ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.021, 0.044, 0.066, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.044 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.068, 0.162, 0.256, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.162 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.036, 0.148, 0.260, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.148 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.108, 0.225, 0.341, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.225 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.058, 0.228, 0.397, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.228 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.046, 0.227, 0.407, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.123, 0.333, 0.544, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.333 std_dev=0.211
N2 B 0, 0.215, 0.432, 0.649, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.432 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.177, 0.395, 0.612, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.395 std_dev=0.218
O3' A 0, 0.094, 0.323, 0.553, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.323 std_dev=0.229
C6 B 0, 0.230, 0.485, 0.740, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.485 std_dev=0.255
O5' A 0, 0.195, 0.459, 0.723, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.459 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.268, 0.549, 0.829, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.549 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.148, 0.435, 0.722, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.435 std_dev=0.287
C5 B 0, 0.198, 0.491, 0.784, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.491 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.210, 0.509, 0.808, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.509 std_dev=0.299
O6 B 0, 0.320, 0.659, 0.998, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.659 std_dev=0.339
N7 B 0, 0.261, 0.610, 0.959, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.610 std_dev=0.349
N9 B 0, 0.267, 0.628, 0.989, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.628 std_dev=0.361
C8 B 0, 0.217, 0.607, 0.998, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.607 std_dev=0.391
P A 0, 0.164, 0.575, 0.986, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.575 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.402, 0.826, 1.250, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.826 std_dev=0.424
OP2 A 0, 0.152, 0.625, 1.098, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.625 std_dev=0.473
OP1 A 0, 0.197, 0.677, 1.156, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.677 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.428, 0.924, 1.419, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.924 std_dev=0.496
C2' B 0, 0.526, 1.060, 1.595, 1.439 max_d=1.439 avg_d=1.060 std_dev=0.534
O5' B 0, 0.523, 1.111, 1.698, 1.643 max_d=1.643 avg_d=1.111 std_dev=0.588
C3' B 0, 0.569, 1.180, 1.791, 1.650 max_d=1.650 avg_d=1.180 std_dev=0.611
C4' B 0, 0.541, 1.153, 1.764, 1.699 max_d=1.699 avg_d=1.153 std_dev=0.612
O2' B 0, 0.575, 1.202, 1.830, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.202 std_dev=0.628
C5' B 0, 0.569, 1.241, 1.912, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.241 std_dev=0.671
P B 0, 0.602, 1.296, 1.990, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.296 std_dev=0.694
OP2 B 0, 0.626, 1.322, 2.018, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.322 std_dev=0.696
O3' B 0, 0.683, 1.497, 2.311, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.497 std_dev=0.814
OP1 B 0, 0.813, 1.722, 2.630, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.722 std_dev=0.909

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.11 0.12 0.21 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.12 0.06 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.07 0.06
C4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.12 0.17 0.26 0.20
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.11 0.16 0.24 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.10 0.12 0.19 0.16
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.10 0.10 0.17 0.14
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.12 0.15 0.25 0.19
O2 0.02 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.11 0.11 0.20 0.15
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.08 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.13 0.05 0.03
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.13 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.21 0.11 0.10
O4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.20 0.28 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.07
O5' 0.05 0.11 0.03 0.02 0.12 0.00 0.11 0.01 0.10 0.10 0.12 0.11 0.03 0.04 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.12 0.15 0.17 0.07 0.16 0.05 0.12 0.10 0.15 0.11 0.13 0.21 0.20 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.21 0.06 0.07 0.26 0.01 0.24 0.01 0.19 0.17 0.25 0.20 0.05 0.11 0.28 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.04 0.06 0.20 0.01 0.19 0.01 0.16 0.14 0.19 0.15 0.03 0.10 0.21 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.17 0.21 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.26 0.07 0.19 0.15 0.20 0.29 0.19
C2 0.07 0.06 0.15 0.20 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.24 0.06 0.18 0.14 0.20 0.28 0.18
C2' 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.13 0.10 0.07 0.08 0.11 0.11 0.15 0.09 0.15 0.10 0.22 0.10
C3' 0.16 0.13 0.07 0.07 0.11 0.16 0.07 0.14 0.06 0.09 0.07 0.17 0.15 0.06 0.12 0.14 0.09 0.22 0.06 0.11 0.06 0.18 0.06
C4 0.06 0.07 0.12 0.17 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.06 0.09 0.22 0.08 0.17 0.13 0.21 0.28 0.18
C4' 0.07 0.06 0.13 0.17 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.23 0.11 0.12 0.12 0.14 0.24 0.12
C5 0.07 0.07 0.12 0.18 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.23 0.09 0.17 0.13 0.21 0.29 0.19
C5' 0.08 0.07 0.10 0.15 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.09 0.08 0.06 0.07 0.04 0.23 0.15 0.08 0.08 0.11 0.21 0.08
C6 0.06 0.05 0.14 0.19 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.25 0.07 0.18 0.14 0.21 0.29 0.19
N1 0.07 0.05 0.16 0.20 0.07 0.09 0.09 0.09 0.11 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.25 0.06 0.18 0.15 0.21 0.29 0.19
N3 0.06 0.04 0.13 0.18 0.05 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.22 0.05 0.17 0.14 0.20 0.28 0.18
O2 0.11 0.09 0.17 0.21 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.24 0.09 0.19 0.15 0.20 0.28 0.19
O2' 0.09 0.08 0.11 0.13 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.15 0.10 0.14 0.18 0.14 0.26 0.15
O3' 0.22 0.16 0.12 0.09 0.15 0.23 0.08 0.22 0.06 0.12 0.08 0.21 0.20 0.07 0.17 0.21 0.07 0.29 0.08 0.10 0.09 0.14 0.08
O4 0.08 0.10 0.12 0.16 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.13 0.09 0.09 0.08 0.10 0.21 0.09 0.17 0.13 0.21 0.29 0.19
O4' 0.09 0.07 0.21 0.26 0.08 0.13 0.09 0.13 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.15 0.34 0.06 0.21 0.15 0.24 0.31 0.21
O5' 0.16 0.15 0.05 0.09 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.17 0.16 0.12 0.14 0.07 0.16 0.23 0.05 0.09 0.08 0.17 0.08
OP1 0.23 0.21 0.09 0.09 0.22 0.21 0.21 0.23 0.20 0.23 0.19 0.21 0.22 0.23 0.23 0.12 0.13 0.31 0.13 0.19 0.14 0.19 0.17
OP2 0.34 0.33 0.20 0.16 0.33 0.30 0.32 0.32 0.30 0.34 0.31 0.33 0.34 0.32 0.34 0.25 0.13 0.41 0.22 0.28 0.21 0.23 0.25
P 0.24 0.24 0.10 0.09 0.24 0.20 0.23 0.21 0.22 0.24 0.22 0.25 0.25 0.23 0.24 0.14 0.13 0.32 0.12 0.20 0.13 0.18 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.02 0.13 0.01 0.14 0.22 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.14 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.14 0.17 0.13 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.19 0.12
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.15 0.23 0.15
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.17 0.25 0.16
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.11 0.01 0.12 0.18 0.13
N1 0.03 0.01 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.01 0.14 0.01 0.16 0.24 0.15
N2 0.03 0.00 0.14 0.17 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.22 0.03 0.13 0.02 0.14 0.22 0.13
N3 0.02 0.00 0.11 0.13 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.02 0.12 0.01 0.12 0.19 0.11
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.13 0.01 0.16 0.23 0.16
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.09 0.15 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01
O3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.16 0.22 0.16 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07
O5' 0.06 0.13 0.03 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.11 0.14 0.13 0.12 0.13 0.10 0.01 0.09 0.08 0.00 0.15 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.15 0.00 0.20 0.27 0.17
OP1 0.06 0.14 0.04 0.04 0.12 0.06 0.15 0.07 0.17 0.12 0.16 0.14 0.12 0.16 0.09 0.05 0.08 0.09 0.02 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.22 0.06 0.05 0.19 0.03 0.23 0.01 0.25 0.18 0.24 0.22 0.19 0.23 0.15 0.04 0.08 0.08 0.02 0.27 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.03 0.05 0.12 0.01 0.15 0.01 0.16 0.13 0.15 0.13 0.11 0.16 0.10 0.01 0.09 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00