Doublet Group distance statistics: 55542

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6	A	0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.017
C5	A	0, -0.004, 0.015, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.019
N1	A	0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.022
C2	A	0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.026
O4	A	0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.039 std_dev=0.034
O2	A	0, -0.008, 0.068, 0.144, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.068 std_dev=0.076
C5	B	0, 0.082, 0.207, 0.333, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.207 std_dev=0.126
N7	B	0, 0.088, 0.233, 0.377, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.233 std_dev=0.144
C6	B	0, 0.091, 0.257, 0.422, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.257 std_dev=0.166
C8	B	0, 0.129, 0.314, 0.499, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.314 std_dev=0.185
O6	B	0, 0.106, 0.292, 0.479, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.292 std_dev=0.187
C4	B	0, 0.091, 0.280, 0.469, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.280 std_dev=0.189
O2'	A	0, -0.033, 0.177, 0.386, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.177 std_dev=0.210
N9	B	0, 0.114, 0.329, 0.544, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.329 std_dev=0.215
C2'	A	0, -0.047, 0.168, 0.383, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.168 std_dev=0.215
O4'	A	0, -0.066, 0.172, 0.410, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.172 std_dev=0.238
P	A	0, 0.051, 0.289, 0.527, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.289 std_dev=0.238
N1	B	0, 0.051, 0.341, 0.630, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.341 std_dev=0.289
O5'	A	0, -0.033, 0.269, 0.570, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.269 std_dev=0.301
N3	B	0, 0.056, 0.364, 0.673, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.364 std_dev=0.309
C1'	B	0, 0.113, 0.445, 0.777, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.445 std_dev=0.332
C2	B	0, 0.034, 0.380, 0.726, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.380 std_dev=0.346
C3'	A	0, -0.047, 0.310, 0.667, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.310 std_dev=0.357
C4'	A	0, -0.073, 0.285, 0.643, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.285 std_dev=0.358
O4'	B	0, 0.117, 0.494, 0.870, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.494 std_dev=0.376
C2'	B	0, 0.140, 0.527, 0.914, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.527 std_dev=0.387
C3'	B	0, 0.161, 0.579, 0.996, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.579 std_dev=0.417
O3'	A	0, -0.015, 0.428, 0.870, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.428 std_dev=0.442
O2'	B	0, 0.134, 0.590, 1.047, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.590 std_dev=0.456
N2	B	0, 0.016, 0.489, 0.963, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.489 std_dev=0.473
O3'	B	0, 0.185, 0.679, 1.174, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.679 std_dev=0.494
C4'	B	0, 0.153, 0.654, 1.155, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.654 std_dev=0.501
OP2	A	0, 0.025, 0.595, 1.165, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.595 std_dev=0.570
C5'	B	0, 0.163, 0.775, 1.387, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.775 std_dev=0.612
C5'	A	0, -0.182, 0.477, 1.137, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.477 std_dev=0.660
OP1	A	0, -0.287, 0.741, 1.769, 2.514 max_d=2.514 avg_d=0.741 std_dev=1.028
O5'	B	0, 0.099, 1.128, 2.158, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.128 std_dev=1.029
OP2	B	0, 0.213, 1.372, 2.531, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.372 std_dev=1.159
P	B	0, 0.170, 1.370, 2.570, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.370 std_dev=1.200
OP1	B	0, 0.208, 1.578, 2.948, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.578 std_dev=1.370

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.06	0.01	0.00	0.03	0.01	0.11	0.38	0.22	0.09
C2	0.03	0.00	0.10	0.18	0.04	0.09	0.04	0.14	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.18	0.06	0.01	0.22	0.63	0.05	0.07
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.02	0.08	0.01	0.08	0.19	0.00	0.01	0.01	0.00	0.22	0.20	0.09	0.08
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.10	0.00	0.07	0.02	0.08	0.07	0.17	0.25	0.01	0.00	0.10	0.01	0.29	0.08	0.21	0.16
C4	0.01	0.04	0.02	0.10	0.00	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.02	0.08	0.03	0.12	0.02	0.04	0.32	0.77	0.14	0.06
C4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.06	0.00	0.02	0.01	0.01	0.04	0.09	0.13	0.03	0.02	0.06	0.01	0.01	0.14	0.15	0.05
C5	0.01	0.04	0.06	0.07	0.01	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.02	0.06	0.05	0.08	0.02	0.04	0.34	0.72	0.11	0.05
C5'	0.02	0.14	0.02	0.02	0.14	0.01	0.08	0.00	0.05	0.08	0.16	0.15	0.03	0.04	0.15	0.02	0.00	0.07	0.06	0.01
C6	0.02	0.02	0.08	0.08	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.09	0.02	0.04	0.30	0.61	0.04	0.04
N1	0.00	0.00	0.01	0.07	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.03	0.01	0.21	0.56	0.10	0.07
N3	0.02	0.02	0.08	0.17	0.02	0.09	0.02	0.16	0.01	0.00	0.00	0.06	0.02	0.18	0.04	0.01	0.27	0.73	0.08	0.07
O2	0.06	0.02	0.19	0.25	0.08	0.13	0.06	0.15	0.03	0.01	0.06	0.00	0.09	0.26	0.10	0.04	0.17	0.58	0.07	0.08
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.03	0.05	0.03	0.05	0.02	0.02	0.09	0.00	0.03	0.04	0.03	0.04	0.15	0.14	0.04
O3'	0.00	0.18	0.01	0.00	0.12	0.02	0.08	0.04	0.09	0.06	0.18	0.26	0.03	0.00	0.12	0.01	0.22	0.12	0.26	0.18
O4	0.03	0.06	0.01	0.10	0.02	0.06	0.02	0.15	0.02	0.03	0.04	0.10	0.04	0.12	0.00	0.05	0.35	0.81	0.22	0.08
O4'	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.05	0.00	0.07	0.35	0.37	0.17
O5'	0.11	0.22	0.22	0.29	0.32	0.01	0.34	0.00	0.30	0.21	0.27	0.17	0.04	0.22	0.35	0.07	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.38	0.63	0.20	0.08	0.77	0.14	0.72	0.07	0.61	0.56	0.73	0.58	0.15	0.12	0.81	0.35	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.22	0.05	0.09	0.21	0.14	0.15	0.11	0.06	0.04	0.10	0.08	0.07	0.14	0.26	0.22	0.37	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.07	0.08	0.16	0.06	0.05	0.05	0.01	0.04	0.07	0.07	0.08	0.04	0.18	0.08	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.29	0.25	0.22	0.15	0.18	0.07	0.20	0.07	0.04	0.19	0.41	0.26	0.05	0.12	0.28	0.25	0.14	0.55	0.12	0.59	0.60	0.52
C2	0.17	0.30	0.23	0.20	0.16	0.15	0.09	0.18	0.10	0.06	0.23	0.39	0.26	0.06	0.13	0.25	0.22	0.13	0.55	0.12	0.54	0.55	0.49
C2'	0.37	0.42	0.45	0.42	0.31	0.37	0.19	0.37	0.15	0.20	0.29	0.55	0.42	0.13	0.30	0.49	0.45	0.33	0.35	0.02	0.44	0.53	0.39
C3'	0.44	0.50	0.50	0.45	0.40	0.43	0.28	0.42	0.25	0.28	0.38	0.62	0.50	0.22	0.38	0.55	0.47	0.40	0.36	0.12	0.48	0.58	0.44
C4	0.11	0.26	0.17	0.14	0.14	0.10	0.09	0.20	0.14	0.03	0.24	0.33	0.21	0.03	0.09	0.18	0.15	0.06	0.64	0.08	0.62	0.64	0.60
C4'	0.27	0.37	0.31	0.26	0.24	0.24	0.13	0.24	0.13	0.10	0.27	0.50	0.35	0.05	0.21	0.36	0.27	0.23	0.50	0.05	0.57	0.59	0.49
C5	0.12	0.29	0.19	0.16	0.15	0.11	0.09	0.21	0.13	0.03	0.25	0.36	0.24	0.03	0.10	0.21	0.17	0.07	0.66	0.08	0.66	0.67	0.62
C5'	0.32	0.44	0.34	0.27	0.30	0.27	0.21	0.26	0.22	0.17	0.35	0.56	0.41	0.12	0.27	0.39	0.27	0.28	0.48	0.12	0.57	0.60	0.49
C6	0.15	0.30	0.22	0.18	0.16	0.13	0.09	0.20	0.12	0.04	0.25	0.40	0.25	0.04	0.11	0.24	0.20	0.10	0.63	0.08	0.64	0.66	0.59
N1	0.17	0.30	0.24	0.20	0.16	0.16	0.09	0.19	0.10	0.05	0.24	0.41	0.26	0.05	0.12	0.26	0.23	0.13	0.58	0.10	0.59	0.60	0.53
N3	0.13	0.27	0.19	0.16	0.15	0.12	0.09	0.18	0.12	0.04	0.24	0.34	0.23	0.04	0.11	0.21	0.17	0.09	0.59	0.06	0.56	0.57	0.52
O2	0.20	0.31	0.26	0.23	0.18	0.19	0.13	0.16	0.14	0.11	0.22	0.41	0.27	0.11	0.16	0.29	0.25	0.17	0.47	0.20	0.45	0.44	0.39
O2'	0.29	0.31	0.39	0.37	0.22	0.32	0.10	0.29	0.07	0.12	0.17	0.43	0.32	0.06	0.21	0.43	0.41	0.26	0.34	0.12	0.40	0.46	0.33
O3'	0.51	0.52	0.57	0.52	0.44	0.50	0.32	0.48	0.27	0.34	0.38	0.63	0.54	0.27	0.44	0.63	0.54	0.48	0.31	0.15	0.45	0.58	0.42
O4	0.08	0.23	0.13	0.10	0.12	0.07	0.09	0.22	0.15	0.02	0.23	0.28	0.18	0.02	0.07	0.14	0.11	0.03	0.67	0.13	0.63	0.65	0.62
O4'	0.14	0.28	0.19	0.14	0.13	0.11	0.08	0.14	0.10	0.07	0.20	0.41	0.24	0.10	0.09	0.23	0.16	0.10	0.64	0.14	0.68	0.66	0.60
O5'	0.14	0.21	0.16	0.09	0.16	0.09	0.23	0.13	0.22	0.25	0.19	0.32	0.18	0.30	0.17	0.20	0.12	0.16	0.82	0.32	0.82	0.81	0.77
OP1	0.83	0.90	0.83	0.81	0.83	0.81	0.79	0.83	0.80	0.75	0.86	0.94	0.88	0.73	0.81	0.84	0.78	0.81	0.37	0.75	0.61	0.72	0.59
OP2	0.16	0.34	0.27	0.25	0.17	0.15	0.10	0.22	0.13	0.07	0.26	0.47	0.29	0.10	0.11	0.31	0.32	0.09	0.70	0.11	0.76	0.78	0.72
P	0.21	0.37	0.27	0.22	0.22	0.17	0.14	0.20	0.17	0.08	0.30	0.49	0.33	0.06	0.17	0.32	0.24	0.16	0.62	0.12	0.68	0.69	0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.16	0.01	0.15	0.33	0.09
C2	0.02	0.00	0.08	0.10	0.03	0.05	0.05	0.08	0.05	0.05	0.01	0.01	0.00	0.06	0.04	0.05	0.12	0.03	0.38	0.06	0.31	0.29	0.23
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.05	0.06	0.11	0.08	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.24	0.03	0.29	0.18	0.12
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.05	0.00	0.02	0.01	0.05	0.07	0.09	0.13	0.09	0.04	0.02	0.02	0.00	0.01	0.36	0.04	0.40	0.10	0.24
C4	0.00	0.03	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.11	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.40	0.00	0.31	0.30	0.24
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.05	0.06	0.05	0.08	0.04	0.06	0.03	0.05	0.02	0.00	0.01	0.06	0.13	0.35	0.05
C5	0.01	0.05	0.02	0.02	0.00	0.05	0.00	0.16	0.00	0.00	0.02	0.06	0.03	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.51	0.00	0.39	0.37	0.35
C5'	0.03	0.08	0.01	0.01	0.11	0.00	0.16	0.00	0.17	0.17	0.14	0.06	0.06	0.19	0.11	0.07	0.03	0.00	0.01	0.20	0.15	0.39	0.02
C6	0.01	0.05	0.04	0.05	0.01	0.05	0.00	0.17	0.00	0.01	0.02	0.05	0.01	0.00	0.01	0.03	0.05	0.02	0.53	0.01	0.42	0.41	0.39
C8	0.00	0.05	0.05	0.07	0.02	0.06	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.07	0.04	0.01	0.01	0.03	0.08	0.02	0.51	0.02	0.35	0.31	0.30
N1	0.01	0.01	0.06	0.09	0.01	0.05	0.02	0.14	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.04	0.10	0.02	0.47	0.04	0.38	0.37	0.33
N2	0.06	0.01	0.11	0.13	0.04	0.08	0.06	0.06	0.05	0.07	0.02	0.00	0.03	0.07	0.06	0.09	0.16	0.05	0.34	0.06	0.28	0.26	0.19
N3	0.02	0.00	0.08	0.09	0.02	0.04	0.03	0.06	0.01	0.04	0.01	0.03	0.00	0.04	0.03	0.05	0.10	0.03	0.33	0.02	0.27	0.27	0.19
N7	0.01	0.06	0.04	0.04	0.02	0.06	0.00	0.19	0.00	0.01	0.02	0.07	0.04	0.00	0.00	0.03	0.06	0.02	0.57	0.02	0.42	0.38	0.40
N9	0.00	0.04	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.06	0.03	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.37	0.01	0.27	0.30	0.20
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.02	0.05	0.02	0.07	0.03	0.03	0.04	0.09	0.05	0.03	0.00	0.00	0.02	0.02	0.04	0.03	0.15	0.26	0.03
O3'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.04	0.02	0.02	0.03	0.05	0.08	0.10	0.16	0.10	0.06	0.02	0.02	0.00	0.01	0.33	0.04	0.48	0.02	0.29
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.05	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.03	0.09	0.45	0.19
O5'	0.16	0.38	0.24	0.36	0.40	0.01	0.51	0.01	0.53	0.51	0.47	0.34	0.33	0.57	0.37	0.04	0.33	0.11	0.00	0.58	0.02	0.02	0.00
O6	0.01	0.06	0.03	0.04	0.00	0.06	0.00	0.20	0.01	0.02	0.04	0.06	0.02	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.58	0.00	0.48	0.48	0.46
OP1	0.15	0.31	0.29	0.40	0.31	0.13	0.39	0.15	0.42	0.35	0.38	0.28	0.27	0.42	0.27	0.15	0.48	0.09	0.02	0.48	0.00	0.00	0.00
OP2	0.33	0.29	0.18	0.10	0.30	0.35	0.37	0.39	0.41	0.31	0.37	0.26	0.27	0.38	0.30	0.26	0.02	0.45	0.02	0.48	0.00	0.00	0.01
P	0.09	0.23	0.12	0.24	0.24	0.05	0.35	0.02	0.39	0.30	0.33	0.19	0.19	0.40	0.20	0.03	0.29	0.19	0.00	0.46	0.00	0.01	0.00