ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55529

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 0, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.028, 0.065, 0.101, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.065 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.069, 0.143, 0.218, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.143 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.037, 0.111, 0.185, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.111 std_dev=0.074
O4 A 0, 0.074, 0.154, 0.234, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.154 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.082, 0.193, 0.304, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.193 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.157, 0.281, 0.406, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.281 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.089, 0.215, 0.340, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.215 std_dev=0.125
P A 0, 0.183, 0.327, 0.472, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.327 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.106, 0.262, 0.419, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.262 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.134, 0.292, 0.451, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.292 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.065, 0.241, 0.417, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.241 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.168, 0.355, 0.542, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.355 std_dev=0.187
N3 B 0, 0.126, 0.317, 0.508, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.317 std_dev=0.191
OP2 A 0, 0.148, 0.345, 0.543, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.345 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.062, 0.264, 0.466, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.264 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.107, 0.331, 0.555, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.331 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.217, 0.444, 0.671, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.444 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.201, 0.432, 0.663, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.432 std_dev=0.231
OP1 A 0, 0.212, 0.445, 0.677, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.445 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.225, 0.465, 0.705, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.465 std_dev=0.240
N7 B 0, 0.196, 0.449, 0.703, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.449 std_dev=0.254
C8 B 0, 0.131, 0.397, 0.663, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.397 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.124, 0.407, 0.689, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.407 std_dev=0.283
O4' B 0, 0.158, 0.441, 0.724, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.441 std_dev=0.283
O3' A 0, 0.190, 0.478, 0.766, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.478 std_dev=0.288
O6 B 0, 0.273, 0.567, 0.861, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.567 std_dev=0.294
N2 B 0, 0.231, 0.581, 0.931, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.581 std_dev=0.350
O2' B 0, 0.199, 0.558, 0.916, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.558 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.241, 0.601, 0.961, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.601 std_dev=0.360
C4' B 0, 0.321, 0.683, 1.044, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.683 std_dev=0.362
O3' B 0, 0.332, 0.816, 1.300, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.816 std_dev=0.484
O5' B 0, 0.399, 0.907, 1.415, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.907 std_dev=0.508
C5' B 0, 0.436, 0.969, 1.502, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.969 std_dev=0.533
OP2 B 0, 0.723, 1.385, 2.047, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.385 std_dev=0.662
P B 0, 0.580, 1.281, 1.982, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.281 std_dev=0.701
OP1 B 0, 0.563, 1.564, 2.566, 4.004 max_d=4.004 avg_d=1.564 std_dev=1.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03 0.10 0.08 0.14 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.08 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.16 0.15 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.10 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.19 0.13 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.00 0.03 0.12 0.08 0.15 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.11 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.03 0.12 0.08 0.15 0.10
C5' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.03 0.11 0.06 0.14 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.10 0.07 0.14 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.03 0.11 0.08 0.14 0.09
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.04 0.10 0.11 0.14 0.09
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.11 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.15 0.12 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.15 0.03 0.15 0.03 0.12 0.07 0.14 0.10 0.05 0.00 0.17 0.02 0.12 0.25 0.16 0.13
O4 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.00 0.04 0.12 0.10 0.16 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.10 0.08 0.12 0.08
O5' 0.09 0.10 0.07 0.07 0.12 0.02 0.12 0.01 0.11 0.10 0.11 0.10 0.04 0.12 0.12 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.08 0.16 0.19 0.08 0.11 0.08 0.10 0.06 0.07 0.08 0.11 0.15 0.25 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.14 0.15 0.13 0.15 0.07 0.15 0.03 0.14 0.14 0.14 0.14 0.12 0.16 0.16 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.03 0.10 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.05 0.13 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.15 0.15 0.08 0.12 0.13 0.27 0.16 0.12 0.08 0.26 0.14 0.18 0.09 0.28 0.18 0.11 0.46 0.28 0.75 0.74 0.61
C2 0.09 0.19 0.11 0.13 0.07 0.11 0.12 0.31 0.14 0.13 0.08 0.32 0.15 0.18 0.07 0.23 0.13 0.08 0.48 0.27 0.80 0.77 0.64
C2' 0.23 0.22 0.25 0.20 0.16 0.20 0.14 0.21 0.16 0.14 0.13 0.34 0.24 0.16 0.17 0.39 0.25 0.21 0.41 0.25 0.67 0.64 0.50
C3' 0.25 0.25 0.26 0.21 0.19 0.22 0.15 0.22 0.15 0.16 0.15 0.36 0.26 0.17 0.19 0.39 0.24 0.23 0.41 0.23 0.70 0.66 0.51
C4 0.07 0.23 0.08 0.15 0.08 0.16 0.08 0.40 0.07 0.14 0.19 0.34 0.17 0.18 0.07 0.16 0.16 0.10 0.55 0.13 0.97 0.88 0.77
C4' 0.16 0.16 0.17 0.16 0.10 0.13 0.12 0.26 0.15 0.12 0.09 0.27 0.17 0.16 0.11 0.30 0.18 0.14 0.45 0.25 0.75 0.73 0.60
C5 0.07 0.21 0.09 0.14 0.07 0.14 0.09 0.38 0.07 0.14 0.15 0.33 0.16 0.18 0.07 0.18 0.15 0.09 0.55 0.15 0.97 0.88 0.77
C5' 0.15 0.17 0.15 0.15 0.11 0.13 0.12 0.29 0.14 0.12 0.09 0.28 0.17 0.17 0.10 0.29 0.16 0.13 0.47 0.23 0.80 0.78 0.65
C6 0.08 0.19 0.10 0.13 0.07 0.12 0.10 0.34 0.10 0.13 0.10 0.31 0.15 0.18 0.07 0.22 0.14 0.08 0.52 0.20 0.89 0.84 0.72
N1 0.10 0.17 0.12 0.14 0.08 0.11 0.12 0.31 0.13 0.13 0.08 0.30 0.15 0.18 0.08 0.24 0.14 0.09 0.49 0.25 0.82 0.79 0.66
N3 0.07 0.22 0.08 0.13 0.07 0.13 0.09 0.35 0.08 0.13 0.16 0.34 0.16 0.18 0.07 0.18 0.13 0.08 0.51 0.21 0.89 0.82 0.70
O2 0.12 0.16 0.14 0.15 0.09 0.12 0.14 0.27 0.19 0.13 0.08 0.30 0.14 0.18 0.09 0.26 0.16 0.10 0.44 0.31 0.71 0.71 0.57
O2' 0.24 0.18 0.24 0.20 0.17 0.21 0.17 0.18 0.20 0.16 0.16 0.26 0.21 0.19 0.18 0.37 0.25 0.24 0.41 0.29 0.60 0.60 0.47
O3' 0.32 0.28 0.32 0.27 0.24 0.29 0.19 0.24 0.18 0.21 0.18 0.38 0.31 0.20 0.25 0.45 0.30 0.31 0.40 0.24 0.66 0.60 0.46
O4 0.08 0.25 0.10 0.18 0.09 0.20 0.09 0.44 0.10 0.16 0.24 0.34 0.18 0.17 0.09 0.13 0.21 0.13 0.59 0.09 1.05 0.92 0.82
O4' 0.10 0.11 0.12 0.16 0.07 0.12 0.14 0.32 0.17 0.14 0.07 0.23 0.12 0.19 0.08 0.25 0.17 0.09 0.49 0.28 0.80 0.79 0.67
O5' 0.19 0.22 0.18 0.18 0.16 0.17 0.16 0.32 0.17 0.18 0.16 0.32 0.21 0.21 0.16 0.29 0.18 0.17 0.51 0.23 0.87 0.82 0.69
OP1 0.18 0.22 0.17 0.14 0.14 0.13 0.13 0.29 0.12 0.14 0.15 0.32 0.21 0.16 0.14 0.29 0.15 0.16 0.50 0.17 0.86 0.83 0.68
OP2 0.15 0.28 0.16 0.12 0.16 0.11 0.12 0.30 0.13 0.12 0.21 0.39 0.25 0.14 0.13 0.27 0.13 0.13 0.50 0.14 0.90 0.88 0.70
P 0.14 0.23 0.14 0.11 0.12 0.09 0.09 0.30 0.09 0.10 0.14 0.34 0.21 0.13 0.10 0.27 0.12 0.11 0.49 0.14 0.86 0.86 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.03 0.24 0.28 0.15
C2 0.04 0.00 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.14 0.04 0.30 0.01 0.47 0.52 0.36
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.08 0.14 0.11 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.06 0.17 0.18 0.12
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.10 0.14 0.11 0.17 0.13 0.13 0.06 0.02 0.01 0.02 0.19 0.11 0.21 0.16 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02 0.30 0.01 0.47 0.51 0.35
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.08 0.06 0.12 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.09 0.21 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.37 0.01 0.61 0.63 0.45
C5' 0.05 0.18 0.04 0.05 0.19 0.01 0.25 0.00 0.26 0.25 0.23 0.16 0.15 0.29 0.17 0.04 0.07 0.02 0.01 0.30 0.11 0.29 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.03 0.38 0.01 0.66 0.67 0.49
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.35 0.02 0.57 0.56 0.40
N1 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.03 0.35 0.01 0.58 0.61 0.44
N2 0.05 0.00 0.14 0.17 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.05 0.28 0.01 0.43 0.49 0.34
N3 0.04 0.00 0.11 0.13 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.04 0.26 0.01 0.40 0.46 0.30
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.04 0.40 0.02 0.68 0.68 0.49
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.26 0.02 0.42 0.44 0.29
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.04 0.07 0.04 0.10 0.05 0.13 0.20 0.15 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.09 0.09 0.16 0.17 0.07
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.04 0.10 0.07 0.11 0.15 0.11 0.20 0.13 0.16 0.06 0.04 0.00 0.02 0.14 0.13 0.34 0.24 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.09 0.04 0.19 0.26 0.12
O5' 0.14 0.30 0.16 0.19 0.30 0.02 0.37 0.01 0.38 0.35 0.35 0.28 0.26 0.40 0.26 0.09 0.14 0.09 0.00 0.41 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.13 0.04 0.41 0.00 0.74 0.74 0.55
OP1 0.24 0.47 0.17 0.21 0.47 0.09 0.61 0.11 0.66 0.57 0.58 0.43 0.40 0.68 0.42 0.16 0.34 0.19 0.03 0.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.52 0.18 0.16 0.51 0.21 0.63 0.29 0.67 0.56 0.61 0.49 0.46 0.68 0.44 0.17 0.24 0.26 0.02 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.36 0.12 0.14 0.35 0.03 0.45 0.02 0.49 0.40 0.44 0.34 0.30 0.49 0.29 0.07 0.16 0.12 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00