ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55515

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C3' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O3' A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C5' A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
OP2 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O5' A 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
P A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
OP1 A 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O3' B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C4' B 0, 0.000, 0.268, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.268 std_dev=0.268
OP2 B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
OP1 B 0, 0.000, 0.326, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
P B 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
O4' B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.000, 0.382, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.382 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.000, 0.390, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.000, 0.548, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.548 std_dev=0.548
C2 B 0, 0.000, 0.605, 1.210, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.605 std_dev=0.605
O2 B 0, 0.000, 0.616, 1.232, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.616 std_dev=0.616
C6 B 0, 0.000, 0.720, 1.440, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.720 std_dev=0.720
N3 B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C4 B 0, 0.000, 0.848, 1.697, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.848 std_dev=0.848
C5 B 0, 0.000, 0.874, 1.748, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.874 std_dev=0.874
N4 B 0, 0.000, 0.999, 1.997, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.999 std_dev=0.999

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.08 0.03 0.03 0.07 0.10 0.05
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
O5' 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.02 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.21 0.01 0.19 0.09 0.05 0.15 0.08 0.04 0.10 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03
C2 0.05 0.13 0.06 0.09 0.01 0.07 0.13 0.06 0.12 0.02 0.10 0.02 0.23 0.08 0.14 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03
C2' 0.05 0.03 0.07 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.16 0.08 0.05 0.12 0.04 0.08 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
C3' 0.07 0.07 0.10 0.03 0.14 0.02 0.18 0.03 0.16 0.10 0.09 0.15 0.01 0.13 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00
C4 0.02 0.09 0.04 0.08 0.05 0.06 0.16 0.04 0.15 0.01 0.06 0.07 0.20 0.07 0.14 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00
C4' 0.10 0.10 0.13 0.04 0.19 0.00 0.22 0.00 0.21 0.14 0.13 0.20 0.04 0.15 0.04 0.04 0.07 0.02 0.02 0.04
C5 0.05 0.14 0.08 0.10 0.01 0.06 0.14 0.02 0.13 0.02 0.11 0.02 0.25 0.13 0.15 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02
C5' 0.11 0.12 0.15 0.07 0.17 0.01 0.19 0.01 0.17 0.14 0.14 0.18 0.08 0.18 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04
C6 0.08 0.18 0.11 0.11 0.04 0.06 0.11 0.03 0.10 0.06 0.16 0.03 0.29 0.15 0.15 0.06 0.00 0.04 0.02 0.00
C8 0.00 0.06 0.02 0.07 0.09 0.03 0.19 0.01 0.18 0.04 0.02 0.10 0.18 0.08 0.16 0.01 0.08 0.07 0.04 0.07
N1 0.07 0.17 0.09 0.10 0.03 0.07 0.11 0.05 0.10 0.05 0.15 0.02 0.28 0.13 0.15 0.06 0.02 0.00 0.04 0.03
N3 0.02 0.08 0.03 0.07 0.05 0.07 0.16 0.05 0.14 0.01 0.05 0.07 0.19 0.05 0.13 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02
N6 0.10 0.23 0.14 0.11 0.09 0.05 0.07 0.01 0.07 0.10 0.22 0.09 0.34 0.19 0.14 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02
N7 0.05 0.13 0.09 0.10 0.03 0.05 0.16 0.01 0.15 0.01 0.10 0.04 0.25 0.15 0.16 0.03 0.06 0.09 0.04 0.07
N9 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.04 0.19 0.02 0.18 0.05 0.01 0.11 0.15 0.03 0.14 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03
O2' 0.06 0.02 0.07 0.03 0.12 0.01 0.19 0.02 0.18 0.09 0.04 0.13 0.07 0.06 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.05
O3' 0.09 0.10 0.12 0.03 0.18 0.02 0.22 0.03 0.19 0.13 0.13 0.20 0.03 0.15 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01
O4' 0.09 0.07 0.11 0.02 0.19 0.00 0.25 0.02 0.23 0.14 0.11 0.20 0.03 0.10 0.09 0.04 0.09 0.04 0.03 0.06
O5' 0.07 0.07 0.11 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.08 0.11 0.04 0.14 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02
OP1 0.08 0.06 0.02 0.03 0.07 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.12 0.06 0.04 0.10 0.06
OP2 0.07 0.07 0.02 0.03 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.01 0.00 0.11 0.07 0.04 0.08 0.05
P 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.03 0.08 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.10 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.07 0.11 0.08
N4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04
O2 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.05 0.09 0.20 0.12
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.09 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.13 0.10 0.10 0.01 0.06 0.10 0.03 0.10 0.04 0.11 0.01 0.20 0.12 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.08 0.04 0.12 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00