ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55546

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C4 B 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
OP1 A 0, 0.000, 0.275, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.275 std_dev=0.275
O4' A 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C2' A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C4' A 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
C8 B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C3' A 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C2 B 0, 0.000, 0.443, 0.886, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.443 std_dev=0.443
P A 0, 0.000, 0.450, 0.901, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.450 std_dev=0.450
N1 B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C6 B 0, 0.000, 0.467, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
N7 B 0, 0.000, 0.499, 0.998, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.499 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.000, 0.530, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.530 std_dev=0.530
O3' A 0, 0.000, 0.626, 1.252, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O6 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
N2 B 0, 0.000, 0.644, 1.288, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.644 std_dev=0.644
C5' A 0, 0.000, 0.685, 1.369, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.685 std_dev=0.685
C3' B 0, 0.000, 0.688, 1.376, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.688 std_dev=0.688
O3' B 0, 0.000, 0.741, 1.483, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.741 std_dev=0.741
O4' B 0, 0.000, 0.750, 1.500, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.750 std_dev=0.750
O5' A 0, 0.000, 0.753, 1.507, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.753 std_dev=0.753
O2' B 0, 0.000, 0.758, 1.517, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.758 std_dev=0.758
OP2 B 0, 0.000, 0.767, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.767 std_dev=0.767
OP2 A 0, 0.000, 0.773, 1.547, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.773 std_dev=0.773
P B 0, 0.000, 0.924, 1.848, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.924 std_dev=0.924
C4' B 0, 0.000, 1.027, 2.054, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.027 std_dev=1.027
O5' B 0, 0.000, 1.085, 2.170, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.085 std_dev=1.085
OP1 B 0, 0.000, 1.090, 2.180, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.090 std_dev=1.090
C5' B 0, 0.000, 1.390, 2.780, 2.780 max_d=2.780 avg_d=1.390 std_dev=1.390

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.52 0.18
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.31 0.04 0.38 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.21 0.24 0.32 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.12 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.29 0.37 0.19 0.15
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.45 0.02 0.22 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.12 0.41 0.09
C5 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.00 0.46 0.00 0.26 0.03
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.15 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.10 0.31 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.13 0.01 0.00 0.39 0.00 0.40 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.29 0.02 0.44 0.08
N3 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.04 0.30 0.00
O2 0.06 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.04 0.27 0.08 0.39 0.05
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.22 0.37 0.05
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.02 0.13 0.03 0.02 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.26 0.53 0.06 0.26
O4 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.48 0.01 0.14 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.13 0.64 0.31
O5' 0.10 0.31 0.21 0.29 0.45 0.00 0.46 0.00 0.39 0.29 0.39 0.27 0.06 0.26 0.48 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.04 0.24 0.37 0.02 0.12 0.00 0.10 0.00 0.02 0.04 0.08 0.22 0.53 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.52 0.38 0.32 0.19 0.22 0.41 0.26 0.31 0.40 0.44 0.30 0.39 0.37 0.06 0.14 0.64 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.04 0.02 0.15 0.05 0.09 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.05 0.26 0.08 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.02 0.14 0.03 0.09 0.03 0.22 0.26 0.28 0.20 0.18 0.11 0.01 0.27 0.08 0.28 0.14 0.01 0.27 0.38 0.21 0.01 0.13
C2 0.01 0.01 0.08 0.03 0.11 0.11 0.25 0.35 0.30 0.25 0.16 0.20 0.01 0.32 0.12 0.19 0.07 0.09 0.23 0.42 0.15 0.05 0.08
C2' 0.04 0.15 0.02 0.07 0.21 0.11 0.33 0.32 0.39 0.30 0.30 0.02 0.11 0.38 0.19 0.15 0.02 0.09 0.21 0.48 0.14 0.07 0.06
C3' 0.10 0.17 0.03 0.11 0.25 0.16 0.38 0.38 0.42 0.37 0.31 0.03 0.14 0.44 0.24 0.10 0.01 0.16 0.18 0.51 0.08 0.12 0.01
C4 0.05 0.12 0.01 0.12 0.08 0.25 0.20 0.52 0.17 0.27 0.03 0.28 0.05 0.32 0.14 0.10 0.02 0.18 0.13 0.29 0.04 0.13 0.01
C4' 0.01 0.09 0.08 0.01 0.17 0.08 0.30 0.32 0.34 0.28 0.24 0.04 0.06 0.36 0.16 0.21 0.11 0.08 0.23 0.44 0.15 0.07 0.07
C5 0.05 0.07 0.01 0.13 0.10 0.24 0.21 0.52 0.19 0.27 0.02 0.22 0.03 0.32 0.14 0.11 0.02 0.18 0.12 0.29 0.03 0.14 0.02
C5' 0.02 0.06 0.07 0.01 0.16 0.10 0.28 0.35 0.32 0.29 0.20 0.07 0.05 0.36 0.16 0.20 0.12 0.11 0.23 0.41 0.14 0.08 0.06
C6 0.02 0.03 0.04 0.08 0.11 0.18 0.22 0.45 0.24 0.26 0.09 0.18 0.01 0.31 0.13 0.16 0.02 0.13 0.16 0.34 0.08 0.11 0.02
N1 0.01 0.00 0.08 0.03 0.11 0.11 0.24 0.36 0.28 0.24 0.15 0.16 0.01 0.31 0.12 0.20 0.07 0.08 0.22 0.38 0.14 0.06 0.07
N3 0.02 0.09 0.04 0.08 0.09 0.18 0.23 0.43 0.25 0.26 0.05 0.28 0.05 0.33 0.13 0.14 0.02 0.14 0.19 0.39 0.10 0.08 0.04
O2 0.02 0.05 0.09 0.00 0.14 0.06 0.28 0.28 0.36 0.25 0.26 0.15 0.02 0.33 0.13 0.21 0.10 0.06 0.26 0.45 0.19 0.03 0.10
O2' 0.02 0.16 0.06 0.03 0.18 0.03 0.30 0.23 0.37 0.25 0.31 0.07 0.10 0.33 0.14 0.21 0.06 0.02 0.25 0.45 0.19 0.02 0.11
O3' 0.15 0.24 0.09 0.16 0.31 0.20 0.43 0.40 0.47 0.42 0.37 0.11 0.21 0.49 0.30 0.03 0.06 0.20 0.14 0.55 0.04 0.15 0.02
O4 0.07 0.18 0.01 0.15 0.05 0.29 0.15 0.58 0.07 0.27 0.13 0.32 0.09 0.30 0.13 0.06 0.06 0.22 0.10 0.17 0.00 0.15 0.04
O4' 0.07 0.01 0.16 0.06 0.08 0.02 0.22 0.27 0.27 0.20 0.16 0.12 0.02 0.28 0.08 0.30 0.19 0.01 0.28 0.38 0.21 0.02 0.12
O5' 0.33 0.30 0.37 0.26 0.23 0.20 0.14 0.04 0.12 0.12 0.21 0.39 0.31 0.06 0.22 0.47 0.35 0.25 0.57 0.05 0.49 0.33 0.44
OP1 0.08 0.12 0.13 0.02 0.03 0.10 0.17 0.40 0.19 0.22 0.03 0.27 0.11 0.29 0.06 0.27 0.08 0.04 0.23 0.31 0.12 0.05 0.08
OP2 0.29 0.25 0.27 0.39 0.35 0.46 0.44 0.73 0.44 0.48 0.33 0.13 0.26 0.52 0.38 0.17 0.31 0.39 0.06 0.50 0.14 0.26 0.17
P 0.01 0.02 0.03 0.10 0.09 0.17 0.20 0.45 0.21 0.24 0.09 0.14 0.01 0.29 0.12 0.15 0.01 0.11 0.19 0.29 0.10 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.08 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.01 0.22 0.01 0.12
C2 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.42 0.02 0.35 0.19 0.28
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.05 0.18 0.07 0.05
C3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.01 0.00 0.02 0.10 0.03 0.20 0.09 0.03
C4 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.47 0.00 0.37 0.19 0.30
C4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.26 0.08
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.52 0.01 0.41 0.25 0.35
C5' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.20 0.11 0.17 0.11 0.10 0.16 0.09 0.08 0.05 0.00 0.00 0.24 0.32 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.02 0.49 0.00 0.41 0.26 0.35
C8 0.02 0.00 0.04 0.10 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.05 0.60 0.04 0.45 0.24 0.38
N1 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.46 0.01 0.38 0.23 0.32
N2 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.06 0.38 0.03 0.33 0.18 0.26
N3 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.41 0.01 0.34 0.17 0.26
N7 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.04 0.58 0.04 0.46 0.30 0.40
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.48 0.01 0.36 0.15 0.28
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.08 0.06 0.01 0.07 0.09 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.07 0.15 0.06
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.05 0.09 0.13 0.06 0.00 0.01 0.14 0.06 0.03 0.00 0.01 0.10 0.10 0.09 0.17 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.05 0.20 0.10 0.08
O5' 0.32 0.42 0.18 0.10 0.47 0.00 0.52 0.00 0.49 0.60 0.46 0.38 0.41 0.58 0.48 0.07 0.10 0.29 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.24 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.05 0.49 0.00 0.40 0.27 0.35
OP1 0.22 0.35 0.18 0.20 0.37 0.12 0.41 0.32 0.41 0.45 0.38 0.33 0.34 0.46 0.36 0.07 0.09 0.20 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.19 0.07 0.09 0.19 0.26 0.25 0.30 0.26 0.24 0.23 0.18 0.17 0.30 0.15 0.15 0.17 0.10 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.28 0.05 0.03 0.30 0.08 0.35 0.01 0.35 0.38 0.32 0.26 0.26 0.40 0.28 0.06 0.10 0.08 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00