Doublet Group distance statistics: 55539

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2	A	0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O4	A	0, 0.007, 0.051, 0.095, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.051 std_dev=0.044
C5	B	0, 0.128, 0.261, 0.395, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.261 std_dev=0.133
C2'	A	0, 0.090, 0.235, 0.379, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.235 std_dev=0.145
O2'	A	0, 0.143, 0.289, 0.434, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.289 std_dev=0.146
O4'	A	0, 0.098, 0.244, 0.391, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.244 std_dev=0.146
N1	B	0, 0.162, 0.341, 0.520, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.341 std_dev=0.179
C6	B	0, 0.140, 0.321, 0.503, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.321 std_dev=0.182
C4	B	0, 0.067, 0.275, 0.482, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.275 std_dev=0.207
N7	B	0, 0.186, 0.397, 0.608, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.397 std_dev=0.211
C2	B	0, 0.095, 0.318, 0.542, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.318 std_dev=0.224
C3'	A	0, 0.153, 0.398, 0.644, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.398 std_dev=0.245
N3	B	0, 0.085, 0.331, 0.578, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.331 std_dev=0.246
C4'	A	0, 0.124, 0.379, 0.634, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.379 std_dev=0.255
O6	B	0, 0.246, 0.532, 0.817, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.532 std_dev=0.285
C8	B	0, 0.126, 0.447, 0.768, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.447 std_dev=0.321
N9	B	0, 0.082, 0.412, 0.742, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.412 std_dev=0.330
O3'	A	0, 0.247, 0.584, 0.921, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.584 std_dev=0.337
N2	B	0, 0.105, 0.446, 0.787, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.446 std_dev=0.341
OP2	A	0, 0.382, 0.790, 1.199, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.790 std_dev=0.408
C5'	A	0, 0.220, 0.641, 1.062, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.641 std_dev=0.421
P	A	0, 0.081, 0.537, 0.993, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.537 std_dev=0.456
C1'	B	0, 0.129, 0.600, 1.072, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.600 std_dev=0.472
O5'	A	0, 0.163, 0.715, 1.268, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.715 std_dev=0.552
OP1	A	0, 0.001, 0.617, 1.233, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.617 std_dev=0.616
O4'	B	0, 0.190, 0.858, 1.527, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.858 std_dev=0.669
C2'	B	0, 0.152, 0.827, 1.503, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.827 std_dev=0.676
O2'	B	0, 0.284, 1.051, 1.818, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.051 std_dev=0.767
O5'	B	0, 0.137, 0.937, 1.736, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.937 std_dev=0.800
C3'	B	0, 0.165, 1.061, 1.957, 2.245 max_d=2.245 avg_d=1.061 std_dev=0.896
C4'	B	0, 0.224, 1.160, 2.096, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.160 std_dev=0.936
P	B	0, 0.454, 1.506, 2.559, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.506 std_dev=1.053
O3'	B	0, 0.270, 1.374, 2.478, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.374 std_dev=1.104
OP2	B	0, 0.709, 1.836, 2.964, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.836 std_dev=1.128
C5'	B	0, 0.377, 1.532, 2.688, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.532 std_dev=1.155
OP1	B	0, 0.796, 2.131, 3.466, 3.716 max_d=3.716 avg_d=2.131 std_dev=1.335

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.06	0.06	0.18	0.10
C2	0.01	0.00	0.08	0.07	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.10	0.08	0.01	0.05	0.08	0.10	0.25	0.14
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.06	0.12	0.00	0.01	0.04	0.01	0.06	0.07	0.11	0.03
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.09	0.01	0.09	0.01	0.08	0.05	0.09	0.09	0.03	0.01	0.10	0.01	0.11	0.10	0.12	0.07
C4	0.01	0.01	0.02	0.09	0.00	0.06	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.10	0.00	0.02	0.17	0.23	0.36	0.23
C4'	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.07	0.02	0.03	0.04	0.06	0.02	0.06	0.00	0.01	0.05	0.11	0.03
C5	0.01	0.02	0.03	0.09	0.01	0.08	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.11	0.01	0.05	0.19	0.25	0.36	0.25
C5'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.01	0.12	0.00	0.10	0.03	0.05	0.04	0.06	0.04	0.10	0.01	0.01	0.05	0.10	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.07	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.10	0.01	0.06	0.16	0.19	0.29	0.21
N1	0.00	0.00	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.01	0.01	0.09	0.11	0.23	0.14
N3	0.01	0.00	0.06	0.09	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.10	0.01	0.03	0.12	0.16	0.31	0.18
O2	0.03	0.00	0.12	0.09	0.01	0.04	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.11	0.01	0.08	0.06	0.07	0.22	0.10
O2'	0.02	0.10	0.00	0.03	0.05	0.06	0.03	0.06	0.03	0.04	0.09	0.16	0.00	0.05	0.06	0.04	0.02	0.08	0.11	0.03
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.10	0.02	0.11	0.04	0.10	0.05	0.10	0.11	0.05	0.00	0.12	0.02	0.13	0.16	0.18	0.13
O4	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.12	0.00	0.02	0.18	0.27	0.39	0.25
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.03	0.08	0.04	0.02	0.02	0.00	0.10	0.09	0.20	0.13
O5'	0.06	0.08	0.06	0.11	0.17	0.01	0.19	0.01	0.16	0.09	0.12	0.06	0.02	0.13	0.18	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.06	0.10	0.07	0.10	0.23	0.05	0.25	0.05	0.19	0.11	0.16	0.07	0.08	0.16	0.27	0.09	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.25	0.11	0.12	0.36	0.11	0.36	0.10	0.29	0.23	0.31	0.22	0.11	0.18	0.39	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.14	0.03	0.07	0.23	0.03	0.25	0.02	0.21	0.14	0.18	0.10	0.03	0.13	0.25	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.21	0.31	0.32	0.14	0.22	0.11	0.24	0.11	0.12	0.12	0.31	0.20	0.13	0.14	0.34	0.39	0.13	0.21	0.17	0.22	0.28	0.20
C2	0.13	0.20	0.23	0.25	0.13	0.18	0.12	0.26	0.12	0.14	0.14	0.28	0.18	0.16	0.12	0.24	0.29	0.12	0.22	0.19	0.25	0.31	0.23
C2'	0.18	0.18	0.24	0.24	0.18	0.19	0.19	0.19	0.18	0.21	0.15	0.24	0.20	0.22	0.19	0.26	0.30	0.19	0.31	0.22	0.32	0.39	0.31
C3'	0.22	0.18	0.23	0.24	0.21	0.22	0.22	0.23	0.20	0.26	0.14	0.24	0.21	0.27	0.23	0.26	0.29	0.25	0.36	0.25	0.38	0.47	0.39
C4	0.08	0.19	0.12	0.13	0.09	0.13	0.09	0.26	0.09	0.15	0.18	0.26	0.14	0.16	0.09	0.14	0.15	0.12	0.33	0.10	0.39	0.45	0.36
C4'	0.16	0.18	0.31	0.32	0.13	0.20	0.13	0.21	0.12	0.15	0.11	0.27	0.18	0.17	0.14	0.35	0.42	0.13	0.24	0.19	0.26	0.33	0.24
C5	0.09	0.20	0.14	0.15	0.09	0.12	0.08	0.24	0.09	0.14	0.18	0.29	0.15	0.15	0.09	0.17	0.18	0.11	0.32	0.11	0.38	0.45	0.36
C5'	0.15	0.17	0.30	0.31	0.14	0.19	0.15	0.23	0.14	0.18	0.11	0.27	0.18	0.20	0.14	0.34	0.42	0.14	0.26	0.20	0.28	0.36	0.28
C6	0.10	0.20	0.19	0.20	0.11	0.13	0.09	0.22	0.09	0.13	0.16	0.30	0.17	0.14	0.10	0.22	0.25	0.09	0.28	0.13	0.32	0.40	0.30
N1	0.13	0.20	0.24	0.25	0.12	0.17	0.11	0.23	0.10	0.13	0.14	0.30	0.18	0.14	0.11	0.26	0.30	0.10	0.23	0.16	0.26	0.33	0.24
N3	0.10	0.19	0.16	0.18	0.11	0.15	0.11	0.26	0.10	0.14	0.16	0.26	0.15	0.16	0.11	0.17	0.21	0.11	0.28	0.15	0.32	0.37	0.29
O2	0.17	0.20	0.28	0.31	0.15	0.23	0.14	0.30	0.15	0.15	0.11	0.27	0.20	0.16	0.15	0.29	0.35	0.16	0.19	0.25	0.21	0.24	0.17
O2'	0.26	0.26	0.37	0.37	0.24	0.29	0.21	0.24	0.21	0.23	0.21	0.31	0.27	0.22	0.24	0.39	0.43	0.23	0.29	0.23	0.30	0.31	0.26
O3'	0.31	0.24	0.30	0.30	0.28	0.30	0.26	0.29	0.23	0.32	0.19	0.29	0.29	0.31	0.30	0.34	0.35	0.34	0.42	0.26	0.43	0.51	0.44
O4	0.08	0.18	0.06	0.10	0.08	0.15	0.08	0.29	0.09	0.17	0.19	0.24	0.11	0.16	0.10	0.08	0.09	0.15	0.38	0.10	0.45	0.50	0.42
O4'	0.20	0.24	0.37	0.39	0.16	0.27	0.12	0.30	0.11	0.13	0.15	0.33	0.23	0.13	0.16	0.40	0.48	0.16	0.19	0.15	0.21	0.26	0.18
O5'	0.19	0.17	0.23	0.24	0.19	0.21	0.22	0.26	0.19	0.28	0.13	0.24	0.19	0.29	0.22	0.26	0.31	0.23	0.36	0.24	0.38	0.46	0.39
OP1	0.23	0.19	0.25	0.26	0.22	0.24	0.26	0.30	0.22	0.33	0.15	0.27	0.21	0.35	0.26	0.29	0.33	0.29	0.42	0.28	0.46	0.58	0.48
OP2	0.31	0.18	0.19	0.25	0.31	0.35	0.37	0.46	0.32	0.46	0.21	0.19	0.23	0.48	0.36	0.15	0.20	0.41	0.59	0.39	0.67	0.79	0.69
P	0.21	0.15	0.18	0.21	0.21	0.22	0.26	0.31	0.23	0.33	0.14	0.22	0.17	0.35	0.25	0.20	0.25	0.27	0.43	0.29	0.48	0.59	0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.02	0.10	0.11	0.05
C2	0.03	0.00	0.06	0.07	0.01	0.02	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.09	0.03	0.24	0.02	0.22	0.21	0.19
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.06	0.04	0.08	0.07	0.06	0.02	0.00	0.01	0.00	0.21	0.07	0.25	0.13	0.18
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.03	0.06	0.07	0.05	0.09	0.08	0.07	0.02	0.01	0.01	0.01	0.32	0.08	0.35	0.13	0.26
C4	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.04	0.01	0.24	0.01	0.21	0.19	0.19
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.05	0.02	0.04	0.03	0.06	0.02	0.05	0.02	0.00	0.01	0.05	0.11	0.23	0.01
C5	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.04	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.07	0.02	0.29	0.01	0.27	0.26	0.24
C5'	0.03	0.09	0.02	0.03	0.10	0.00	0.14	0.00	0.14	0.14	0.12	0.07	0.08	0.16	0.09	0.05	0.04	0.01	0.00	0.15	0.18	0.37	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.06	0.01	0.04	0.01	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.06	0.09	0.01	0.31	0.00	0.30	0.29	0.26
C8	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.01	0.14	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.08	0.04	0.28	0.02	0.23	0.20	0.21
N1	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.02	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.08	0.01	0.28	0.01	0.27	0.26	0.24
N2	0.04	0.01	0.08	0.09	0.01	0.04	0.01	0.07	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.09	0.12	0.04	0.22	0.03	0.21	0.20	0.18
N3	0.03	0.01	0.07	0.08	0.00	0.03	0.01	0.08	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.09	0.03	0.21	0.02	0.19	0.17	0.16
N7	0.01	0.01	0.06	0.07	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.09	0.03	0.32	0.02	0.29	0.28	0.27
N9	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.21	0.01	0.18	0.14	0.15
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.04	0.05	0.05	0.05	0.06	0.04	0.06	0.09	0.07	0.05	0.02	0.00	0.03	0.02	0.08	0.07	0.15	0.12	0.08
O3'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.04	0.02	0.07	0.04	0.09	0.08	0.08	0.12	0.09	0.09	0.03	0.03	0.00	0.01	0.30	0.12	0.40	0.16	0.28
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.04	0.01	0.04	0.03	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.12	0.02	0.11	0.23	0.10
O5'	0.08	0.24	0.21	0.32	0.24	0.01	0.29	0.00	0.31	0.28	0.28	0.22	0.21	0.32	0.21	0.08	0.30	0.12	0.00	0.34	0.02	0.01	0.00
O6	0.02	0.02	0.07	0.08	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.07	0.12	0.02	0.34	0.00	0.34	0.34	0.30
OP1	0.10	0.22	0.25	0.35	0.21	0.11	0.27	0.18	0.30	0.23	0.27	0.21	0.19	0.29	0.18	0.15	0.40	0.11	0.02	0.34	0.00	0.01	0.00
OP2	0.11	0.21	0.13	0.13	0.19	0.23	0.26	0.37	0.29	0.20	0.26	0.20	0.17	0.28	0.14	0.12	0.16	0.23	0.01	0.34	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.19	0.18	0.26	0.19	0.01	0.24	0.01	0.26	0.21	0.24	0.18	0.16	0.27	0.15	0.08	0.28	0.10	0.00	0.30	0.00	0.01	0.00