ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55523

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 7, 14, 8, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.032, 0.066, 0.100, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.066 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.054, 0.131, 0.209, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.131 std_dev=0.077
C4 B 0, 0.225, 0.333, 0.441, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.333 std_dev=0.108
C5 B 0, 0.184, 0.309, 0.434, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.309 std_dev=0.125
C6 B 0, 0.266, 0.404, 0.542, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.404 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.322, 0.461, 0.599, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.461 std_dev=0.139
N9 B 0, 0.206, 0.345, 0.485, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.345 std_dev=0.140
O6 B 0, 0.313, 0.466, 0.620, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.466 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.365, 0.531, 0.696, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.531 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.266, 0.436, 0.605, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.436 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.190, 0.362, 0.535, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.362 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.375, 0.557, 0.740, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.557 std_dev=0.183
O4' A 0, 0.204, 0.394, 0.584, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.394 std_dev=0.190
N7 B 0, 0.133, 0.338, 0.544, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.338 std_dev=0.206
C8 B 0, 0.112, 0.354, 0.596, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.354 std_dev=0.242
C2' B 0, 0.284, 0.562, 0.840, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.562 std_dev=0.278
N2 B 0, 0.463, 0.746, 1.028, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.746 std_dev=0.283
C4' A 0, 0.330, 0.637, 0.944, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.637 std_dev=0.307
C3' A 0, 0.343, 0.652, 0.961, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.652 std_dev=0.309
O2' A 0, 0.011, 0.325, 0.640, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.325 std_dev=0.315
C5' A 0, 0.488, 0.965, 1.442, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.965 std_dev=0.477
O3' A 0, 0.515, 1.006, 1.498, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.006 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.249, 0.776, 1.303, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.776 std_dev=0.527
O2' B 0, 0.271, 0.817, 1.362, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.817 std_dev=0.546
O5' A 0, 0.482, 1.062, 1.641, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.062 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.215, 0.893, 1.571, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.893 std_dev=0.678
C4' B 0, 0.174, 0.960, 1.746, 2.777 max_d=2.777 avg_d=0.960 std_dev=0.786
P A 0, 0.532, 1.374, 2.216, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.374 std_dev=0.842
O3' B 0, 0.281, 1.235, 2.189, 3.405 max_d=3.405 avg_d=1.235 std_dev=0.954
OP1 A 0, 0.652, 1.628, 2.604, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.628 std_dev=0.976
OP2 A 0, 0.479, 1.527, 2.574, 3.907 max_d=3.907 avg_d=1.527 std_dev=1.048
C5' B 0, 0.308, 1.394, 2.480, 3.650 max_d=3.650 avg_d=1.394 std_dev=1.086
O5' B 0, 1.045, 2.136, 3.227, 4.158 max_d=4.158 avg_d=2.136 std_dev=1.091
P B 0, 0.855, 2.496, 4.138, 5.891 max_d=5.891 avg_d=2.496 std_dev=1.642
OP2 B 0, 0.821, 2.668, 4.515, 6.324 max_d=6.324 avg_d=2.668 std_dev=1.847
OP1 B 0, 0.767, 2.900, 5.033, 7.599 max_d=7.599 avg_d=2.900 std_dev=2.133

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.00 0.25 0.31 0.33 0.24
C2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01 0.06 0.41 0.62 0.63 0.41
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.09 0.02 0.08 0.17 0.00 0.02 0.05 0.01 0.27 0.31 0.30 0.26
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.00 0.17 0.02 0.15 0.11 0.17 0.15 0.01 0.01 0.19 0.01 0.20 0.24 0.14 0.18
C4 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.00 0.03 0.57 0.95 0.93 0.60
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.05 0.13 0.02 0.09 0.00 0.01 0.17 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.01 0.05 0.60 0.95 0.93 0.62
C5' 0.04 0.09 0.09 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.08 0.06 0.09 0.16 0.02 0.01 0.32 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.10 0.01 0.06 0.54 0.75 0.72 0.52
N1 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.01 0.41 0.57 0.56 0.39
N3 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.01 0.04 0.49 0.80 0.80 0.51
O2 0.02 0.00 0.17 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.22 0.01 0.10 0.33 0.50 0.54 0.34
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.16 0.13 0.18 0.06 0.16 0.09 0.12 0.11 0.00 0.05 0.18 0.10 0.14 0.21 0.31 0.18
O3' 0.13 0.14 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.09 0.10 0.07 0.14 0.22 0.05 0.00 0.16 0.09 0.22 0.29 0.34 0.26
O4 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.00 0.03 0.59 1.04 1.02 0.64
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.10 0.10 0.09 0.03 0.00 0.20 0.23 0.26 0.22
O5' 0.25 0.41 0.27 0.20 0.57 0.01 0.60 0.01 0.54 0.41 0.49 0.33 0.14 0.22 0.59 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.62 0.31 0.24 0.95 0.17 0.95 0.32 0.75 0.57 0.80 0.50 0.21 0.29 1.04 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.63 0.30 0.14 0.93 0.24 0.93 0.38 0.72 0.56 0.80 0.54 0.31 0.34 1.02 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.41 0.26 0.18 0.60 0.03 0.62 0.01 0.52 0.39 0.51 0.34 0.18 0.26 0.64 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.35 0.33 0.10 0.11 0.09 0.18 0.10 0.09 0.10 0.18 0.13 0.10 0.10 0.26 0.30 0.21 0.59 0.13 0.63 1.13 0.66
C2 0.10 0.12 0.30 0.37 0.09 0.10 0.08 0.22 0.09 0.08 0.10 0.16 0.11 0.09 0.09 0.23 0.23 0.17 0.66 0.12 0.65 1.28 0.77
C2' 0.28 0.32 0.42 0.35 0.26 0.32 0.22 0.29 0.22 0.21 0.27 0.40 0.31 0.19 0.25 0.41 0.53 0.38 0.48 0.19 0.70 0.85 0.53
C3' 0.27 0.29 0.40 0.34 0.26 0.33 0.24 0.32 0.24 0.24 0.26 0.33 0.28 0.23 0.26 0.37 0.52 0.39 0.51 0.23 0.75 0.86 0.57
C4 0.09 0.12 0.23 0.42 0.08 0.14 0.08 0.29 0.08 0.10 0.11 0.15 0.10 0.10 0.08 0.23 0.21 0.14 0.77 0.09 0.81 1.55 0.98
C4' 0.13 0.14 0.37 0.32 0.12 0.17 0.10 0.21 0.11 0.11 0.11 0.18 0.14 0.11 0.12 0.27 0.38 0.25 0.55 0.12 0.67 1.04 0.62
C5 0.09 0.12 0.25 0.40 0.08 0.11 0.08 0.27 0.08 0.09 0.11 0.16 0.10 0.10 0.08 0.23 0.21 0.16 0.75 0.10 0.78 1.50 0.94
C5' 0.15 0.15 0.37 0.34 0.14 0.18 0.13 0.24 0.13 0.13 0.13 0.19 0.15 0.14 0.14 0.27 0.35 0.26 0.59 0.15 0.70 1.13 0.68
C6 0.10 0.13 0.29 0.37 0.09 0.10 0.08 0.23 0.08 0.09 0.10 0.17 0.11 0.10 0.09 0.23 0.22 0.18 0.69 0.11 0.71 1.37 0.84
N1 0.11 0.13 0.31 0.36 0.09 0.10 0.09 0.21 0.09 0.09 0.10 0.17 0.12 0.09 0.09 0.24 0.24 0.18 0.65 0.12 0.66 1.27 0.76
N3 0.09 0.12 0.26 0.40 0.08 0.12 0.08 0.26 0.08 0.09 0.10 0.15 0.10 0.10 0.08 0.23 0.20 0.14 0.73 0.11 0.73 1.44 0.90
O2 0.11 0.12 0.33 0.36 0.09 0.11 0.09 0.20 0.10 0.09 0.09 0.16 0.11 0.09 0.09 0.24 0.26 0.18 0.60 0.14 0.59 1.15 0.68
O2' 0.21 0.26 0.42 0.33 0.18 0.27 0.15 0.25 0.15 0.15 0.20 0.38 0.25 0.15 0.18 0.40 0.57 0.32 0.44 0.17 0.73 0.77 0.50
O3' 0.33 0.34 0.49 0.43 0.31 0.43 0.28 0.43 0.27 0.29 0.30 0.38 0.33 0.27 0.31 0.45 0.68 0.44 0.56 0.25 0.91 0.77 0.64
O4 0.09 0.11 0.20 0.45 0.09 0.18 0.09 0.34 0.09 0.11 0.11 0.14 0.10 0.11 0.09 0.25 0.26 0.13 0.83 0.09 0.92 1.68 1.09
O4' 0.11 0.11 0.37 0.37 0.09 0.13 0.09 0.22 0.09 0.09 0.08 0.15 0.11 0.10 0.09 0.24 0.29 0.19 0.65 0.13 0.68 1.23 0.74
O5' 0.36 0.32 0.40 0.40 0.37 0.38 0.42 0.39 0.42 0.43 0.37 0.28 0.33 0.46 0.39 0.39 0.43 0.47 0.68 0.47 0.78 1.13 0.75
OP1 0.63 0.52 0.41 0.42 0.64 0.70 0.72 0.73 0.70 0.76 0.59 0.42 0.54 0.79 0.67 0.58 0.69 0.84 0.89 0.78 1.05 0.90 0.89
OP2 0.63 0.56 0.83 0.87 0.67 0.62 0.76 0.71 0.76 0.78 0.64 0.47 0.57 0.83 0.69 0.60 0.57 0.56 0.86 0.85 0.80 1.66 1.01
P 0.39 0.34 0.42 0.44 0.40 0.42 0.45 0.44 0.45 0.47 0.39 0.30 0.35 0.49 0.42 0.40 0.45 0.51 0.67 0.50 0.77 1.14 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.24 0.02 0.32 0.33 0.14
C2 0.02 0.00 0.31 0.26 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.29 0.14 0.49 0.01 0.50 0.82 0.48
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.01 0.11 0.17 0.17 0.12 0.26 0.37 0.30 0.07 0.04 0.00 0.03 0.02 0.23 0.15 0.36 0.23 0.17
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.25 0.01 0.34 0.03 0.36 0.34 0.31 0.25 0.21 0.38 0.22 0.02 0.01 0.02 0.36 0.39 0.39 0.29 0.25
C4 0.01 0.01 0.17 0.25 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.15 0.07 0.54 0.01 0.43 0.85 0.53
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.12 0.22 0.08 0.10 0.06 0.22 0.10 0.26 0.03 0.00 0.02 0.15 0.38 0.29 0.14
C5 0.01 0.00 0.11 0.34 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.11 0.04 0.69 0.01 0.60 1.19 0.79
C5' 0.06 0.13 0.17 0.03 0.16 0.01 0.25 0.00 0.25 0.31 0.19 0.13 0.11 0.34 0.16 0.09 0.18 0.02 0.01 0.30 0.19 0.33 0.01
C6 0.02 0.00 0.17 0.36 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.07 0.70 0.00 0.63 1.28 0.82
C8 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.22 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.20 0.09 0.74 0.01 0.64 1.12 0.83
N1 0.02 0.00 0.26 0.31 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.11 0.61 0.01 0.54 1.08 0.66
N2 0.03 0.00 0.37 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.39 0.16 0.44 0.01 0.57 0.71 0.42
N3 0.02 0.00 0.30 0.21 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.32 0.13 0.43 0.01 0.46 0.66 0.38
N7 0.01 0.01 0.07 0.38 0.00 0.22 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.22 0.05 0.80 0.01 0.78 1.39 0.98
N9 0.00 0.01 0.04 0.22 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.12 0.01 0.51 0.01 0.37 0.74 0.49
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.15 0.26 0.23 0.09 0.22 0.29 0.17 0.22 0.16 0.31 0.16 0.00 0.06 0.18 0.24 0.26 0.19 0.42 0.22
O3' 0.30 0.29 0.03 0.01 0.15 0.03 0.11 0.18 0.12 0.20 0.18 0.39 0.32 0.22 0.12 0.06 0.00 0.19 0.38 0.16 0.41 0.43 0.28
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.16 0.13 0.05 0.01 0.18 0.19 0.00 0.17 0.05 0.33 0.28 0.10
O5' 0.24 0.49 0.23 0.36 0.54 0.02 0.69 0.01 0.70 0.74 0.61 0.44 0.43 0.80 0.51 0.24 0.38 0.17 0.00 0.77 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.15 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.05 0.77 0.00 0.76 1.48 0.96
OP1 0.32 0.50 0.36 0.39 0.43 0.38 0.60 0.19 0.63 0.64 0.54 0.57 0.46 0.78 0.37 0.19 0.41 0.33 0.02 0.76 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.82 0.23 0.29 0.85 0.29 1.19 0.33 1.28 1.12 1.08 0.71 0.66 1.39 0.74 0.42 0.43 0.28 0.02 1.48 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.48 0.17 0.25 0.53 0.14 0.79 0.01 0.82 0.83 0.66 0.42 0.38 0.98 0.49 0.22 0.28 0.10 0.00 0.96 0.00 0.01 0.00