.16 0.14 0.11 0.04 0.05 0.00 0.00 0.04 0.20 0.28 0.40 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.40 0.27 0.26 0.21
O5' 0.42 0.68 0.23 0.13 0.73 0.02 0.86 0.00 0.88 0.86 0.80 0.61 0.94 0.93 0.69 0.01 0.20 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.18 0.08 0.22 0.18 0.20 0.34 0.03 0.39 0.26 0.32 0.10 0.49 0.40 0.11 0.22 0.28 0.27 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.38 1.08 0.14 0.09 1.13 0.19 1.55 0.03 1.66 1.43 1.42 0.87 1.92 1.76 0.99 0.37 0.40 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.28 0.68 0.16 0.15 0.72 0.08 0.95 0.02 1.00 0.90 0.87 0.56 1.14 1.07 0.64 0.15 0.16 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 0.72 0.61 0.80 0.71 0.57 0.72 0.28 0.73 0.74 0.71 0.72 0.72 0.28 1.06 0.69 0.10 0.07 0.21 0.07
C2 0.92 1.07 0.80 0.86 1.14 0.75 1.11 0.43 1.05 1.03 1.12 1.18 1.03 0.46 1.03 0.93 0.19 0.03 0.05 0.08
C2' 0.86 0.91 0.78 0.94 0.89 0.67 0.90 0.37 0.90 0.91 0.88 0.88 0.91 0.51 1.25 0.81 0.04 0.07 0.21 0.05
C3' 0.71 0.65 0.69 0.89 0.63 0.55 0.68 0.30 0.71 0.71 0.60 0.60 0.63 0.47 1.26 0.63 0.11 0.11 0.28 0.10
C4 0.82 0.89 0.72 0.84 0.91 0.70 0.91 0.37 0.89 0.88 0.89 0.93 0.86 0.37 1.03 0.84 0.05 0.04 0.15 0.01
C4' 0.47 0.37 0.45 0.72 0.35 0.41 0.42 0.20 0.46 0.45 0.32 0.33 0.35 0.17 1.06 0.45 0.20 0.10 0.26 0.11
C5 0.78 0.83 0.70 0.80 0.87 0.71 0.89 0.38 0.87 0.84 0.84 0.89 0.76 0.34 0.94 0.83 0.08 0.02 0.15 0.01
C5' 0.21 0.02 0.25 0.59 0.02 0.25 0.12 0.12 0.19 0.16 0.04 0.01 0.04 0.03 0.95 0.23 0.27 0.12 0.28 0.13
C6 0.83 0.92 0.74 0.79 1.00 0.74 1.01 0.44 0.97 0.92 0.96 1.04 0.84 0.39 0.88 0.88 0.22 0.03 0.04 0.09
C8 0.64 0.60 0.58 0.77 0.61 0.59 0.65 0.28 0.66 0.65 0.58 0.62 0.55 0.22 0.98 0.66 0.12 0.07 0.24 0.08
N1 0.89 1.04 0.78 0.82 1.13 0.75 1.11 0.45 1.05 1.01 1.10 1.18 0.97 0.45 0.94 0.93 0.25 0.04 0.00 0.11
N3 0.88 1.01 0.76 0.86 1.04 0.72 1.02 0.39 0.98 0.97 1.03 1.07 0.99 0.43 1.06 0.89 0.10 0.03 0.12 0.02
N6 0.77 0.85 0.71 0.72 0.98 0.71 1.00 0.45 0.95 0.87 0.91 1.02 0.74 0.37 0.76 0.83 0.30 0.07 0.03 0.15
N7 0.67 0.64 0.62 0.76 0.68 0.65 0.72 0.33 0.72 0.69 0.64 0.69 0.56 0.25 0.89 0.72 0.05 0.06 0.22 0.05
N9 0.74 0.75 0.65 0.82 0.76 0.63 0.77 0.31 0.77 0.77 0.74 0.76 0.73 0.30 1.05 0.75 0.06 0.06 0.20 0.05
O2' 0.84 0.94 0.74 0.89 0.92 0.63 0.91 0.35 0.90 0.91 0.93 0.93 0.95 0.47 1.19 0.79 0.04 0.07 0.20 0.05
O3' 0.69 0.64 0.70 0.88 0.62 0.51 0.68 0.29 0.71 0.70 0.58 0.59 0.61 0.54 1.26 0.59 0.12 0.14 0.31 0.12
O4' 0.46 0.41 0.40 0.65 0.40 0.40 0.44 0.17 0.46 0.46 0.38 0.39 0.40 0.08 0.93 0.47 0.23 0.11 0.25 0.13
O5' 0.62 0.66 0.52 0.30 0.62 0.75 0.58 0.90 0.56 0.60 0.66 0.61 0.69 0.64 0.09 0.73 1.33 1.17 1.34 1.19
OP1 1.63 1.94 1.56 0.98 2.00 1.21 1.87 1.13 1.75 1.77 2.03 2.05 1.94 1.88 0.55 1.42 1.37 1.09 1.05 1.02
OP2 2.64 2.46 2.56 2.33 2.45 2.75 2.51 2.78 2.55 2.55 2.40 2.38 2.36 2.56 1.86 2.74 3.05 2.88 2.79 2.80
P 1.61 1.64 1.55 1.22 1.64 1.58 1.60 1.61 1.59 1.61 1.64 1.62 1.63 1.71 0.84 1.62 1.93 1.71 1.74 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.19 0.01 0.07 0.17 0.08 0.04
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.03 0.16 0.16 0.14 0.08
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.14 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.13 0.11
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.07 0.07 0.11 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.16 0.07 0.02
C4 0.04 0.02 0.04 0.11 0.00 0.03 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.12 0.03 0.03 0.39 0.05 0.36 0.27
C4' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.18 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04
C5 0.02 0.01 0.01 0.14 0.01 0.03 0.00 0.24 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.17 0.06 0.02 0.47 0.13 0.42 0.34
C5' 0.04 0.06 0.14 0.00 0.18 0.00 0.24 0.00 0.21 0.10 0.11 0.22 0.07 0.05 0.18 0.01 0.01 0.14 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00 0.21 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.17 0.06 0.02 0.40 0.06 0.35 0.28
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.22 0.11 0.19 0.13
N3 0.04 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.02 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.13 0.02 0.27 0.08 0.24 0.16
N4 0.03 0.01 0.03 0.11 0.02 0.04 0.03 0.22 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.14 0.04 0.04 0.46 0.12 0.43 0.34
O2 0.05 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.29 0.05 0.06 0.28 0.04 0.08
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.18 0.17 0.05 0.17 0.09 0.06 0.14 0.06 0.00 0.05 0.08 0.17 0.17 0.16 0.13
O3' 0.19 0.18 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.18 0.06 0.10 0.13 0.04 0.29 0.05 0.00 0.11 0.21 0.31 0.04 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.11 0.00 0.11 0.21 0.13 0.04
O5' 0.07 0.16 0.11 0.02 0.39 0.01 0.47 0.01 0.40 0.22 0.27 0.46 0.06 0.17 0.21 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.17 0.16 0.02 0.16 0.05 0.14 0.13 0.14 0.06 0.11 0.08 0.12 0.28 0.17 0.31 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.13 0.07 0.36 0.10 0.42 0.01 0.35 0.19 0.24 0.43 0.04 0.16 0.04 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.11 0.02 0.27 0.04 0.34 0.01 0.28 0.13 0.16 0.34 0.08 0.13 0.14 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00