ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55511

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2' A 0, 0.011, 0.055, 0.099, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.055 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.006, 0.038, 0.083, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.038 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.036, 0.131, 0.226, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.131 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.030, 0.143, 0.257, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.143 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.033, 0.176, 0.318, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.176 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.058, 0.210, 0.362, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.210 std_dev=0.152
C5' A 0, 0.055, 0.274, 0.493, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.274 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.053, 0.309, 0.565, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.309 std_dev=0.256
P B 0, 0.070, 0.372, 0.674, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.372 std_dev=0.302
OP1 B 0, 0.126, 0.432, 0.739, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.432 std_dev=0.307
P A 0, 0.104, 0.509, 0.915, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.509 std_dev=0.405
OP1 A 0, 0.132, 0.570, 1.009, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.570 std_dev=0.438
C5' B 0, 0.145, 0.583, 1.022, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.583 std_dev=0.438
OP2 A 0, 0.130, 0.596, 1.062, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.596 std_dev=0.466
C4' B 0, 0.158, 0.670, 1.182, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.670 std_dev=0.512
OP2 B 0, 0.192, 0.714, 1.235, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.714 std_dev=0.521
C3' B 0, 0.169, 0.693, 1.218, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.693 std_dev=0.525
O3' B 0, 0.177, 0.709, 1.242, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.709 std_dev=0.533
O4' B 0, 0.148, 0.724, 1.299, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.724 std_dev=0.576
C2' B 0, 0.186, 0.775, 1.363, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.775 std_dev=0.589
C6 B 0, 0.159, 0.786, 1.413, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.786 std_dev=0.627
O2' B 0, 0.195, 0.825, 1.454, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.825 std_dev=0.630
C1' B 0, 0.188, 0.838, 1.489, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.838 std_dev=0.651
N1 B 0, 0.194, 0.882, 1.571, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.882 std_dev=0.688
C5 B 0, 0.182, 0.879, 1.576, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.879 std_dev=0.697
O5' B 0, 0.298, 1.079, 1.860, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.079 std_dev=0.781
C2 B 0, 0.246, 1.055, 1.865, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.055 std_dev=0.810
C4 B 0, 0.235, 1.052, 1.869, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.052 std_dev=0.817
N3 B 0, 0.261, 1.126, 1.991, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.126 std_dev=0.865
O2 B 0, 0.279, 1.155, 2.031, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.155 std_dev=0.876
N4 B 0, 0.265, 1.165, 2.066, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.165 std_dev=0.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.13 0.13 0.20 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.13 0.13 0.17 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.16 0.17 0.22 0.20
C5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.05 0.12 0.12 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.16 0.18 0.25 0.21
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.15 0.16 0.16 0.17
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.15 0.16 0.23 0.19
N3 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.11 0.11 0.16 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.17 0.21 0.27 0.24
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.17 0.19 0.23 0.22
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.11 0.11 0.13 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.09 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
O5' 0.05 0.13 0.03 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.16 0.15 0.15 0.11 0.17 0.17 0.11 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.02 0.01 0.13 0.03 0.17 0.04 0.18 0.16 0.16 0.11 0.21 0.19 0.11 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.20 0.06 0.05 0.17 0.02 0.22 0.02 0.25 0.16 0.23 0.16 0.27 0.23 0.13 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.16 0.03 0.03 0.15 0.01 0.20 0.01 0.21 0.17 0.19 0.13 0.24 0.22 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.11 0.11 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.13 0.12 0.05 0.23 0.14 0.16 0.04
C2 0.07 0.11 0.01 0.02 0.16 0.05 0.16 0.07 0.13 0.11 0.14 0.19 0.10 0.00 0.01 0.09 0.08 0.17 0.26 0.07
C2' 0.07 0.02 0.12 0.11 0.05 0.09 0.05 0.06 0.02 0.03 0.02 0.08 0.05 0.14 0.13 0.05 0.23 0.16 0.16 0.05
C3' 0.05 0.02 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.03 0.10 0.10 0.04 0.23 0.10 0.18 0.05
C4 0.01 0.03 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.00 0.06 0.03 0.06 0.11 0.01 0.07 0.07 0.02 0.17 0.16 0.19 0.03
C4' 0.06 0.02 0.10 0.10 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.13 0.12 0.04 0.25 0.08 0.16 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.06 0.02 0.17 0.15 0.17 0.03
C5' 0.03 0.02 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.03 0.06 0.02 0.04 0.10 0.02 0.09 0.08 0.03 0.24 0.05 0.19 0.07
C6 0.04 0.07 0.01 0.01 0.10 0.03 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.12 0.06 0.02 0.01 0.07 0.10 0.17 0.22 0.05
C8 0.09 0.05 0.13 0.12 0.03 0.09 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.07 0.14 0.13 0.07 0.27 0.13 0.12 0.06
N1 0.08 0.12 0.03 0.03 0.16 0.06 0.16 0.08 0.13 0.11 0.14 0.17 0.10 0.02 0.02 0.10 0.07 0.17 0.26 0.08
N3 0.03 0.07 0.03 0.02 0.13 0.01 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.15 0.05 0.04 0.03 0.05 0.12 0.16 0.23 0.04
N6 0.05 0.07 0.02 0.02 0.09 0.05 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.01 0.02 0.08 0.08 0.17 0.20 0.05
N7 0.07 0.04 0.11 0.11 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.11 0.11 0.05 0.25 0.13 0.12 0.06
N9 0.06 0.02 0.10 0.10 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.12 0.11 0.04 0.22 0.14 0.16 0.04
O2' 0.09 0.05 0.13 0.13 0.05 0.10 0.05 0.08 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.15 0.14 0.07 0.24 0.19 0.15 0.07
O3' 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.06 0.11 0.04 0.09 0.09 0.05 0.23 0.09 0.19 0.06
O4' 0.11 0.07 0.15 0.14 0.04 0.11 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.09 0.17 0.16 0.08 0.28 0.13 0.13 0.06
O5' 0.03 0.04 0.04 0.04 0.10 0.02 0.11 0.05 0.09 0.05 0.07 0.12 0.03 0.07 0.06 0.04 0.24 0.08 0.22 0.09
OP1 0.05 0.08 0.02 0.03 0.14 0.06 0.15 0.10 0.13 0.09 0.10 0.15 0.05 0.01 0.01 0.08 0.19 0.16 0.25 0.13
OP2 0.04 0.07 0.02 0.02 0.14 0.05 0.16 0.10 0.13 0.08 0.10 0.16 0.03 0.05 0.05 0.07 0.18 0.21 0.27 0.16
P 0.05 0.08 0.02 0.03 0.14 0.06 0.16 0.11 0.14 0.09 0.11 0.16 0.06 0.01 0.00 0.08 0.20 0.18 0.26 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.18 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.22 0.12 0.15 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.20 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.29 0.09 0.11 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.30 0.09 0.11 0.07
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.28 0.10 0.14 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.22 0.12 0.16 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.26 0.11 0.13 0.05
N4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.30 0.08 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.18 0.13 0.16 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.14 0.19 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.13 0.14 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.15 0.18 0.03
O5' 0.13 0.22 0.04 0.01 0.29 0.01 0.30 0.00 0.28 0.22 0.26 0.30 0.18 0.00 0.12 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.13 0.12 0.11 0.11 0.09 0.16 0.09 0.19 0.10 0.12 0.11 0.08 0.13 0.14 0.13 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.15 0.20 0.18 0.11 0.16 0.11 0.11 0.14 0.16 0.13 0.09 0.16 0.19 0.14 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00