ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55532

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.004, 0.069, 0.133, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.069 std_dev=0.065
C5 B 0, 0.151, 0.311, 0.472, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.311 std_dev=0.160
C6 B 0, 0.107, 0.269, 0.431, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.269 std_dev=0.162
O6 B 0, 0.144, 0.310, 0.477, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.310 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.209, 0.379, 0.549, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.379 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.142, 0.333, 0.524, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.333 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.235, 0.432, 0.628, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.432 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.214, 0.414, 0.615, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.414 std_dev=0.200
N9 B 0, 0.267, 0.489, 0.711, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.489 std_dev=0.222
N7 B 0, 0.191, 0.413, 0.636, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.413 std_dev=0.223
C8 B 0, 0.262, 0.507, 0.751, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.507 std_dev=0.245
N2 B 0, 0.261, 0.534, 0.808, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.534 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.295, 0.620, 0.945, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.620 std_dev=0.325
O4' A 0, 0.031, 0.414, 0.798, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.414 std_dev=0.383
C2' A 0, 0.030, 0.436, 0.842, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.436 std_dev=0.406
O4' B 0, 0.185, 0.785, 1.385, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.785 std_dev=0.600
C4' A 0, 0.018, 0.664, 1.310, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.664 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.341, 1.015, 1.688, 2.624 max_d=2.624 avg_d=1.015 std_dev=0.674
OP2 A 0, 0.226, 0.905, 1.585, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.905 std_dev=0.680
C3' A 0, 0.049, 0.752, 1.455, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.752 std_dev=0.703
C2' B 0, 0.195, 0.903, 1.611, 2.790 max_d=2.790 avg_d=0.903 std_dev=0.708
O5' A 0, 0.132, 0.851, 1.570, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.851 std_dev=0.719
O2' A 0, -0.019, 0.724, 1.467, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.724 std_dev=0.743
P A 0, 0.159, 0.937, 1.715, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.937 std_dev=0.778
C5' A 0, 0.122, 0.923, 1.725, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.923 std_dev=0.801
C4' B 0, 0.040, 1.011, 1.983, 3.693 max_d=3.693 avg_d=1.011 std_dev=0.972
C3' B 0, 0.065, 1.054, 2.042, 3.774 max_d=3.774 avg_d=1.054 std_dev=0.989
O5' B 0, 0.762, 1.783, 2.803, 3.462 max_d=3.462 avg_d=1.783 std_dev=1.021
OP1 A 0, 0.119, 1.167, 2.216, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.167 std_dev=1.048
O3' A 0, 0.029, 1.170, 2.311, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.170 std_dev=1.141
OP2 B 0, 0.847, 2.026, 3.204, 3.350 max_d=3.350 avg_d=2.026 std_dev=1.179
O3' B 0, 0.017, 1.249, 2.481, 4.602 max_d=4.602 avg_d=1.249 std_dev=1.232
C5' B 0, -0.021, 1.217, 2.456, 4.556 max_d=4.556 avg_d=1.217 std_dev=1.238
P B 0, 0.746, 2.024, 3.302, 4.406 max_d=4.406 avg_d=2.024 std_dev=1.278
OP1 B 0, 0.532, 2.100, 3.668, 5.774 max_d=5.774 avg_d=2.100 std_dev=1.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.30 0.04 0.00 0.21 0.16 0.29 0.17
C2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.22 0.03 0.13 0.28 0.18 0.16 0.17
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.20 0.17 0.02 0.12 0.32 0.00 0.03 0.05 0.02 0.50 0.50 0.54 0.49
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.37 0.01 0.42 0.01 0.37 0.22 0.28 0.18 0.02 0.01 0.39 0.03 0.23 0.32 0.13 0.18
C4 0.03 0.01 0.04 0.37 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.16 0.01 0.04 0.44 0.30 0.21 0.28
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.14 0.00 0.23 0.00 0.23 0.08 0.05 0.14 0.31 0.03 0.15 0.01 0.02 0.12 0.24 0.04
C5 0.01 0.01 0.13 0.42 0.00 0.23 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.30 0.01 0.12 0.49 0.33 0.22 0.30
C5' 0.07 0.08 0.20 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.19 0.05 0.06 0.16 0.11 0.22 0.16 0.01 0.01 0.13 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.37 0.01 0.23 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.25 0.01 0.16 0.41 0.25 0.16 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.10 0.03 0.02 0.28 0.18 0.19 0.15
N3 0.02 0.00 0.12 0.28 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.11 0.03 0.09 0.35 0.22 0.15 0.20
O2 0.03 0.00 0.32 0.18 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.45 0.04 0.23 0.25 0.18 0.20 0.18
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.38 0.31 0.44 0.11 0.39 0.21 0.26 0.25 0.00 0.06 0.41 0.20 0.33 0.37 0.59 0.37
O3' 0.30 0.22 0.03 0.01 0.16 0.03 0.30 0.22 0.25 0.10 0.11 0.45 0.06 0.00 0.20 0.20 0.26 0.55 0.37 0.36
O4 0.04 0.03 0.05 0.39 0.01 0.15 0.01 0.16 0.01 0.03 0.03 0.04 0.41 0.20 0.00 0.04 0.48 0.34 0.28 0.32
O4' 0.00 0.13 0.02 0.03 0.04 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.09 0.23 0.20 0.20 0.04 0.00 0.07 0.09 0.35 0.17
O5' 0.21 0.28 0.50 0.23 0.44 0.02 0.49 0.01 0.41 0.28 0.35 0.25 0.33 0.26 0.48 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.18 0.50 0.32 0.30 0.12 0.33 0.13 0.25 0.18 0.22 0.18 0.37 0.55 0.34 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.16 0.54 0.13 0.21 0.24 0.22 0.24 0.16 0.19 0.15 0.20 0.59 0.37 0.28 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.17 0.49 0.18 0.28 0.04 0.30 0.02 0.21 0.15 0.20 0.18 0.37 0.36 0.32 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.19 0.38 0.39 0.14 0.16 0.14 0.27 0.15 0.14 0.15 0.25 0.18 0.15 0.13 0.30 0.32 0.24 0.57 0.18 0.68 0.84 0.76
C2 0.13 0.19 0.32 0.38 0.13 0.14 0.12 0.25 0.13 0.12 0.16 0.24 0.17 0.13 0.12 0.24 0.29 0.21 0.60 0.17 0.71 0.86 0.78
C2' 0.51 0.56 0.51 0.48 0.48 0.55 0.41 0.58 0.40 0.41 0.48 0.63 0.55 0.37 0.47 0.58 0.60 0.64 0.60 0.33 0.76 0.79 0.79
C3' 0.42 0.39 0.33 0.34 0.40 0.53 0.38 0.61 0.37 0.39 0.37 0.38 0.40 0.38 0.40 0.36 0.50 0.64 0.68 0.36 0.87 0.86 0.88
C4 0.13 0.19 0.22 0.34 0.13 0.14 0.13 0.29 0.14 0.14 0.18 0.23 0.16 0.15 0.13 0.21 0.27 0.21 0.70 0.14 0.86 0.97 0.90
C4' 0.20 0.20 0.32 0.33 0.19 0.29 0.18 0.42 0.17 0.19 0.18 0.24 0.21 0.19 0.19 0.28 0.34 0.41 0.67 0.18 0.83 0.94 0.88
C5 0.13 0.20 0.23 0.32 0.14 0.15 0.14 0.32 0.14 0.15 0.19 0.25 0.17 0.16 0.13 0.21 0.25 0.24 0.69 0.15 0.88 0.98 0.91
C5' 0.24 0.20 0.26 0.28 0.21 0.36 0.19 0.52 0.18 0.22 0.17 0.23 0.22 0.21 0.22 0.25 0.33 0.49 0.75 0.18 0.95 1.04 0.98
C6 0.13 0.20 0.27 0.33 0.14 0.15 0.13 0.31 0.14 0.14 0.18 0.26 0.18 0.15 0.13 0.23 0.26 0.25 0.65 0.15 0.82 0.94 0.87
N1 0.13 0.19 0.32 0.37 0.13 0.14 0.13 0.27 0.13 0.13 0.16 0.25 0.17 0.14 0.12 0.25 0.28 0.23 0.61 0.16 0.74 0.88 0.81
N3 0.13 0.19 0.26 0.36 0.13 0.13 0.12 0.26 0.13 0.13 0.17 0.23 0.16 0.14 0.12 0.21 0.28 0.19 0.65 0.15 0.77 0.91 0.83
O2 0.15 0.18 0.37 0.42 0.13 0.15 0.12 0.24 0.13 0.11 0.14 0.24 0.17 0.12 0.12 0.28 0.32 0.20 0.55 0.19 0.63 0.79 0.71
O2' 0.33 0.43 0.45 0.42 0.33 0.39 0.32 0.44 0.33 0.32 0.35 0.58 0.40 0.35 0.31 0.51 0.56 0.45 0.58 0.39 0.70 0.86 0.78
O3' 0.51 0.49 0.57 0.60 0.46 0.64 0.40 0.71 0.36 0.42 0.42 0.56 0.51 0.38 0.47 0.57 0.77 0.68 0.85 0.30 0.99 1.02 1.00
O4 0.13 0.18 0.21 0.35 0.14 0.16 0.14 0.29 0.14 0.16 0.18 0.21 0.15 0.17 0.14 0.22 0.30 0.18 0.73 0.14 0.90 1.01 0.93
O4' 0.19 0.22 0.44 0.47 0.20 0.23 0.20 0.36 0.20 0.20 0.20 0.26 0.21 0.22 0.19 0.33 0.38 0.27 0.71 0.23 0.82 0.99 0.89
O5' 0.21 0.25 0.49 0.49 0.24 0.16 0.25 0.25 0.27 0.24 0.26 0.27 0.24 0.26 0.23 0.37 0.35 0.16 0.54 0.29 0.67 0.81 0.70
OP1 0.17 0.21 0.38 0.38 0.18 0.20 0.19 0.35 0.21 0.19 0.21 0.24 0.20 0.20 0.17 0.32 0.28 0.29 0.56 0.23 0.78 0.88 0.79
OP2 0.26 0.24 0.27 0.31 0.25 0.34 0.25 0.48 0.25 0.27 0.23 0.25 0.24 0.27 0.26 0.27 0.29 0.44 0.65 0.26 0.87 0.96 0.89
P 0.16 0.19 0.37 0.40 0.17 0.19 0.19 0.33 0.19 0.19 0.19 0.23 0.18 0.20 0.17 0.28 0.30 0.26 0.61 0.21 0.79 0.91 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.19 0.00 0.26 0.02 0.27 0.33 0.27
C2 0.02 0.00 0.31 0.32 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.24 0.16 0.52 0.01 0.54 0.65 0.59
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.03 0.09 0.14 0.15 0.14 0.24 0.36 0.30 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.42 0.13 0.38 0.44 0.42
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.25 0.01 0.27 0.03 0.31 0.19 0.33 0.33 0.28 0.23 0.16 0.01 0.01 0.02 0.30 0.32 0.29 0.16 0.23
C4 0.01 0.01 0.16 0.25 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.09 0.50 0.01 0.50 0.56 0.54
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.05 0.22 0.02 0.00 0.03 0.10 0.11 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.27 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.07 0.59 0.01 0.61 0.69 0.66
C5' 0.08 0.19 0.14 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.21 0.12 0.21 0.20 0.17 0.16 0.11 0.09 0.17 0.02 0.01 0.22 0.15 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.31 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.19 0.10 0.63 0.01 0.67 0.78 0.72
C8 0.02 0.02 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.24 0.12 0.08 0.52 0.02 0.53 0.55 0.54
N1 0.02 0.01 0.24 0.33 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.22 0.14 0.60 0.01 0.63 0.74 0.68
N2 0.03 0.00 0.36 0.33 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.19 0.50 0.02 0.51 0.64 0.57
N3 0.03 0.00 0.30 0.28 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.21 0.15 0.46 0.01 0.46 0.55 0.51
N7 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.09 0.00 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.15 0.05 0.60 0.03 0.63 0.69 0.66
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.02 0.43 0.02 0.42 0.45 0.44
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.05 0.22 0.13 0.09 0.09 0.24 0.07 0.21 0.13 0.23 0.11 0.00 0.03 0.15 0.23 0.12 0.22 0.44 0.27
O3' 0.19 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.17 0.19 0.12 0.22 0.29 0.21 0.15 0.05 0.03 0.00 0.14 0.26 0.21 0.43 0.36 0.29
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.02 0.10 0.08 0.14 0.19 0.15 0.05 0.02 0.15 0.14 0.00 0.07 0.09 0.18 0.30 0.11
O5' 0.26 0.52 0.42 0.30 0.50 0.03 0.59 0.01 0.63 0.52 0.60 0.50 0.46 0.60 0.43 0.23 0.26 0.07 0.00 0.67 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.32 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.21 0.09 0.67 0.00 0.74 0.86 0.79
OP1 0.27 0.54 0.38 0.29 0.50 0.11 0.61 0.15 0.67 0.53 0.63 0.51 0.46 0.63 0.42 0.22 0.43 0.18 0.01 0.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.65 0.44 0.16 0.56 0.26 0.69 0.35 0.78 0.55 0.74 0.64 0.55 0.69 0.45 0.44 0.36 0.30 0.02 0.86 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.59 0.42 0.23 0.54 0.03 0.66 0.01 0.72 0.54 0.68 0.57 0.51 0.66 0.44 0.27 0.29 0.11 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00