ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55514

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O4' A 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O2' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O3' A 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O5' A 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
OP1 B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
P A 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C3' B 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
P B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C5' B 0, 0.000, 0.319, 0.639, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.319 std_dev=0.319
OP1 A 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.000, 0.355, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C1' B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.000, 0.372, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
N1 B 0, 0.000, 0.519, 1.038, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.519 std_dev=0.519
O2 B 0, 0.000, 0.577, 1.154, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.577 std_dev=0.577
C6 B 0, 0.000, 0.585, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.585 std_dev=0.585
C2 B 0, 0.000, 0.606, 1.212, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.606 std_dev=0.606
C5 B 0, 0.000, 0.726, 1.451, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.726 std_dev=0.726
N3 B 0, 0.000, 0.741, 1.483, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.741 std_dev=0.741
C4 B 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
N4 B 0, 0.000, 0.948, 1.895, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.948 std_dev=0.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00
C5 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.06
C5' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06
C8 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.03 0.07
N1 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
N6 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.08 0.07 0.05 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.09 0.09 0.04 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.09 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.04
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.03
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.09 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.08 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.04 0.10 0.11 0.15 0.16 0.19 0.15 0.11 0.08 0.11 0.04 0.02 0.08 0.17 0.21 0.15 0.08 0.14
C2 0.01 0.08 0.05 0.02 0.10 0.10 0.04 0.15 0.00 0.02 0.11 0.14 0.10 0.02 0.03 0.10 0.14 0.16 0.10 0.12
C2' 0.09 0.06 0.03 0.09 0.10 0.14 0.14 0.18 0.13 0.10 0.07 0.10 0.03 0.02 0.07 0.15 0.19 0.13 0.08 0.12
C3' 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.10 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.08 0.12 0.05 0.01 0.04
C4 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.11 0.04 0.16 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.12 0.17 0.15 0.08 0.13
C4' 0.06 0.05 0.01 0.06 0.10 0.10 0.13 0.14 0.11 0.08 0.06 0.11 0.01 0.01 0.04 0.11 0.16 0.09 0.01 0.07
C5 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.10 0.00 0.16 0.03 0.00 0.07 0.08 0.07 0.01 0.03 0.11 0.16 0.16 0.08 0.13
C5' 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.01 0.04 0.09 0.03 0.07 0.01
C6 0.00 0.10 0.07 0.00 0.14 0.08 0.08 0.14 0.03 0.05 0.14 0.17 0.11 0.03 0.01 0.08 0.12 0.16 0.09 0.12
C8 0.08 0.04 0.01 0.08 0.07 0.13 0.11 0.18 0.11 0.08 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.14 0.19 0.14 0.05 0.12
N1 0.02 0.12 0.08 0.01 0.16 0.07 0.10 0.13 0.05 0.07 0.16 0.21 0.13 0.04 0.01 0.07 0.11 0.16 0.09 0.11
N3 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.11 0.02 0.16 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.02 0.04 0.12 0.16 0.16 0.10 0.13
N6 0.03 0.14 0.09 0.03 0.19 0.06 0.15 0.12 0.09 0.09 0.18 0.24 0.14 0.03 0.01 0.06 0.08 0.16 0.07 0.10
N7 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.11 0.04 0.16 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.12 0.17 0.15 0.05 0.12
N9 0.08 0.03 0.01 0.08 0.06 0.13 0.11 0.18 0.11 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.15 0.19 0.15 0.07 0.13
O2' 0.10 0.09 0.03 0.09 0.14 0.14 0.18 0.19 0.17 0.12 0.10 0.15 0.04 0.01 0.06 0.17 0.21 0.15 0.11 0.15
O3' 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00
O4' 0.12 0.09 0.06 0.13 0.14 0.18 0.18 0.22 0.18 0.13 0.10 0.14 0.05 0.04 0.11 0.18 0.23 0.17 0.08 0.15
O5' 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01
OP1 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.13 0.05
OP2 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.14 0.06
P 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.13 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.11 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.14 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.12 0.07
C4' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.10 0.07
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
C6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.04 0.12 0.06
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.06 0.12 0.08
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.03 0.12 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.09 0.02
O3' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03
O5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.11 0.14 0.11 0.12 0.04 0.10 0.01 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.09 0.11 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.05 0.04 0.07 0.00 0.07 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00