ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.004, 0.015, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.005, 0.037, 0.070, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.037 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.001, 0.042, 0.082, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.042 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.017, 0.079, 0.141, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.079 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.011, 0.085, 0.160, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.085 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.058, 0.151, 0.244, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.151 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.041, 0.136, 0.230, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.136 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.046, 0.147, 0.249, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.147 std_dev=0.101
C4 B 0, 0.030, 0.132, 0.234, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.132 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.073, 0.224, 0.376, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.224 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.117, 0.281, 0.445, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.281 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.054, 0.227, 0.400, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.227 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.100, 0.337, 0.574, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.337 std_dev=0.237
O5' A 0, 0.154, 0.398, 0.641, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.398 std_dev=0.244
N9 B 0, 0.160, 0.409, 0.657, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.409 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.121, 0.405, 0.688, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.405 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.194, 0.497, 0.799, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.497 std_dev=0.302
P A 0, 0.228, 0.544, 0.860, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.544 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.186, 0.510, 0.833, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.510 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.201, 0.528, 0.855, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.528 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.243, 0.614, 0.986, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.614 std_dev=0.371
OP2 A 0, 0.285, 0.677, 1.069, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.677 std_dev=0.392
OP1 A 0, 0.281, 0.686, 1.092, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.686 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.272, 0.722, 1.173, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.722 std_dev=0.450
N2 B 0, 0.274, 0.764, 1.255, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.764 std_dev=0.491
O6 B 0, 0.303, 0.799, 1.295, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.799 std_dev=0.496
C2' B 0, 0.420, 1.101, 1.781, 1.672 max_d=1.672 avg_d=1.101 std_dev=0.680
O4' B 0, 0.417, 1.113, 1.810, 1.721 max_d=1.721 avg_d=1.113 std_dev=0.696
O2' B 0, 0.475, 1.276, 2.078, 2.190 max_d=2.190 avg_d=1.276 std_dev=0.801
C3' B 0, 0.530, 1.464, 2.399, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.464 std_dev=0.935
OP1 B 0, 0.349, 1.298, 2.247, 2.398 max_d=2.398 avg_d=1.298 std_dev=0.949
C4' B 0, 0.558, 1.516, 2.474, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.516 std_dev=0.958
O5' B 0, 0.465, 1.648, 2.832, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.648 std_dev=1.183
O3' B 0, 0.672, 1.880, 3.089, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.880 std_dev=1.208
C5' B 0, 0.639, 1.875, 3.111, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.875 std_dev=1.236
P B 0, 0.374, 1.731, 3.088, 3.718 max_d=3.718 avg_d=1.731 std_dev=1.357
OP2 B 0, 0.276, 2.005, 3.733, 4.743 max_d=4.743 avg_d=2.005 std_dev=1.729

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.09 0.11 0.12 0.08
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.13 0.06 0.03
C4 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.12 0.16 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.11 0.13 0.18 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.12 0.16 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.12 0.08
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.10 0.12 0.14 0.09
O2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.04 0.02 0.08 0.12 0.11 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.11 0.04 0.02
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.16 0.08 0.04
O4 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.10 0.13 0.17 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.08 0.07
O5' 0.06 0.09 0.03 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.03 0.05 0.10 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.07 0.11 0.10 0.13 0.12 0.07 0.13 0.05 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.16 0.13 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.08 0.12 0.05 0.06 0.16 0.01 0.18 0.01 0.16 0.12 0.14 0.11 0.04 0.08 0.17 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.12 0.08 0.09 0.07 0.02 0.04 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.25 0.30 0.07 0.17 0.09 0.24 0.11 0.09 0.05 0.30 0.16 0.15 0.06 0.32 0.39 0.07 0.38 0.25 0.49 0.33 0.55
C2 0.10 0.21 0.20 0.23 0.08 0.14 0.08 0.22 0.08 0.11 0.12 0.32 0.17 0.16 0.06 0.25 0.30 0.05 0.32 0.23 0.50 0.25 0.50
C2' 0.20 0.18 0.27 0.28 0.11 0.17 0.08 0.15 0.09 0.09 0.06 0.29 0.19 0.11 0.12 0.35 0.37 0.16 0.25 0.21 0.39 0.20 0.41
C3' 0.20 0.19 0.27 0.28 0.12 0.16 0.06 0.15 0.06 0.09 0.07 0.29 0.20 0.10 0.12 0.35 0.37 0.16 0.26 0.17 0.41 0.22 0.42
C4 0.04 0.20 0.12 0.16 0.05 0.15 0.06 0.28 0.04 0.15 0.18 0.30 0.14 0.17 0.06 0.17 0.20 0.11 0.34 0.08 0.58 0.29 0.54
C4' 0.14 0.16 0.26 0.32 0.07 0.18 0.08 0.25 0.10 0.09 0.05 0.27 0.16 0.14 0.07 0.33 0.42 0.09 0.39 0.23 0.51 0.37 0.58
C5 0.05 0.21 0.15 0.20 0.06 0.17 0.08 0.30 0.04 0.15 0.15 0.31 0.15 0.18 0.06 0.20 0.25 0.10 0.38 0.12 0.61 0.31 0.59
C5' 0.13 0.17 0.25 0.32 0.07 0.18 0.07 0.27 0.08 0.08 0.06 0.28 0.16 0.13 0.06 0.32 0.42 0.07 0.42 0.19 0.56 0.41 0.62
C6 0.08 0.20 0.19 0.24 0.07 0.16 0.07 0.27 0.05 0.13 0.12 0.32 0.16 0.17 0.05 0.25 0.31 0.06 0.38 0.17 0.57 0.31 0.59
N1 0.10 0.20 0.21 0.26 0.07 0.15 0.08 0.24 0.08 0.11 0.10 0.32 0.17 0.16 0.06 0.27 0.33 0.05 0.36 0.22 0.52 0.29 0.55
N3 0.06 0.21 0.15 0.18 0.06 0.13 0.07 0.23 0.04 0.13 0.17 0.30 0.15 0.16 0.05 0.19 0.23 0.07 0.31 0.15 0.53 0.26 0.50
O2 0.12 0.20 0.24 0.27 0.10 0.15 0.10 0.20 0.13 0.11 0.10 0.32 0.18 0.15 0.09 0.27 0.34 0.07 0.31 0.27 0.46 0.23 0.46
O2' 0.22 0.14 0.30 0.31 0.11 0.20 0.10 0.18 0.13 0.10 0.07 0.24 0.18 0.12 0.13 0.38 0.41 0.19 0.27 0.25 0.36 0.21 0.40
O3' 0.24 0.18 0.30 0.30 0.15 0.20 0.09 0.15 0.07 0.12 0.07 0.27 0.21 0.11 0.16 0.38 0.39 0.22 0.22 0.17 0.36 0.18 0.36
O4 0.05 0.20 0.08 0.12 0.03 0.17 0.04 0.30 0.06 0.16 0.19 0.27 0.12 0.17 0.07 0.12 0.13 0.15 0.33 0.05 0.61 0.33 0.53
O4' 0.11 0.15 0.25 0.32 0.06 0.20 0.10 0.30 0.12 0.12 0.04 0.28 0.15 0.18 0.06 0.31 0.42 0.06 0.46 0.26 0.56 0.44 0.65
O5' 0.14 0.21 0.23 0.26 0.09 0.13 0.04 0.23 0.05 0.05 0.12 0.31 0.19 0.10 0.07 0.32 0.35 0.06 0.38 0.14 0.55 0.38 0.59
OP1 0.16 0.22 0.23 0.27 0.11 0.14 0.05 0.25 0.07 0.06 0.13 0.32 0.20 0.11 0.08 0.33 0.37 0.08 0.42 0.15 0.63 0.45 0.65
OP2 0.13 0.25 0.23 0.28 0.14 0.19 0.12 0.33 0.13 0.14 0.19 0.34 0.21 0.17 0.11 0.27 0.34 0.08 0.47 0.18 0.71 0.48 0.71
P 0.10 0.19 0.23 0.31 0.10 0.20 0.10 0.35 0.10 0.14 0.12 0.30 0.17 0.18 0.08 0.27 0.39 0.06 0.50 0.18 0.70 0.49 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.13 0.22 0.10
C2 0.07 0.00 0.08 0.13 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.17 0.07 0.18 0.04 0.24 0.25 0.27
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.09 0.07 0.05
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.08 0.13 0.13 0.11 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.09 0.19 0.05 0.05
C4 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.15 0.02 0.25 0.30 0.23
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.16 0.01 0.33 0.37 0.28
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.13 0.06 0.11 0.05 0.05 0.09 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.07 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.12 0.03 0.19 0.01 0.36 0.34 0.33
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.14 0.01 0.29 0.49 0.21
N1 0.04 0.01 0.08 0.13 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.16 0.03 0.21 0.05 0.32 0.28 0.33
N2 0.11 0.01 0.09 0.13 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.13 0.18 0.11 0.17 0.05 0.20 0.24 0.26
N3 0.06 0.01 0.09 0.11 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.07 0.15 0.04 0.20 0.24 0.23
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.14 0.01 0.36 0.50 0.26
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.12 0.01 0.21 0.33 0.17
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.08 0.13 0.08 0.05 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.13 0.04 0.04
O3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.12 0.09 0.16 0.18 0.14 0.07 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.11 0.40 0.19 0.13
O4' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.11 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.20 0.19 0.08
O5' 0.08 0.18 0.04 0.04 0.15 0.01 0.16 0.01 0.19 0.14 0.21 0.17 0.15 0.14 0.12 0.04 0.07 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.04 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.18 0.00 0.38 0.38 0.34
OP1 0.13 0.24 0.09 0.19 0.25 0.04 0.33 0.07 0.36 0.29 0.32 0.20 0.20 0.36 0.21 0.13 0.40 0.20 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.25 0.07 0.05 0.30 0.03 0.37 0.09 0.34 0.49 0.28 0.24 0.24 0.50 0.33 0.04 0.19 0.19 0.01 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.27 0.05 0.05 0.23 0.01 0.28 0.01 0.33 0.21 0.33 0.26 0.23 0.26 0.17 0.04 0.13 0.08 0.00 0.34 0.01 0.00 0.00