ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55513

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C6 B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O2' B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O3' B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C4 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
N3 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O5' A 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
O2 B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
P B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
P A 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.000, 0.368, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O5' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
N4 B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
OP2 A 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
OP1 A 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
OP2 B 0, 0.000, 0.464, 0.927, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C5' B 0, 0.000, 0.479, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.479 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.05 0.00
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.03 0.10 0.01
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.08 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01
C5 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.12 0.05 0.04 0.03
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.12 0.05 0.05 0.03
C8 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.16 0.08 0.01 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.10 0.04 0.08 0.01
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.02 0.11 0.03
N6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.14 0.05 0.03 0.05
N7 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.17 0.08 0.01 0.07
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.05 0.00
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.06 0.02
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04
O5' 0.06 0.07 0.01 0.03 0.09 0.02 0.12 0.01 0.12 0.16 0.10 0.05 0.14 0.17 0.10 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.05 0.09 0.05 0.08 0.04 0.02 0.05 0.08 0.04 0.01 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.09 0.06 0.08 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.11 0.03 0.01 0.05 0.14 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.07 0.00 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.06 0.08 0.05 0.08 0.03 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.10 0.06 0.11 0.02 0.01 0.03 0.07 0.11 0.03
C2 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.12 0.05 0.14 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.09 0.03 0.09 0.08 0.02 0.05 0.07
C2' 0.02 0.06 0.06 0.03 0.08 0.05 0.06 0.09 0.04 0.04 0.07 0.11 0.06 0.10 0.01 0.02 0.02 0.07 0.09 0.02
C3' 0.02 0.05 0.06 0.03 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.10 0.06 0.09 0.01 0.02 0.03 0.07 0.11 0.03
C4 0.02 0.04 0.08 0.04 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.04 0.06 0.10 0.04 0.12 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01
C4' 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.10 0.07 0.10 0.01 0.00 0.05 0.06 0.14 0.04
C5 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.07 0.05 0.09 0.03 0.02 0.03 0.07 0.01 0.12 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.00
C5' 0.05 0.07 0.08 0.06 0.08 0.00 0.07 0.02 0.05 0.06 0.08 0.11 0.08 0.10 0.02 0.02 0.07 0.07 0.16 0.06
C6 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.12 0.03 0.14 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.10 0.06 0.00 0.03 0.06
C8 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.13 0.05 0.01 0.07 0.11 0.18 0.08
N1 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.13 0.03 0.16 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.04 0.11 0.09 0.03 0.08 0.09
N3 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.10 0.04 0.03 0.06 0.11 0.03 0.12 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03
N6 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.10 0.03 0.12 0.08 0.01 0.07 0.08
N7 0.02 0.02 0.09 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.12 0.03 0.03 0.04 0.09 0.16 0.06
N9 0.04 0.06 0.09 0.06 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06 0.13 0.03 0.01 0.04 0.08 0.12 0.04
O2' 0.03 0.06 0.07 0.03 0.09 0.05 0.07 0.10 0.05 0.04 0.08 0.12 0.06 0.11 0.02 0.02 0.01 0.09 0.06 0.02
O3' 0.02 0.05 0.06 0.03 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.10 0.06 0.09 0.01 0.02 0.03 0.07 0.10 0.03
O4' 0.02 0.05 0.07 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.09 0.01 0.01 0.04 0.04 0.13 0.03
O5' 0.04 0.01 0.01 0.05 0.05 0.13 0.02 0.17 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.08 0.10 0.07 0.04 0.02 0.08
OP1 0.11 0.15 0.15 0.11 0.18 0.04 0.16 0.00 0.13 0.13 0.17 0.21 0.16 0.19 0.08 0.06 0.10 0.09 0.18 0.07
OP2 0.07 0.06 0.01 0.03 0.05 0.12 0.06 0.16 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.12 0.00 0.09 0.12 0.02
P 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.10 0.02 0.02 0.05 0.09 0.04 0.09 0.02 0.05 0.02 0.05 0.13 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.09 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.12 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.11 0.10
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.06 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.11 0.17 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.12 0.17 0.09
C5' 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.11 0.15 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.08 0.12 0.06
N3 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.15 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.12 0.19 0.10
O2 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.11 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.10 0.19 0.12 0.12
O3' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00
O5' 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.07 0.10 0.06 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.14 0.10 0.11 0.03 0.12 0.00 0.11 0.08 0.08 0.12 0.04 0.19 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.11 0.06 0.17 0.00 0.17 0.02 0.15 0.12 0.15 0.19 0.11 0.12 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.10 0.07 0.08 0.02 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.10 0.04 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00