ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55524

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 4, 3, 4, 7, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.018, 0.047, 0.075, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.047 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.037, 0.094, 0.151, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.094 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.055, 0.198, 0.341, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.198 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.106, 0.259, 0.412, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.259 std_dev=0.153
O4' A 0, 0.033, 0.199, 0.365, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.199 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.265, 0.480, 0.696, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.480 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.250, 0.470, 0.690, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.470 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.250, 0.481, 0.713, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.481 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.310, 0.547, 0.783, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.547 std_dev=0.236
O6 B 0, 0.237, 0.474, 0.711, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.474 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.194, 0.431, 0.669, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.431 std_dev=0.238
N7 B 0, 0.307, 0.551, 0.795, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.551 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.061, 0.307, 0.554, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.307 std_dev=0.247
C3' A 0, 0.071, 0.321, 0.572, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.321 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.180, 0.432, 0.683, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.432 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.199, 0.454, 0.710, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.454 std_dev=0.256
C8 B 0, 0.322, 0.585, 0.849, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.585 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.151, 0.414, 0.677, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.414 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.341, 0.606, 0.871, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.606 std_dev=0.265
N2 B 0, 0.237, 0.516, 0.795, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.516 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.369, 0.654, 0.939, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.654 std_dev=0.285
P A 0, 0.222, 0.530, 0.838, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.530 std_dev=0.308
O3' A 0, 0.145, 0.466, 0.787, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.466 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.456, 0.796, 1.136, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.796 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.339, 0.746, 1.152, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.746 std_dev=0.407
C3' B 0, 0.415, 0.824, 1.233, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.824 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.534, 0.962, 1.389, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.962 std_dev=0.428
C5' A 0, 0.081, 0.511, 0.942, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.511 std_dev=0.430
OP2 A 0, 0.187, 0.658, 1.129, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.658 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.436, 0.960, 1.484, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.960 std_dev=0.524
O5' B 0, 0.479, 1.019, 1.558, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.019 std_dev=0.539
C5' B 0, 0.711, 1.301, 1.891, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.301 std_dev=0.590
OP2 B 0, 0.665, 1.270, 1.875, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.270 std_dev=0.605
P B 0, 0.562, 1.212, 1.862, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.212 std_dev=0.650
OP1 A 0, 0.127, 0.794, 1.460, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.794 std_dev=0.667
OP1 B 0, 0.708, 1.465, 2.223, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.465 std_dev=0.757

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.33 0.19 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.04 0.16 0.50 0.19 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.13 0.01 0.01 0.08 0.01 0.14 0.21 0.12 0.08
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.10 0.14 0.02 0.01 0.11 0.01 0.21 0.16 0.20 0.14
C4 0.05 0.02 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.11 0.01 0.06 0.24 0.62 0.26 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.14 0.11 0.05
C5 0.03 0.02 0.07 0.10 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.11 0.02 0.06 0.24 0.60 0.25 0.20
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.12 0.00 0.09 0.07 0.11 0.09 0.04 0.04 0.15 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.11 0.03 0.06 0.21 0.52 0.19 0.17
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.15 0.45 0.18 0.15
N3 0.04 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.12 0.03 0.05 0.20 0.57 0.22 0.18
O2 0.05 0.01 0.13 0.14 0.03 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.17 0.05 0.06 0.14 0.45 0.19 0.15
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.08 0.03 0.07 0.17 0.12 0.06
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.11 0.04 0.12 0.17 0.04 0.00 0.13 0.02 0.20 0.24 0.28 0.21
O4 0.06 0.04 0.08 0.11 0.01 0.09 0.02 0.15 0.03 0.05 0.03 0.05 0.08 0.13 0.00 0.07 0.25 0.66 0.29 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.09 0.30 0.28 0.16
O5' 0.07 0.16 0.14 0.21 0.24 0.02 0.24 0.01 0.21 0.15 0.20 0.14 0.07 0.20 0.25 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.33 0.50 0.21 0.16 0.62 0.14 0.60 0.08 0.52 0.45 0.57 0.45 0.17 0.24 0.66 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.19 0.12 0.20 0.26 0.11 0.25 0.04 0.19 0.18 0.22 0.19 0.12 0.28 0.29 0.28 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.08 0.14 0.20 0.05 0.20 0.02 0.17 0.15 0.18 0.15 0.06 0.21 0.22 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.21 0.25 0.27 0.14 0.15 0.11 0.22 0.12 0.12 0.12 0.30 0.20 0.13 0.14 0.26 0.25 0.18 0.39 0.20 0.37 0.60 0.40
C2 0.15 0.24 0.22 0.26 0.13 0.12 0.08 0.21 0.08 0.09 0.16 0.34 0.21 0.10 0.12 0.22 0.21 0.14 0.37 0.18 0.37 0.59 0.39
C2' 0.27 0.30 0.34 0.32 0.23 0.26 0.19 0.27 0.18 0.19 0.21 0.39 0.30 0.18 0.23 0.35 0.32 0.29 0.41 0.23 0.32 0.51 0.36
C3' 0.29 0.32 0.34 0.32 0.26 0.27 0.20 0.28 0.19 0.20 0.24 0.41 0.32 0.19 0.25 0.36 0.31 0.31 0.41 0.21 0.31 0.51 0.35
C4 0.14 0.28 0.19 0.28 0.16 0.15 0.11 0.24 0.15 0.09 0.26 0.34 0.23 0.09 0.13 0.21 0.22 0.11 0.39 0.09 0.45 0.64 0.45
C4' 0.20 0.22 0.27 0.28 0.16 0.17 0.12 0.23 0.12 0.13 0.14 0.31 0.22 0.13 0.16 0.28 0.26 0.21 0.39 0.18 0.37 0.59 0.39
C5 0.14 0.27 0.21 0.29 0.15 0.15 0.11 0.24 0.13 0.09 0.23 0.34 0.22 0.09 0.12 0.22 0.23 0.11 0.39 0.08 0.46 0.64 0.45
C5' 0.20 0.24 0.26 0.28 0.18 0.17 0.14 0.25 0.14 0.14 0.17 0.32 0.23 0.15 0.17 0.27 0.26 0.21 0.40 0.17 0.40 0.60 0.41
C6 0.15 0.25 0.22 0.28 0.14 0.13 0.09 0.23 0.09 0.08 0.19 0.33 0.21 0.09 0.12 0.23 0.23 0.12 0.39 0.09 0.42 0.62 0.43
N1 0.15 0.23 0.23 0.27 0.13 0.13 0.09 0.22 0.08 0.09 0.15 0.33 0.21 0.10 0.12 0.23 0.23 0.14 0.38 0.15 0.38 0.60 0.41
N3 0.14 0.27 0.19 0.26 0.14 0.12 0.08 0.22 0.10 0.07 0.23 0.34 0.22 0.08 0.11 0.20 0.20 0.11 0.38 0.09 0.40 0.61 0.41
O2 0.16 0.22 0.24 0.26 0.13 0.13 0.11 0.20 0.13 0.11 0.12 0.33 0.20 0.13 0.13 0.23 0.21 0.16 0.36 0.25 0.32 0.55 0.36
O2' 0.29 0.27 0.35 0.33 0.24 0.28 0.21 0.29 0.22 0.22 0.21 0.35 0.29 0.21 0.24 0.37 0.37 0.33 0.43 0.28 0.33 0.51 0.37
O3' 0.36 0.36 0.40 0.36 0.31 0.34 0.25 0.33 0.23 0.26 0.28 0.45 0.38 0.23 0.31 0.43 0.38 0.38 0.45 0.24 0.33 0.47 0.36
O4 0.16 0.29 0.19 0.29 0.19 0.18 0.16 0.27 0.21 0.13 0.29 0.34 0.24 0.13 0.16 0.23 0.25 0.14 0.41 0.18 0.50 0.67 0.49
O4' 0.16 0.19 0.25 0.28 0.13 0.15 0.11 0.25 0.11 0.11 0.12 0.28 0.19 0.13 0.13 0.25 0.26 0.16 0.40 0.18 0.44 0.65 0.45
O5' 0.23 0.28 0.24 0.25 0.22 0.17 0.20 0.25 0.20 0.20 0.23 0.36 0.27 0.21 0.21 0.27 0.21 0.24 0.47 0.22 0.52 0.74 0.54
OP1 0.56 0.55 0.57 0.61 0.56 0.57 0.57 0.64 0.57 0.58 0.55 0.56 0.55 0.59 0.56 0.53 0.56 0.57 0.62 0.60 0.51 0.52 0.51
OP2 0.27 0.33 0.28 0.33 0.27 0.25 0.25 0.33 0.25 0.25 0.29 0.41 0.31 0.26 0.26 0.29 0.28 0.27 0.45 0.24 0.48 0.67 0.50
P 0.24 0.29 0.25 0.30 0.23 0.21 0.21 0.30 0.20 0.21 0.25 0.37 0.28 0.21 0.22 0.26 0.23 0.23 0.42 0.21 0.44 0.63 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.17 0.02 0.19 0.34 0.15
C2 0.05 0.00 0.21 0.21 0.02 0.07 0.02 0.16 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.15 0.18 0.11 0.26 0.04 0.22 0.47 0.26
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.10 0.10 0.10 0.16 0.25 0.21 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.28 0.09 0.30 0.38 0.27
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.16 0.01 0.18 0.05 0.19 0.16 0.20 0.22 0.19 0.18 0.11 0.03 0.01 0.02 0.29 0.20 0.26 0.24 0.23
C4 0.02 0.02 0.11 0.16 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.26 0.02 0.21 0.45 0.25
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.06 0.10 0.06 0.12 0.05 0.14 0.04 0.00 0.02 0.09 0.16 0.26 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.09 0.03 0.31 0.02 0.28 0.51 0.32
C5' 0.06 0.16 0.10 0.05 0.15 0.01 0.19 0.00 0.20 0.19 0.18 0.17 0.14 0.22 0.13 0.06 0.13 0.02 0.01 0.22 0.14 0.30 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.12 0.11 0.05 0.32 0.01 0.31 0.55 0.35
C8 0.02 0.03 0.10 0.16 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.18 0.12 0.08 0.30 0.03 0.25 0.45 0.28
N1 0.04 0.01 0.16 0.20 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.12 0.15 0.09 0.30 0.03 0.27 0.52 0.31
N2 0.06 0.01 0.25 0.22 0.03 0.10 0.03 0.17 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.20 0.24 0.15 0.26 0.06 0.22 0.47 0.25
N3 0.04 0.01 0.21 0.19 0.01 0.06 0.02 0.14 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.17 0.11 0.24 0.04 0.19 0.43 0.22
N7 0.02 0.03 0.06 0.18 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.18 0.13 0.06 0.33 0.03 0.32 0.52 0.35
N9 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.04 0.02 0.24 0.02 0.18 0.40 0.21
O2' 0.02 0.15 0.01 0.03 0.08 0.14 0.12 0.06 0.12 0.18 0.12 0.20 0.15 0.18 0.09 0.00 0.05 0.10 0.15 0.14 0.27 0.38 0.20
O3' 0.13 0.18 0.03 0.01 0.09 0.04 0.09 0.13 0.11 0.12 0.15 0.24 0.17 0.13 0.04 0.05 0.00 0.10 0.31 0.13 0.34 0.27 0.29
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.15 0.11 0.06 0.02 0.10 0.10 0.00 0.17 0.04 0.23 0.36 0.19
O5' 0.17 0.26 0.28 0.29 0.26 0.02 0.31 0.01 0.32 0.30 0.30 0.26 0.24 0.33 0.24 0.15 0.31 0.17 0.00 0.35 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.04 0.09 0.20 0.02 0.09 0.02 0.22 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.14 0.13 0.04 0.35 0.00 0.38 0.59 0.40
OP1 0.19 0.22 0.30 0.26 0.21 0.16 0.28 0.14 0.31 0.25 0.27 0.22 0.19 0.32 0.18 0.27 0.34 0.23 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.47 0.38 0.24 0.45 0.26 0.51 0.30 0.55 0.45 0.52 0.47 0.43 0.52 0.40 0.38 0.27 0.36 0.03 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.26 0.27 0.23 0.25 0.05 0.32 0.02 0.35 0.28 0.31 0.25 0.22 0.35 0.21 0.20 0.29 0.19 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00