ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55533

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.020, 0.038, 0.057, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.043 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.032, 0.069, 0.107, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.069 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.033, 0.099, 0.165, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.099 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.030, 0.105, 0.180, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.053, 0.129, 0.205, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.129 std_dev=0.076
C2 B 0, 0.143, 0.282, 0.421, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.282 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.062, 0.204, 0.347, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.204 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.116, 0.261, 0.407, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.261 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.196, 0.359, 0.521, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.359 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.241, 0.407, 0.572, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.407 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.161, 0.329, 0.498, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.329 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.122, 0.292, 0.462, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.292 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.237, 0.408, 0.579, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.408 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.122, 0.294, 0.467, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.294 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.238, 0.422, 0.606, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.422 std_dev=0.184
N2 B 0, 0.093, 0.298, 0.503, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.298 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.327, 0.545, 0.763, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.545 std_dev=0.218
C8 B 0, 0.371, 0.613, 0.856, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.613 std_dev=0.243
N9 B 0, 0.341, 0.585, 0.830, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.585 std_dev=0.244
O6 B 0, 0.227, 0.477, 0.727, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.477 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.242, 0.526, 0.810, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.526 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.454, 0.769, 1.084, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.769 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.540, 0.891, 1.241, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.891 std_dev=0.350
O5' A 0, 0.246, 0.602, 0.957, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.602 std_dev=0.355
P A 0, 0.300, 0.697, 1.093, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.697 std_dev=0.396
C2' B 0, 0.427, 0.872, 1.317, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.872 std_dev=0.445
C4' B 0, 0.617, 1.074, 1.532, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.074 std_dev=0.457
O5' B 0, 0.590, 1.092, 1.594, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.092 std_dev=0.502
O2' B 0, 0.662, 1.166, 1.670, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.166 std_dev=0.504
C3' B 0, 0.472, 0.991, 1.510, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.991 std_dev=0.519
P B 0, 0.755, 1.285, 1.816, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.285 std_dev=0.530
OP1 A 0, 0.429, 0.962, 1.496, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.962 std_dev=0.534
OP2 A 0, 0.365, 0.906, 1.448, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.906 std_dev=0.542
C5' B 0, 0.665, 1.282, 1.899, 1.910 max_d=1.910 avg_d=1.282 std_dev=0.617
O3' B 0, 0.584, 1.261, 1.937, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.261 std_dev=0.676
OP2 B 0, 0.929, 1.721, 2.513, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.721 std_dev=0.792
OP1 B 0, 0.897, 2.146, 3.395, 4.205 max_d=4.205 avg_d=2.146 std_dev=1.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.27 0.14
C2 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.01 0.16 0.17 0.38 0.22
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.19 0.11
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.12 0.08 0.10 0.06 0.02 0.01 0.15 0.02 0.07 0.10 0.10 0.06
C4 0.01 0.02 0.05 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.17 0.00 0.04 0.24 0.27 0.44 0.26
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.00 0.01 0.14 0.09 0.05
C5 0.02 0.03 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.18 0.01 0.06 0.26 0.28 0.44 0.27
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.10 0.06 0.08 0.04 0.15 0.01 0.01 0.17 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.12 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.02 0.05 0.22 0.21 0.39 0.24
N1 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.15 0.15 0.36 0.20
N3 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.01 0.02 0.20 0.22 0.41 0.24
O2 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.10 0.06 0.02 0.04 0.13 0.14 0.37 0.21
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06 0.15 0.15 0.08
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.17 0.02 0.18 0.04 0.14 0.08 0.12 0.06 0.05 0.00 0.20 0.01 0.12 0.16 0.17 0.07
O4 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.20 0.00 0.05 0.26 0.31 0.45 0.28
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.11 0.23 0.11
O5' 0.07 0.16 0.06 0.07 0.24 0.01 0.26 0.01 0.22 0.15 0.20 0.13 0.06 0.12 0.26 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.17 0.08 0.10 0.27 0.14 0.28 0.17 0.21 0.15 0.22 0.14 0.15 0.16 0.31 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.38 0.19 0.10 0.44 0.09 0.44 0.03 0.39 0.36 0.41 0.37 0.15 0.17 0.45 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.22 0.11 0.06 0.26 0.05 0.27 0.02 0.24 0.20 0.24 0.21 0.08 0.07 0.28 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.18 0.29 0.10 0.17 0.13 0.38 0.15 0.12 0.11 0.20 0.13 0.15 0.10 0.26 0.34 0.08 0.37 0.22 1.44 0.87 0.73
C2 0.14 0.18 0.21 0.29 0.15 0.22 0.16 0.43 0.17 0.17 0.15 0.23 0.16 0.19 0.15 0.26 0.33 0.13 0.41 0.22 1.49 0.97 0.77
C2' 0.10 0.08 0.19 0.29 0.07 0.14 0.11 0.30 0.14 0.09 0.09 0.15 0.09 0.13 0.07 0.24 0.35 0.07 0.31 0.22 1.37 0.80 0.66
C3' 0.11 0.09 0.20 0.30 0.09 0.15 0.14 0.31 0.16 0.12 0.10 0.14 0.09 0.16 0.09 0.24 0.36 0.09 0.31 0.23 1.38 0.83 0.66
C4 0.20 0.21 0.23 0.30 0.20 0.28 0.22 0.50 0.21 0.25 0.20 0.24 0.19 0.26 0.21 0.25 0.31 0.22 0.52 0.24 1.52 1.18 0.86
C4' 0.11 0.10 0.16 0.27 0.08 0.13 0.12 0.33 0.14 0.10 0.09 0.18 0.11 0.15 0.07 0.24 0.33 0.07 0.34 0.23 1.41 0.86 0.70
C5 0.18 0.19 0.22 0.29 0.18 0.26 0.21 0.48 0.20 0.23 0.18 0.23 0.18 0.25 0.19 0.25 0.32 0.19 0.49 0.24 1.52 1.15 0.84
C5' 0.09 0.09 0.17 0.28 0.09 0.15 0.15 0.36 0.18 0.15 0.10 0.17 0.09 0.20 0.09 0.24 0.34 0.06 0.39 0.27 1.47 0.95 0.77
C6 0.15 0.17 0.21 0.29 0.15 0.23 0.18 0.44 0.18 0.20 0.15 0.22 0.16 0.22 0.16 0.25 0.33 0.15 0.44 0.24 1.50 1.05 0.80
N1 0.13 0.16 0.21 0.29 0.14 0.21 0.16 0.42 0.17 0.17 0.14 0.22 0.15 0.19 0.14 0.26 0.34 0.12 0.40 0.23 1.48 0.97 0.77
N3 0.18 0.20 0.22 0.29 0.18 0.26 0.20 0.47 0.19 0.22 0.19 0.24 0.19 0.23 0.19 0.25 0.31 0.19 0.48 0.23 1.52 1.09 0.83
O2 0.13 0.17 0.21 0.30 0.12 0.21 0.14 0.42 0.15 0.13 0.12 0.24 0.15 0.16 0.12 0.28 0.35 0.11 0.37 0.21 1.46 0.86 0.73
O2' 0.12 0.12 0.16 0.27 0.11 0.13 0.14 0.26 0.18 0.12 0.15 0.15 0.13 0.15 0.10 0.26 0.35 0.12 0.31 0.24 1.33 0.72 0.64
O3' 0.13 0.09 0.21 0.29 0.09 0.14 0.12 0.25 0.15 0.11 0.10 0.13 0.10 0.15 0.09 0.26 0.37 0.13 0.26 0.22 1.31 0.76 0.60
O4 0.24 0.22 0.26 0.31 0.23 0.32 0.24 0.54 0.23 0.29 0.22 0.25 0.21 0.29 0.25 0.26 0.32 0.27 0.56 0.24 1.52 1.26 0.89
O4' 0.12 0.14 0.18 0.28 0.11 0.17 0.13 0.39 0.15 0.13 0.11 0.21 0.13 0.16 0.10 0.26 0.34 0.08 0.39 0.22 1.46 0.90 0.76
O5' 0.16 0.13 0.26 0.37 0.18 0.25 0.25 0.43 0.27 0.26 0.18 0.16 0.13 0.31 0.19 0.28 0.42 0.15 0.46 0.35 1.56 1.06 0.85
OP1 0.17 0.14 0.26 0.36 0.20 0.25 0.29 0.42 0.29 0.31 0.20 0.16 0.14 0.36 0.22 0.27 0.40 0.17 0.55 0.38 1.60 1.20 0.93
OP2 0.34 0.30 0.36 0.41 0.36 0.39 0.42 0.51 0.42 0.46 0.34 0.30 0.31 0.49 0.38 0.37 0.42 0.37 0.81 0.49 1.73 1.55 1.16
P 0.19 0.18 0.23 0.32 0.22 0.25 0.28 0.44 0.29 0.31 0.21 0.20 0.17 0.35 0.23 0.25 0.35 0.21 0.63 0.37 1.62 1.29 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.02 0.84 0.32 0.36
C2 0.03 0.00 0.19 0.29 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.33 0.04 0.33 0.01 1.26 0.65 0.60
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.03 0.08 0.10 0.14 0.24 0.20 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.26 0.06 0.72 0.16 0.27
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.15 0.00 0.12 0.05 0.15 0.20 0.23 0.36 0.27 0.16 0.09 0.01 0.00 0.02 0.37 0.13 0.70 0.27 0.29
C4 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.34 0.01 1.22 0.66 0.57
C4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.16 0.13 0.18 0.13 0.15 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.12 0.41 0.29 0.11
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.43 0.01 1.33 0.88 0.66
C5' 0.04 0.28 0.03 0.05 0.23 0.01 0.29 0.00 0.31 0.30 0.30 0.30 0.24 0.33 0.18 0.05 0.04 0.01 0.01 0.34 0.37 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.12 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.03 0.45 0.00 1.38 0.96 0.70
C8 0.01 0.02 0.10 0.20 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.21 0.04 0.43 0.02 1.20 0.79 0.57
N1 0.03 0.00 0.14 0.23 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.25 0.03 0.40 0.01 1.35 0.83 0.67
N2 0.04 0.01 0.24 0.36 0.01 0.18 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.44 0.05 0.30 0.01 1.22 0.58 0.58
N3 0.04 0.00 0.20 0.27 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.30 0.04 0.29 0.01 1.17 0.54 0.54
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.15 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.04 0.48 0.01 1.32 0.99 0.67
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.30 0.02 1.11 0.56 0.50
O2' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.11 0.06 0.10 0.05 0.13 0.06 0.17 0.24 0.18 0.06 0.04 0.00 0.05 0.07 0.10 0.13 0.52 0.24 0.14
O3' 0.02 0.33 0.03 0.00 0.14 0.02 0.11 0.04 0.15 0.21 0.25 0.44 0.30 0.18 0.07 0.05 0.00 0.01 0.32 0.14 0.76 0.51 0.31
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.04 0.72 0.36 0.35
O5' 0.14 0.33 0.26 0.37 0.34 0.01 0.43 0.01 0.45 0.43 0.40 0.30 0.29 0.48 0.30 0.10 0.32 0.08 0.00 0.49 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.14 0.04 0.49 0.00 1.41 1.10 0.75
OP1 0.84 1.26 0.72 0.70 1.22 0.41 1.33 0.37 1.38 1.20 1.35 1.22 1.17 1.32 1.11 0.52 0.76 0.72 0.01 1.41 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.65 0.16 0.27 0.66 0.29 0.88 0.36 0.96 0.79 0.83 0.58 0.54 0.99 0.56 0.24 0.51 0.36 0.03 1.10 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.60 0.27 0.29 0.57 0.11 0.66 0.01 0.70 0.57 0.67 0.58 0.54 0.67 0.50 0.14 0.31 0.35 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00